genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18423099--18423192	20	4.8	19	72	11	82	38	20	28	12	1.89
18423974--18424015	18	2.3	18	91	0	66	85	0	9	4	0.72
18425166--18425203	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
18428494--18428552	26	2.3	26	83	13	77	44	6	15	33	1.73
18437981--18438019	17	2.2	18	86	13	55	46	17	2	33	1.62
18439722--18439754	16	2.0	17	88	5	50	27	18	12	42	1.85
18439869--18439900	5	6.4	5	100	0	64	78	0	0	21	0.76
18440148--18440224	38	2.0	38	100	0	154	20	35	12	31	1.91
18444425--18444486	32	1.9	32	83	3	79	61	4	1	32	1.27
18448281--18448336	26	2.1	27	78	15	64	39	21	3	35	1.71
18448296--18448338	13	3.3	13	76	0	50	37	23	2	37	1.68
18448287--18448338	26	2.1	24	85	7	68	36	19	3	40	1.70
18453028--18453099	14	5.4	14	76	15	64	31	16	1	50	1.54
18453011--18453076	27	2.4	27	75	22	75	36	18	1	43	1.59
18461066--18461156	45	2.0	45	86	0	128	28	12	20	38	1.89
18463801--18463827	6	4.5	6	100	0	54	14	18	48	18	1.82
18468389--18468608	46	4.8	45	74	11	166	27	18	28	25	1.98
18468493--18468607	44	2.6	44	88	5	160	26	20	29	24	1.99
18468396--18468645	92	2.7	91	78	9	249	28	17	28	25	1.98
18468385--18468654	139	1.9	138	80	6	303	28	17	28	25	1.98
18468669--18468721	26	2.0	26	88	0	79	24	20	11	43	1.85
18475719--18475903	39	4.8	39	91	2	266	20	18	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18476046--18476081	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
18477598--18477641	22	2.0	22	100	0	88	22	9	36	31	1.86
18480449--18480473	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
18480727--18480785	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
18483736--18483791	26	2.2	26	96	0	103	30	21	16	32	1.95
18483870--18483905	18	2.1	17	90	10	56	36	27	5	30	1.80
18498368--18498595	48	4.9	48	76	9	227	26	23	21	28	1.99
18503444--18503667	40	5.6	40	86	3	281	27	27	21	22	1.99
18503448--18503668	81	2.8	80	85	2	300	28	27	22	22	1.99
18505059--18505101	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
18505059--18505097	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
18512866--18512951	34	2.5	34	83	3	102	33	39	4	22	1.75
18515567--18515620	26	2.1	26	85	0	72	42	7	14	35	1.74
18542458--18542500	21	2.0	21	100	0	86	30	9	13	46	1.75
18545098--18545151	26	2.1	26	89	0	81	46	1	18	33	1.60
18550421--18550470	21	2.4	21	96	0	91	30	12	4	54	1.55
18563617--18563719	43	2.4	44	79	9	124	32	20	17	30	1.96
18567237--18567327	42	2.1	44	84	11	118	35	25	16	23	1.95
18571752--18571869	25	4.6	26	78	12	118	33	26	13	27	1.94
18571750--18571898	76	2.0	76	87	2	219	34	26	12	26	1.92
18571753--18571878	51	2.5	51	78	7	114	33	26	13	26	1.93
18586158--18586196	18	2.1	19	90	4	62	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18589526--18589588	27	2.2	30	83	8	87	34	0	0	65	0.93
18589910--18589968	15	4.0	15	75	14	52	28	0	0	71	0.87
18592937--18592990	6	9.0	6	93	0	81	16	22	0	61	1.35
18592937--18592990	18	3.0	18	91	0	90	16	22	0	61	1.35
18597232--18597363	49	2.7	48	81	8	142	29	19	27	23	1.98
18601219--18601262	14	2.9	15	86	6	54	11	15	15	56	1.66
18601414--18601463	26	1.9	26	95	0	91	46	10	24	20	1.81
18612363--18612392	10	3.0	10	100	0	60	30	0	50	20	1.49
18614486--18615138	255	2.6	255	95	0	1164	34	9	18	36	1.84
18615296--18615341	23	2.0	23	84	12	60	45	8	8	36	1.66
18615303--18615347	23	2.0	23	82	8	56	40	11	11	37	1.76
18616667--18616728	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
18624352--18624567	47	4.6	48	75	9	171	27	21	29	21	1.99
18624398--18624567	93	1.8	92	83	8	229	28	20	29	21	1.98
18624352--18624577	49	4.8	48	71	14	166	27	21	28	21	1.99
18626701--18626788	29	3.1	29	88	1	142	29	12	26	31	1.93
18627429--18627459	13	2.4	13	100	0	62	22	0	41	35	1.54
18629231--18629506	27	10.2	27	85	0	372	40	18	8	32	1.82
18629231--18629565	27	12.4	27	82	4	275	40	19	8	31	1.82
18629610--18629804	27	7.2	27	83	4	241	36	18	18	25	1.94
18630255--18630319	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
18630689--18630799	31	3.5	31	90	1	150	21	17	11	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18630796--18630829	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
18630719--18630808	6	14.7	6	74	13	76	21	17	12	48	1.79
18632753--18633108	27	13.2	27	81	1	345	40	19	8	30	1.82
18632987--18633143	81	1.9	81	81	2	190	39	21	7	31	1.82
18633128--18633348	27	8.3	27	83	2	250	34	20	19	25	1.96
18633137--18633330	107	1.8	108	85	3	275	34	21	19	24	1.96
18633128--18633330	80	2.5	81	83	4	241	34	21	19	24	1.96
18633775--18633839	22	3.0	22	78	13	71	18	20	23	38	1.93
18633998--18634099	27	3.8	27	83	7	118	18	21	21	38	1.94
18634265--18634355	6	14.8	6	72	17	71	19	18	14	47	1.83
18634247--18634347	31	3.3	31	87	0	139	22	18	11	46	1.82
18640922--18640968	24	2.1	24	84	11	64	42	25	0	31	1.55
18643257--18643333	27	2.9	27	92	0	118	25	18	19	36	1.94
18643274--18643825	27	20.6	27	83	3	553	32	10	18	38	1.85
18643300--18643826	53	9.9	53	84	4	603	32	10	18	38	1.84
18643300--18643826	80	6.6	81	81	7	547	32	10	18	38	1.84
18650044--18650168	43	2.9	43	79	9	139	29	15	20	34	1.93
18657679--18657857	43	4.2	43	77	7	150	27	15	24	32	1.95
18660914--18660956	22	2.0	21	95	4	77	23	2	18	55	1.54
18665599--18665715	55	2.1	55	82	4	139	28	27	24	19	1.99
18675279--18675530	55	4.8	53	79	8	230	34	17	25	22	1.96
18675283--18675483	108	1.8	110	89	4	318	33	18	25	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18682667--18682732	19	3.2	19	77	18	62	53	1	1	43	1.19
18687795--18687852	26	2.3	26	87	3	82	36	8	6	48	1.61
18688843--18688889	18	2.6	18	86	6	60	63	2	2	31	1.18
18689637--18689686	25	2.0	25	92	0	82	2	24	4	70	1.15
18705853--18705987	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
18713626--18713760	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
18720851--18720884	15	2.3	15	100	0	68	26	29	11	32	1.92
18721154--18721193	17	2.4	17	86	0	53	65	2	12	20	1.38
18721321--18721359	10	3.9	10	80	12	53	69	2	7	20	1.26
18722007--18722039	3	11.0	3	100	0	66	0	0	33	66	0.92
18726253--18726425	46	3.7	47	79	13	157	24	30	19	26	1.98
18726252--18726426	94	1.9	94	84	4	239	24	30	18	26	1.98
18726765--18726822	30	1.9	30	96	0	107	36	24	5	34	1.78
18727778--18727844	5	12.4	5	83	12	80	76	1	0	22	0.87
18727768--18727846	33	2.3	33	79	16	99	74	1	1	22	0.96
18727767--18727866	28	3.6	28	81	11	98	74	2	2	22	1.03
18734258--18734295	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
18736757--18736784	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
18747508--18747658	75	2.0	75	85	2	205	33	13	9	43	1.77
18749607--18750023	188	2.2	186	84	3	527	31	9	15	43	1.79
18749656--18750036	185	2.0	185	85	6	520	32	9	14	43	1.77
18750002--18750557	184	3.0	183	88	3	816	26	9	17	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18750019--18750559	181	3.0	180	89	3	807	27	9	18	45	1.80
18753895--18754001	26	4.2	26	91	1	180	35	25	7	31	1.84
18755619--18755747	48	2.7	48	85	2	170	41	23	13	20	1.88
18755729--18755779	21	2.4	22	87	9	70	43	25	11	19	1.85
18756050--18756094	6	7.3	6	84	2	54	48	24	2	24	1.62
18759450--18759507	21	2.8	21	78	0	71	37	32	13	15	1.87
18762773--18762822	17	3.3	15	83	10	59	50	2	8	40	1.43
18762791--18762823	17	1.9	17	100	0	66	51	6	6	36	1.51
18766930--18767026	48	2.0	48	82	8	115	23	17	27	30	1.97
18766960--18767086	47	2.7	47	81	1	146	22	16	29	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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