genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93103122--93103302	81	2.2	80	84	2	220	30	8	19	41	1.82
93103136--93103343	107	1.9	108	81	4	251	32	8	18	39	1.81
93103126--93103329	80	2.5	81	82	2	241	30	8	18	42	1.79
93103124--93103329	27	7.7	26	82	6	198	30	8	18	42	1.80
93103320--93103451	27	4.9	27	88	0	165	43	8	18	29	1.80
93111479--93111525	21	2.2	21	96	0	85	29	23	23	23	1.99
93115691--93116035	45	7.6	45	71	10	134	33	21	18	26	1.96
93115658--93116050	90	4.4	90	77	5	393	33	21	19	25	1.97
93115610--93115948	45	7.5	45	71	12	176	31	21	20	25	1.98
93130209--93130275	24	2.8	24	82	11	82	55	4	8	31	1.51
93136493--93136527	17	2.1	17	100	0	70	37	28	22	11	1.89
93136637--93136669	12	2.6	13	90	9	59	39	6	0	54	1.25
93140719--93140844	14	8.5	14	66	17	67	34	42	1	21	1.63
93140756--93140867	7	15.1	7	70	14	64	40	38	1	19	1.62
93141185--93141234	21	2.3	21	79	3	55	46	26	2	26	1.64
93141356--93141438	38	2.2	39	88	2	123	19	1	32	46	1.57
93141599--93141630	16	2.0	16	93	0	55	9	18	15	56	1.66
93141623--93141698	40	1.9	40	83	5	100	23	19	19	36	1.95
93147305--93147430	43	2.9	43	81	6	148	31	23	14	30	1.94
93151720--93151778	30	1.9	31	82	6	75	45	38	3	11	1.58
93152175--93152230	26	2.2	26	93	0	94	64	3	0	32	1.11
93152758--93152801	19	2.3	19	88	0	61	27	4	0	68	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93152818--93152866	20	2.4	21	79	6	55	30	2	6	61	1.32
93152825--93152868	23	1.9	23	85	0	61	29	2	6	61	1.34
93152957--93153016	24	2.5	24	77	0	66	38	13	5	43	1.66
93153336--93153393	25	2.4	24	82	5	71	37	3	3	55	1.34
93153352--93153399	24	2.0	25	83	4	62	37	4	2	56	1.30
93153380--93153466	36	2.3	35	78	9	84	34	5	3	56	1.40
93156152--93156259	26	4.2	26	90	0	171	37	25	6	31	1.81
93156685--93156740	24	2.3	24	81	3	67	37	8	3	50	1.51
93159467--93159654	76	2.5	75	88	4	263	32	16	21	29	1.95
93159600--93159906	152	2.0	152	96	0	560	28	20	18	31	1.96
93159769--93160147	85	4.4	86	78	9	357	28	17	19	34	1.95
93159942--93160092	79	1.9	78	86	1	212	30	15	21	32	1.95
93160629--93160669	20	2.0	20	100	0	82	51	34	0	14	1.43
93161111--93161139	12	2.4	12	100	0	58	17	0	6	75	1.01
93161166--93161219	25	2.2	25	96	0	99	64	3	0	31	1.11
93161771--93161819	18	2.6	18	87	6	62	26	4	0	69	1.06
93161793--93161884	3	30.7	3	68	8	53	31	4	3	60	1.32
93161771--93161819	9	5.2	9	80	5	53	26	4	0	69	1.06
93161972--93162031	24	2.5	24	77	0	66	38	13	5	43	1.66
93162033--93162072	21	1.9	21	84	0	53	30	7	2	60	1.38
93162353--93162431	25	3.1	24	77	10	70	37	5	3	53	1.41
93162602--93162674	32	2.2	33	80	4	85	38	6	5	49	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93167833--93167901	29	2.4	29	76	11	72	36	33	7	23	1.82
93175214--93175252	21	1.9	21	84	5	53	61	7	2	28	1.37
93179334--93179417	39	2.1	40	88	4	125	36	2	5	54	1.38
93181369--93181412	23	1.9	23	86	9	63	27	15	4	52	1.63
93192252--93192685	44	9.7	44	76	10	288	29	18	19	32	1.96
93192252--93192503	139	1.8	139	82	5	330	30	20	19	29	1.97
93192561--93192685	41	2.9	43	82	6	155	28	16	17	38	1.91
93200122--93200153	16	2.0	16	93	0	55	28	0	6	65	1.16
93204241--93204278	19	2.0	19	100	0	76	21	36	5	36	1.76
93206960--93207012	19	2.8	20	83	13	67	39	7	20	32	1.81
93210734--93210775	17	2.4	17	80	11	50	78	2	4	14	1.01
93210755--93210793	19	2.1	19	85	9	53	74	5	7	12	1.20
93210846--93210875	4	7.5	4	92	0	51	73	0	3	23	0.98
93212577--93212608	15	2.1	15	94	0	55	18	37	9	34	1.83
93212594--93212734	43	3.3	43	81	2	167	27	29	14	28	1.96
93212896--93212968	28	2.7	26	75	8	67	60	4	2	32	1.30
93212890--93212955	34	1.9	34	84	9	89	56	3	3	37	1.30
93219902--93220048	43	3.4	43	75	10	115	28	15	25	30	1.96
93224850--93224924	31	2.4	30	77	14	73	29	5	2	62	1.31
93228549--93229009	230	2.0	230	98	0	886	27	15	29	27	1.96
93235600--93235744	43	3.4	44	75	12	131	28	17	25	28	1.98
93240547--93240643	35	2.8	35	87	6	128	32	3	42	21	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93245093--93245117	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
93247919--93248081	41	4.0	41	88	1	211	30	20	25	23	1.98
93248338--93248388	15	3.5	15	75	2	50	25	0	27	47	1.53
93249017--93249121	52	2.0	52	94	3	185	51	13	13	21	1.75
93254674--93254794	42	2.9	42	78	8	113	33	16	22	28	1.95
93254672--93254778	42	2.5	41	80	4	115	31	15	22	29	1.95
93254672--93254812	42	3.3	41	75	13	108	30	17	21	30	1.96
93262335--93262384	18	2.7	19	78	3	66	4	0	36	60	1.16
93265463--93265501	15	2.6	15	83	0	51	2	46	0	51	1.14
93269549--93269629	41	2.0	41	92	4	137	48	11	7	33	1.67
93273735--93273773	15	2.6	15	79	0	51	2	53	0	43	1.14
93277028--93277061	11	3.1	11	95	0	59	88	0	11	0	0.52
93281509--93281568	29	2.1	29	87	0	84	21	28	15	35	1.93
93281550--93281735	29	6.4	29	80	0	183	29	25	10	33	1.90
93281550--93281742	58	3.3	58	81	1	226	29	25	11	34	1.91
93281525--93281707	87	2.1	87	83	2	224	28	25	11	34	1.91
93283975--93284125	28	5.4	28	90	1	205	32	28	12	26	1.93
93287224--93287250	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
93290654--93290877	122	1.9	120	85	1	313	40	11	19	28	1.86
93291293--93291420	55	2.3	55	80	0	139	16	29	28	25	1.97
93295354--93295406	21	2.5	21	84	0	70	15	11	35	37	1.83
93296785--93296969	40	4.7	40	83	6	216	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93309529--93309672	42	3.4	42	80	3	164	19	21	14	44	1.86
93309537--93309675	21	6.6	21	72	6	102	17	20	15	45	1.86
93315926--93315976	3	16.3	3	88	8	75	33	0	0	66	0.92
93324138--93324228	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
93324209--93324277	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
93324209--93324277	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
93342139--93342171	16	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
93358242--93358782	88	6.2	87	86	3	683	33	21	23	21	1.97
93358297--93358766	44	10.7	44	67	9	228	34	20	23	21	1.97
93358235--93358762	175	3.0	173	86	4	729	33	20	23	21	1.97
93361439--93361729	128	2.3	128	81	3	336	27	16	17	38	1.91
93363353--93363477	62	2.0	62	93	0	214	32	9	28	29	1.89
93365571--93365692	43	2.8	43	84	11	169	22	17	27	32	1.96
93383792--93383865	38	2.0	37	89	5	114	24	31	25	18	1.98
93404272--93404297	11	2.4	11	100	0	52	7	7	0	84	0.77
93415987--93416084	49	2.0	49	100	0	196	32	22	24	20	1.98
93419645--93419817	47	3.7	47	86	0	238	43	8	19	28	1.81
93419645--93419817	94	1.8	94	89	0	274	43	8	19	28	1.81
93434261--93434293	16	2.1	16	88	5	50	21	15	3	60	1.48
93459596--93459691	47	2.0	47	95	0	174	33	22	7	36	1.82
93462575--93462627	19	2.7	19	80	8	54	75	1	5	16	1.08
93462575--93462621	19	2.5	19	86	6	60	76	0	6	17	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93467089--93467128	19	2.2	18	86	13	55	52	2	2	42	1.28
93468052--93468112	28	2.2	28	90	0	95	31	19	16	32	1.94
93469399--93469452	27	2.0	27	92	0	90	44	18	3	33	1.67
93470088--93470159	33	2.1	34	87	2	101	27	25	23	23	2.00
93470319--93470380	27	2.3	27	75	5	63	32	22	27	17	1.97
93493001--93493026	4	6.5	4	100	0	52	76	0	23	0	0.78
93493613--93493650	15	2.5	15	100	0	76	36	0	5	57	1.21
93493612--93493661	15	3.3	15	88	5	66	38	0	4	58	1.17
93493825--93493877	26	2.0	26	100	0	106	49	11	7	32	1.67
93494065--93494122	23	2.4	23	91	5	89	32	18	15	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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