genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7247891--7247990	48	2.1	48	100	0	200	22	10	25	43	1.84
7249576--7249613	20	1.9	20	84	10	51	36	0	2	60	1.11
7249599--7249655	30	1.9	30	85	7	80	47	1	3	47	1.29
7258886--7258968	42	2.0	42	87	0	121	25	19	27	27	1.99
7258887--7259054	90	1.9	90	83	2	221	29	20	25	25	1.99
7258900--7259054	42	3.5	42	71	13	107	29	21	25	23	1.99
7260657--7260690	18	1.9	17	94	5	59	32	29	0	38	1.58
7261852--7261984	40	3.3	40	82	2	133	35	21	14	29	1.92
7265346--7265384	15	2.5	15	87	4	51	43	15	0	41	1.46
7266409--7266480	21	3.4	21	94	3	119	43	4	26	26	1.73
7266718--7266758	19	2.2	19	86	4	57	43	0	0	56	0.99
7266754--7266818	19	3.4	19	89	6	96	36	0	7	55	1.29
7269984--7270073	44	2.0	44	97	0	171	28	26	22	22	1.99
7270124--7270148	11	2.3	11	100	0	50	28	40	0	32	1.57
7270929--7270953	12	2.1	12	100	0	50	32	28	8	32	1.86
7272729--7272781	27	2.0	27	96	0	97	30	13	20	35	1.91
7273549--7273790	120	2.0	121	95	0	441	15	20	8	55	1.65
7273797--7273837	21	2.0	21	90	0	64	51	14	14	19	1.77
7276028--7276131	23	4.5	22	80	12	111	25	21	18	34	1.96
7276028--7276154	23	5.4	23	78	11	91	26	21	18	33	1.96
7280122--7280167	23	2.0	23	95	0	83	15	17	13	54	1.71
7283570--7283716	59	2.5	60	82	9	176	40	2	4	53	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7283597--7283736	59	2.4	57	84	5	174	43	2	4	50	1.34
7283816--7283922	46	2.5	42	82	14	114	38	25	3	32	1.74
7283830--7283922	44	2.1	46	88	8	138	38	24	4	32	1.75
7283904--7283968	16	4.1	16	81	0	76	30	27	3	38	1.72
7288805--7289316	256	2.0	256	99	0	1015	22	20	29	27	1.98
7289369--7289573	27	7.6	27	84	3	261	39	20	8	30	1.83
7289613--7290159	27	20.3	27	88	0	682	33	19	21	25	1.97
7290701--7290808	27	4.0	26	82	5	108	20	21	21	37	1.95
7295299--7295372	23	3.2	23	80	3	78	35	25	16	22	1.95
7295442--7295493	24	2.3	24	80	9	65	51	11	7	28	1.65
7311730--7311798	14	4.9	14	78	0	84	23	10	30	36	1.88
7311745--7311808	7	8.9	7	74	16	51	26	12	28	32	1.93
7311730--7311798	28	2.5	28	100	0	138	23	10	30	36	1.88
7352868--7352903	12	3.0	12	95	0	63	25	25	13	36	1.93
7356610--7356694	29	3.0	29	82	1	91	25	16	29	28	1.97
7358387--7358534	37	4.0	37	94	0	251	38	13	20	27	1.90
7365802--7365949	37	4.0	37	94	0	251	38	13	20	27	1.90
7367821--7367854	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
7374058--7374095	20	1.9	20	100	0	76	23	5	28	42	1.76
7375201--7375264	21	3.0	22	75	9	78	35	25	20	18	1.95
7375252--7375322	37	1.9	37	97	0	133	32	19	19	28	1.97
7376160--7376192	5	6.6	5	100	0	66	0	21	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7376603--7376659	27	2.0	29	86	6	82	50	7	0	42	1.29
7383714--7383801	31	2.9	30	80	9	99	43	9	9	38	1.68
7400862--7400907	12	3.6	12	82	11	56	10	2	4	82	0.89
7400862--7400907	14	3.5	13	83	16	60	10	2	4	82	0.89
7400862--7400905	11	3.4	14	84	15	51	11	2	4	81	0.92
7407337--7407368	15	2.1	15	94	0	55	28	6	43	21	1.77
7407631--7407710	20	4.2	19	87	11	101	40	7	17	35	1.78
7413356--7413418	9	6.9	9	76	16	67	84	0	11	4	0.77
7414366--7414637	41	6.6	41	70	15	200	31	23	20	24	1.98
7414366--7414626	124	2.1	124	91	0	423	31	23	20	24	1.98
7414499--7414972	84	5.7	84	83	8	567	31	22	21	24	1.98
7414572--7414895	163	2.0	163	89	4	503	30	23	21	24	1.99
7414788--7414925	41	3.3	43	71	13	144	31	20	21	26	1.97
7415719--7415871	19	8.2	19	89	7	242	39	9	15	35	1.80
7415719--7415871	36	4.1	37	89	8	222	39	9	15	35	1.80
7415719--7415871	55	2.7	55	96	2	279	39	9	15	35	1.80
7419548--7419596	18	2.7	19	87	6	66	34	32	18	14	1.91
7421892--7421938	22	2.0	24	88	8	71	48	6	12	31	1.66
7421892--7421934	20	2.0	21	86	8	61	48	4	13	32	1.63
7423045--7423069	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
7423054--7423174	53	2.3	53	85	0	152	17	19	21	42	1.90
7423384--7423491	18	5.9	18	75	4	101	34	9	15	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7435887--7435988	28	3.6	27	72	11	78	23	26	20	29	1.99
7435908--7436049	28	4.9	29	74	4	126	26	23	17	32	1.97
7435908--7436047	58	2.4	58	88	8	198	26	24	17	31	1.97
7438173--7438210	18	2.1	18	85	9	51	55	0	15	28	1.41
7439357--7439498	53	2.9	50	79	10	143	28	14	26	30	1.95
7444899--7444933	16	2.2	16	89	0	52	2	14	8	74	1.17
7444936--7444999	31	2.2	29	80	8	76	48	1	1	48	1.20
7447115--7447225	47	2.4	47	84	6	154	35	21	16	27	1.94
7458222--7458261	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
7458210--7458276	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
7462769--7462811	12	3.4	12	75	12	50	72	4	4	18	1.20
7470669--7470736	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
7472874--7473151	46	6.0	46	90	3	373	41	13	23	22	1.89
7473432--7473464	17	2.0	17	94	5	59	51	0	12	36	1.39
7474160--7474294	54	2.5	53	82	7	155	17	29	22	30	1.97
7480949--7480998	12	4.1	12	81	2	55	34	16	34	16	1.90
7481707--7481835	54	2.4	53	84	7	154	17	31	21	29	1.97
7489136--7489160	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
7491778--7491845	34	2.0	34	91	0	109	19	32	13	35	1.90
7494870--7494929	30	2.0	29	87	9	86	31	0	45	23	1.53
7508361--7508582	45	5.0	45	77	8	193	22	21	14	40	1.90
7519558--7519606	22	2.2	23	81	3	55	38	4	2	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7520109--7520177	34	2.0	34	97	0	129	52	2	2	42	1.31
7526061--7526251	33	5.8	33	71	9	122	26	25	17	30	1.97
7526409--7526449	19	2.1	20	86	4	57	48	4	0	46	1.23
7531608--7531725	31	3.8	31	93	0	191	27	20	27	24	1.99
7531750--7531914	47	3.7	46	84	6	160	29	15	26	29	1.96
7531844--7531958	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
7538936--7539042	41	2.7	40	81	5	117	35	22	20	21	1.96
7542954--7543011	22	2.8	21	82	10	66	56	10	17	15	1.66
7542971--7543024	21	2.5	22	81	3	65	57	14	16	11	1.65
7551882--7551915	11	3.0	11	91	4	50	61	0	0	38	0.96
7553257--7553337	9	8.7	9	70	12	56	38	1	1	59	1.13
7561070--7561098	11	2.7	11	94	5	51	37	17	13	31	1.89
7561481--7561523	17	2.6	17	82	10	54	69	2	0	27	1.00
7565233--7565259	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
7565338--7565577	114	2.1	112	81	3	266	33	21	19	25	1.97
7565338--7565818	263	1.8	263	83	2	635	32	20	19	27	1.97
7565616--7565929	114	2.7	115	86	3	402	32	18	19	29	1.96
7566476--7566518	15	2.9	14	82	3	50	20	0	37	41	1.53
7566913--7566982	7	10.0	7	70	6	52	17	0	35	47	1.48
7567233--7567282	21	2.4	21	83	12	59	16	0	44	40	1.47
7568161--7568228	35	1.9	35	100	0	136	22	17	20	39	1.92
7577387--7577427	21	2.0	21	95	0	73	21	21	53	2	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7583086--7583160	37	2.0	37	100	0	150	14	18	10	56	1.67
7583086--7583146	18	3.1	21	65	29	62	13	18	9	59	1.61
7589023--7589060	18	2.1	19	85	5	51	44	0	0	55	0.99
7591092--7591209	26	4.5	26	86	0	146	22	26	24	26	2.00
7597364--7597415	5	10.2	5	78	12	52	82	1	15	0	0.75
7597364--7597413	11	4.7	10	83	11	64	84	2	14	0	0.72
7597362--7597418	11	5.1	11	80	16	55	78	1	19	0	0.83
7606291--7606347	20	2.8	20	75	0	60	70	0	1	28	0.98
7607840--7607949	26	4.2	26	96	0	193	33	4	24	37	1.76
7609572--7609651	27	3.0	26	83	8	97	17	22	21	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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