genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1165052--1165172	47	2.6	47	73	13	115	23	28	19	28	1.98
1165456--1165492	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
1165617--1165669	23	2.3	24	83	6	65	32	0	7	60	1.25
1165802--1165845	19	2.3	20	80	7	56	40	0	2	56	1.11
1166921--1167008	12	7.7	12	67	7	58	55	3	11	29	1.51
1167628--1167653	13	2.0	13	100	0	52	7	53	30	7	1.57
1167671--1167704	16	2.1	17	88	5	52	8	5	0	85	0.75
1177166--1177203	18	2.0	20	85	10	53	10	10	0	78	0.95
1178985--1179021	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
1179933--1179963	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
1193313--1193342	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1196924--1197060	67	2.0	67	100	0	274	48	4	4	43	1.43
1200916--1200948	15	2.1	16	88	5	50	57	6	3	33	1.38
1223121--1223186	32	2.1	32	97	0	123	48	12	13	25	1.77
1229944--1230424	35	12.8	37	70	19	175	32	21	19	26	1.97
1229943--1230159	75	2.9	75	84	4	269	29	22	20	26	1.99
1230014--1230274	115	2.3	115	85	2	346	32	21	18	27	1.96
1230142--1230425	75	3.9	74	81	8	303	34	21	17	26	1.95
1229981--1230423	190	2.4	185	86	2	618	33	21	18	26	1.96
1232165--1232194	6	5.0	6	100	0	60	66	0	16	16	1.25
1232119--1232252	70	1.9	69	86	6	189	48	5	18	27	1.69
1233713--1233774	25	2.6	23	75	10	61	64	1	1	32	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1242114--1242138	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1245686--1245742	24	2.3	24	78	3	60	50	0	7	42	1.29
1245813--1245858	3	15.3	3	95	0	83	67	2	0	30	1.03
1250076--1250108	14	2.4	14	90	10	50	78	0	18	3	0.87
1250855--1250894	20	2.0	20	85	9	55	47	0	20	32	1.50
1251381--1251548	52	3.1	52	63	24	121	35	4	14	45	1.65
1251344--1251563	110	2.0	110	97	0	413	35	4	16	43	1.69
1261751--1261790	12	3.7	12	75	25	52	50	5	5	40	1.46
1261741--1261790	20	2.5	20	100	0	100	50	4	6	40	1.46
1262121--1262156	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
1265428--1265500	29	2.4	31	80	11	89	39	20	1	38	1.61
1265959--1265999	19	2.2	19	86	0	55	4	12	7	75	1.16
1267804--1267831	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
1281084--1281215	65	2.0	65	100	0	264	34	21	25	18	1.96
1286815--1286884	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
1288943--1288985	20	2.0	22	86	8	63	23	25	39	11	1.88
1291286--1291337	15	3.2	15	73	19	50	53	5	0	40	1.25
1293115--1293142	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
1293510--1293583	35	2.1	34	83	11	89	56	1	0	41	1.07
1293512--1293583	34	2.0	34	81	13	81	56	1	0	41	1.07
1301423--1301920	263	1.9	263	86	2	723	34	12	16	36	1.87
1304291--1304340	24	2.1	25	85	10	70	52	6	14	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1312036--1312163	48	2.7	48	87	0	175	21	43	9	25	1.82
1312138--1312478	48	7.5	44	78	8	235	31	36	13	18	1.89
1312261--1312349	27	3.5	26	70	17	71	21	47	5	25	1.72
1312038--1312440	186	2.2	186	90	0	637	28	39	11	21	1.88
1312175--1312589	228	1.8	228	92	1	697	30	39	11	19	1.86
1312471--1313066	99	6.1	98	73	4	409	29	47	3	18	1.65
1312786--1312871	27	3.4	26	72	18	83	27	51	1	19	1.55
1312936--1313063	24	5.3	23	67	20	75	28	49	1	20	1.58
1312933--1313066	27	5.4	27	69	22	114	29	50	1	19	1.57
1312909--1312993	21	3.8	21	74	17	71	23	54	1	21	1.52
1312462--1313067	48	12.4	48	77	3	451	29	47	3	18	1.66
1312462--1313018	147	3.8	147	89	0	783	29	47	3	19	1.66
1312985--1313110	48	2.8	44	83	9	132	30	46	2	20	1.63
1313120--1313165	6	7.7	6	92	0	74	19	78	0	2	0.86
1314224--1314303	36	2.2	36	88	0	115	26	40	8	25	1.84
1314260--1314531	114	2.4	114	94	0	472	27	38	9	23	1.86
1314488--1314576	36	2.5	36	86	0	115	23	42	10	23	1.84
1314659--1315642	48	20.6	48	73	8	689	29	47	4	18	1.69
1315103--1315183	21	3.6	21	72	18	72	23	53	1	22	1.54
1314725--1315732	192	5.3	189	80	6	878	29	46	5	18	1.70
1315511--1315642	27	5.3	27	66	20	99	28	50	3	18	1.62
1315703--1315804	24	4.2	24	68	9	91	29	48	2	19	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1315727--1316125	48	8.3	48	78	10	336	26	51	2	19	1.60
1315796--1315876	21	3.6	21	69	23	65	27	56	2	13	1.50
1315559--1315900	165	2.1	165	86	7	469	29	49	3	17	1.65
1315727--1316082	144	2.5	144	81	4	389	27	51	2	18	1.59
1315817--1315941	27	5.1	27	66	25	78	30	51	0	17	1.51
1322799--1322828	15	2.0	15	93	0	51	16	13	30	40	1.87
1327798--1327842	22	2.0	22	87	8	65	48	0	17	33	1.48
1341098--1341217	9	13.0	9	68	15	50	60	2	0	35	1.16
1341100--1341160	24	2.4	24	83	8	68	62	1	0	36	1.05
1341425--1341468	19	2.3	19	92	7	72	36	2	2	59	1.23
1341453--1341493	21	2.0	21	86	9	59	21	7	0	70	1.11
1341442--1341522	29	2.8	27	75	16	74	32	3	0	64	1.11
1341442--1341525	27	2.9	28	71	15	73	33	3	0	63	1.12
1341540--1341570	13	2.4	13	94	0	53	16	3	0	80	0.83
1346458--1346498	22	1.9	21	85	5	55	34	0	17	48	1.47
1350458--1350482	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1350540--1350590	14	3.4	14	77	15	57	29	1	3	64	1.22
1350772--1350826	22	2.5	23	77	13	62	43	0	3	52	1.18
1357097--1357137	22	1.9	21	85	5	55	34	0	17	48	1.47
1361101--1361128	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
1361186--1361236	14	3.4	14	77	15	57	29	1	3	64	1.22
1361418--1361472	22	2.5	23	77	13	62	43	0	3	52	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1366095--1366120	6	4.3	6	100	0	52	30	15	53	0	1.42
1367324--1367364	22	1.9	21	85	5	55	65	9	0	24	1.22
1377877--1377932	27	2.1	27	100	0	112	37	8	0	53	1.32
1378118--1378149	16	2.0	16	100	0	64	37	12	6	43	1.68
1378904--1378928	13	1.9	13	100	0	50	32	8	4	56	1.47
1378909--1378963	19	3.0	17	79	12	56	29	5	7	58	1.48
1379588--1379619	17	1.9	17	93	6	57	40	0	6	53	1.26
1384472--1384512	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1395324--1395379	27	2.1	27	96	0	103	23	28	5	42	1.76
1397715--1397798	36	2.3	36	82	8	91	26	19	11	42	1.85
1408753--1408838	18	4.9	18	83	4	106	29	23	13	33	1.93
1408753--1408838	36	2.5	35	88	5	122	29	23	13	33	1.93
1424476--1424517	14	2.9	14	82	3	57	54	4	7	33	1.49
1424871--1424964	20	4.7	20	70	16	61	61	0	6	31	1.21
1448484--1448509	10	2.6	10	100	0	52	42	0	7	50	1.31
1451061--1451426	46	8.0	46	88	1	475	40	15	24	19	1.90
1452349--1452628	129	2.2	128	82	1	326	33	27	12	25	1.93
1452347--1452603	86	3.0	85	79	4	264	32	27	13	26	1.94
1452350--1452628	43	6.5	42	82	4	227	33	27	12	25	1.93
1454370--1454422	22	2.4	22	87	6	72	43	22	5	28	1.76
1456595--1456625	6	5.2	6	92	0	53	48	0	51	0	1.00
1456821--1456854	6	5.3	6	89	10	50	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1456821--1456854	13	2.7	12	86	13	50	23	0	0	76	0.79
1456841--1456889	20	2.5	20	93	3	82	22	4	4	69	1.23
1456842--1456883	19	2.2	19	91	8	68	23	4	4	66	1.30
1457299--1457344	15	3.1	15	78	6	58	50	21	2	26	1.60
1457497--1457531	18	1.9	18	88	11	54	20	0	28	51	1.47
1459356--1459407	16	3.2	16	75	20	54	13	0	34	51	1.41
1459462--1459641	41	4.4	41	91	0	288	18	23	23	34	1.96
1459824--1459853	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
1466242--1466266	13	1.9	13	100	0	50	40	16	28	16	1.89
1471419--1471446	13	2.2	13	100	0	56	35	14	32	17	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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