genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1767036--1767070	15	2.3	15	90	0	52	20	17	20	42	1.89
1767245--1767384	75	1.9	75	81	0	172	30	21	17	30	1.96
1780553--1780581	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
1780603--1780637	18	2.0	18	94	5	63	42	0	0	57	0.99
1783759--1783791	8	4.1	8	88	11	50	9	0	0	90	0.44
1783762--1783791	9	3.4	9	90	9	53	10	0	0	90	0.47
1783759--1783791	17	2.0	16	94	5	57	9	0	0	90	0.44
1786113--1786182	31	2.3	31	87	0	104	45	4	0	50	1.21
1789984--1790199	107	2.0	108	97	0	407	41	9	5	43	1.60
1790419--1790453	17	2.1	17	88	0	52	22	37	22	17	1.94
1795430--1795457	14	2.0	14	100	0	56	14	14	14	57	1.66
1807278--1807311	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1811916--1811949	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1816257--1816291	15	2.3	15	100	0	70	34	31	5	28	1.81
1820762--1820809	21	2.3	20	79	10	53	54	2	4	39	1.32
1824997--1825026	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1825306--1825360	20	2.8	20	75	22	62	63	7	0	29	1.21
1832807--1832832	8	3.2	8	100	0	52	38	11	0	50	1.39
1832923--1832970	9	5.8	9	79	16	50	56	0	0	43	0.99
1832908--1832970	17	3.6	17	73	16	58	52	1	3	42	1.27
1835567--1835950	190	2.0	190	100	0	768	31	17	25	26	1.97
1844524--1844599	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1844553--1844650	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
1844560--1844650	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
1847176--1847443	46	5.8	46	89	0	331	40	14	23	21	1.90
1848395--1848739	45	7.9	45	69	18	255	25	24	16	33	1.96
1848395--1848662	45	5.9	45	75	6	256	25	25	16	33	1.95
1848403--1848569	89	1.9	89	87	2	246	26	25	14	34	1.94
1848602--1848974	78	4.8	78	92	2	615	24	24	19	31	1.98
1851390--1851441	25	2.1	24	85	3	68	76	5	0	17	0.97
1856116--1856177	26	2.3	27	78	13	67	62	0	11	25	1.28
1862617--1862806	47	3.9	47	83	5	193	24	16	29	29	1.97
1862600--1862825	93	2.3	97	77	10	228	25	15	28	30	1.96
1866915--1866947	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
1867067--1867140	31	2.4	29	77	6	76	51	6	1	40	1.37
1870351--1870426	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
1870380--1870458	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
1870401--1870456	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
1870387--1870458	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
1876571--1876596	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
1877198--1877231	17	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
1878716--1878801	42	2.0	43	88	2	129	46	3	5	44	1.44
1879281--1879394	30	3.6	30	72	11	95	51	0	0	46	1.13
1882982--1883067	31	2.9	29	79	13	86	50	6	3	39	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1882982--1883071	29	3.1	27	76	19	83	48	6	3	41	1.46
1892007--1892052	22	2.0	25	83	12	62	60	2	0	36	1.09
1904506--1904598	18	5.2	18	86	0	114	34	12	21	31	1.91
1921710--1921750	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
1927267--1927449	43	4.3	43	85	0	213	27	20	27	25	1.99
1927280--1927470	43	4.4	43	82	3	154	31	19	24	24	1.98
1927267--1927470	86	2.4	85	76	4	221	30	19	25	24	1.98
1927895--1927962	32	2.2	32	94	2	120	25	5	19	50	1.70
1929851--1929880	16	1.9	15	93	6	51	26	0	3	70	1.03
1934355--1934388	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1938993--1939026	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1959649--1959711	30	2.0	32	81	6	76	33	4	11	50	1.59
1966843--1966909	30	2.2	30	91	0	107	28	34	16	20	1.95
1966870--1967214	44	7.8	44	90	0	528	26	29	15	28	1.96
1966796--1966953	74	2.1	74	84	2	201	26	29	15	27	1.96
1971028--1971079	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1972996--1973047	24	2.2	24	92	0	86	55	7	1	34	1.39
1976804--1976922	60	2.0	60	88	3	177	51	13	1	33	1.51
1984427--1984467	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1990866--1990896	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
1990883--1990951	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
1993851--1994109	131	2.0	131	92	0	437	27	18	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1996939--1996964	9	2.9	9	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2001079--2001104	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2001171--2001214	23	2.0	23	86	4	63	29	0	9	61	1.27
2002628--2002661	15	2.3	15	89	0	50	58	8	14	17	1.61
2003655--2003692	9	4.1	9	83	16	51	86	13	0	0	0.56
2004673--2004821	40	3.7	40	78	10	158	28	21	21	28	1.99
2004912--2005504	44	13.5	45	75	6	484	29	25	16	27	1.97
2004999--2005504	132	3.9	132	94	1	858	29	25	16	27	1.97
2005512--2005985	134	3.5	134	93	0	768	29	23	20	26	1.99
2005588--2005915	46	7.3	46	66	9	156	30	23	20	26	1.98
2005885--2006080	97	2.0	95	92	3	322	29	22	18	29	1.97
2006070--2006333	86	3.1	86	92	0	429	27	23	22	26	2.00
2006201--2006333	41	3.1	41	64	19	110	28	24	21	26	1.99
2006158--2006293	45	3.1	45	63	19	115	23	24	23	28	1.99
2006188--2006324	44	3.2	44	65	19	124	29	24	22	22	1.99
2007291--2007337	16	3.0	16	78	15	62	4	12	0	82	0.80
2007290--2007337	6	7.8	6	80	17	55	4	14	0	81	0.84
2007307--2007345	20	1.9	21	89	5	62	5	12	2	79	1.00
2007755--2007829	36	2.1	34	81	13	82	5	10	5	78	1.07
2007771--2007831	12	4.8	12	74	8	50	4	11	3	80	0.99
2007774--2007814	21	1.9	22	85	5	57	7	12	2	78	1.06
2007795--2007829	13	2.7	13	87	12	54	0	14	5	80	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011074--2011107	15	2.3	15	89	0	50	58	8	14	17	1.61
2012109--2012141	8	4.1	8	88	11	50	87	12	0	0	0.53
2012105--2012141	18	2.0	19	94	5	67	86	13	0	0	0.57
2014739--2015494	374	2.0	376	97	0	1417	39	7	16	35	1.77
2016436--2016524	44	2.0	44	100	0	178	38	16	13	31	1.88
2026456--2026495	18	2.3	18	87	12	57	67	2	0	30	1.04
2027827--2027883	8	7.0	8	76	11	62	66	1	1	29	1.12
2027827--2027883	16	3.5	16	86	11	80	66	1	1	29	1.12
2028031--2028093	24	2.7	23	90	4	92	50	4	7	36	1.53
2028082--2028148	29	2.3	29	84	5	82	59	2	4	32	1.32
2028082--2028191	25	4.1	27	74	10	84	58	2	5	33	1.35
2028103--2028158	14	4.0	13	75	22	51	62	0	3	33	1.12
2028198--2028243	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
2028803--2028907	30	3.7	28	80	16	126	21	3	49	24	1.66
2028803--2028899	28	3.4	27	80	16	108	22	3	50	23	1.63
2029570--2030023	166	2.8	161	83	8	539	32	19	19	28	1.96
2029773--2029948	94	1.9	89	83	10	223	35	18	18	27	1.94
2029570--2030302	149	4.7	162	78	11	595	32	18	17	31	1.94
2029865--2030594	74	9.9	74	82	10	737	31	17	17	33	1.93
2029865--2030594	149	4.9	148	81	9	751	31	17	17	33	1.93
2029919--2030594	297	2.3	291	84	7	841	31	16	17	34	1.92
2039190--2039234	16	2.8	16	90	6	65	64	2	2	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2039190--2039234	8	5.6	8	84	7	56	64	2	2	31	1.18
2039384--2039448	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
2039461--2039525	13	4.9	14	71	16	57	61	0	3	35	1.12
2039555--2039600	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
2039978--2040022	22	2.0	23	91	8	74	48	37	0	13	1.42
2040106--2040252	30	4.9	31	85	4	171	21	4	46	27	1.71
2049203--2049267	31	2.1	31	86	8	89	41	4	10	43	1.60
2060588--2060620	16	2.1	16	94	0	57	36	9	33	21	1.85
2071055--2071100	24	2.0	23	83	12	58	47	6	6	39	1.55
2071831--2071863	16	2.1	16	88	11	50	45	6	0	48	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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