genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13243530--13243685	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
13243526--13243706	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
13246593--13246645	27	2.0	27	85	3	72	35	22	24	16	1.95
13247363--13247558	81	2.4	81	82	3	223	25	16	20	38	1.93
13247363--13247562	27	7.4	27	80	0	202	25	17	20	38	1.93
13248734--13248945	94	2.3	92	81	6	232	29	18	26	25	1.98
13265793--13265819	12	2.2	12	100	0	54	22	29	29	18	1.97
13279653--13279697	18	2.4	19	81	3	56	66	2	15	15	1.35
13284362--13284392	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
13285150--13285187	17	2.1	19	90	9	62	26	13	5	55	1.59
13285569--13285594	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
13289668--13289751	3	29.0	3	72	20	63	27	1	0	71	0.93
13289663--13289753	20	4.2	23	73	21	72	28	1	0	70	0.95
13289668--13289751	12	6.2	14	76	13	79	27	1	0	71	0.93
13289653--13289745	44	2.2	41	86	5	123	25	2	0	72	0.96
13291237--13291261	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
13291857--13291887	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
13291853--13291917	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
13291913--13291944	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
13292658--13292695	17	2.1	19	90	9	62	26	13	5	55	1.59
13293076--13293101	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
13306536--13306611	39	2.0	38	82	7	91	26	27	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13307766--13307791	9	2.9	9	100	0	52	57	7	0	34	1.27
13307785--13307821	18	2.1	18	89	0	56	54	2	0	43	1.14
13307859--13307892	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
13309301--13309471	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
13309293--13309468	46	3.8	46	79	12	216	29	28	20	21	1.98
13311072--13311154	3	28.0	3	77	11	73	60	4	1	33	1.26
13318760--13318800	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
13319352--13319382	15	2.1	15	100	0	62	51	12	0	35	1.40
13320177--13320212	18	2.0	18	88	0	54	52	2	0	44	1.15
13320265--13320298	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
13323590--13323703	27	4.3	26	81	8	131	38	22	21	16	1.93
13323590--13323703	54	2.1	53	85	4	149	38	22	21	16	1.93
13325130--13325203	24	3.1	24	94	0	121	21	41	5	31	1.76
13330316--13330424	27	4.0	26	81	8	119	38	22	22	17	1.93
13331858--13331931	24	3.1	24	94	0	121	21	41	5	31	1.76
13334335--13334366	17	1.9	16	93	6	55	0	34	3	62	1.11
13334790--13334824	18	1.9	18	88	0	52	48	20	8	22	1.76
13342585--13342628	21	2.1	21	83	8	54	38	29	6	25	1.81
13345005--13345152	64	2.3	64	78	2	145	25	20	27	26	1.99
13348216--13348262	13	3.6	13	76	0	58	10	29	36	23	1.89
13348208--13348265	26	2.2	26	96	0	107	17	29	34	18	1.94
13353649--13353765	31	3.8	31	93	1	191	24	26	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13353970--13354029	26	2.4	23	75	21	59	28	21	18	31	1.97
13353986--13354078	26	3.7	26	85	5	113	25	23	23	26	2.00
13360841--13360908	26	2.7	27	80	13	74	36	0	1	61	1.05
13360841--13360890	22	2.2	24	85	7	68	36	0	0	64	0.94
13361224--13361264	14	3.0	13	86	10	55	82	0	14	2	0.76
13361217--13361258	17	2.5	17	85	11	59	78	0	19	2	0.86
13366529--13366576	23	2.1	23	96	0	87	27	16	14	41	1.87
13367598--13367632	13	2.7	13	95	0	61	57	31	11	0	1.34
13369517--13369635	60	2.0	60	98	0	229	32	0	13	53	1.40
13369831--13370102	101	2.7	102	90	5	419	27	0	17	54	1.46
13370102--13370131	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
13371603--13371800	27	7.3	27	89	2	272	28	25	7	38	1.83
13371603--13371800	81	2.4	81	91	1	308	28	25	7	38	1.83
13371799--13371928	27	4.8	27	82	2	145	38	20	11	29	1.88
13374581--13374684	55	1.9	55	89	0	163	19	15	28	36	1.92
13374630--13374744	41	2.9	40	85	3	144	19	17	27	35	1.94
13374636--13374762	38	3.3	38	83	3	146	18	18	26	35	1.95
13374636--13374778	38	3.7	38	82	2	142	20	18	26	34	1.96
13377763--13377803	11	3.6	12	77	12	50	43	0	9	46	1.36
13379610--13379654	23	2.0	23	86	0	63	20	2	8	68	1.27
13393508--13393538	7	4.4	7	91	0	53	19	51	0	29	1.47
13400632--13400857	48	4.7	48	80	3	247	28	19	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13400632--13400808	96	1.8	96	95	0	318	27	18	27	26	1.98
13407228--13407557	48	6.9	48	78	1	347	28	19	27	25	1.99
13407229--13407501	95	2.9	96	93	1	449	27	18	27	26	1.98
13409291--13409352	31	2.0	31	100	0	124	25	9	19	45	1.81
13410981--13411023	19	2.4	19	84	7	54	9	25	23	41	1.84
13412961--13413039	31	2.5	31	95	0	140	26	24	18	30	1.98
13413063--13413152	41	2.2	41	88	6	137	38	21	10	30	1.86
13413297--13413366	26	2.6	27	90	2	106	27	22	24	25	2.00
13413404--13413434	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
13413510--13413594	43	2.0	43	95	4	154	40	30	14	15	1.86
13414232--13414294	27	2.3	27	79	15	76	20	15	25	38	1.92
13414341--13414604	27	9.7	27	78	7	169	31	7	20	40	1.80
13414312--13414615	54	5.6	54	75	6	220	31	8	21	38	1.83
13414397--13414615	27	8.1	27	80	4	183	31	7	21	39	1.82
13419112--13419161	21	2.4	21	79	0	55	38	6	30	26	1.80
13419604--13419636	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
13422246--13422291	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
13422737--13422959	92	2.3	94	80	6	245	28	19	29	22	1.98
13426249--13426377	46	2.8	46	83	4	161	24	20	31	23	1.98
13432402--13432431	4	7.5	4	100	0	60	26	0	0	73	0.84
13433408--13433483	36	2.1	36	97	0	143	47	0	6	46	1.28
13433523--13433586	26	2.5	26	77	12	69	46	0	1	51	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13443496--13443671	54	3.3	54	80	4	162	18	26	28	26	1.98
13455809--13455856	26	1.9	25	84	16	64	31	8	22	37	1.84
13463868--13463983	42	2.8	42	81	2	126	30	25	16	27	1.97
13471005--13471044	20	2.0	20	100	0	80	30	5	20	45	1.72
13478085--13478135	26	2.0	26	84	0	66	19	21	21	37	1.95
13482943--13483163	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
13482983--13483163	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
13482980--13483163	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
13490847--13491067	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
13490887--13491067	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
13490884--13491067	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
13500792--13500858	36	2.0	32	83	13	82	19	17	23	38	1.93
13501482--13501518	13	2.8	13	83	0	56	16	13	8	62	1.54
13503447--13503502	29	1.9	29	96	0	103	39	16	8	35	1.80
13505107--13505201	45	2.1	45	94	0	163	41	26	11	21	1.87
13506369--13506610	50	4.8	50	81	2	250	33	25	15	25	1.95
13506361--13506561	101	2.0	101	89	0	303	31	25	17	24	1.97
13518211--13518292	30	2.7	30	76	0	92	28	25	18	28	1.98
13519627--13519670	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
13519690--13519731	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
13519694--13519730	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
13519749--13519819	15	4.6	15	72	16	56	49	1	1	47	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13522959--13523002	18	2.5	17	82	10	52	40	0	4	54	1.21
13522971--13523014	18	2.4	18	84	3	61	36	0	2	61	1.09
13525742--13525795	28	1.9	28	96	0	99	27	11	1	59	1.42
13534002--13534635	70	9.1	70	83	2	700	31	22	17	28	1.97
13534002--13534635	210	3.0	210	87	1	844	31	22	17	28	1.97
13538331--13538365	3	11.7	3	87	0	52	40	0	0	60	0.97
13538522--13538584	22	2.7	23	79	16	67	33	9	6	50	1.60
13539000--13539076	25	3.0	25	71	1	64	32	11	7	48	1.68
13541044--13541079	7	5.1	7	90	10	56	38	0	0	61	0.96
13541044--13541079	13	2.6	13	91	8	54	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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