genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  92  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29275519--29275651	66	2.0	66	95	0	239	34	19	24	21	1.96
29276127--29276198	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
29276118--29276194	9	7.9	9	71	16	55	35	9	22	33	1.85
29276116--29276198	20	4.2	20	95	0	148	36	12	20	31	1.89
29276254--29276302	23	2.1	23	100	0	98	30	20	20	28	1.98
29276254--29276323	23	3.0	23	89	8	88	28	21	22	27	1.99
29276517--29276580	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
29277289--29277543	48	5.3	48	87	2	343	27	28	17	26	1.97
29292211--29292294	44	1.9	44	92	0	141	34	28	19	17	1.95
29305523--29305547	13	1.9	13	100	0	50	24	8	24	44	1.80
29305432--29305657	101	2.2	101	86	5	314	26	13	25	34	1.93
29305563--29305692	56	2.3	56	81	7	140	25	14	26	33	1.94
29312387--29312651	50	5.5	50	74	13	193	23	29	18	27	1.98
29312387--29312651	95	2.8	98	82	6	303	23	29	18	27	1.98
29315987--29316130	43	3.4	42	80	7	121	25	18	25	31	1.97
29316027--29316130	42	2.4	43	82	6	122	26	18	25	29	1.98
29318359--29318557	50	4.0	50	79	3	222	40	19	10	30	1.84
29336890--29336996	50	2.1	50	80	0	124	42	15	11	29	1.82
29342117--29342220	28	3.7	28	82	1	127	25	15	33	25	1.95
29342520--29343047	27	19.7	27	80	2	472	39	19	8	32	1.82
29342520--29343035	107	4.8	107	83	5	533	39	18	8	32	1.82
29342533--29343047	134	3.8	133	83	4	550	39	19	8	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29343028--29343115	27	3.2	27	79	6	88	37	18	14	29	1.91
29362306--29362478	38	4.5	38	83	5	197	31	24	21	21	1.98
29362308--29362487	75	2.4	77	81	4	211	30	24	21	23	1.99
29376968--29377079	43	2.6	43	100	0	224	29	33	26	9	1.89
29377072--29377175	38	2.7	38	87	0	127	29	26	21	22	1.99
29380823--29381087	40	6.6	39	88	5	313	24	26	21	27	1.99
29385155--29385259	43	2.5	43	79	1	113	30	15	25	28	1.96
29386773--29386815	19	2.3	19	84	8	52	39	16	9	34	1.80
29390466--29390798	48	6.9	48	97	0	594	34	6	29	29	1.83
29390946--29391047	37	2.8	37	90	0	150	26	16	29	27	1.97
29392291--29392351	30	2.0	30	96	0	113	65	11	3	19	1.38
29393626--29393674	24	1.9	26	88	12	75	12	0	10	77	0.99
29396494--29396970	27	17.7	27	86	0	639	40	19	8	31	1.82
29396488--29396989	81	6.2	81	91	0	779	40	19	8	31	1.82
29397015--29397401	27	14.4	27	88	1	499	34	17	20	26	1.95
29397531--29397580	21	2.4	21	89	0	73	38	12	20	30	1.88
29397531--29397583	11	5.0	11	81	6	65	35	13	20	30	1.91
29397543--29397591	21	2.3	21	96	0	89	34	10	18	36	1.85
29401615--29401652	18	2.2	18	86	13	53	23	7	2	65	1.32
29404204--29404301	49	2.0	50	80	6	110	44	9	15	30	1.77
29405691--29405720	14	2.1	14	93	0	51	20	36	3	40	1.69
29413739--29413836	49	2.0	50	87	2	144	43	9	16	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29424843--29424932	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
29425040--29425102	28	2.2	28	94	0	108	30	7	28	33	1.86
29432729--29432796	27	2.4	27	85	9	84	33	25	25	16	1.95
29432924--29432988	28	2.3	28	91	0	103	30	7	27	33	1.85
29439665--29439691	14	1.9	14	100	0	54	0	0	25	74	0.83
29446906--29446990	6	13.8	6	74	14	75	50	12	17	18	1.77
29446929--29446990	25	2.5	25	94	0	106	46	14	19	19	1.83
29447210--29447261	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
29448089--29448153	27	2.4	27	76	5	69	20	24	20	35	1.96
29448207--29448292	27	3.1	27	75	17	86	36	9	16	38	1.81
29448290--29448366	27	2.9	27	86	7	120	29	5	23	41	1.76
29448204--29448366	54	3.0	55	79	7	161	31	7	19	40	1.81
29448269--29448399	54	2.4	54	82	5	140	29	9	21	40	1.84
29448398--29448733	27	12.4	27	83	1	368	39	6	22	31	1.80
29448398--29448706	81	3.8	81	88	1	422	40	6	22	31	1.79
29448699--29448934	27	8.8	26	82	8	231	30	9	21	38	1.86
29448449--29448913	81	5.7	80	81	5	222	36	8	20	34	1.83
29448784--29448934	81	1.9	81	94	0	266	30	8	21	39	1.83
29451592--29451695	37	2.8	37	82	1	127	39	13	17	29	1.88
29452894--29452941	24	2.0	24	91	0	78	39	10	2	47	1.49
29463746--29463799	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
29463819--29463999	27	6.7	26	82	1	173	25	17	17	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29463800--29463999	81	2.5	81	85	3	242	27	18	17	37	1.93
29478326--29478411	45	1.9	45	87	0	127	26	11	25	36	1.90
29487497--29487603	42	2.4	45	83	4	130	31	26	16	25	1.97
29490908--29490939	16	2.0	16	93	0	55	40	6	6	46	1.54
29497438--29497528	27	3.2	28	82	4	103	23	29	14	32	1.94
29502130--29502219	28	3.2	28	82	3	101	25	30	12	32	1.92
29507137--29507170	16	2.1	17	88	5	52	73	0	2	23	0.97
29512931--29512968	19	2.0	19	100	0	76	31	5	15	47	1.68
29521338--29521500	39	4.2	39	86	3	139	30	26	17	24	1.97
29521334--29521500	78	2.1	78	87	2	237	29	27	18	23	1.98
29534688--29534871	67	2.9	63	78	7	199	30	17	29	22	1.97
29539104--29539287	67	2.8	64	76	8	185	29	17	29	23	1.97
29547604--29547799	42	4.5	42	78	7	162	28	25	17	28	1.97
29547604--29547767	90	1.8	90	84	5	224	28	26	18	27	1.98
29547604--29547848	132	1.9	132	81	5	307	29	26	16	26	1.97
29547604--29547895	132	2.2	132	80	7	286	29	26	16	26	1.97
29547817--29547953	48	2.9	48	81	6	136	27	27	16	27	1.97
29556526--29556703	27	6.6	27	82	6	180	29	28	15	26	1.96
29564653--29564830	27	6.6	27	82	6	180	29	28	15	26	1.96
29568628--29568783	43	3.7	42	80	6	172	28	24	19	27	1.99
29568628--29568783	85	1.8	84	84	5	215	28	24	19	27	1.99
29575316--29575393	34	2.3	34	77	4	86	30	20	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29575413--29575455	22	1.9	23	90	4	70	23	53	2	20	1.57
29583453--29583512	28	2.1	29	81	9	70	41	3	23	31	1.71
29586635--29586809	48	3.6	48	89	3	246	26	31	18	24	1.97
29594142--29594215	27	2.7	27	79	4	78	27	9	25	37	1.87
29602369--29602447	37	2.1	37	88	4	115	25	30	20	24	1.98
29602566--29602999	95	4.5	96	95	2	716	29	29	8	32	1.87
29602566--29602999	49	9.1	49	92	5	719	29	29	8	32	1.87
29602566--29602999	144	3.0	144	93	4	718	29	29	8	32	1.87
29619432--29619510	31	2.5	31	89	4	115	26	24	17	31	1.97
29619534--29619625	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
29619770--29619842	27	2.8	27	91	4	114	26	23	23	27	2.00
29620644--29620727	27	3.1	27	93	3	134	20	26	22	30	1.98
29620766--29621004	27	8.8	27	78	6	196	33	9	17	39	1.82
29620766--29620994	83	2.8	82	78	9	241	33	9	18	38	1.83
29620742--29621003	81	3.2	79	73	13	226	32	9	17	40	1.83
29620996--29621206	27	7.9	27	85	3	219	40	6	23	29	1.80
29620997--29621206	81	2.6	81	81	2	262	40	6	23	30	1.80
29621168--29621301	27	5.0	27	77	5	119	33	9	20	36	1.85
29623527--29623604	31	2.5	31	91	2	131	26	25	17	29	1.98
29623628--29623719	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
29623864--29624013	26	5.8	26	88	0	221	28	23	21	26	1.99
29623864--29624013	52	2.9	52	94	1	266	28	23	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29624813--29624877	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
29624931--29624982	27	1.9	27	84	7	70	40	9	9	40	1.71
29625018--29625146	27	4.8	27	84	2	170	30	8	20	40	1.83
29625021--29625160	54	2.6	54	86	4	201	30	8	22	38	1.84
29625021--29625447	27	15.9	27	79	7	152	35	8	21	34	1.83
29625018--29625171	81	1.9	81	80	0	182	32	7	21	38	1.82
29625112--29625402	81	3.6	79	75	8	228	38	7	21	32	1.82
29625137--29625349	54	3.9	55	85	7	267	39	7	22	30	1.81
29625346--29625442	26	3.7	26	83	8	99	30	9	19	40	1.83
29625374--29625457	26	3.2	26	81	11	66	34	8	16	40	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295