genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68742480--68742620	54	2.6	54	92	2	230	35	23	23	17	1.95
68744242--68744349	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
68746257--68746314	23	2.5	23	78	13	64	56	8	6	27	1.55
68748158--68748394	27	8.8	27	86	2	280	29	22	7	40	1.82
68748139--68748394	81	3.2	81	87	2	347	30	21	7	39	1.82
68748373--68748580	27	7.7	26	73	10	125	39	19	8	31	1.82
68748185--68748423	107	2.2	108	81	2	275	31	21	7	39	1.81
68748133--68748422	81	3.6	80	81	3	233	31	22	7	38	1.82
68748373--68748539	54	3.1	53	81	5	183	41	21	7	29	1.81
68748387--68748555	81	2.1	81	85	4	225	42	18	8	29	1.81
68748414--68748555	54	2.6	54	86	2	196	42	20	9	28	1.82
68748414--68748594	54	3.4	52	79	8	186	40	20	8	29	1.83
68748840--68748931	25	3.7	24	91	5	139	27	28	21	22	1.99
68748838--68748959	50	2.4	49	81	6	147	27	26	21	24	1.99
68752162--68752326	83	2.0	83	98	0	321	38	18	10	32	1.86
68769324--68770334	507	2.0	506	92	1	1677	31	20	15	32	1.93
68773126--68773204	37	2.1	37	83	4	97	36	24	16	22	1.94
68773729--68773761	17	2.1	17	88	11	52	36	0	9	54	1.32
68782752--68782921	48	3.6	47	78	7	166	25	27	18	28	1.98
68782752--68782922	94	1.8	94	84	2	236	25	28	18	28	1.98
68797288--68797611	48	6.7	48	74	8	241	29	21	26	22	1.99
68797283--68797560	96	2.9	95	88	2	389	29	21	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68797288--68797612	144	2.3	143	82	3	366	29	21	26	22	1.99
68800309--68800351	20	2.2	20	83	8	52	46	2	20	30	1.63
68808831--68808869	19	2.1	19	100	0	78	30	25	10	33	1.89
68812880--68812974	42	2.3	42	87	3	129	35	24	15	24	1.94
68818142--68818234	46	2.0	46	91	4	152	40	6	21	31	1.78
68820410--68820625	94	2.3	93	82	7	249	27	18	29	24	1.98
68820551--68820727	47	3.6	48	80	8	162	28	20	28	22	1.99
68825583--68825780	96	2.1	95	90	2	310	31	18	14	35	1.91
68829573--68829621	13	3.6	13	75	20	55	26	10	10	53	1.66
68830831--68830869	19	2.0	20	90	5	62	79	0	20	0	0.73
68832904--68832944	12	3.5	11	87	9	55	75	0	21	2	0.92
68832958--68833004	14	3.2	14	78	18	51	61	6	29	2	1.32
68832958--68832992	16	2.1	17	89	5	54	60	8	28	2	1.41
68837401--68837578	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68837402--68837557	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68837398--68837578	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68854573--68854619	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
68854590--68854689	19	5.2	19	91	2	146	35	15	12	38	1.84
68855091--68855420	87	3.8	85	69	17	219	29	19	18	32	1.96
68855139--68855704	175	3.2	175	92	1	884	27	18	19	33	1.96
68855683--68855987	44	6.9	44	72	8	226	27	23	17	32	1.96
68855669--68855987	132	2.4	132	89	1	476	27	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68858173--68858201	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
68863452--68863520	19	3.5	19	86	9	93	37	15	10	36	1.82
68875981--68876366	48	7.9	48	93	3	673	36	6	25	31	1.82
68875981--68876366	196	2.0	194	97	1	727	36	6	25	31	1.82
68875981--68876366	148	2.6	147	95	2	679	36	6	25	31	1.82
68877834--68877909	40	1.9	40	100	0	152	25	23	26	25	2.00
68878368--68878443	38	2.0	38	97	0	143	28	13	25	32	1.93
68879632--68879776	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
68881174--68881321	40	3.7	40	92	0	233	22	24	29	24	1.99
68881494--68881548	25	2.2	25	90	6	85	29	12	30	27	1.93
68884828--68885165	48	6.9	48	92	4	577	36	5	25	31	1.80
68884828--68885165	146	2.3	145	93	3	563	36	5	25	31	1.80
68885312--68885382	37	1.9	36	91	2	115	23	19	29	26	1.98
68890114--68890178	32	2.0	32	100	0	130	26	15	21	36	1.93
68894799--68894879	41	2.0	41	87	0	117	29	28	12	29	1.93
68895323--68895379	27	2.2	26	87	3	78	22	8	24	43	1.81
68896922--68896970	26	2.0	26	88	8	75	32	16	20	30	1.94
68900369--68900414	8	5.8	8	85	10	58	80	0	6	13	0.89
68902494--68902581	42	2.0	44	85	12	121	42	1	4	52	1.29
68903466--68903499	16	2.1	16	89	10	52	55	0	8	35	1.31
68903678--68903778	46	2.2	47	85	1	132	17	18	23	39	1.92
68903898--68903968	36	2.0	36	83	5	90	30	8	12	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68903912--68904050	18	7.2	18	69	16	82	33	10	15	41	1.81
68910027--68910074	18	2.7	18	86	0	69	18	20	10	50	1.76
68911046--68911088	21	2.0	21	81	0	50	37	4	11	46	1.61
68926318--68926580	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
68929651--68929700	21	2.4	21	83	3	57	14	16	26	44	1.85
68930807--68930831	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
68931726--68931764	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
68932228--68932317	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
68935315--68935354	21	1.9	21	89	0	62	65	5	7	22	1.38
68936276--68936357	36	2.3	35	85	6	101	12	17	34	36	1.87
68949637--68950196	145	3.9	145	99	0	1093	29	15	23	31	1.95
68955289--68955438	37	4.1	37	96	0	273	36	11	24	28	1.90
68956474--68956507	16	2.1	16	88	5	50	73	8	8	8	1.25
68964577--68964608	15	2.1	15	100	0	64	25	34	6	34	1.81
68980381--68980499	42	2.8	45	82	10	151	30	22	16	30	1.96
68989752--68989865	43	2.7	41	82	5	147	28	24	20	27	1.99
68998168--68998200	16	2.1	16	94	0	57	42	0	21	36	1.53
69002975--69003019	20	2.2	20	84	0	54	37	13	2	46	1.55
69006855--69007004	37	4.1	37	94	0	264	28	31	19	21	1.97
69007208--69007589	47	8.1	47	91	0	595	26	29	12	32	1.92
69007301--69007422	22	5.3	22	64	18	68	25	27	13	33	1.93
69010614--69010778	43	3.9	42	75	6	152	31	22	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69016035--69016219	55	3.4	54	82	10	243	34	17	25	22	1.96
69016042--69016241	108	1.8	110	84	6	273	33	16	26	23	1.96
69016481--69016511	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
69023014--69023152	56	2.5	57	88	4	212	33	23	12	29	1.92
69028911--69029018	44	2.5	42	74	11	110	34	24	17	24	1.96
69032152--69032211	30	2.0	30	100	0	120	26	26	10	36	1.88
69032471--69032737	47	5.8	44	75	14	182	24	29	20	25	1.99
69032371--69032736	48	7.7	47	75	9	255	25	27	19	27	1.99
69032514--69032732	95	2.3	93	90	3	332	24	29	20	26	1.99
69041208--69041565	47	7.7	46	74	11	257	23	28	19	28	1.99
69041248--69041563	141	2.2	141	89	3	458	22	27	21	28	1.99
69041675--69041725	15	3.7	15	75	20	65	45	21	0	33	1.52
69044779--69044833	21	2.5	22	85	2	67	18	25	32	23	1.97
69048002--69048071	25	2.8	25	84	6	97	28	24	21	25	1.99
69048001--69048098	25	4.0	23	80	9	79	29	23	21	25	1.99
69048293--69048407	31	3.7	31	89	1	178	33	19	26	21	1.97
69049025--69049128	6	16.8	6	69	23	56	21	20	12	46	1.83
69049025--69049128	31	3.4	31	82	5	131	21	20	12	46	1.83
69057973--69058100	48	2.7	48	83	0	175	26	17	25	30	1.97
69070377--69070414	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
69074470--69074515	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
69074477--69074521	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69082212--69082257	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
69082219--69082263	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
69085241--69085336	49	2.0	49	100	0	192	37	12	23	26	1.91
69088994--69089054	30	2.0	30	96	0	113	36	24	11	27	1.90
69096210--69096271	30	2.1	30	93	0	106	33	20	17	27	1.96
69105710--69105751	22	1.9	22	85	0	57	9	26	26	38	1.87
69106452--69106495	13	3.3	13	87	6	70	25	0	9	65	1.21
69107416--69107554	49	2.8	50	82	6	165	46	15	10	28	1.78
69111097--69111122	7	3.7	7	100	0	52	0	30	0	69	0.89
69112032--69112147	61	1.9	59	86	8	164	49	4	2	43	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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