genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81219163--81219461	163	1.8	163	100	0	598	37	20	11	30	1.87
81219757--81219892	68	2.0	68	98	0	263	23	27	16	33	1.96
81220402--81220491	45	2.0	45	93	0	153	45	11	14	28	1.79
81225252--81225297	23	2.0	23	86	0	65	34	2	21	41	1.66
81235088--81235163	9	8.1	9	77	8	71	31	0	19	48	1.49
81238555--81238819	84	3.2	84	79	5	270	30	21	15	32	1.95
81239018--81239151	28	4.8	28	73	6	121	44	36	2	16	1.60
81239033--81239192	7	22.9	7	71	12	80	44	33	1	20	1.63
81239019--81239151	56	2.4	56	86	7	182	45	36	2	16	1.60
81239033--81239132	35	2.8	35	76	7	103	44	36	3	17	1.64
81239103--81239180	41	1.9	41	86	0	111	42	33	1	23	1.62
81239574--81239635	22	2.9	21	81	11	56	27	0	24	48	1.51
81243751--81243812	33	1.9	32	83	9	81	56	8	19	16	1.64
81249597--81249638	13	3.5	13	75	24	56	66	0	0	33	0.92
81249597--81249646	22	2.3	21	93	6	82	64	0	0	36	0.94
81250020--81250112	19	4.8	19	85	11	127	36	16	10	36	1.83
81250056--81250112	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
81250020--81250112	36	2.4	39	87	8	129	36	16	10	36	1.83
81259599--81259776	27	6.6	27	90	0	239	25	16	21	35	1.94
81260098--81260142	18	2.5	18	92	0	72	17	20	17	44	1.87
81263385--81263608	54	4.2	53	84	6	263	29	16	17	36	1.91
81263385--81263618	27	8.7	27	78	8	208	29	17	17	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81263946--81263987	18	2.3	18	84	8	50	23	19	11	45	1.83
81274270--81274457	51	3.7	50	82	6	209	29	23	12	34	1.92
81274493--81274592	24	4.0	24	81	10	119	24	20	16	40	1.91
81274494--81274596	52	2.0	52	90	0	161	24	21	15	38	1.92
81275797--81275866	32	2.3	30	78	11	79	44	8	12	34	1.73
81275798--81275870	15	4.7	15	77	8	67	45	8	13	32	1.73
81290052--81290092	15	2.7	15	96	0	73	26	0	14	58	1.37
81292124--81292166	22	2.0	22	86	9	61	32	4	11	51	1.59
81301500--81301556	26	2.1	27	93	3	98	38	15	21	24	1.92
81303111--81303149	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
81303705--81303799	48	2.0	48	87	0	136	17	17	26	37	1.93
81317590--81317640	21	2.4	21	100	0	102	47	9	19	23	1.79
81325457--81325496	20	2.0	20	95	0	71	47	15	7	30	1.72
81326567--81327031	38	12.1	38	89	2	651	21	22	25	30	1.99
81326567--81327031	116	4.0	114	89	1	660	21	22	25	30	1.99
81326567--81327031	154	3.0	154	91	1	736	21	22	25	30	1.99
81327028--81327142	45	2.6	45	85	6	155	24	22	26	26	2.00
81328102--81328148	21	2.3	20	85	3	58	29	14	17	38	1.89
81328549--81328639	38	2.4	39	80	12	100	31	4	26	37	1.76
81333252--81333338	44	2.0	44	82	8	106	37	13	22	25	1.91
81333441--81333538	47	2.1	47	96	0	178	34	14	24	26	1.94
81333519--81333823	55	5.6	54	82	5	357	35	18	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81333527--81333819	108	2.7	108	91	0	460	35	19	23	22	1.96
81335811--81335986	46	3.8	46	76	12	198	19	20	30	29	1.97
81335808--81335979	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	28	1.98
81341563--81341722	32	5.0	32	89	0	248	44	8	11	35	1.72
81341561--81341722	64	2.5	64	94	0	279	44	8	11	35	1.72
81347658--81347813	84	1.9	84	82	5	199	28	19	14	37	1.91
81349392--81349435	22	2.0	22	90	0	70	29	6	29	34	1.83
81354150--81354225	38	2.0	38	100	0	152	44	15	5	34	1.69
81358216--81358259	23	1.9	23	100	0	88	54	22	0	22	1.45
81359942--81359980	19	2.0	19	85	14	53	66	0	0	33	0.92
81359920--81359987	25	2.8	24	82	11	75	61	1	0	36	1.05
81361291--81361968	338	2.0	337	95	0	1214	26	21	18	33	1.96
81384824--81384979	29	5.4	29	74	11	142	27	26	9	36	1.87
81392982--81393032	19	2.7	19	79	11	52	54	7	5	31	1.53
81401790--81401907	44	2.7	44	95	0	209	50	2	23	23	1.62
81410546--81410612	34	2.0	34	93	0	116	43	23	4	28	1.73
81430525--81430610	42	2.0	42	93	0	145	41	22	6	29	1.79
81430578--81430644	34	2.0	34	87	0	98	43	23	4	28	1.73
81438153--81438225	5	14.6	5	97	0	137	39	0	19	41	1.51
81449314--81449407	27	3.5	27	89	0	134	23	26	13	36	1.92
81459563--81459612	23	2.2	22	82	7	55	46	10	6	38	1.62
81461420--81461578	87	1.8	86	87	1	237	23	14	23	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81463096--81463192	42	2.3	44	85	10	148	51	5	4	39	1.43
81463116--81463202	42	2.1	42	86	4	113	52	5	3	37	1.42
81467910--81468044	69	2.0	69	96	0	252	26	11	32	28	1.92
81477961--81478212	127	2.0	127	90	3	402	28	12	16	42	1.85
81485031--81485172	43	3.3	43	91	1	214	29	27	20	22	1.98
81489534--81489646	40	2.8	40	87	2	163	23	10	16	48	1.78
81490458--81490553	50	1.9	50	84	2	129	44	35	0	19	1.51
81490442--81490505	14	4.4	15	70	7	60	43	37	0	18	1.51
81490439--81490531	22	4.3	21	69	10	80	43	37	0	19	1.51
81490535--81490582	15	3.3	15	77	11	55	50	33	0	16	1.46
81490796--81491027	40	5.6	39	74	18	127	28	21	22	27	1.99
81490919--81491066	80	1.9	79	85	4	208	26	20	22	30	1.98
81490919--81491066	40	3.7	40	76	12	144	26	20	22	30	1.98
81492697--81492859	45	3.7	45	82	4	183	20	15	28	35	1.93
81496422--81496586	46	3.6	46	86	0	222	43	13	21	21	1.87
81496422--81496598	92	1.9	92	87	0	255	42	14	21	21	1.88
81501272--81501314	24	1.9	23	86	13	63	32	0	11	55	1.36
81504814--81504858	23	2.0	23	86	8	65	11	20	26	42	1.85
81507781--81507829	19	2.6	17	79	17	53	34	2	14	48	1.55
81508327--81508525	44	4.6	43	79	8	190	25	18	26	30	1.98
81508427--81508525	43	2.3	42	81	11	121	21	17	29	32	1.96
81510579--81510652	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81520052--81520097	20	2.3	20	85	7	58	36	8	17	36	1.81
81522214--81522292	41	1.9	41	94	0	140	37	13	12	35	1.83
81528855--81528896	21	2.0	21	100	0	84	38	9	4	47	1.57
81532527--81532629	37	2.8	37	92	2	163	24	32	19	24	1.98
81532802--81533407	48	12.6	48	95	0	1014	29	27	8	35	1.85
81536101--81536309	40	5.2	40	93	0	337	25	29	22	21	1.99
81536119--81536190	23	3.4	23	61	21	57	23	27	25	23	2.00
81536079--81536308	120	1.9	119	91	2	372	25	29	23	21	1.99
81537594--81537696	37	2.8	37	95	0	179	25	31	20	23	1.98
81537869--81538234	48	7.6	48	93	0	579	29	26	9	35	1.87
81540551--81540591	18	2.4	17	91	4	64	14	4	2	78	1.03
81548123--81548296	46	3.8	46	79	13	205	28	29	21	20	1.98
81548131--81548315	46	4.0	46	73	17	152	28	29	21	21	1.98
81550673--81550761	30	3.0	29	79	8	90	56	16	16	10	1.67
81550673--81550752	15	5.4	14	79	4	70	57	15	17	10	1.64
81554094--81554507	47	8.7	47	94	1	677	32	8	29	28	1.87
81557699--81557870	93	1.8	93	92	0	290	27	28	21	22	1.99
81557692--81557867	46	3.8	46	74	12	180	28	28	21	21	1.98
81557744--81557886	46	3.1	45	75	15	123	29	27	19	23	1.98
81561031--81561075	15	3.1	15	84	6	58	77	0	22	0	0.76
81570886--81571037	42	3.6	42	82	3	189	32	17	23	26	1.96
81573937--81573963	13	2.1	13	100	0	54	33	14	29	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81578231--81578455	47	4.8	47	79	7	244	22	30	19	27	1.98
81578231--81578497	94	2.9	94	80	8	251	22	29	19	27	1.98
81578231--81578500	47	5.8	48	77	8	204	22	29	20	27	1.98
81578231--81578500	140	1.9	141	84	5	359	22	29	20	27	1.98
81582024--81582320	127	2.3	127	82	3	382	35	20	16	28	1.94
81582950--81583005	25	2.2	26	78	15	64	57	5	1	35	1.32
81582951--81582998	23	2.0	24	84	8	62	60	6	2	31	1.33
81584669--81584707	16	2.4	16	95	0	69	12	5	30	51	1.62
81587951--81588032	42	2.0	42	82	4	103	24	35	23	17	1.95
81588718--81588987	46	5.8	46	69	14	146	22	28	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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