genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22310218--22310455	27	8.9	27	79	7	234	31	7	18	42	1.79
22310191--22310461	54	5.0	53	78	7	260	30	8	18	42	1.80
22310190--22310455	81	3.3	81	80	4	286	31	8	18	41	1.80
22310728--22310797	35	2.0	35	100	0	140	22	34	25	17	1.96
22316115--22316246	48	2.8	48	85	2	176	19	15	28	35	1.93
22324993--22325018	9	2.9	9	100	0	52	46	7	11	34	1.69
22333161--22333206	20	2.3	20	100	0	92	47	8	10	32	1.69
22336573--22336632	30	2.0	30	86	0	84	30	25	5	40	1.77
22336733--22336761	13	2.2	13	100	0	58	31	6	20	41	1.79
22346598--22346687	34	2.6	34	85	1	108	28	22	24	24	1.99
22350967--22351006	21	1.9	21	85	10	55	37	5	25	32	1.77
22352314--22352397	39	2.2	39	95	0	150	28	20	26	25	1.99
22368722--22368762	19	2.3	19	87	8	59	12	26	43	17	1.84
22371376--22371417	13	3.2	13	86	3	57	54	14	2	28	1.52
22372831--22372870	20	1.9	22	90	10	66	40	12	7	40	1.71
22379879--22379948	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
22379879--22379976	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
22384227--22384266	20	1.9	22	90	10	66	40	12	7	40	1.71
22390761--22390812	20	2.6	20	96	0	95	15	30	32	21	1.94
22403542--22403574	16	2.0	17	88	5	50	48	6	12	33	1.65
22413663--22413699	5	7.6	5	93	6	67	18	0	0	81	0.70
22414336--22414390	16	3.4	16	73	16	51	12	10	7	69	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22415459--22415492	15	2.2	16	89	5	52	50	0	5	44	1.26
22415602--22415632	3	10.0	3	93	6	53	64	0	3	32	1.09
22415631--22415669	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
22416584--22416633	24	2.1	24	96	0	91	42	0	6	52	1.26
22429643--22429779	49	2.7	50	80	6	134	21	23	16	37	1.93
22429690--22429896	53	3.8	54	79	6	222	23	23	17	36	1.95
22431465--22431690	46	4.8	48	77	13	186	26	16	30	25	1.97
22431603--22431729	50	2.6	50	84	10	163	28	18	26	25	1.98
22439678--22439711	13	2.5	13	90	4	50	0	44	0	55	0.99
22439814--22439852	6	6.5	6	96	0	60	5	0	10	84	0.76
22446299--22446470	67	2.6	66	83	7	179	32	16	28	22	1.96
22449735--22449771	16	2.3	16	100	0	74	24	13	10	51	1.73
22451326--22451497	46	3.7	46	75	13	190	29	27	20	22	1.99
22451331--22451501	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
22451922--22451981	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
22458273--22458332	31	1.9	31	100	0	120	30	26	25	18	1.98
22458223--22458378	78	2.0	77	86	8	219	29	26	21	21	1.99
22463042--22463166	29	4.3	29	83	1	153	28	29	16	26	1.96
22480317--22480479	43	3.8	42	78	11	161	35	28	15	20	1.93
22487760--22487888	43	3.0	42	80	3	150	34	25	17	21	1.96
22493431--22493806	48	7.9	48	82	5	411	26	26	18	29	1.98
22493431--22493806	96	3.9	96	87	1	470	26	26	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22493494--22493806	144	2.2	144	89	0	464	27	25	17	29	1.97
22497426--22497519	48	2.0	48	87	8	138	18	13	27	40	1.88
22499962--22500007	23	2.0	23	100	0	92	13	13	30	43	1.81
22502903--22502946	23	1.9	23	86	9	63	52	11	0	36	1.38
22509331--22509387	28	2.0	28	82	0	69	33	14	26	26	1.94
22524099--22524420	46	7.0	46	94	0	545	22	23	15	37	1.93
22526227--22526274	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
22527489--22527600	43	2.6	42	79	9	129	31	25	12	31	1.92
22531395--22531523	68	1.9	68	86	0	186	33	18	23	24	1.97
22533867--22533916	25	2.0	25	100	0	100	24	8	24	44	1.80
22537479--22537525	22	2.1	22	88	0	67	42	14	6	36	1.72
22545067--22545239	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
22545064--22545234	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
22545464--22545501	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
22551502--22551724	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
22551500--22551724	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
22559397--22559619	40	5.7	40	85	7	287	25	27	21	24	1.99
22559399--22559619	117	1.9	119	83	7	290	25	27	22	24	2.00
22563666--22563835	46	3.7	46	79	10	184	23	20	27	29	1.99
22563660--22563830	93	1.8	93	89	0	270	22	20	27	29	1.99
22564055--22564092	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
22589871--22589912	22	1.9	22	85	9	59	38	11	7	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22600867--22600900	16	2.1	16	100	0	68	32	14	5	47	1.69
22600874--22600962	45	2.0	44	95	2	160	37	15	6	40	1.74
22605841--22605960	45	2.7	45	80	2	161	23	15	28	33	1.94
22612812--22612871	22	2.6	23	87	10	79	28	15	30	26	1.96
22617482--22617538	28	2.0	28	100	0	114	36	28	10	24	1.88
22629635--22629816	72	2.5	71	85	3	247	33	28	15	23	1.95
22633671--22633723	25	2.0	26	82	13	65	30	5	0	64	1.17
22643319--22643366	26	1.9	26	87	8	73	60	10	8	20	1.55
22646947--22647028	41	2.0	41	95	0	146	24	7	24	43	1.79
22650173--22650303	68	1.9	68	88	0	199	28	9	21	40	1.85
22651661--22651768	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
22660090--22660144	28	2.0	28	82	7	67	32	0	23	43	1.54
22667471--22667525	28	2.0	28	82	7	67	32	0	23	43	1.54
22671078--22671133	23	2.4	23	82	5	60	25	12	19	42	1.86
22671579--22671752	90	2.0	88	82	4	215	35	18	11	34	1.87
22671757--22671845	36	2.4	37	77	7	92	61	0	6	31	1.22
22671829--22671881	21	2.5	21	87	6	72	45	1	3	49	1.31
22671905--22671941	19	1.9	19	88	0	56	32	13	8	45	1.73
22672112--22672170	9	6.8	8	76	14	55	35	5	0	59	1.20
22672147--22672216	20	3.6	21	75	11	69	34	1	0	64	1.03
22672131--22672211	39	2.0	40	83	2	101	30	3	0	65	1.10
22672140--22672212	30	2.4	31	82	15	91	31	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22679143--22679236	46	2.0	46	100	0	188	34	6	4	55	1.45
22681162--22681201	16	2.7	14	85	11	53	55	0	2	42	1.13
22683059--22683129	27	2.6	27	77	0	79	14	23	22	39	1.91
22683151--22683184	14	2.4	14	95	0	59	17	17	14	50	1.79
22685821--22685845	9	2.8	9	100	0	50	56	20	12	12	1.67
22688975--22689013	20	2.0	20	84	0	51	41	15	5	38	1.69
22692862--22692906	14	3.5	13	85	8	56	44	0	6	48	1.29
22692871--22692924	14	4.0	13	83	7	63	46	0	3	50	1.19
22695122--22695167	23	2.0	23	100	0	92	21	26	8	43	1.81
22697432--22697471	21	1.9	21	89	0	62	47	0	15	37	1.45
22697679--22697730	25	2.1	24	82	10	61	21	21	19	38	1.94
22708132--22708270	43	2.9	47	77	13	151	30	29	17	23	1.97
22708180--22708298	43	2.8	43	80	3	125	31	33	15	19	1.93
22716101--22716185	43	2.0	43	88	4	127	28	31	18	21	1.97
22718176--22718254	39	2.1	38	87	2	113	31	21	21	25	1.98
22726477--22726530	26	2.1	26	89	0	81	38	12	24	24	1.90
22727832--22727871	21	1.9	21	89	0	62	47	0	17	35	1.48
22728023--22728090	30	2.3	30	100	0	136	32	5	13	48	1.66
22728023--22728105	30	2.7	30	90	5	105	33	7	10	48	1.66
22734127--22734243	44	2.7	44	76	4	130	29	25	20	23	1.99
22741290--22741336	23	2.0	23	100	0	94	40	17	17	25	1.90
22750346--22750414	25	2.8	25	72	22	65	33	20	21	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22750339--22750472	23	5.6	24	75	16	84	32	20	20	25	1.97
22750396--22750497	24	4.3	23	80	10	100	35	17	23	23	1.95
22754636--22754783	48	3.1	48	92	0	242	29	24	8	37	1.84
22755995--22756038	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
22757481--22757703	40	5.7	40	86	6	262	24	27	22	25	2.00
22757481--22757703	117	1.9	120	82	8	287	24	27	22	25	2.00
22765450--22765634	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
22765431--22765634	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
22768066--22768182	40	3.0	39	88	7	175	26	29	23	20	1.99
22770085--22770232	48	3.1	48	91	0	233	29	23	8	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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