genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28827053--28827198	37	3.9	37	90	0	211	26	32	17	23	1.97
28827361--28827459	47	2.1	47	82	0	117	24	28	14	33	1.94
28827430--28827487	28	2.1	28	93	0	98	24	25	17	32	1.96
28827383--28827534	75	2.0	75	88	0	223	24	26	15	33	1.95
28827458--28827668	47	4.5	47	93	0	341	26	26	12	34	1.92
28827521--28827643	22	5.3	21	65	24	61	25	27	13	34	1.93
28831341--28831374	16	2.0	17	88	11	52	47	5	5	41	1.52
28832339--28832364	12	2.2	12	100	0	52	50	34	0	15	1.45
28835515--28835571	29	2.0	29	92	0	96	22	17	26	33	1.96
28843346--28843548	27	7.6	27	84	5	241	29	28	15	27	1.96
28851204--28851408	27	7.6	27	85	5	252	30	27	15	26	1.96
28856100--28856171	31	2.3	31	95	0	126	13	31	33	20	1.92
28869643--28869669	14	1.9	14	100	0	54	29	18	0	51	1.46
28881820--28881847	12	2.3	12	100	0	56	53	0	0	46	1.00
28883596--28883629	18	1.9	17	88	5	50	32	17	0	50	1.47
28885273--28885330	25	2.3	25	82	11	66	62	0	0	37	0.96
28885277--28885330	23	2.2	25	84	12	69	62	0	0	37	0.95
28885695--28885994	150	2.0	150	94	0	528	39	8	10	42	1.69
28890052--28890278	91	2.4	94	78	5	228	27	20	23	28	1.99
28890051--28890278	48	4.9	48	74	9	182	27	20	24	28	1.99
28905100--28905812	48	14.9	48	94	1	1148	37	6	26	30	1.81
28905324--28905404	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28907268--28907621	40	8.9	40	90	0	546	22	20	29	27	1.98
28911896--28912113	40	5.5	40	90	2	307	22	23	28	25	1.99
28913458--28914590	48	23.6	48	95	1	1943	35	6	27	30	1.82
28913587--28913667	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
28916095--28916533	40	11.0	40	92	0	725	21	21	30	26	1.98
28919017--28920257	48	25.9	48	94	1	2118	35	6	27	30	1.82
28919481--28919561	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
28919913--28919993	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
28927473--28927616	28	5.4	27	85	12	201	36	14	25	24	1.93
28927474--28927616	52	2.7	54	86	10	199	36	14	25	23	1.93
28927640--28927736	51	1.9	51	89	4	151	34	13	26	25	1.93
28930337--28930461	24	4.7	27	83	15	163	36	16	24	23	1.94
28930337--28930461	52	2.4	52	94	2	216	36	16	24	23	1.94
28930485--28930581	51	1.9	51	85	4	133	32	14	26	25	1.94
28931768--28931823	28	2.0	28	100	0	112	35	10	14	39	1.81
28945300--28945345	24	2.0	21	84	12	56	41	0	0	58	0.98
28951835--28951877	22	2.0	22	86	9	61	74	4	11	9	1.20
28962539--28962660	43	2.9	42	76	10	131	29	15	26	28	1.96
28965152--28965325	46	3.8	46	95	0	294	28	29	21	19	1.98
28971216--28971242	7	3.9	7	100	0	54	14	11	0	74	1.08
28972901--28972971	26	2.7	26	81	10	74	21	28	16	33	1.95
28972960--28973017	25	2.4	24	77	8	64	22	27	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28973057--28973112	25	2.3	23	82	11	76	19	30	17	32	1.95
28973066--28973113	25	1.9	25	95	0	87	18	29	20	31	1.97
28977512--28977601	34	2.6	35	79	8	96	27	24	27	20	1.99
28989882--28989914	16	2.1	16	100	0	66	30	12	18	39	1.87
28996398--28996592	54	3.6	54	75	8	182	37	18	23	21	1.94
28997862--28997923	27	2.3	27	88	0	88	30	12	14	41	1.83
29001767--29001905	48	2.9	48	85	1	181	32	15	22	30	1.94
29001869--29001945	38	2.0	38	84	0	100	31	15	25	27	1.96
29005192--29005228	16	2.2	17	90	4	58	45	13	32	8	1.73
29005616--29005757	27	5.3	27	86	6	180	42	19	18	20	1.90
29005750--29005966	27	8.0	27	80	7	219	25	14	19	41	1.89
29005763--29005942	54	3.3	54	86	4	247	25	13	18	42	1.87
29005725--29005895	81	2.1	81	80	4	184	29	14	18	38	1.90
29005749--29005968	81	2.7	81	85	5	284	25	14	19	40	1.89
29010779--29010840	31	2.0	31	87	3	90	40	6	24	29	1.80
29011652--29011840	50	3.8	49	88	1	252	25	19	25	29	1.98
29016829--29017133	47	6.4	47	79	12	297	23	30	19	25	1.98
29016829--29017132	141	2.1	141	85	8	404	24	30	19	25	1.98
29016829--29017134	94	3.2	92	81	11	361	23	30	19	25	1.98
29022879--29023147	47	5.7	45	73	15	167	23	28	19	27	1.98
29022879--29023148	94	2.9	91	79	12	255	23	28	19	27	1.98
29035921--29036189	46	5.8	48	73	11	186	22	31	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29039234--29039405	93	1.8	93	92	0	290	28	30	20	20	1.98
29039226--29039401	46	3.8	46	79	10	196	29	29	19	21	1.98
29046287--29046550	47	5.6	47	73	11	177	24	29	18	26	1.98
29046341--29046554	46	4.6	45	75	11	164	24	29	18	28	1.98
29052744--29052791	25	1.9	25	100	0	96	39	12	27	20	1.89
29056849--29056890	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
29062795--29062819	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72
29062680--29062920	133	1.8	133	100	0	482	37	18	8	36	1.81
29087875--29087986	44	2.7	42	86	6	149	36	27	12	23	1.91
29090691--29090717	13	2.1	13	100	0	54	18	7	37	37	1.79
29091160--29091278	43	2.8	41	80	12	125	30	13	26	30	1.94
29100372--29100622	39	6.6	39	75	15	242	30	29	21	18	1.97
29108465--29108722	39	6.6	39	89	2	369	28	29	22	20	1.98
29117732--29117888	55	2.9	54	79	11	185	35	17	24	22	1.95
29118002--29118063	24	2.6	24	94	2	108	48	8	22	20	1.76
29122155--29123274	562	2.0	563	93	0	1900	38	22	13	25	1.91
29127808--29128082	48	5.7	49	77	5	231	28	19	28	24	1.99
29127852--29128085	98	2.4	100	82	5	271	28	20	28	23	1.99
29130888--29130998	57	1.9	57	96	0	204	29	9	26	35	1.87
29134492--29134816	50	6.7	49	80	6	322	29	20	27	22	1.98
29134492--29134816	100	3.3	97	83	4	363	29	20	27	22	1.98
29139062--29139138	30	2.6	30	83	8	95	25	28	28	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29140280--29140314	17	2.0	18	88	5	54	14	8	2	74	1.17
29150558--29150633	39	1.9	39	100	0	152	35	21	17	26	1.95
29153144--29153279	42	3.2	42	73	7	121	32	25	15	27	1.95
29156632--29156984	116	3.0	117	83	1	422	26	16	23	33	1.96
29160575--29160649	20	3.5	20	69	15	60	24	12	25	38	1.89
29160572--29160668	45	2.2	44	90	5	153	26	11	23	38	1.89
29165729--29165812	42	2.0	43	88	6	127	34	26	16	22	1.95
29173255--29173413	43	3.7	42	82	4	176	32	23	18	25	1.97
29184485--29184554	34	2.0	35	89	8	108	41	12	11	34	1.79
29190715--29190843	49	2.6	49	80	2	143	26	27	16	29	1.97
29190861--29190987	46	2.7	46	84	7	141	24	29	17	29	1.97
29194692--29194843	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
29194692--29194843	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
29202694--29202845	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
29202694--29202845	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
29204709--29204863	43	3.6	43	75	6	152	31	25	16	27	1.96
29213285--29213351	29	2.3	29	94	2	116	16	37	5	40	1.73
29214874--29214928	22	2.5	22	83	13	62	54	0	5	40	1.23
29230154--29230225	32	2.2	32	92	0	117	27	11	25	36	1.90
29233865--29233986	47	2.6	46	82	14	160	27	20	31	20	1.98
29238536--29238657	55	2.2	55	79	5	131	28	28	25	17	1.97
29241276--29241331	28	2.0	28	89	0	85	30	28	23	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29243980--29244016	19	2.0	18	89	5	56	10	45	21	21	1.82
29245283--29245503	48	4.6	48	82	3	241	27	28	15	28	1.96
29255671--29255806	67	2.0	67	92	0	227	30	28	11	29	1.91
29262773--29262917	40	3.6	40	80	9	170	24	27	22	24	2.00
29267984--29268055	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
29267975--29268051	9	7.9	9	71	16	55	35	9	22	33	1.85
29267973--29268055	20	4.2	20	95	0	148	36	12	20	31	1.89
29268110--29268204	23	3.9	25	87	9	135	30	21	21	27	1.98
29268122--29268204	24	3.5	24	86	6	89	28	22	20	27	1.99
29268397--29268459	30	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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