genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  252  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86801037--86801088	15	3.2	15	73	19	50	44	0	3	51	1.19
86802836--86802877	21	2.0	20	86	13	59	73	2	19	4	1.12
86803915--86803946	6	5.3	6	92	0	55	18	21	15	43	1.87
86808918--86809172	127	2.0	127	99	0	501	24	22	13	39	1.90
86813694--86813775	29	2.7	29	79	9	94	41	10	12	35	1.78
86816421--86816632	106	2.0	106	92	0	352	21	21	17	39	1.92
86816695--86816823	62	2.1	62	100	0	258	38	6	18	36	1.76
86817780--86817816	18	2.0	19	89	5	58	70	2	0	27	1.01
86833974--86834091	43	2.8	42	78	11	150	30	23	18	27	1.98
86855775--86855812	20	2.0	19	90	10	60	18	18	0	63	1.32
86866899--86866932	16	2.1	16	100	0	68	29	17	32	20	1.96
86868145--86868368	104	2.2	104	90	1	360	17	18	31	32	1.94
86868287--86868438	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
86876141--86876317	67	2.6	67	80	7	164	32	16	28	22	1.96
86888233--86888295	28	2.2	28	97	2	117	33	6	30	30	1.82
86888769--86888809	22	1.9	21	85	5	55	43	9	14	31	1.78
86895182--86895206	13	1.9	13	100	0	50	4	16	0	80	0.87
86895233--86895482	137	1.8	135	81	8	308	42	10	4	43	1.59
86899271--86899339	26	2.8	23	73	26	61	59	1	4	34	1.26
86900651--86900709	25	2.4	25	94	5	102	8	5	37	49	1.55
86901274--86902012	132	5.6	132	91	1	1151	28	24	16	30	1.97
86908661--86908845	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86908661--86908845	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
86908714--86908878	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
86932318--86932422	39	2.7	38	82	8	106	23	28	21	25	1.99
86932363--86932449	40	2.2	39	85	6	113	24	28	22	24	1.99
86940163--86940306	40	3.6	40	80	9	125	26	27	22	24	2.00
86942243--86942307	29	2.2	29	84	13	89	63	1	3	32	1.19
86942237--86942318	28	3.0	28	77	10	82	63	1	3	31	1.19
86942445--86942529	37	2.2	38	79	12	93	64	3	9	22	1.38
86943620--86943678	25	2.4	25	91	5	93	11	5	33	49	1.62
86948751--86948836	43	2.0	43	88	0	127	23	23	2	51	1.60
86951032--86951091	29	2.1	29	83	0	75	40	5	23	31	1.76
86951428--86951682	55	4.8	53	81	6	250	35	16	25	21	1.94
86951438--86951634	108	1.8	110	87	2	299	34	16	26	23	1.95
86951756--86951803	23	2.0	24	84	4	62	41	10	25	22	1.85
86951879--86951909	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
86959021--86959228	55	3.8	53	78	8	206	37	16	25	21	1.94
86959028--86959228	108	1.8	110	85	4	282	36	16	24	21	1.94
86964458--86964604	40	3.6	40	88	3	206	33	28	15	22	1.95
86965089--86965128	21	2.0	20	85	5	53	50	25	0	25	1.50
86966834--86966953	59	2.0	59	96	0	222	52	5	18	23	1.67
86967642--86967725	43	2.0	43	84	6	111	25	22	3	48	1.66
86969755--86969824	30	2.3	30	97	0	131	18	38	20	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86995016--86995095	21	3.8	21	81	3	79	17	31	27	23	1.97
87003227--87003534	153	2.0	154	94	0	537	31	19	12	37	1.88
87004279--87004319	20	2.0	20	90	0	64	56	14	19	9	1.66
87004632--87004685	24	2.2	24	86	0	72	18	9	37	35	1.83
87006813--87006864	5	10.0	5	86	12	52	73	0	26	0	0.84
87006813--87006864	14	3.7	14	78	17	54	73	0	26	0	0.84
87007069--87007105	12	3.1	12	100	0	74	8	16	32	43	1.77
87007129--87007418	41	7.1	40	79	8	257	37	23	20	19	1.94
87007130--87007418	81	3.5	81	85	3	341	37	23	20	19	1.94
87011854--87011884	11	2.8	11	95	0	53	3	0	32	64	1.09
87012996--87013098	43	2.4	43	91	0	161	21	18	28	32	1.97
87014177--87014262	43	2.0	43	90	4	138	51	0	24	24	1.49
87019143--87019420	138	2.0	138	93	0	475	44	17	11	25	1.83
87028909--87029048	38	3.7	38	90	1	201	20	23	25	30	1.98
87030845--87030955	57	1.9	57	81	5	134	25	17	27	30	1.97
87030877--87030973	28	3.4	28	72	9	81	22	17	31	27	1.97
87032757--87032933	38	4.7	38	93	0	291	20	22	25	31	1.98
87034308--87034453	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
87041695--87041878	40	4.6	39	86	9	223	25	27	22	24	2.00
87041695--87041878	78	2.3	81	85	8	245	25	27	22	24	2.00
87041662--87041878	118	1.8	119	82	4	278	25	27	21	25	2.00
87046715--87046755	22	1.9	21	90	5	64	21	26	39	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87051024--87051195	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
87051048--87051231	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
87055482--87055665	67	2.8	64	79	7	210	29	16	30	23	1.96
87063628--87063712	41	2.1	41	100	0	170	42	16	16	24	1.88
87064784--87064876	27	3.4	27	76	7	107	43	5	29	22	1.75
87065147--87065176	15	2.0	15	93	0	51	23	20	13	43	1.86
87067510--87067636	33	3.9	33	81	5	134	18	22	13	44	1.85
87074028--87074119	42	2.2	41	86	5	123	28	27	19	25	1.99
87073970--87074119	41	3.7	40	73	10	124	29	28	20	22	1.98
87082303--87082467	41	4.1	40	72	14	122	29	27	20	22	1.98
87082349--87082452	42	2.5	41	82	10	122	28	26	20	24	1.99
87093271--87093437	43	3.9	43	75	6	151	33	26	14	25	1.95
87093776--87093833	29	2.1	27	87	6	80	24	25	6	43	1.79
87101203--87101273	35	2.0	35	91	0	115	26	25	11	36	1.90
87118667--87118707	19	2.2	19	90	0	64	39	9	0	51	1.35
87124214--87124258	14	3.0	15	80	9	56	60	6	0	33	1.23
87124201--87124283	30	2.8	30	77	13	84	59	6	1	33	1.30
87124469--87124525	24	2.4	24	81	0	69	61	8	3	26	1.42
87126035--87127427	44	32.2	44	82	6	1539	22	30	16	29	1.96
87126045--87127427	216	6.4	217	83	6	1579	22	30	16	29	1.96
87126131--87127427	387	3.3	388	86	3	1717	22	30	16	29	1.96
87141284--87141493	40	5.3	40	88	5	284	25	21	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87149352--87149572	40	5.6	40	84	4	252	27	22	26	23	2.00
87149352--87149572	119	1.9	119	82	7	279	27	22	26	23	2.00
87151160--87151186	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
87151388--87151455	14	4.5	15	71	14	59	57	5	1	35	1.32
87151638--87151694	24	2.4	24	81	0	69	61	8	3	26	1.42
87152407--87152432	13	2.0	13	100	0	52	7	53	30	7	1.57
87153912--87153973	20	3.1	20	79	9	72	61	3	0	35	1.12
87157078--87157134	27	2.2	26	90	3	87	54	5	3	36	1.40
87159721--87159765	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
87163548--87163589	22	1.9	22	90	0	66	33	2	14	50	1.56
87170917--87170957	22	1.9	21	85	5	55	31	0	4	63	1.15
87171284--87171356	30	2.5	28	82	8	83	68	2	4	24	1.20
87171335--87171379	18	2.5	17	85	7	63	68	0	0	31	0.89
87171342--87171464	10	12.0	10	67	22	60	61	0	1	35	1.11
87171299--87171385	30	3.0	28	83	9	88	66	2	3	27	1.20
87171335--87171472	10	13.5	11	70	17	50	63	0	1	34	1.08
87171335--87171459	21	6.2	20	71	14	71	64	0	1	33	1.09
87171335--87171470	43	3.4	39	73	19	111	63	0	1	33	1.08
87171552--87171605	18	2.9	18	77	2	63	57	0	1	40	1.09
87171560--87171632	9	8.1	9	72	14	53	53	0	1	45	1.09
87172992--87173029	6	6.5	6	96	3	69	15	18	0	65	1.27
87176302--87176446	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87178883--87178926	13	3.5	13	93	6	74	31	4	15	47	1.66
87186450--87186496	19	2.4	19	96	3	85	53	17	8	21	1.70
87187163--87187191	13	2.1	14	93	6	51	58	13	0	27	1.36
87191124--87191227	52	2.0	52	98	0	199	31	30	16	21	1.95
87192651--87192732	27	3.0	27	68	7	85	45	17	6	31	1.72
87194146--87194366	25	8.9	25	72	9	139	36	20	23	19	1.95
87194196--87194290	49	1.9	49	83	8	122	41	23	20	15	1.90
87194160--87194366	50	4.2	49	74	6	157	36	20	23	19	1.95
87202865--87203014	43	3.5	43	90	0	221	22	31	19	26	1.98
87209001--87209032	17	1.9	16	93	6	55	21	6	9	62	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295