genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92839070--92839120	19	2.6	19	76	14	59	25	17	5	50	1.68
92840466--92840497	9	3.6	9	95	0	55	56	3	0	40	1.15
92843057--92843127	35	2.0	35	89	5	108	36	9	23	29	1.87
92854619--92854726	26	4.2	26	96	0	198	36	25	6	31	1.82
92857583--92857622	22	1.9	21	85	10	55	30	5	20	45	1.72
92875711--92875768	23	2.5	24	82	5	82	39	5	17	37	1.72
92876299--92876332	15	2.1	15	89	10	50	64	0	35	0	0.94
92876298--92876336	17	2.3	18	82	13	55	66	0	33	0	0.92
92877723--92877909	18	10.4	18	85	0	221	39	12	13	34	1.83
92877723--92877933	54	3.9	54	87	1	271	38	12	14	34	1.84
92886584--92886628	6	7.5	6	94	0	72	15	0	4	80	0.87
92891500--92891535	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
92891927--92891972	19	2.5	19	85	3	58	47	0	19	32	1.50
92895627--92895691	34	2.0	34	81	6	80	30	24	16	27	1.97
92897493--92897600	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
92904182--92904206	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
92910848--92910897	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
92914703--92914745	14	2.9	14	83	13	50	65	6	0	27	1.18
92924823--92924941	43	2.8	43	80	2	150	31	16	23	28	1.96
92925332--92925414	21	4.0	21	77	12	80	1	45	20	32	1.59
92925332--92925412	42	1.9	42	82	5	101	1	45	20	32	1.59
92929146--92929170	12	2.1	12	100	0	50	32	28	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92931003--92931151	43	3.7	43	68	26	137	38	2	14	43	1.60
92931005--92931126	34	3.4	34	72	20	122	38	3	14	43	1.62
92931039--92931233	9	20.7	9	71	15	101	36	2	14	46	1.59
92930974--92931133	74	2.2	74	100	0	320	37	3	16	42	1.66
92931113--92931231	17	6.7	18	81	5	136	36	1	13	48	1.52
92931149--92931231	35	2.4	35	100	0	166	36	2	12	49	1.53
92931573--92931643	24	3.0	24	85	0	88	45	8	18	28	1.78
92931691--92931824	64	2.1	64	92	0	223	47	2	10	40	1.50
92933993--92934048	27	2.0	28	82	3	69	23	16	41	19	1.90
92934234--92934271	7	5.4	7	100	0	76	0	28	57	13	1.36
92934530--92934664	71	1.9	68	81	12	159	34	26	7	31	1.84
92934887--92934929	22	2.0	22	85	0	59	46	0	11	41	1.40
92935581--92935646	21	3.1	21	68	10	53	30	40	0	28	1.57
92935583--92935648	28	2.4	28	82	5	71	33	39	0	27	1.57
92935588--92935655	21	3.2	21	75	6	66	33	36	0	29	1.58
92940662--92940783	47	2.6	47	84	2	147	29	24	15	30	1.96
92940790--92940818	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
92940817--92941025	31	6.7	31	89	0	301	25	26	19	28	1.99
92941003--92941179	50	3.5	50	88	2	257	26	21	16	35	1.94
92942595--92942701	53	2.0	53	100	0	214	27	24	20	28	1.99
92948911--92948967	29	2.0	29	89	0	87	22	12	33	31	1.91
92949854--92949887	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92950436--92950546	55	2.0	56	84	5	145	41	10	1	45	1.49
92960738--92960816	41	1.9	41	100	0	158	51	10	5	32	1.57
92964538--92964666	61	2.1	61	85	2	170	29	25	23	21	1.99
92965617--92965656	17	2.4	17	86	0	62	35	15	10	40	1.80
92966947--92966996	21	2.4	21	86	0	64	20	18	18	44	1.88
92974032--92974072	21	2.0	21	100	0	82	43	24	4	26	1.74
92974746--92974827	8	9.1	9	77	15	55	42	0	1	56	1.07
92974776--92974836	28	2.2	27	88	2	86	47	0	0	52	1.00
92974771--92974824	9	5.7	10	86	6	60	40	0	0	59	0.98
92974786--92974840	9	6.2	9	83	10	60	50	0	0	49	1.00
92975780--92975812	14	2.3	15	94	5	59	75	12	12	0	1.04
92976858--92976895	3	12.7	3	100	0	76	0	0	31	68	0.90
92976977--92977053	27	2.8	26	77	21	77	18	7	5	68	1.33
92977219--92977280	19	3.4	18	71	8	54	17	3	6	72	1.19
92978717--92978758	9	4.6	9	90	3	57	42	0	2	54	1.13
92980637--92980694	21	2.7	21	74	12	55	43	8	12	36	1.73
92983498--92983556	29	2.0	29	100	0	118	42	16	16	23	1.89
92986245--92986317	30	2.4	31	81	4	85	54	0	2	42	1.14
92986316--92986354	10	3.8	10	82	3	51	76	5	12	5	1.11
92986331--92986361	15	2.0	16	93	6	55	70	6	16	6	1.29
92986312--92986354	20	2.2	20	91	8	70	76	4	11	6	1.13
92986339--92986401	25	2.5	25	79	7	65	69	3	23	3	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92987966--92988002	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
92988002--92988052	23	2.3	22	83	6	66	37	23	11	27	1.90
92988423--92988562	40	3.5	40	74	6	106	25	18	25	30	1.98
92989525--92989558	16	2.1	16	88	5	50	38	0	8	52	1.33
92991300--92991349	23	2.2	23	85	3	66	30	2	32	36	1.69
92991899--92991939	20	2.0	20	85	4	55	36	2	12	48	1.54
92991957--92992065	38	2.8	38	94	1	182	48	3	16	31	1.63
92993134--92993178	17	2.6	18	82	13	58	17	4	6	71	1.25
92996133--92996171	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
92998385--92998423	4	9.8	4	89	10	62	20	0	0	79	0.73
92998619--92998658	19	2.0	20	90	4	64	52	0	2	45	1.14
93015430--93015881	87	5.5	87	79	15	430	26	18	20	34	1.95
93015591--93015827	73	3.1	73	80	15	248	27	18	21	32	1.97
93015506--93015827	160	2.0	156	85	7	429	26	18	21	34	1.96
93015434--93015881	245	1.9	241	86	8	617	27	18	20	34	1.96
93016942--93016974	12	2.8	12	86	4	50	0	15	9	75	1.03
93020841--93021115	74	3.7	74	80	10	296	33	21	20	25	1.97
93021974--93022006	11	3.1	11	91	8	59	27	15	0	57	1.38
93024927--93024960	10	3.4	10	91	0	59	29	17	0	52	1.45
93028311--93028367	22	2.6	22	82	0	69	33	21	24	21	1.97
93028727--93028788	27	2.3	27	94	0	106	30	16	14	38	1.88
93028741--93028931	27	7.1	27	80	9	187	32	7	18	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93028741--93028931	54	3.5	55	78	9	207	32	7	18	40	1.79
93028770--93028925	81	1.9	81	88	5	235	33	7	16	42	1.75
93030580--93030665	44	2.0	44	95	0	154	20	37	15	26	1.92
93030581--93030651	22	3.2	22	65	21	58	19	38	16	25	1.93
93032898--93033133	54	4.4	52	79	9	188	33	7	16	42	1.76
93032935--93033141	27	7.7	27	75	7	188	33	7	16	42	1.77
93032897--93033134	81	2.9	80	81	9	259	33	7	16	42	1.77
93041351--93041670	85	3.8	85	86	1	419	26	23	20	29	1.99
93041351--93041677	43	7.7	44	70	12	234	26	23	20	29	1.98
93041351--93041664	169	1.9	169	86	1	459	26	23	20	29	1.99
93046460--93046497	16	2.4	17	83	16	55	55	0	13	31	1.38
93047231--93047280	17	2.9	17	79	5	57	40	20	20	20	1.92
93047503--93047635	57	2.3	58	75	11	132	31	17	21	29	1.96
93051183--93051222	21	2.0	20	85	5	53	37	0	2	60	1.11
93051314--93051357	22	2.0	23	86	4	63	56	2	0	40	1.11
93051609--93051686	32	2.4	34	80	4	97	55	5	2	37	1.36
93052090--93052153	31	2.1	31	88	8	96	57	10	4	26	1.52
93063471--93063514	6	7.5	6	85	14	65	34	2	0	63	1.07
93067473--93067556	36	2.2	36	83	8	96	38	4	2	54	1.34
93068471--93068527	28	2.0	27	83	10	69	63	5	0	31	1.17
93089554--93089651	33	2.9	33	84	1	142	25	19	24	30	1.98
93092522--93092577	21	2.7	21	80	0	67	21	30	32	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93095754--93095877	36	3.5	35	75	9	126	30	22	9	37	1.86
93095745--93095877	71	1.9	71	85	0	185	30	23	10	36	1.88
93095791--93095984	107	1.8	107	85	0	271	28	17	13	40	1.87
93095898--93096347	134	3.5	134	76	9	453	32	15	12	39	1.85
93096002--93096226	120	1.9	120	87	0	333	33	15	12	38	1.85
93096276--93096437	35	4.6	35	68	18	102	32	15	12	38	1.86
93096247--93096473	107	2.1	107	83	3	296	33	14	12	38	1.85
93096117--93096571	241	1.9	241	82	2	574	32	16	12	37	1.87
93102915--93102992	27	2.9	26	74	14	77	21	20	23	34	1.97
93103033--93103131	28	3.5	28	75	14	87	32	10	18	39	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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