genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18771056--18771280	29	7.8	29	77	5	215	20	25	15	38	1.92
18771056--18771280	86	2.6	86	86	2	308	20	25	15	38	1.92
18771056--18771278	57	3.9	56	75	8	182	21	25	15	38	1.92
18773219--18773276	26	2.2	25	85	8	80	29	22	17	31	1.96
18773748--18773772	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
18777868--18777919	27	2.0	26	84	3	68	46	11	21	21	1.82
18783110--18783151	18	2.4	18	84	4	50	30	19	14	35	1.91
18785496--18785534	14	2.6	15	88	8	53	38	12	15	33	1.85
18787899--18787952	21	2.6	21	78	0	63	22	33	29	14	1.94
18798395--18798584	48	3.9	48	78	5	170	24	25	21	28	1.99
18798480--18798666	102	1.8	102	90	0	302	27	26	19	26	1.99
18798480--18798638	54	3.1	54	72	9	159	27	26	20	25	1.99
18801235--18801278	21	2.1	21	91	0	70	34	9	18	38	1.82
18813835--18813918	26	3.2	25	91	6	132	36	23	4	34	1.76
18814712--18814817	30	3.5	29	75	13	81	22	12	6	58	1.57
18814843--18814948	4	26.8	4	69	16	60	22	7	1	67	1.25
18814919--18814961	19	2.3	19	84	8	52	25	6	0	67	1.15
18814891--18814977	23	3.9	22	72	15	63	22	10	2	64	1.36
18814933--18814990	23	2.5	22	75	5	62	18	12	1	67	1.31
18815058--18815112	11	5.0	11	75	12	51	23	9	0	67	1.19
18835409--18835827	51	8.7	50	69	12	250	34	16	19	30	1.93
18835475--18835831	45	7.5	45	71	10	212	34	15	20	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18835406--18835724	96	3.3	96	87	0	449	35	16	18	30	1.93
18835556--18835831	141	2.0	141	86	1	383	32	15	21	30	1.94
18835409--18835817	192	2.1	190	80	8	452	34	16	18	30	1.93
18836032--18836065	14	2.5	14	85	4	52	70	11	0	17	1.16
18836729--18836828	4	24.8	4	70	11	53	22	8	1	69	1.21
18836727--18836796	37	1.9	36	85	2	95	18	10	1	70	1.23
18836799--18836841	19	2.3	19	84	8	52	25	6	0	67	1.15
18836770--18836864	23	4.3	22	75	14	70	22	10	2	65	1.34
18839768--18839989	46	4.8	46	79	8	245	21	19	28	30	1.97
18839767--18839935	93	1.8	93	90	0	275	21	19	28	30	1.98
18842851--18842907	28	2.0	28	93	3	96	59	1	0	38	1.08
18846750--18846774	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
18849034--18849069	12	3.0	12	91	0	54	38	16	13	30	1.88
18856068--18856108	18	2.2	18	87	12	57	26	2	9	60	1.40
18860077--18860103	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
18861815--18861854	19	2.1	19	95	0	71	42	12	10	35	1.76
18869073--18869296	40	5.6	40	82	8	267	27	25	22	24	2.00
18869073--18869296	83	2.8	80	85	8	276	27	25	22	24	2.00
18877168--18877349	39	4.6	39	85	8	233	26	26	23	24	2.00
18877168--18877349	82	2.3	79	90	5	278	26	26	23	24	2.00
18924778--18924956	40	4.6	39	81	11	197	25	22	26	25	2.00
18924774--18924956	77	2.3	81	83	9	227	24	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18924827--18924988	77	2.1	77	82	7	195	26	21	26	25	2.00
18932589--18932773	40	4.6	39	84	5	212	24	22	27	25	2.00
18932589--18932773	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
18940491--18940715	40	5.6	39	85	5	265	24	21	28	25	1.99
18940491--18940715	80	2.8	80	83	5	294	24	21	28	25	1.99
18940491--18940738	119	2.1	119	80	7	272	25	21	27	25	1.99
18957620--18957680	30	2.0	30	87	0	86	44	1	24	29	1.63
18972756--18972781	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
18992684--18992750	33	2.0	33	97	0	125	23	16	19	40	1.91
18995833--18995934	48	2.1	48	94	5	181	36	22	18	22	1.95
19000508--19000732	40	5.7	40	81	5	233	26	25	22	25	2.00
19000508--19000732	79	2.8	80	82	6	251	26	25	22	25	2.00
19000508--19000732	119	1.9	120	81	6	278	26	25	22	25	2.00
19015146--19015178	13	2.5	13	100	0	66	6	21	39	33	1.78
19030203--19030343	40	3.5	40	86	6	178	29	26	19	24	1.99
19030232--19030359	40	3.2	40	86	2	141	28	25	20	26	1.99
19035071--19035123	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
19038187--19038238	26	2.0	26	100	0	104	34	19	11	34	1.88
19040712--19040785	36	2.1	36	100	0	148	24	20	8	47	1.77
19044158--19044809	47	13.7	47	94	2	1083	32	8	29	29	1.87
19044928--19045003	35	2.1	35	85	7	100	25	18	30	26	1.98
19046216--19046579	40	8.8	40	86	7	503	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19046423--19046525	52	2.0	49	88	5	152	25	22	26	26	2.00
19046383--19046565	92	2.0	89	86	5	251	26	22	25	25	2.00
19046755--19046806	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
19049485--19050183	47	14.7	47	95	1	1211	32	8	29	29	1.87
19050302--19050380	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
19053691--19053765	37	2.0	37	97	0	141	49	14	5	30	1.66
19058976--19059199	79	2.8	77	82	8	252	24	28	22	24	2.00
19058976--19059199	39	5.7	40	85	6	262	24	28	22	24	2.00
19058957--19059199	40	6.1	40	83	9	229	24	27	22	25	2.00
19067205--19067427	40	5.7	40	85	7	262	24	27	22	25	2.00
19067205--19067427	117	1.9	120	82	8	287	24	27	22	25	2.00
19074262--19074376	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
19074262--19074395	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
19074575--19074645	35	2.0	35	94	0	124	43	1	19	35	1.60
19079343--19079422	5	14.8	5	75	12	52	70	2	0	27	1.01
19079343--19079428	11	7.6	11	75	10	57	69	2	0	27	1.00
19079332--19079424	19	4.9	19	72	17	68	68	3	0	27	1.04
19079343--19079425	22	3.8	22	73	14	66	69	2	0	27	1.00
19079344--19079430	17	5.1	18	73	23	64	68	2	0	28	1.01
19079394--19079436	22	2.0	22	85	0	59	65	6	0	27	1.18
19087140--19087222	43	1.9	44	87	2	123	30	10	31	27	1.91
19088292--19089791	353	4.3	353	86	2	1987	38	11	17	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19088300--19089791	705	2.1	702	86	2	2087	38	11	17	32	1.85
19098783--19098842	30	2.0	30	83	0	75	31	25	6	36	1.82
19100405--19100434	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
19100634--19100772	49	2.8	49	82	3	163	31	27	16	24	1.96
19102271--19102388	48	2.5	48	87	5	161	31	21	24	22	1.98
19102271--19102425	48	3.3	47	81	7	154	29	21	25	23	1.99
19102896--19103001	53	2.0	53	100	0	212	32	15	13	39	1.85
19103668--19103707	21	2.0	20	85	5	53	15	37	27	20	1.92
19105714--19105786	19	3.8	19	82	8	78	49	0	23	27	1.50
19105729--19105783	27	2.0	27	82	0	65	49	0	23	27	1.51
19121642--19121702	32	1.9	32	93	0	104	27	31	16	24	1.96
19121676--19121802	50	2.6	49	85	8	152	26	29	18	25	1.98
19121646--19122211	269	2.1	269	97	0	1078	27	30	17	25	1.97
19121994--19122256	46	5.6	47	75	16	163	25	31	16	26	1.96
19125331--19125468	57	2.4	58	83	6	165	34	19	15	30	1.93
19136147--19136281	56	2.4	56	89	0	207	34	24	14	27	1.94
19137956--19137988	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19142604--19142646	18	2.5	17	82	14	52	44	0	4	51	1.22
19142616--19142657	18	2.4	18	88	11	61	42	0	0	57	0.99
19145717--19145741	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
19146000--19146118	39	3.1	39	81	0	130	39	22	5	31	1.78
19152145--19152171	13	2.1	13	100	0	54	77	0	7	14	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19153291--19153336	13	3.2	13	80	19	56	63	0	0	36	0.95
19153292--19153354	29	2.2	29	83	11	76	60	3	0	36	1.13
19155576--19155616	20	2.0	20	85	0	55	46	4	0	48	1.23
19163833--19163908	30	2.4	32	85	12	113	44	7	11	35	1.70
19166480--19166537	28	2.1	28	96	0	107	22	12	27	37	1.89
19169358--19169490	69	1.9	70	90	1	214	31	13	18	36	1.89
19170249--19170637	39	9.9	39	84	2	411	21	21	27	29	1.98
19170265--19170598	119	2.8	118	87	2	472	21	21	28	28	1.99
19184304--19184600	48	6.3	48	71	10	218	25	27	20	26	1.99
19184397--19184600	96	2.1	96	88	3	295	24	26	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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