genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901063--901129	21	3.0	23	76	21	72	29	5	0	64	1.17
901039--901104	21	3.0	21	77	14	71	24	6	0	69	1.10
900978--901131	73	2.1	70	76	16	152	26	6	1	64	1.28
901233--901294	25	2.5	24	75	14	72	32	8	1	58	1.37
902433--902604	88	1.9	89	84	5	233	40	19	9	31	1.83
902832--902885	29	1.9	27	81	7	63	66	1	3	27	1.19
903867--903897	15	2.1	15	100	0	62	12	35	12	38	1.82
911252--911303	21	2.5	21	84	3	70	26	19	1	51	1.57
912612--912658	24	2.0	24	83	8	60	53	0	0	46	1.00
919460--919498	18	2.2	18	100	0	78	20	20	0	58	1.39
921719--921782	33	1.9	33	100	0	128	34	3	12	50	1.56
923000--923073	9	8.2	9	90	0	94	45	21	8	24	1.78
923000--923085	27	3.2	27	79	0	100	47	19	8	24	1.76
923105--923144	6	6.5	6	85	5	53	17	0	5	77	0.94
924294--924337	20	2.2	20	84	4	54	56	6	11	25	1.58
924766--924836	30	2.4	31	76	7	74	50	2	8	38	1.47
928052--928099	24	2.0	24	84	8	62	58	4	2	35	1.29
928285--928327	9	4.7	9	80	5	50	65	0	2	32	1.06
936428--936475	24	2.0	24	84	8	62	58	4	2	35	1.29
936693--936737	24	1.9	23	86	4	63	60	4	2	33	1.29
936693--936743	23	2.2	23	82	6	59	60	3	3	31	1.33
936856--936899	19	2.2	19	84	8	52	65	4	4	25	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936848--936899	21	2.5	20	82	11	61	63	3	5	26	1.34
937666--937703	18	2.1	18	85	9	51	55	0	2	42	1.14
942246--942321	36	2.0	38	82	12	95	44	11	6	36	1.67
943591--943644	16	3.5	15	77	7	63	14	9	12	62	1.53
943592--943643	15	3.4	14	73	17	50	15	9	13	61	1.56
946068--946102	17	2.1	17	100	0	70	57	22	0	20	1.41
947225--947288	31	2.1	31	84	0	83	42	6	6	45	1.54
951282--951375	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
955785--955878	23	4.1	23	83	5	127	48	4	24	22	1.68
962747--962794	18	2.6	18	83	12	62	29	6	0	64	1.18
962752--962790	15	2.6	14	88	8	51	28	7	0	64	1.21
962734--962797	18	3.5	19	74	21	57	31	6	0	62	1.20
967692--967724	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
969848--969888	18	2.2	19	86	4	57	29	4	7	58	1.46
975229--975278	3	16.7	3	91	0	82	66	0	2	32	1.03
976164--976227	26	2.4	27	97	2	121	17	29	0	53	1.44
976868--976964	35	2.8	35	88	0	140	25	10	47	16	1.78
978358--978405	21	2.3	22	79	17	57	56	0	4	39	1.19
979019--979057	20	2.0	19	90	5	60	61	5	2	30	1.31
986733--986809	30	2.5	32	83	14	108	44	1	0	54	1.08
989256--990008	299	2.5	294	81	7	838	28	9	21	40	1.84
996807--996845	8	4.6	8	84	12	51	64	7	0	28	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003152--1003208	26	2.2	26	96	0	105	19	5	35	40	1.74
1014115--1014633	173	3.0	173	100	0	1038	30	12	9	47	1.73
1018190--1018215	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
1026919--1027062	59	2.4	59	80	4	157	39	9	13	36	1.78
1026934--1027109	59	3.0	58	80	8	187	38	7	15	38	1.77
1030929--1030961	15	2.3	15	94	5	59	30	30	0	39	1.57
1034731--1034774	17	2.6	17	86	10	56	34	0	0	65	0.93
1037388--1037825	60	7.6	59	74	12	272	23	19	17	39	1.92
1037448--1037825	167	2.2	167	81	6	429	24	19	17	39	1.92
1040864--1040914	25	2.0	25	96	0	93	47	11	21	19	1.81
1042587--1042631	14	3.1	15	77	6	56	64	0	0	35	0.94
1055403--1055439	17	2.1	19	90	10	60	59	0	0	40	0.97
1057805--1057852	17	2.6	18	77	9	53	33	0	0	66	0.92
1057812--1057836	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1061757--1061834	41	1.9	41	92	5	131	35	11	16	35	1.85
1070885--1070914	14	2.1	14	100	0	60	33	6	6	53	1.53
1071764--1071878	49	2.4	49	82	4	135	40	15	21	21	1.90
1071787--1071884	49	2.0	50	95	2	180	40	13	18	27	1.88
1073873--1073897	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
1074738--1074992	88	2.9	88	84	4	352	47	18	6	27	1.73
1079980--1080146	89	1.9	89	84	2	228	27	7	16	48	1.72
1086057--1086486	88	4.7	92	78	8	410	46	17	7	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1086103--1086486	182	2.1	182	83	2	475	45	17	7	29	1.75
1087165--1087202	19	2.0	19	100	0	76	31	15	0	52	1.43
1094488--1094535	21	2.4	20	76	10	53	35	0	2	62	1.07
1094529--1094563	11	2.8	13	83	16	56	71	0	0	28	0.86
1096826--1096873	24	2.0	24	95	0	87	29	2	16	52	1.56
1096979--1097034	25	2.3	25	85	11	73	33	1	8	55	1.42
1097280--1097320	13	3.1	14	75	13	50	51	0	2	46	1.14
1102775--1102829	18	3.0	18	83	2	65	38	0	1	60	1.08
1113106--1113147	20	2.1	20	90	0	66	26	14	26	33	1.94
1117337--1117807	247	1.9	244	80	6	547	34	20	16	28	1.95
1119422--1119460	12	3.0	14	82	17	57	28	0	0	71	0.86
1127249--1127310	27	2.3	26	81	13	72	38	1	1	58	1.18
1128718--1128742	13	1.9	13	100	0	50	92	0	8	0	0.40
1130362--1130887	262	2.0	261	96	0	962	37	13	24	24	1.92
1132076--1132204	51	2.5	53	83	9	151	29	26	10	34	1.89
1132477--1132523	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
1132958--1133141	55	3.2	55	81	11	233	34	9	29	26	1.88
1133015--1133150	63	2.2	63	91	2	220	36	8	30	25	1.85
1133248--1133367	55	2.2	55	95	0	213	34	10	30	25	1.90
1134276--1134341	33	2.0	33	91	5	107	18	31	10	39	1.85
1134319--1134561	63	4.0	61	87	6	327	24	28	11	34	1.91
1134444--1134571	55	2.3	55	97	1	238	23	31	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1137309--1137335	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
1137370--1137433	26	2.5	24	74	20	58	57	4	4	32	1.40
1137646--1137709	26	2.4	27	80	12	71	48	3	10	37	1.54
1137743--1137789	22	2.1	23	88	4	69	55	4	4	36	1.39
1137928--1137994	19	3.7	19	75	15	61	56	5	1	35	1.33
1137986--1138045	27	2.3	26	85	2	84	55	6	5	33	1.48
1138276--1138325	16	3.2	16	83	13	52	62	2	4	32	1.25
1138616--1138655	12	3.3	12	86	6	55	60	2	7	30	1.38
1143322--1143358	15	2.5	15	90	0	56	64	5	10	18	1.43
1143341--1143585	75	3.2	77	84	4	329	33	20	17	27	1.96
1146454--1146979	262	2.0	261	96	0	962	37	13	24	24	1.92
1148537--1148583	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
1149018--1149197	55	3.1	55	81	12	225	33	10	29	26	1.89
1149075--1149209	63	2.1	63	90	2	209	37	8	28	25	1.85
1149308--1149498	55	3.3	55	84	11	247	33	9	30	25	1.89
1148920--1149480	290	1.9	290	93	2	964	37	9	24	28	1.86
1149365--1149491	63	2.0	63	90	3	202	35	10	29	25	1.89
1149513--1149658	51	2.8	52	88	2	213	29	9	30	30	1.89
1149666--1149745	32	2.3	35	79	20	103	21	37	6	35	1.79
1149757--1150001	55	4.3	56	77	12	214	27	25	8	37	1.86
1149859--1150003	63	2.3	63	85	1	202	26	27	6	38	1.82
1150859--1150892	17	2.1	17	88	5	52	2	44	2	50	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1153874--1153917	15	2.9	15	89	0	61	68	6	6	18	1.35
1154018--1154081	26	2.6	23	72	16	56	60	14	6	18	1.54
1155499--1155865	130	2.8	130	85	2	452	34	17	19	28	1.95
1159155--1159198	16	2.6	16	83	16	54	81	6	2	9	0.94
1164485--1164522	6	6.7	6	82	11	53	60	0	36	2	1.11
1164485--1164522	17	2.2	17	95	0	67	60	0	36	2	1.11
1164485--1164522	11	3.4	11	86	13	51	60	0	36	2	1.11
1164826--1165038	46	4.5	47	75	14	154	23	29	18	28	1.98
1164921--1165172	46	5.6	44	74	13	194	25	28	17	28	1.97
1165012--1165087	40	1.9	40	97	0	143	23	31	13	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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