genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89224277--89224722	128	3.5	128	75	6	452	19	32	29	19	1.96
89234548--89234652	42	2.5	43	90	4	160	20	31	30	17	1.96
89234719--89235620	43	21.2	43	80	3	869	17	31	30	19	1.95
89234686--89235620	170	5.5	170	78	6	874	17	31	31	19	1.95
89234671--89235773	43	25.9	42	74	10	315	17	30	31	20	1.95
89234679--89235727	170	6.2	170	74	7	700	17	30	31	20	1.96
89247665--89247796	42	3.1	43	81	8	110	21	28	31	18	1.97
89247695--89247829	43	3.2	43	86	1	191	18	28	32	20	1.96
89247938--89248943	43	23.7	43	80	3	1011	16	31	32	18	1.94
89247890--89248851	170	5.7	171	82	4	1022	16	32	32	18	1.93
89254367--89254409	23	1.9	23	90	4	70	44	4	11	39	1.62
89256064--89256089	5	5.2	5	100	0	52	19	38	19	23	1.93
89255854--89256321	192	2.5	191	88	4	675	21	24	23	30	1.99
89257216--89257277	24	2.6	25	82	7	74	4	33	35	25	1.78
89261165--89261284	43	2.8	42	72	7	100	21	20	28	30	1.98
89268265--89268289	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
89268661--89268778	42	2.7	43	82	11	125	22	21	26	30	1.98
89278137--89278276	56	2.5	56	86	5	210	28	15	24	32	1.95
89278137--89278304	56	3.0	55	84	6	169	28	14	25	32	1.94
89297521--89297642	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
89297493--89298040	47	11.6	47	93	2	823	28	29	8	32	1.88
89297493--89298040	143	3.9	141	91	2	830	28	29	8	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89299494--89299613	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
89302137--89302210	28	2.6	28	91	4	114	31	25	14	28	1.95
89310102--89310176	29	2.6	29	93	2	125	32	25	14	28	1.95
89312053--89312249	40	4.9	40	89	0	268	26	26	21	24	2.00
89312052--89312367	40	7.9	41	81	5	258	25	26	22	25	2.00
89312053--89312287	120	2.0	119	82	2	292	25	27	22	24	2.00
89312224--89312367	39	3.6	40	79	7	141	25	27	22	25	2.00
89314675--89314796	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
89314647--89315195	47	11.6	47	93	3	861	28	29	8	33	1.87
89314647--89315195	192	2.9	189	92	3	890	28	29	8	33	1.87
89316643--89316762	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
89317219--89317274	28	2.0	28	96	0	103	42	19	7	30	1.78
89323797--89324011	64	3.3	65	79	10	224	23	30	16	29	1.96
89323797--89324049	68	3.9	64	78	10	181	24	30	16	28	1.97
89329016--89329321	47	6.4	47	90	3	450	31	11	30	26	1.92
89329016--89329360	141	2.4	140	85	3	433	31	11	30	26	1.92
89329334--89329460	46	2.7	46	83	1	155	35	8	30	25	1.86
89329642--89329752	37	3.0	37	93	0	186	22	18	30	28	1.97
89330953--89330979	14	1.9	14	100	0	54	37	22	18	22	1.95
89349100--89349163	31	2.1	31	84	0	83	26	21	14	37	1.92
89349371--89349594	23	9.4	24	84	4	276	29	20	19	30	1.97
89349378--89349594	47	4.6	47	85	2	292	29	19	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89349643--89349709	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
89349643--89349698	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
89349746--89349793	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
89350956--89351048	27	3.5	25	78	10	87	20	23	20	35	1.96
89351100--89351151	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
89351183--89351300	27	4.3	27	72	7	96	32	10	21	36	1.87
89351280--89351464	27	6.9	27	86	2	237	39	10	23	26	1.87
89351254--89351464	81	2.6	81	82	3	192	39	9	22	27	1.86
89351280--89351491	81	2.6	81	83	0	217	37	9	24	28	1.87
89354975--89355006	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
89393089--89393122	17	2.0	17	94	0	59	50	0	17	32	1.47
89394280--89394328	22	2.2	20	77	19	53	20	4	26	48	1.67
89396541--89396754	40	5.3	40	88	2	261	24	23	26	25	2.00
89399855--89399913	20	3.0	20	82	0	64	30	10	13	45	1.76
89408328--89408581	27	9.4	27	86	1	294	29	24	7	39	1.81
89408580--89408735	54	2.9	54	82	3	172	39	19	10	29	1.86
89408613--89408762	81	1.9	81	86	8	216	42	20	8	29	1.81
89408613--89408818	54	3.8	54	79	6	166	41	19	8	30	1.80
89408613--89408738	27	4.7	27	88	3	182	40	22	7	29	1.82
89408729--89408818	27	3.3	27	80	14	103	43	17	7	31	1.78
89408878--89408944	27	2.5	27	79	11	68	37	17	22	22	1.94
89409755--89409878	26	4.8	26	89	1	187	26	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89409755--89409878	52	2.4	52	95	1	223	26	21	23	28	1.99
89410023--89410114	42	2.2	42	94	0	157	29	13	21	35	1.91
89410138--89410245	31	3.5	31	92	0	180	32	19	21	26	1.97
89411250--89411299	16	3.3	15	89	10	75	48	0	6	46	1.27
89411765--89411811	25	1.9	25	86	4	69	74	0	14	10	1.07
89417750--89417798	16	3.2	15	86	11	64	46	0	6	46	1.27
89421931--89421963	17	1.9	17	100	0	66	18	21	12	48	1.80
89424897--89425084	49	3.8	49	82	2	241	28	26	19	26	1.98
89424902--89425089	100	1.9	100	92	0	313	28	26	20	25	1.99
89427543--89427607	15	4.4	15	75	22	66	63	12	13	10	1.53
89430614--89430801	49	3.8	49	80	2	232	27	26	19	26	1.99
89430619--89430806	100	1.9	100	94	0	331	27	26	20	25	1.99
89435026--89435148	62	2.0	62	91	0	201	34	23	17	24	1.96
89439577--89439663	43	2.0	43	100	0	174	36	22	6	33	1.81
89446460--89446485	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
89446583--89446621	21	1.9	20	84	5	51	0	28	15	56	1.40
89449432--89449778	27	12.8	26	77	9	279	31	10	18	39	1.85
89449407--89449778	54	6.9	53	77	7	327	30	11	18	39	1.85
89449407--89449778	81	4.6	81	78	6	342	30	11	18	39	1.85
89452871--89452897	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
89461752--89461829	29	2.7	28	82	11	95	24	15	32	28	1.95
89461807--89462079	144	1.9	145	93	0	476	30	15	23	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89471397--89471589	27	7.1	27	74	18	96	30	27	15	27	1.96
89471397--89471511	26	4.2	28	78	13	105	29	27	15	26	1.96
89471438--89471589	54	2.8	53	78	9	157	28	28	15	26	1.96
89471438--89471589	27	5.6	27	78	10	132	28	28	15	26	1.96
89483381--89483456	28	2.7	28	80	19	95	25	14	31	28	1.95
89485334--89485539	27	7.6	27	84	4	198	29	29	15	26	1.96
89485334--89485538	55	3.8	54	83	4	250	29	29	15	25	1.96
89485388--89485538	82	1.9	81	87	1	221	27	28	17	27	1.97
89493480--89493684	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
89493480--89493683	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
89493534--89493683	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
89497733--89497824	24	3.8	24	91	1	148	33	5	39	21	1.77
89499753--89499822	35	2.0	35	88	0	104	28	22	8	40	1.84
89501221--89501314	40	2.3	40	92	0	143	29	18	21	30	1.97
89501337--89501438	39	2.4	43	82	14	158	33	11	27	27	1.92
89503257--89503297	20	2.0	22	85	9	59	48	14	4	31	1.65
89515278--89515444	27	6.2	27	80	2	174	27	19	10	42	1.84
89515279--89515444	54	3.1	54	82	3	208	27	18	10	42	1.84
89515278--89515444	81	2.1	81	82	4	212	27	19	10	42	1.84
89515456--89515607	81	1.9	80	84	1	205	36	17	19	25	1.94
89515449--89515607	27	5.9	27	84	0	185	37	17	18	26	1.93
89515816--89515898	27	3.1	26	84	5	103	19	20	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89515986--89516044	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
89516209--89516282	27	2.8	27	78	10	80	17	24	21	36	1.95
89516400--89516499	6	16.5	6	68	17	64	19	16	14	51	1.77
89516400--89516499	30	3.3	29	86	6	137	19	16	14	51	1.77
89524012--89524113	50	2.0	50	94	0	177	50	10	3	34	1.55
89534194--89534241	17	2.8	17	77	0	51	39	6	6	47	1.54
89536466--89536581	58	2.0	57	96	1	214	38	13	9	37	1.78
89537217--89537265	6	8.7	6	82	13	68	81	0	2	16	0.78
89537224--89537277	15	3.5	15	84	5	72	81	1	1	14	0.86
89537218--89537268	21	2.4	22	93	3	86	82	0	1	15	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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