genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13541934--13542041	31	3.6	31	76	5	78	39	10	8	41	1.69
13558980--13559010	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
13559519--13559588	3	23.7	3	72	13	56	57	4	0	38	1.19
13560761--13560785	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
13565949--13565978	12	2.5	12	100	0	60	10	13	6	70	1.34
13567946--13568154	75	2.8	75	89	1	312	32	19	21	27	1.97
13568040--13568153	40	3.0	39	69	21	107	33	21	20	25	1.97
13569150--13569194	3	14.7	3	95	4	81	31	2	0	66	1.04
13571121--13571162	22	2.0	20	86	9	57	57	4	19	19	1.58
13571378--13571432	21	2.6	21	88	0	74	30	34	7	27	1.84
13572714--13572755	21	2.0	21	86	9	59	59	33	7	0	1.25
13574488--13574513	13	2.0	13	100	0	52	84	7	0	7	0.77
13577429--13577653	40	5.6	40	83	2	281	24	27	23	25	2.00
13577393--13577653	80	3.3	80	81	3	294	24	26	23	26	2.00
13581395--13581842	246	1.8	243	85	2	637	43	10	10	35	1.73
13583002--13583043	17	2.3	19	88	8	61	35	4	7	52	1.50
13584310--13584412	31	3.4	30	77	8	100	51	5	0	41	1.32
13584307--13584421	61	1.9	61	88	0	176	50	5	0	43	1.30
13589499--13589565	25	2.7	25	83	0	89	31	16	26	25	1.96
13589499--13589619	25	5.0	24	77	7	84	34	18	25	21	1.96
13589625--13589695	23	3.0	23	79	4	79	29	18	29	22	1.97
13589690--13589747	26	2.2	26	84	0	80	36	22	22	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13589614--13589756	25	5.7	27	73	13	110	34	18	26	20	1.96
13598236--13598361	63	2.0	63	100	0	252	42	25	9	22	1.83
13599624--13599657	5	6.8	5	96	0	59	41	23	20	14	1.89
13601044--13601088	5	8.8	5	82	4	54	0	28	0	71	0.87
13606008--13606073	27	2.5	26	83	9	73	37	16	24	21	1.93
13611747--13611788	22	1.9	22	95	0	75	30	35	14	19	1.91
13612488--13612542	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
13614032--13614078	22	2.2	21	84	3	58	57	4	2	36	1.30
13614039--13614089	11	4.5	11	76	11	50	58	3	1	35	1.28
13614121--13614184	21	3.0	20	76	15	58	51	1	1	45	1.20
13614124--13614185	22	3.0	20	76	19	65	53	1	1	43	1.20
13614149--13614202	22	2.5	22	90	3	83	57	3	0	38	1.17
13614153--13614223	22	3.1	23	74	18	67	53	4	0	42	1.20
13616184--13616334	42	3.6	41	76	7	124	32	25	11	29	1.92
13619284--13619504	40	5.6	40	78	9	204	25	23	26	24	2.00
13619284--13619504	80	2.8	79	82	6	234	25	23	26	24	2.00
13620383--13620450	29	2.4	28	78	7	73	30	10	23	35	1.88
13620384--13620474	29	3.2	29	74	11	71	28	12	26	32	1.92
13628144--13628209	29	2.3	29	86	0	87	33	13	24	28	1.93
13632350--13632380	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
13636054--13636090	18	2.1	18	89	0	56	40	16	27	16	1.89
13636409--13636576	27	6.2	26	72	13	90	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13636420--13636572	54	2.8	53	79	3	146	42	16	15	25	1.87
13636420--13636572	81	1.9	81	86	0	216	42	16	15	25	1.87
13643752--13643844	45	2.0	46	91	2	152	33	13	12	39	1.84
13660571--13660725	42	3.7	42	83	3	168	29	24	14	31	1.95
13664692--13665108	219	1.9	219	92	1	710	29	25	14	30	1.95
13669589--13669839	27	9.3	27	84	1	263	39	20	9	31	1.84
13669860--13670731	27	32.3	27	88	2	1126	32	19	22	25	1.97
13671158--13671222	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
13671383--13671482	27	3.7	27	82	5	94	21	24	19	36	1.95
13671619--13671738	6	19.3	6	72	19	86	20	16	13	49	1.79
13671619--13671721	31	3.3	31	91	1	161	20	16	13	49	1.79
13671619--13671754	31	4.4	31	85	3	159	20	16	13	50	1.78
13672670--13672698	14	2.1	14	100	0	58	27	10	20	41	1.85
13675408--13675528	13	9.3	13	73	7	84	40	2	17	39	1.63
13676583--13676623	20	2.0	20	95	0	73	39	4	31	24	1.76
13678936--13679027	27	3.5	26	80	2	96	17	21	22	38	1.93
13678933--13679036	27	3.9	27	81	2	95	18	21	22	38	1.93
13684305--13684377	26	2.8	26	85	0	101	15	17	24	42	1.88
13688462--13688517	17	3.2	18	80	7	62	26	1	0	71	0.96
13688462--13688561	17	5.5	18	72	16	55	20	4	1	75	1.03
13688608--13688634	13	2.1	13	100	0	54	22	0	0	77	0.76
13688615--13688710	39	2.5	37	75	15	97	16	6	3	73	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13689638--13689667	11	2.7	11	94	0	51	76	0	16	6	0.99
13692213--13692291	6	12.8	6	77	15	81	49	13	17	18	1.80
13692204--13692262	18	3.2	18	75	15	59	49	15	15	20	1.80
13692224--13692291	25	2.7	25	90	0	109	48	14	17	19	1.81
13692399--13692547	67	2.2	67	98	0	289	30	23	29	16	1.96
13692477--13692528	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
13692773--13693154	27	14.3	27	85	5	481	24	19	20	35	1.95
13692799--13693154	107	3.3	107	87	5	470	24	18	20	35	1.95
13692773--13693154	134	2.9	133	86	3	509	24	19	20	35	1.95
13693159--13693250	27	3.4	27	86	0	121	42	7	21	28	1.80
13693159--13693569	54	7.6	54	78	4	344	37	8	21	32	1.83
13693202--13693587	27	14.2	27	80	4	103	36	8	20	33	1.84
13693228--13693358	28	4.8	28	75	11	110	31	9	20	38	1.86
13693159--13693573	81	5.1	81	75	5	334	37	8	21	32	1.84
13693538--13693701	27	6.1	26	76	8	123	32	8	21	37	1.84
13693555--13693722	54	3.1	53	78	7	169	30	8	19	40	1.82
13693543--13693707	81	2.0	80	80	5	181	30	8	23	37	1.84
13706315--13706362	19	2.7	17	81	12	60	45	6	18	29	1.74
13715622--13715663	21	2.0	21	85	0	57	38	7	9	45	1.64
13717087--13717167	32	2.5	32	87	0	117	29	1	16	53	1.51
13718591--13718630	19	2.1	19	100	0	80	47	17	10	25	1.78
13718618--13718655	14	2.8	14	88	4	51	39	18	2	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13728368--13728441	37	2.0	37	100	0	148	43	5	18	32	1.73
13731168--13731245	40	2.0	40	89	0	120	35	32	12	19	1.89
13737749--13737780	17	1.9	17	93	6	57	50	28	0	21	1.49
13748325--13748515	40	4.8	40	86	2	242	24	24	27	23	2.00
13752655--13752845	40	4.8	40	88	2	260	23	24	28	23	1.99
13755344--13755377	17	1.9	18	88	5	52	41	41	0	17	1.50
13756359--13756462	55	1.9	55	100	0	208	50	11	4	33	1.60
13758833--13758878	20	2.3	20	75	17	51	47	0	8	43	1.34
13762247--13762354	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
13763902--13764069	72	2.3	72	86	4	223	23	17	27	31	1.97
13765642--13765682	20	2.0	20	95	0	73	24	39	24	12	1.89
13768530--13768705	46	3.8	46	78	12	207	21	21	29	28	1.98
13768527--13768698	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
13776109--13776284	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
13776106--13776277	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
13781143--13781330	72	2.6	71	86	3	225	24	17	27	30	1.97
13784982--13785027	20	2.4	19	78	7	56	23	17	30	28	1.97
13804416--13804464	24	2.0	24	88	0	71	28	10	18	42	1.83
13805420--13805483	30	2.1	30	83	11	78	42	12	6	39	1.68
13805452--13805518	33	2.0	33	82	5	82	37	10	7	44	1.67
13806842--13806901	29	2.1	29	100	0	120	51	13	21	13	1.75
13814156--13814184	13	2.2	13	100	0	58	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13816343--13816501	39	4.1	39	95	0	282	20	24	30	24	1.99
13820741--13820872	35	3.6	37	81	12	148	31	23	12	32	1.91
13824423--13824711	41	7.1	40	83	8	309	36	22	20	20	1.95
13824453--13824711	41	6.4	41	89	0	362	36	23	20	20	1.95
13825203--13825240	7	5.4	7	87	0	58	15	0	55	28	1.41
13825197--13825240	14	3.1	14	86	0	61	18	0	50	31	1.47
13825204--13825300	7	13.6	7	74	8	52	19	2	41	37	1.63
13825441--13825483	22	2.0	22	81	9	52	25	0	27	46	1.53
13826073--13826106	7	4.9	7	100	0	68	88	0	0	11	0.52
13826701--13826731	16	1.9	16	100	0	62	16	19	19	45	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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