genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65486189--65486215	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
65487384--65487487	18	5.8	17	67	17	52	66	0	23	9	1.27
65490218--65490255	18	2.2	18	86	13	53	21	2	15	60	1.47
65494047--65494089	21	2.1	20	83	12	52	25	6	4	62	1.40
65498378--65498416	19	2.1	19	90	0	60	58	10	2	28	1.44
65511795--65511860	18	3.7	18	83	0	78	43	12	19	24	1.85
65512285--65512423	27	5.1	27	86	1	181	38	16	14	30	1.89
65512262--65512423	81	2.0	80	85	3	218	40	17	14	27	1.88
65514464--65514660	27	7.3	27	83	2	234	28	23	7	40	1.81
65514475--65514660	81	2.3	81	88	0	291	30	23	6	39	1.80
65514692--65514829	27	5.1	27	89	1	188	40	21	7	30	1.81
65517627--65517703	27	2.9	28	79	11	81	33	16	23	25	1.96
65518438--65518468	16	1.9	16	93	0	53	32	19	12	35	1.90
65518501--65518606	25	4.2	24	80	10	97	30	20	22	26	1.98
65518718--65518809	42	2.2	42	90	0	139	32	14	19	33	1.92
65518833--65518947	31	3.7	31	95	1	205	27	16	26	28	1.97
65520993--65521129	43	3.2	45	81	8	151	25	16	27	30	1.96
65524385--65524601	85	2.5	86	83	2	276	30	25	16	26	1.97
65524383--65524601	43	5.1	43	78	5	246	31	26	16	26	1.97
65529174--65529328	76	2.0	76	98	0	301	27	12	14	45	1.80
65530025--65530066	19	2.2	20	87	12	61	35	4	33	26	1.77
65539995--65540059	28	2.3	28	86	0	94	33	24	7	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65540165--65540254	27	3.2	27	79	7	101	20	24	23	32	1.98
65543285--65543324	18	2.2	18	95	0	71	27	25	2	45	1.66
65543889--65544208	46	7.0	46	91	0	435	21	23	14	40	1.91
65548661--65548807	43	3.4	43	76	7	138	27	17	25	29	1.97
65555814--65555925	45	2.5	45	89	0	161	32	25	16	25	1.97
65575598--65575787	41	4.7	40	82	3	202	23	25	14	36	1.93
65575598--65575821	80	2.8	79	77	6	225	23	26	14	35	1.94
65578502--65578601	37	2.7	37	98	0	191	25	33	19	23	1.97
65578648--65579022	48	7.8	48	92	0	579	32	26	6	34	1.81
65599455--65599515	27	2.3	27	85	0	77	39	24	6	29	1.80
65599455--65599527	27	2.7	27	74	4	76	38	26	6	28	1.82
65599518--65599624	27	4.0	27	86	1	144	35	18	21	24	1.96
65599518--65599620	54	1.9	54	90	3	165	35	17	22	24	1.95
65599766--65599796	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
65600017--65600081	22	3.0	22	86	8	96	20	23	23	33	1.97
65600416--65600541	38	3.2	38	80	13	130	19	22	13	44	1.86
65600416--65600478	19	3.3	19	72	24	60	22	19	12	46	1.83
65600462--65600549	25	3.8	25	74	20	91	20	23	13	42	1.88
65600508--65600573	6	10.8	6	75	15	64	16	19	15	48	1.81
65600435--65600522	19	4.6	19	77	20	94	20	22	12	44	1.85
65600492--65600552	25	2.4	25	100	0	122	16	22	14	45	1.84
65602710--65602802	46	2.0	46	100	0	186	23	12	19	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65606773--65606857	42	2.0	42	100	0	170	37	28	4	29	1.77
65607056--65607129	25	3.0	25	71	0	67	29	20	14	35	1.93
65608300--65608434	41	3.3	40	80	5	164	35	14	27	22	1.93
65609478--65609502	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
65614264--65614440	27	6.6	27	84	3	187	28	28	15	27	1.96
65614264--65614440	54	3.3	54	83	2	212	28	28	15	27	1.96
65614285--65614439	81	1.9	81	86	5	224	28	28	16	27	1.97
65622360--65622536	27	6.6	27	84	3	187	28	28	15	27	1.96
65622360--65622536	54	3.3	54	83	2	212	28	28	15	27	1.96
65622381--65622535	81	1.9	81	86	5	224	28	28	16	27	1.97
65627307--65627461	27	5.7	27	89	0	202	29	20	9	41	1.84
65627441--65627499	27	2.2	27	84	0	82	42	23	5	28	1.75
65627293--65627482	54	3.5	54	83	1	157	32	19	9	38	1.84
65627455--65627557	27	3.9	27	77	2	109	41	23	8	26	1.83
65628939--65629158	40	5.6	40	86	5	297	25	28	23	22	1.99
65628939--65629158	79	2.8	80	88	4	322	25	28	23	22	1.99
65631309--65631396	27	3.3	27	85	1	106	38	17	19	25	1.92
65631603--65631696	25	3.8	25	91	1	154	26	25	21	26	1.99
65633934--65634087	27	5.7	27	89	0	218	29	22	7	39	1.82
65634012--65634212	27	7.4	27	75	6	104	38	21	6	33	1.80
65633906--65634113	81	2.6	81	81	1	238	33	21	7	37	1.82
65633918--65634114	54	3.6	54	81	1	171	34	20	7	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65633906--65634142	81	2.9	81	78	1	188	35	21	7	36	1.81
65634133--65634246	27	4.2	27	84	4	124	40	18	9	31	1.83
65634133--65634246	54	2.1	54	83	3	140	40	18	9	31	1.83
65636316--65636469	27	5.7	27	88	0	200	29	22	7	39	1.82
65636320--65636468	81	1.8	81	89	0	235	30	20	8	40	1.82
65636394--65636594	27	7.4	27	76	6	113	38	21	6	33	1.80
65636316--65636496	54	3.4	53	80	4	184	31	21	7	39	1.82
65636320--65636495	81	2.2	81	84	4	221	32	20	7	39	1.82
65636515--65636628	27	4.2	26	81	8	122	40	17	9	32	1.82
65640432--65640587	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	28	1.97
65640437--65640588	54	2.8	55	80	4	182	26	27	16	28	1.97
65648343--65648497	27	5.7	27	78	7	145	27	27	16	28	1.97
65648348--65648498	54	2.8	55	80	5	182	27	27	16	29	1.97
65663810--65663892	29	2.8	29	81	15	98	27	24	19	28	1.98
65664262--65664310	25	2.0	25	83	0	62	26	16	22	34	1.95
65679695--65679996	41	7.4	41	82	2	302	35	12	27	24	1.92
65679703--65679768	20	3.2	20	67	12	53	34	10	33	21	1.88
65679968--65680017	21	2.4	22	80	10	59	38	8	28	26	1.84
65685624--65685668	23	2.0	23	90	0	72	28	35	22	13	1.92
65686856--65687082	48	4.8	48	69	7	124	30	25	16	26	1.97
65690757--65690845	30	3.0	31	78	4	94	29	24	16	29	1.97
65693439--65693500	5	12.0	5	79	19	58	79	4	16	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65693434--65693498	21	3.1	20	80	12	69	80	6	13	0	0.90
65693439--65693497	16	3.8	15	78	13	57	79	5	15	0	0.89
65693569--65693593	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
65693560--65693613	18	3.0	18	77	0	54	64	1	20	12	1.36
65693586--65693630	24	2.0	22	82	8	54	53	0	31	15	1.43
65695700--65695772	26	2.8	26	93	0	128	28	24	21	24	1.99
65695994--65696085	38	2.7	31	73	23	87	34	16	21	27	1.95
65698841--65698898	29	2.0	29	100	0	116	34	13	6	44	1.71
65699326--65699457	28	4.7	27	81	10	133	28	26	15	28	1.96
65706982--65707077	28	3.4	28	75	16	99	29	33	14	22	1.94
65706982--65707105	56	2.2	56	94	0	212	29	30	15	25	1.96
65707004--65707105	28	3.6	28	81	15	138	28	27	15	28	1.96
65711982--65712038	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
65711982--65712038	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
65711982--65712038	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
65712112--65712174	24	2.6	24	79	0	72	63	0	25	11	1.27
65712112--65712156	12	3.8	12	81	0	54	66	0	24	8	1.20
65714556--65714631	24	3.2	24	90	0	107	34	5	39	21	1.76
65722820--65722930	27	4.1	27	88	1	143	16	24	20	38	1.92
65725366--65725608	49	5.0	50	79	6	273	27	18	25	29	1.98
65725383--65725559	97	1.8	96	90	1	282	27	19	23	28	1.99
65726023--65726077	25	2.2	25	100	0	110	23	23	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65751466--65751515	23	2.1	24	96	3	93	46	18	4	32	1.67
65752035--65752136	48	2.1	48	90	0	159	28	25	17	28	1.98
65756042--65756077	17	2.2	17	90	9	58	5	25	0	69	1.10
65757068--65757101	15	2.3	15	90	10	52	29	0	26	44	1.55
65766610--65766722	28	4.1	28	88	2	140	35	20	24	19	1.96
65767960--65768014	18	3.2	17	76	7	58	61	0	32	5	1.19
65774576--65774698	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
65774560--65774744	47	3.9	47	91	0	289	33	11	28	26	1.92
65775062--65775099	20	1.9	20	88	0	58	34	34	10	21	1.87
65777706--65777811	48	2.2	48	81	9	128	60	1	23	14	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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