genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66871137--66871227	43	2.1	44	87	2	130	30	29	18	20	1.97
66877649--66877687	18	2.1	19	90	4	62	12	10	7	69	1.37
66878197--66878251	22	2.4	21	82	14	65	50	18	0	30	1.47
66879220--66879251	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
66879221--66879251	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
66883673--66883704	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
66883674--66883704	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
66885436--66885466	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
66885433--66885472	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
66885822--66885854	15	2.2	15	94	0	57	24	24	18	33	1.97
66889372--66889483	27	4.1	27	79	7	120	15	22	23	39	1.91
66889372--66889483	54	2.1	54	84	3	145	15	22	23	39	1.91
66895939--66895983	22	2.1	22	83	4	56	8	24	2	64	1.34
66897229--66897339	27	4.1	27	80	7	118	15	21	23	39	1.91
66897229--66897339	54	2.1	54	84	3	143	15	21	23	39	1.91
66900197--66900270	37	2.0	37	89	0	112	20	29	16	33	1.94
66905074--66905204	66	2.0	66	100	0	262	36	24	3	35	1.74
66905902--66906068	43	3.9	43	79	6	178	32	24	13	28	1.94
66911695--66911803	29	3.8	29	78	8	114	25	29	16	28	1.97
66912032--66912076	8	5.6	8	81	0	54	11	24	15	48	1.77
66912024--66912077	24	2.3	23	90	6	90	11	22	18	48	1.79
66920488--66920584	40	2.4	39	84	5	115	24	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66922980--66923016	19	2.0	19	89	5	58	24	18	40	16	1.90
66923090--66923258	28	5.9	29	83	3	166	29	13	30	26	1.93
66945970--66946173	40	5.1	40	89	3	270	22	23	29	25	1.99
66961968--66962131	38	4.1	38	77	12	152	25	21	29	23	1.99
66961968--66962131	40	4.1	39	80	11	165	25	21	29	23	1.99
66975324--66975507	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
66975324--66975504	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
66975405--66975554	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
66983209--66983392	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
66983209--66983389	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
66983290--66983439	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
66984919--66985098	27	6.7	27	88	2	272	40	8	21	30	1.83
66985086--66985260	54	3.3	54	77	4	183	29	8	22	39	1.83
66985104--66985254	27	5.6	27	79	9	132	29	9	21	39	1.85
66984926--66985253	108	3.0	107	79	6	272	34	8	22	34	1.85
66985879--66986118	55	4.4	55	83	2	306	22	23	18	35	1.95
66985879--66986116	108	2.2	109	94	0	415	22	23	18	35	1.95
66986105--66986226	47	2.6	47	90	5	201	26	23	14	35	1.94
66993186--66993412	48	4.8	48	73	9	209	25	20	24	28	1.99
66994605--66994760	76	2.1	76	95	0	276	28	17	26	27	1.97
67003868--67003986	48	2.5	48	78	13	145	26	22	22	27	1.99
67006615--67006668	22	2.5	22	90	0	81	42	24	20	12	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67006851--67006972	41	3.0	41	91	0	190	27	30	22	19	1.98
67007211--67007421	27	7.8	27	81	6	203	29	9	19	42	1.82
67007429--67007497	27	2.6	26	88	6	104	30	20	17	31	1.95
67012738--67012830	42	2.2	42	84	7	118	30	26	15	27	1.96
67012783--67013059	48	5.8	48	91	0	428	28	26	19	25	1.98
67019611--67019664	28	2.0	27	82	7	65	46	3	1	48	1.30
67019647--67019690	22	2.0	22	86	0	61	43	0	2	54	1.12
67025227--67025278	27	2.0	26	84	3	68	32	21	28	17	1.96
67025931--67026019	27	3.3	27	90	3	133	24	17	21	35	1.95
67032600--67032659	27	2.3	26	82	2	66	36	20	20	23	1.95
67032698--67032749	27	2.0	26	84	3	68	32	21	28	17	1.96
67033396--67033460	27	2.4	27	79	2	69	23	20	20	36	1.95
67037343--67037440	46	2.1	46	96	0	178	38	14	22	24	1.91
67037404--67037475	35	2.1	35	94	0	126	38	18	20	22	1.93
67037358--67037521	81	2.0	81	96	0	301	37	15	23	23	1.93
67037438--67037697	46	5.7	46	87	0	342	41	15	23	20	1.90
67037983--67038015	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
67041239--67041336	43	2.3	43	79	11	103	28	16	24	30	1.96
67048176--67048344	43	4.0	42	76	10	155	23	19	28	28	1.98
67048575--67048658	41	2.0	41	100	0	168	20	9	19	51	1.74
67049912--67050010	28	3.4	27	69	20	74	27	27	19	26	1.99
67051533--67051588	25	2.3	24	73	14	60	62	0	35	1	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67054453--67054554	28	3.5	27	71	19	80	25	29	19	25	1.99
67054442--67054590	60	2.5	59	81	9	160	27	25	19	27	1.99
67062080--67062189	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
67075471--67075567	43	2.3	41	79	13	108	25	17	22	34	1.96
67086710--67086917	93	2.3	92	85	5	262	25	24	18	31	1.97
67086709--67086830	46	2.7	44	78	5	129	25	26	18	29	1.98
67089702--67089816	27	4.3	26	87	4	149	19	24	20	36	1.95
67100335--67100435	41	2.4	41	80	8	105	23	16	25	33	1.96
67104289--67104425	53	2.5	53	81	4	150	38	18	24	18	1.93
67111668--67111873	53	3.8	53	78	2	223	37	16	25	20	1.93
67113238--67113414	48	3.7	48	83	3	221	28	24	19	27	1.99
67114790--67114968	40	4.5	40	84	2	225	32	29	18	18	1.96
67119182--67119442	47	5.6	45	73	13	190	27	20	29	22	1.98
67119178--67119493	94	3.4	94	77	11	328	28	21	28	21	1.98
67123186--67123427	47	5.1	47	87	2	290	34	10	28	26	1.90
67123215--67123286	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
67123350--67123533	98	1.9	96	91	4	298	36	6	26	29	1.82
67123349--67123533	48	3.8	48	87	5	282	36	6	26	30	1.82
67123679--67123787	37	2.9	37	93	0	182	22	18	31	27	1.97
67130340--67130539	48	4.2	48	86	1	258	26	24	21	28	1.99
67132332--67132394	23	3.0	20	70	17	56	50	0	0	49	1.00
67132342--67132391	16	3.1	15	82	8	55	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67133869--67133983	29	4.0	29	82	6	128	29	28	14	26	1.95
67133860--67133968	58	1.9	57	84	1	146	29	30	14	25	1.95
67135319--67135350	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
67150011--67150131	50	2.4	52	85	2	174	38	14	16	31	1.88
67152426--67152469	22	2.0	22	90	0	70	40	0	4	54	1.21
67154459--67154497	19	2.1	18	86	13	53	46	30	0	23	1.53
67162308--67162366	28	2.1	27	81	9	66	44	0	13	42	1.44
67164461--67164490	16	1.9	16	93	6	53	20	0	13	66	1.24
67164849--67164878	16	1.9	16	93	6	53	20	0	13	66	1.24
67165191--67165451	131	2.0	131	84	3	337	29	14	16	39	1.89
67166824--67166875	20	2.6	20	96	0	95	9	26	23	40	1.85
67169242--67169288	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
67172396--67172545	41	3.7	41	83	1	203	28	28	22	21	1.99
67176323--67176369	21	2.2	21	88	7	69	27	2	21	48	1.61
67176331--67176372	21	2.0	21	100	0	84	23	4	19	52	1.65
67178506--67178605	39	2.6	38	82	7	114	55	6	4	35	1.43
67189843--67189899	26	2.2	26	100	0	114	40	24	7	28	1.81
67189884--67189914	15	2.1	15	100	0	62	54	19	0	25	1.44
67191803--67192040	119	2.0	119	99	0	467	44	11	29	13	1.79
67199036--67199180	40	3.6	40	84	4	184	24	26	24	25	2.00
67200367--67200442	38	2.0	38	97	0	143	32	23	11	31	1.91
67216181--67216314	54	2.4	54	84	9	155	26	18	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67217764--67217988	40	5.6	39	84	7	281	26	27	22	23	2.00
67217764--67217988	83	2.8	80	87	4	326	26	27	22	23	2.00
67219766--67219970	46	4.5	46	94	1	313	40	14	23	21	1.90
67224818--67224871	21	2.5	21	88	8	74	40	5	31	22	1.77
67237174--67237280	52	2.1	52	85	5	146	37	17	12	32	1.87
67245092--67245190	33	3.0	33	86	0	144	17	8	40	34	1.79
67251072--67251122	22	2.4	22	86	3	68	50	23	7	17	1.72
67251083--67251133	22	2.3	22	93	0	84	49	15	9	25	1.75
67253492--67253532	14	2.9	14	89	7	57	82	2	12	2	0.86
67256456--67256511	25	2.2	25	87	6	78	39	12	7	41	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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