genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59516987--59517112	45	2.8	45	81	12	134	23	11	27	36	1.90
59528204--59528470	40	6.7	40	95	0	480	29	20	28	21	1.98
59549250--59549364	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
59549250--59549383	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
59556624--59556738	44	2.6	45	84	2	142	35	14	22	26	1.93
59560076--59560101	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
59568174--59568491	48	6.6	48	76	5	286	29	19	27	23	1.98
59568161--59568492	144	2.3	144	83	4	393	29	18	27	24	1.98
59571572--59571742	93	1.8	93	87	0	252	23	21	25	28	1.99
59574278--59574312	13	2.7	13	100	0	70	40	0	14	45	1.45
59574370--59574691	47	6.8	46	74	16	245	26	18	29	25	1.98
59574415--59574683	96	2.8	96	80	10	311	26	18	29	25	1.98
59594501--59594543	19	2.1	19	87	12	59	37	0	27	34	1.57
59595015--59595088	29	2.6	28	81	10	87	18	17	28	35	1.94
59596444--59596491	20	2.4	20	89	0	69	12	27	39	20	1.89
59597021--59597066	23	2.0	23	95	4	85	39	15	13	32	1.85
59597587--59597630	15	2.6	16	82	17	54	47	9	0	43	1.35
59599555--59599672	43	2.8	42	76	12	132	33	26	17	22	1.96
59606965--59607084	44	2.8	41	81	9	152	29	25	21	24	1.99
59612365--59612458	24	3.9	24	92	0	143	35	30	13	20	1.91
59612322--59612455	48	2.8	48	82	0	142	34	28	13	23	1.93
59612322--59612458	72	1.9	72	86	0	193	34	29	13	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59613700--59613735	15	2.5	14	86	8	54	22	8	0	69	1.15
59615029--59615091	31	2.0	31	84	6	83	23	22	15	38	1.93
59615287--59615334	24	2.0	25	87	4	71	22	20	20	35	1.96
59615380--59615426	20	2.3	20	100	0	94	34	19	10	36	1.86
59615478--59615537	25	2.4	25	86	5	77	30	20	18	31	1.96
59623305--59623410	25	4.2	24	82	10	106	26	22	20	30	1.98
59623469--59623525	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
59623461--59623527	20	3.3	20	95	0	125	32	19	11	35	1.88
59623461--59623531	11	7.0	11	74	18	73	33	19	11	35	1.88
59631318--59631421	24	4.3	24	90	0	91	35	26	12	25	1.92
59632668--59632703	15	2.5	14	86	8	54	22	11	0	66	1.22
59635810--59635846	16	2.3	16	95	0	65	21	16	5	56	1.59
59636174--59636219	21	2.2	21	84	0	56	26	28	32	13	1.93
59637923--59638106	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	24	2.00
59637923--59638106	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	24	2.00
59640610--59640807	48	4.1	48	77	3	184	24	27	19	28	1.99
59640621--59640807	95	1.9	96	83	2	241	25	28	19	27	1.99
59642808--59642936	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
59642912--59643059	31	4.8	31	86	5	210	28	18	26	26	1.98
59642912--59643059	61	2.4	62	86	5	201	28	18	26	26	1.98
59643058--59643086	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
59643090--59643255	47	3.7	47	81	7	166	28	15	25	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59643185--59643298	42	2.7	42	87	2	158	30	14	25	29	1.94
59649010--59649597	40	14.7	40	94	0	1005	22	26	20	30	1.98
59656751--59657338	40	14.7	40	94	0	1005	22	26	20	30	1.98
59664829--59664947	54	2.2	52	91	2	184	22	26	17	33	1.96
59664850--59664965	54	2.2	53	89	4	171	24	26	13	35	1.93
59667169--59667292	18	6.8	18	68	17	69	58	1	5	34	1.32
59667179--59667243	21	3.1	21	78	8	71	60	0	4	35	1.18
59667324--59667372	19	2.7	19	84	6	66	69	2	2	26	1.10
59669048--59669615	119	4.8	119	92	0	857	30	19	16	33	1.94
59678048--59678219	93	1.8	93	91	0	281	29	29	20	20	1.98
59678041--59678219	46	3.8	49	79	13	198	29	29	20	20	1.98
59682844--59682924	26	3.2	26	63	25	64	24	14	28	32	1.95
59682785--59682981	50	3.9	51	77	2	193	26	16	26	29	1.97
59682785--59682980	101	2.0	101	83	2	252	26	16	26	30	1.97
59696526--59696696	45	3.8	44	81	7	184	42	15	22	20	1.89
59696526--59696696	89	1.9	90	82	5	213	42	15	22	20	1.89
59710224--59710278	26	2.1	26	96	0	101	34	3	21	40	1.71
59712341--59712392	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
59712322--59712453	61	2.1	63	81	8	151	18	28	21	31	1.97
59724408--59724442	8	4.4	8	89	10	54	22	0	0	77	0.78
59726008--59726150	33	4.3	34	74	7	107	32	20	24	21	1.98
59726177--59726298	45	2.7	45	88	0	172	35	18	25	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59726270--59726482	46	4.6	46	88	0	300	43	13	23	20	1.86
59733575--59733606	6	5.7	6	85	14	50	53	0	0	46	1.00
59733995--59734043	20	2.2	22	79	17	57	28	2	6	63	1.30
59734040--59734108	36	1.9	36	82	5	86	40	1	1	56	1.17
59735733--59735883	68	2.2	68	80	2	178	33	21	22	23	1.98
59741900--59741950	21	2.4	22	81	18	63	23	5	5	64	1.38
59745019--59745084	17	3.7	18	74	11	57	80	3	10	6	1.00
59745012--59745087	23	3.5	22	71	23	61	81	2	10	5	0.94
59745039--59745088	19	2.6	19	82	17	68	80	4	10	6	1.02
59745009--59745085	34	2.3	31	80	14	82	81	2	10	5	0.93
59745816--59746477	330	2.0	331	96	0	1209	37	18	19	25	1.94
59747861--59747980	45	2.7	45	79	8	122	30	15	12	41	1.84
59755511--59755556	18	2.4	18	89	7	65	19	0	21	58	1.39
59759603--59759722	6	19.3	6	69	19	68	49	15	16	18	1.80
59759612--59759722	31	3.5	31	90	1	150	49	15	17	18	1.80
59760130--59760371	27	9.0	27	85	0	268	24	19	19	36	1.95
59760134--59760371	81	3.0	80	86	3	316	24	19	18	36	1.95
59760372--59760693	27	11.9	27	84	6	361	40	6	21	31	1.79
59760375--59760693	54	5.9	54	86	3	435	40	6	21	31	1.79
59760372--59760707	81	4.1	81	89	1	494	40	6	20	32	1.78
59760714--59760838	27	4.7	27	78	10	116	28	8	23	39	1.84
59760686--59760838	54	2.9	53	78	7	168	28	9	22	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59770772--59770813	19	2.2	19	86	0	57	16	11	33	38	1.86
59776924--59776968	24	1.9	24	90	4	74	11	44	0	44	1.39
59784375--59784478	36	2.9	36	75	2	102	16	29	10	43	1.81
59793309--59793486	40	4.5	40	91	2	270	24	21	27	25	2.00
59800399--59800462	28	2.3	28	88	0	92	31	29	12	26	1.93
59800471--59800545	39	1.9	39	83	5	98	33	26	14	25	1.94
59817465--59818263	399	2.0	399	99	0	1571	36	21	14	28	1.92
59823996--59824316	48	6.8	48	71	12	216	27	26	18	27	1.98
59823957--59824254	90	3.2	91	78	4	287	27	25	18	27	1.98
59828531--59828705	46	3.8	45	76	7	181	29	29	20	21	1.98
59828539--59828709	93	1.8	93	91	0	279	28	29	20	21	1.98
59828536--59828725	46	4.1	46	69	18	117	28	28	20	22	1.98
59832707--59832777	28	2.5	28	81	0	79	33	30	12	22	1.91
59836734--59836919	48	3.9	48	92	1	304	29	25	18	25	1.98
59836735--59836919	95	1.9	95	93	2	318	29	25	18	25	1.98
59840029--59840060	15	2.1	15	100	0	64	6	53	18	21	1.67
59842583--59842732	58	2.6	57	81	5	162	40	0	3	55	1.21
59842901--59842955	16	3.4	16	84	0	74	29	29	9	32	1.88
59842976--59843020	24	1.9	23	86	4	63	55	22	0	22	1.44
59843515--59843562	18	2.4	18	80	16	51	66	8	0	25	1.19
59843997--59844157	79	2.0	79	91	0	259	32	9	9	47	1.70
59846939--59847216	138	2.0	138	95	1	495	45	5	14	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59847160--59847215	14	3.9	14	81	6	67	58	1	1	37	1.19
59850514--59850564	24	2.1	24	100	0	102	50	11	3	33	1.57
59856367--59856415	21	2.4	21	82	3	64	51	32	4	12	1.58
59858040--59858079	21	1.9	21	89	0	62	50	22	15	12	1.77
59858074--59858117	21	2.1	21	95	0	79	36	15	29	18	1.92
59858083--59858128	21	2.2	21	84	0	56	39	15	30	15	1.88
59858095--59858191	42	2.3	42	82	3	115	43	15	24	16	1.87
59860324--59860378	29	1.9	28	88	3	83	27	27	23	21	1.99
59860392--59860474	31	2.7	30	92	7	141	28	26	15	28	1.96
59860680--59860790	26	4.3	26	87	4	156	28	24	19	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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