genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12642219--12642374	81	1.9	81	83	5	199	28	7	21	41	1.81
12642220--12642347	27	4.8	26	86	7	150	27	7	23	41	1.82
12642220--12642374	54	2.9	54	82	3	170	29	7	21	41	1.81
12642249--12642379	27	4.9	27	83	3	120	30	6	20	41	1.78
12642368--12642644	27	10.3	27	87	3	342	41	7	20	29	1.81
12642365--12642644	81	3.5	81	85	1	382	41	8	20	29	1.81
12642368--12642642	54	5.1	54	87	1	381	41	7	20	29	1.80
12642659--12642743	27	3.2	25	77	12	80	30	8	21	40	1.82
12647336--12647368	17	1.9	17	88	11	50	15	42	27	15	1.86
12651535--12651572	18	2.1	19	85	5	51	68	2	7	21	1.28
12652175--12652221	25	2.0	25	84	12	64	29	6	6	57	1.49
12652214--12652268	21	2.6	21	85	5	67	36	5	0	58	1.21
12652330--12652362	15	2.1	16	88	5	50	36	3	0	60	1.12
12652439--12652487	11	4.5	11	78	14	57	38	2	0	59	1.09
12652422--12652487	29	2.3	29	82	10	73	34	3	1	60	1.21
12653241--12653310	21	3.2	20	76	21	70	34	5	7	52	1.52
12665526--12665706	75	2.5	72	79	7	192	29	15	19	34	1.93
12665693--12665727	18	1.9	18	94	0	61	20	11	0	68	1.20
12665591--12665973	167	2.3	163	82	8	452	28	16	18	36	1.93
12665619--12665801	92	2.0	93	93	1	314	28	15	16	39	1.89
12665785--12666138	90	3.9	89	79	13	309	27	17	18	37	1.93
12665785--12666147	178	2.0	179	82	6	439	26	16	17	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12665785--12666180	91	4.4	88	79	11	378	27	16	17	38	1.91
12667811--12667891	21	4.0	22	78	12	75	35	4	0	59	1.19
12667829--12667888	14	4.2	15	76	20	58	36	1	0	61	1.06
12667944--12667994	11	4.7	11	79	13	61	39	1	0	58	1.09
12668083--12668145	26	2.4	26	81	0	72	28	7	9	53	1.61
12681449--12681629	50	3.6	51	80	5	165	30	25	17	26	1.97
12682953--12683021	15	4.6	15	79	0	75	10	17	14	57	1.63
12682944--12683031	30	3.0	30	78	8	90	9	17	17	56	1.65
12682953--12683032	15	5.4	14	77	4	61	8	17	15	58	1.61
12689448--12689619	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
12689440--12689616	46	3.8	46	75	12	191	28	28	20	21	1.98
12702013--12702058	23	2.0	23	95	0	83	34	19	8	36	1.83
12705668--12705697	12	2.6	11	94	5	51	53	6	0	40	1.27
12705654--12705703	21	2.4	20	80	9	55	50	12	0	38	1.40
12706536--12706569	17	2.0	17	100	0	68	29	5	17	47	1.71
12710102--12710128	13	2.1	13	100	0	54	29	37	0	33	1.58
12713942--12713988	19	2.5	19	86	6	60	8	14	8	68	1.39
12714492--12714544	27	2.0	27	88	0	79	50	9	18	20	1.74
12719138--12719189	24	2.2	24	92	0	86	50	9	1	38	1.46
12721051--12721077	13	2.1	13	100	0	54	29	37	0	33	1.58
12722473--12723273	400	2.0	402	96	0	1462	38	12	15	33	1.85
12724068--12724131	20	3.4	18	80	16	67	39	6	9	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12725359--12725407	24	2.0	24	84	7	64	65	16	2	16	1.37
12734073--12734139	30	2.2	30	97	0	125	13	40	28	17	1.88
12740404--12740596	56	3.4	57	79	7	182	32	22	15	30	1.94
12740404--12740650	57	4.4	56	75	8	180	31	21	16	29	1.96
12755421--12755499	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
12757461--12757725	28	9.5	28	72	8	198	17	18	34	29	1.94
12757459--12757755	57	5.2	57	89	3	440	18	17	35	29	1.93
12762694--12762772	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
12767558--12767590	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
12770688--12770748	20	3.2	19	80	19	74	36	8	11	44	1.71
12771555--12771581	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
12783656--12783705	24	2.1	24	100	0	100	34	16	14	36	1.88
12786814--12786960	18	8.2	18	63	12	52	23	17	23	34	1.96
12789818--12789877	30	1.9	32	86	6	88	15	6	8	70	1.33
12794191--12794233	19	2.2	18	84	12	50	20	2	6	69	1.23
12794181--12794223	11	4.1	10	79	8	50	23	2	2	72	1.08
12794620--12794660	20	2.0	22	85	9	59	24	31	0	43	1.54
12794657--12794709	24	2.3	22	84	12	63	30	13	7	49	1.69
12795240--12795273	14	2.2	16	90	10	54	32	0	0	67	0.91
12795397--12795434	15	2.4	16	82	8	51	42	0	0	57	0.98
12797066--12797135	3	23.7	3	77	2	61	31	7	0	61	1.23
12797068--12797109	17	2.4	18	84	8	59	26	4	0	69	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12797572--12798033	154	3.0	155	94	0	836	20	14	9	56	1.65
12799703--12799742	11	3.6	11	82	0	53	20	10	10	60	1.57
12799958--12799991	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
12800262--12800473	45	4.7	45	81	5	223	28	17	18	35	1.94
12800262--12800467	90	2.3	89	82	8	265	28	17	18	35	1.94
12800285--12800451	88	1.9	89	88	6	259	28	18	19	32	1.96
12804170--12804274	51	2.0	52	92	3	176	32	11	23	32	1.90
12806371--12806481	48	2.3	47	81	10	134	36	8	4	51	1.52
12806396--12806504	48	2.3	46	79	14	116	31	6	6	55	1.50
12808891--12808992	31	3.2	30	80	11	107	33	6	1	57	1.36
12808955--12809029	14	5.5	14	68	17	50	34	2	2	60	1.25
12813752--12813799	19	2.6	18	80	12	53	79	2	14	4	0.98
12814342--12814422	14	5.5	14	75	18	67	79	2	6	12	1.02
12815459--12815494	16	2.2	16	95	0	63	61	8	5	25	1.46
12815525--12815715	63	3.0	64	86	1	276	28	17	15	37	1.91
12815784--12816084	44	6.7	44	68	12	130	31	17	22	28	1.97
12816073--12816841	177	4.4	177	85	2	978	31	17	23	27	1.97
12816073--12816841	352	2.2	352	85	3	1028	31	17	23	27	1.97
12818372--12818477	31	3.4	30	78	17	110	33	6	1	58	1.35
12824533--12824565	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
12825159--12825197	18	2.2	18	95	0	69	23	25	10	41	1.86
12828663--12829042	126	3.0	126	90	0	600	29	18	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12829574--12829655	19	4.4	19	85	10	107	43	19	0	36	1.51
12829574--12829655	39	2.2	38	87	8	116	43	19	0	36	1.51
12829753--12829802	23	2.3	22	82	6	57	46	32	2	20	1.62
12837536--12837560	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
12847363--12847408	22	2.1	22	100	0	92	30	8	13	47	1.72
12848491--12848532	22	1.9	22	90	9	68	26	11	9	52	1.68
12850267--12850389	47	2.6	47	94	0	219	36	13	23	26	1.92
12850367--12850584	54	4.0	54	81	7	235	38	15	23	22	1.92
12856877--12857123	40	6.2	40	88	1	309	29	28	19	22	1.98
12856864--12857123	120	2.2	120	85	3	346	29	27	19	23	1.98
12859923--12860018	40	2.5	38	76	6	111	33	37	13	15	1.87
12867081--12867177	40	2.5	37	73	11	95	35	35	12	17	1.87
12868138--12868178	18	2.3	19	91	8	68	68	0	26	4	1.10
12869988--12870097	26	4.2	26	94	0	175	32	5	25	36	1.79
12871715--12871829	27	4.3	26	82	7	131	16	21	23	38	1.93
12886884--12886931	18	2.7	18	75	15	55	35	0	0	64	0.94
12890013--12890058	16	2.8	16	90	9	67	34	0	0	65	0.93
12890008--12890058	18	3.0	18	83	11	63	33	0	0	66	0.92
12898587--12898648	21	2.8	22	75	7	72	43	22	19	14	1.87
12899025--12899081	15	3.9	14	80	11	69	49	12	3	35	1.58
12899522--12899576	16	3.5	16	71	14	51	45	5	0	49	1.25
12904565--12904616	21	2.4	22	90	6	79	34	26	25	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12905001--12905050	15	3.4	14	78	8	55	52	12	4	32	1.57
12905537--12905577	20	2.0	20	90	9	66	48	4	0	46	1.23
12906896--12906920	13	1.9	13	100	0	50	48	32	0	20	1.50
12908402--12908448	12	3.9	12	77	8	51	14	2	17	65	1.36
12908401--12908448	24	2.0	25	84	12	64	14	2	16	66	1.34
12909557--12909617	13	4.7	13	83	0	86	24	8	29	37	1.84
12909555--12909620	26	2.5	26	85	0	96	30	7	27	34	1.85
12910896--12911097	41	5.0	41	91	0	289	33	23	21	21	1.98
12915143--12915344	52	4.0	52	82	8	222	25	18	28	28	1.98
12916143--12916186	22	2.0	22	82	8	54	45	2	18	34	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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