genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85575904--85576076	74	2.3	72	79	7	211	50	14	15	19	1.77
85576185--85576241	27	2.2	26	83	3	69	38	19	19	22	1.93
85576580--85576721	27	5.3	27	86	0	122	27	19	17	35	1.94
85576581--85576721	54	2.6	54	83	0	174	27	19	17	36	1.93
85576771--85576902	27	4.9	28	85	3	103	31	11	19	37	1.87
85576761--85576992	81	2.9	79	84	8	272	30	10	20	38	1.87
85576814--85576992	27	6.6	27	87	2	252	30	10	20	38	1.86
85591240--85591272	13	2.5	13	90	9	50	42	6	18	33	1.75
85605698--85605787	28	3.2	28	82	6	103	27	33	14	24	1.94
85622731--85622889	43	3.7	43	77	12	148	32	26	16	24	1.97
85634221--85634263	19	2.2	20	83	4	52	44	2	0	53	1.13
85634646--85634702	31	1.9	28	82	10	69	40	5	5	49	1.48
85641875--85641908	17	2.0	17	100	0	68	29	5	35	29	1.81
85649026--85649086	31	2.0	31	93	0	104	13	24	40	21	1.88
85649028--85649099	31	2.3	31	85	4	92	15	25	37	22	1.93
85649686--85649716	16	1.9	16	93	0	53	38	22	6	32	1.80
85650786--85650936	42	3.6	42	80	1	176	32	24	13	29	1.93
85656531--85657093	138	4.1	138	87	1	774	40	7	4	46	1.54
85658955--85658979	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
85659979--85660040	19	3.5	18	81	14	67	61	0	3	35	1.12
85662985--85663081	41	2.4	41	91	0	158	19	39	20	20	1.93
85679240--85679291	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85680767--85680874	26	4.2	26	91	2	173	36	23	7	33	1.83
85685068--85685120	26	2.0	27	85	7	74	24	13	22	39	1.90
85686611--85686715	26	4.0	26	92	0	174	36	22	7	33	1.83
85686611--85686715	52	2.0	52	98	0	201	36	22	7	33	1.83
85688497--85688579	42	2.0	42	83	7	105	22	14	26	36	1.93
85694275--85694303	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
85696097--85696194	43	2.3	42	82	1	115	22	17	22	37	1.94
85696039--85696240	86	2.3	86	79	7	203	23	19	19	37	1.94
85697017--85697168	44	3.5	43	74	9	137	20	19	23	37	1.94
85697020--85697205	87	2.1	87	83	2	230	20	20	20	38	1.94
85709846--85709871	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
85722669--85722786	42	2.8	42	77	7	123	28	14	25	31	1.95
85722862--85722908	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
85725647--85725723	39	2.0	39	94	0	136	38	5	31	24	1.77
85727644--85727689	23	2.0	23	86	0	65	50	2	21	26	1.60
85728957--85729015	27	2.2	27	90	0	91	33	10	18	37	1.85
85732522--85732706	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
85732503--85732706	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
85739459--85739643	79	2.3	81	82	7	218	25	22	26	24	2.00
85739459--85739643	40	4.6	39	83	4	194	25	22	26	24	2.00
85739512--85739676	79	2.1	79	83	6	201	27	21	26	24	1.99
85742483--85742545	27	2.3	27	100	0	126	38	19	3	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85745061--85745111	27	1.9	26	88	4	75	37	17	25	19	1.94
85754731--85754896	43	3.9	43	74	5	142	32	24	15	28	1.95
85758506--85758545	16	2.6	16	84	4	55	57	2	10	30	1.45
85758751--85758788	20	2.0	20	89	5	60	47	0	18	34	1.49
85766276--85766453	80	2.2	80	88	4	254	23	22	28	25	1.99
85766276--85766420	40	3.6	40	96	1	256	22	23	28	26	1.99
85779152--85779374	40	5.6	40	86	1	295	24	23	26	25	2.00
85787088--85787331	40	6.1	40	89	1	348	22	24	28	24	2.00
85789686--85789745	27	2.3	26	88	2	93	21	18	18	41	1.90
85799573--85799661	6	14.3	6	69	23	51	50	15	13	20	1.77
85799582--85799661	31	2.5	31	89	2	124	51	15	13	20	1.76
85799798--85799899	27	3.8	26	84	5	114	37	20	23	18	1.94
85800058--85800122	22	3.0	22	77	8	69	32	23	23	21	1.98
85800550--85800743	27	7.2	27	82	5	205	26	20	18	34	1.95
85800549--85800744	54	3.6	54	85	3	261	26	20	18	34	1.95
85800725--85800816	27	3.4	26	72	7	76	31	5	21	41	1.76
85800765--85800933	27	6.3	27	82	2	160	32	8	18	40	1.80
85800783--85800933	81	1.9	81	81	2	187	31	8	19	40	1.82
85808593--85809003	47	8.7	47	94	0	689	28	29	8	32	1.87
85812180--85812364	40	4.7	40	78	9	182	25	27	22	24	2.00
85816832--85816978	40	3.7	40	80	8	156	23	23	27	25	2.00
85824868--85825013	40	3.7	40	79	7	154	25	21	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85833239--85833318	16	4.9	16	77	6	63	75	2	7	15	1.14
85833249--85833300	6	9.0	6	85	4	54	78	1	5	13	1.01
85837492--85837574	40	2.1	40	93	6	143	30	27	18	24	1.98
85837554--85837595	21	2.0	21	95	0	75	40	19	16	23	1.91
85837514--85837635	61	2.0	61	95	3	219	31	24	18	25	1.97
85837578--85837935	40	9.0	40	94	0	628	26	26	22	24	2.00
85837492--85837675	101	1.8	100	94	3	325	29	26	19	24	1.98
85844863--85845130	40	6.7	40	94	0	457	25	27	21	24	1.99
85844830--85845130	80	3.8	80	91	1	473	25	27	21	25	1.99
85850509--85850681	46	3.7	46	77	13	174	29	18	28	23	1.98
85850509--85850730	46	4.8	46	74	12	170	27	19	29	23	1.98
85852620--85852656	16	2.2	17	95	4	67	32	0	24	43	1.55
85853493--85853535	17	2.5	17	96	0	77	18	20	18	41	1.90
85859345--85859406	30	2.1	30	84	0	79	30	17	22	29	1.97
85866509--85866682	47	3.7	46	72	14	133	25	27	17	29	1.97
85866504--85866684	94	1.9	93	86	3	256	25	27	17	29	1.97
85873050--85873160	58	1.9	57	81	5	134	29	16	28	25	1.96
85873050--85873122	29	2.5	29	79	0	83	32	15	26	26	1.95
85876037--85876066	8	3.8	8	95	0	51	50	33	3	13	1.58
85877287--85877338	16	3.3	16	74	12	54	50	17	19	13	1.78
85877554--85877624	29	2.4	29	88	0	106	29	11	30	28	1.91
85877554--85877634	29	2.8	30	83	7	105	28	12	33	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85879267--85879415	27	5.6	27	85	4	185	26	15	28	28	1.96
85879267--85879415	80	1.9	81	85	1	210	26	15	28	28	1.96
85887003--85887034	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
85887178--85887327	27	5.6	27	86	3	194	26	15	28	29	1.96
85892207--85892329	46	2.7	46	84	3	140	24	26	17	30	1.97
85900320--85900380	27	2.3	27	85	5	79	34	11	0	54	1.37
85901652--85901681	6	5.0	6	91	0	51	46	33	3	16	1.64
85905241--85905286	24	1.9	24	90	0	74	34	4	17	43	1.69
85905633--85905666	13	2.5	13	95	4	59	29	0	17	52	1.45
85910501--85910677	40	4.4	40	81	4	207	25	28	22	23	1.99
85913244--85913445	72	2.8	72	82	5	214	30	27	17	24	1.97
85918303--85918398	50	1.9	50	93	0	165	14	32	9	43	1.77
85918376--85918422	24	2.0	24	100	0	94	14	25	8	51	1.71
85918326--85918468	74	1.9	74	94	0	250	14	32	8	44	1.75
85921445--85921519	38	2.0	38	100	0	150	32	37	13	17	1.88
85927630--85927661	16	2.0	16	100	0	64	12	18	25	43	1.85
85934802--85935355	27	20.7	27	82	5	554	37	20	10	30	1.87
85935307--85935368	27	2.3	27	88	0	88	37	16	17	29	1.92
85940412--85940457	24	1.9	24	86	8	67	23	26	17	32	1.97
85949184--85949243	23	2.6	23	91	0	102	13	30	33	23	1.93
85954225--85954295	24	3.0	24	85	0	88	18	22	21	38	1.94
85954497--85954539	20	2.2	20	86	0	59	32	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85961150--85961228	27	3.0	26	83	7	97	24	16	18	40	1.91
85961150--85961221	26	2.7	26	87	6	92	25	16	18	40	1.91
85968068--85968194	23	5.6	22	76	9	130	22	21	21	34	1.97
85968068--85968196	68	1.9	68	83	3	170	23	21	20	34	1.97
85979726--85979956	40	5.8	40	87	4	299	25	22	27	24	2.00
85987881--85988112	40	5.8	40	85	3	288	26	22	26	24	2.00
85987881--85988110	120	1.9	120	86	0	325	26	22	26	24	2.00
85990207--85990346	64	2.2	64	92	0	226	27	30	12	30	1.93
85993708--85993810	28	3.7	28	84	0	134	25	13	33	28	1.94
85997222--85997288	31	2.2	31	88	0	98	49	13	17	19	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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