genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29626781--29626859	31	2.5	31	89	0	122	26	24	18	30	1.98
29626883--29626974	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
29627119--29627268	26	5.8	26	85	0	212	28	21	22	28	1.99
29627119--29627268	52	2.9	52	93	1	239	28	21	22	28	1.99
29628070--29628153	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
29628192--29628253	27	2.3	27	77	0	52	35	11	19	33	1.87
29628215--29628266	27	1.9	27	84	7	70	38	9	11	40	1.74
29628302--29628430	27	4.8	27	83	2	161	30	8	20	41	1.82
29628305--29628444	54	2.6	54	85	4	192	30	8	21	39	1.83
29628192--29628444	81	3.1	80	71	6	204	32	9	19	39	1.83
29628223--29628498	27	10.1	27	78	7	128	33	8	19	38	1.82
29628305--29628509	54	3.8	54	79	3	162	35	8	20	36	1.83
29628422--29628687	27	9.9	27	88	3	329	39	9	24	27	1.85
29628666--29628788	54	2.3	54	80	4	140	30	8	20	39	1.83
29628676--29628760	27	3.1	27	83	3	109	30	10	21	37	1.87
29628693--29628792	27	3.7	27	83	1	101	35	8	17	40	1.78
29633914--29634059	36	4.1	37	88	7	219	27	30	17	23	1.97
29634264--29634448	47	3.9	47	90	0	280	27	27	11	33	1.92
29634357--29634432	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
29638215--29638264	25	2.0	25	84	7	66	26	32	12	30	1.92
29638440--29638939	40	12.6	40	94	0	842	24	29	23	23	1.99
29640215--29640358	36	4.0	36	93	1	236	27	31	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29640215--29640358	71	2.0	72	91	1	236	27	31	17	24	1.97
29640565--29640749	47	3.9	47	91	0	289	26	28	11	33	1.92
29640658--29640733	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
29658665--29658784	44	2.8	43	79	10	122	23	18	25	32	1.97
29660346--29660581	50	4.7	50	79	7	230	25	16	25	31	1.96
29660346--29660581	101	2.4	100	83	4	280	25	16	25	31	1.96
29660670--29660721	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
29667891--29668039	43	3.5	43	78	9	135	24	22	23	29	1.99
29671807--29671967	86	1.9	85	84	6	218	24	18	25	31	1.98
29671804--29671967	43	3.8	43	78	12	192	25	18	25	30	1.98
29672897--29672921	13	1.9	13	100	0	50	24	24	24	28	2.00
29673196--29673245	23	2.1	24	92	3	84	26	14	6	54	1.63
29674709--29674785	24	3.2	24	83	5	93	18	22	19	40	1.92
29689537--29689628	7	12.7	7	91	3	130	29	0	1	69	0.95
29689536--29689628	37	2.6	36	88	6	134	29	0	1	69	0.95
29690214--29690312	22	4.6	21	67	20	62	46	28	1	24	1.59
29690281--29690325	14	3.2	14	87	0	63	48	28	0	22	1.50
29690419--29690525	7	15.0	7	73	10	74	40	38	0	21	1.54
29690420--29690512	29	3.2	28	76	14	91	40	36	0	22	1.54
29690439--29690525	36	2.4	36	83	5	106	40	39	0	20	1.53
29691323--29691503	88	2.1	88	81	8	208	32	18	12	36	1.89
29696527--29696597	35	2.0	35	88	0	106	43	21	7	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29696799--29696877	41	1.9	41	87	5	115	30	34	24	11	1.90
29704829--29704928	28	3.6	28	86	0	146	30	31	12	27	1.92
29704918--29705050	40	3.3	40	80	7	137	30	27	17	24	1.97
29706499--29706533	18	1.9	18	94	0	61	31	14	20	34	1.92
29706857--29706902	19	2.3	20	92	3	76	47	15	10	26	1.78
29706886--29706923	14	2.7	14	84	11	51	39	10	5	44	1.61
29707466--29707589	47	2.6	47	83	0	140	33	25	16	23	1.96
29711737--29711778	22	2.0	22	90	4	68	11	40	26	21	1.88
29720858--29720937	15	5.4	15	70	18	60	61	11	15	12	1.57
29731966--29732138	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	29	1.99
29731963--29732133	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
29738265--29738312	24	2.0	23	84	8	60	58	0	6	35	1.23
29753301--29753514	46	4.6	46	77	8	202	27	19	27	26	1.99
29754502--29754567	28	2.4	28	94	0	114	24	22	37	15	1.92
29754718--29754758	22	1.9	22	95	5	75	14	43	24	17	1.86
29760865--29761040	94	1.9	92	83	4	221	27	19	27	26	1.99
29764488--29764561	34	2.1	35	85	7	98	48	2	1	47	1.24
29766389--29766425	17	2.2	17	90	0	56	54	0	2	43	1.14
29766391--29766438	23	2.0	25	88	12	73	50	0	4	45	1.21
29766690--29766719	13	2.3	13	94	0	51	30	10	20	40	1.85
29769540--29769849	90	3.4	91	86	8	455	49	9	10	30	1.68
29769540--29769849	97	3.4	90	86	9	435	49	9	10	30	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29773168--29773299	47	2.8	48	87	1	185	34	29	15	19	1.93
29780621--29780697	27	2.8	28	88	3	113	37	15	16	29	1.90
29791012--29791041	15	2.0	15	93	0	51	23	26	10	40	1.86
29801589--29802017	215	2.0	215	99	0	840	36	24	12	27	1.91
29804424--29804497	12	6.5	12	74	20	61	1	22	2	72	1.04
29804424--29804497	34	2.2	34	83	9	89	1	22	2	72	1.04
29810606--29810656	21	2.4	21	86	0	66	25	19	15	39	1.91
29816254--29816314	25	2.4	25	81	5	70	26	14	22	36	1.93
29821826--29821879	21	2.5	22	81	3	65	14	31	33	20	1.93
29839594--29839740	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
29839640--29839820	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
29839637--29839820	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
29847375--29847480	39	2.7	40	82	7	110	25	27	20	26	1.99
29847421--29847600	79	2.3	80	83	10	219	28	27	21	23	1.99
29847418--29847600	40	4.6	40	79	8	178	28	26	20	23	1.99
29853181--29853252	20	3.6	20	98	0	135	16	31	36	15	1.90
29855792--29855877	44	2.0	44	86	4	120	37	26	17	18	1.93
29860694--29860866	68	2.6	65	78	11	174	32	14	26	27	1.95
29860851--29860986	51	2.8	49	86	3	184	26	19	25	28	1.99
29865745--29865784	20	2.0	20	100	0	80	40	0	5	55	1.22
29871459--29871487	2	14.5	2	100	0	58	0	0	51	48	1.00
29873256--29873315	23	2.6	23	84	10	79	48	1	0	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29873271--29873324	13	4.5	13	75	17	62	48	1	0	50	1.11
29873256--29873315	22	2.6	23	87	10	79	48	1	0	50	1.11
29873375--29873411	19	1.9	19	88	0	56	43	2	0	54	1.14
29873733--29873788	29	2.0	29	89	10	89	23	1	3	71	1.11
29879997--29880096	21	5.0	21	74	14	54	73	2	17	8	1.17
29880027--29880096	4	17.0	4	75	21	65	71	1	22	4	1.12
29880022--29880094	17	4.1	17	75	19	69	72	1	20	5	1.12
29883630--29883769	40	3.5	40	75	12	137	27	20	24	28	1.99
29885897--29885922	7	3.7	7	100	0	52	30	26	0	42	1.56
29887573--29887628	19	2.9	19	94	0	103	37	1	37	23	1.65
29887674--29887732	31	1.9	31	96	0	109	35	0	37	27	1.57
29891270--29891308	19	2.1	19	85	0	51	48	10	5	35	1.59
29894688--29894767	25	3.2	25	80	5	74	23	25	17	33	1.96
29899854--29899879	8	3.2	8	100	0	52	26	26	0	46	1.53
29901375--29901459	43	2.0	43	92	0	143	28	30	20	21	1.98
29916435--29916489	23	2.5	22	82	8	58	67	7	1	23	1.26
29916632--29916907	147	1.9	146	82	6	344	54	8	9	27	1.62
29917133--29917221	40	2.2	40	91	0	142	30	11	14	43	1.80
29921358--29921389	16	2.0	16	100	0	64	43	18	12	25	1.85
29926237--29926297	29	2.1	28	87	3	86	60	3	1	34	1.23
29926167--29926574	9	43.6	9	67	19	76	58	3	2	36	1.27
29926505--29926572	21	3.3	21	74	22	65	58	1	0	39	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29926772--29926796	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
29933729--29933821	26	3.5	26	76	2	87	47	5	20	26	1.72
29934236--29934270	18	1.9	18	88	0	52	54	2	20	22	1.58
29936170--29936213	16	2.9	15	75	18	54	56	9	0	34	1.31
29936286--29936320	6	5.8	6	96	0	61	17	28	0	54	1.43
29938939--29938972	12	2.9	12	91	4	52	70	0	0	29	0.87
29939013--29939130	38	3.0	39	81	7	141	44	6	10	38	1.65
29939675--29939706	15	2.1	15	100	0	64	28	18	6	46	1.73
29944878--29945036	42	3.8	42	81	9	164	29	22	15	32	1.94
29955840--29956003	42	3.9	42	82	4	179	28	22	17	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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