genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81588726--81588985	140	1.9	138	80	7	312	22	28	19	30	1.98
81591914--81591977	32	2.0	32	87	0	92	37	12	21	28	1.90
81594300--81594483	40	4.6	40	82	8	189	23	20	27	28	1.99
81594300--81594480	80	2.3	81	83	11	214	23	20	27	28	1.99
81606273--81606372	42	2.3	43	79	1	121	28	18	23	31	1.97
81609018--81609106	29	3.1	29	85	1	117	29	28	13	29	1.94
81614490--81614859	50	7.7	50	75	9	279	24	28	19	28	1.98
81614642--81614868	95	2.4	96	82	6	277	25	29	18	27	1.98
81614488--81614862	145	2.6	144	77	8	370	24	28	19	28	1.98
81616467--81616500	18	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
81617197--81617236	20	2.0	20	85	9	55	62	2	10	25	1.39
81618819--81618872	5	11.0	5	79	18	60	74	0	1	24	0.92
81618823--81618879	30	1.9	30	89	7	89	71	0	1	26	0.95
81624458--81624491	17	1.9	18	88	5	52	52	0	11	35	1.38
81626942--81626987	23	2.0	23	91	0	74	50	4	19	26	1.66
81646294--81646336	18	2.4	17	81	11	50	32	0	46	20	1.51
81647069--81647179	43	2.6	42	83	5	143	29	18	26	26	1.98
81660606--81660776	40	4.3	39	85	3	191	23	20	26	28	1.99
81660606--81660776	79	2.2	80	81	4	195	23	20	26	28	1.99
81663584--81663726	40	3.5	40	91	6	227	20	23	32	24	1.98
81663584--81663743	79	2.0	82	87	7	240	20	21	31	26	1.98
81667591--81667757	47	3.6	47	85	3	185	34	7	29	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81667635--81667712	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
81681741--81681834	34	2.6	38	88	9	135	24	21	28	25	1.99
81683301--81683429	38	3.3	39	92	5	206	18	22	32	26	1.97
81683301--81683451	79	1.9	77	82	7	189	17	21	33	27	1.96
81687312--81687478	47	3.6	47	85	3	185	34	7	29	28	1.85
81687356--81687433	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
81701150--81701483	143	2.4	141	93	2	562	32	8	32	27	1.86
81701154--81701483	47	7.0	47	93	2	545	32	8	32	27	1.86
81703479--81703792	40	7.8	40	93	2	470	21	23	30	25	1.99
81703961--81704015	25	2.2	25	83	6	67	32	12	27	27	1.93
81704000--81704153	28	5.5	28	65	6	96	22	18	28	30	1.97
81703998--81704184	56	3.3	56	93	1	313	21	18	29	29	1.97
81704027--81704181	28	5.5	28	67	11	102	21	18	31	29	1.96
81707541--81707964	47	9.0	47	92	3	674	31	8	31	28	1.86
81707541--81707949	96	4.3	94	93	3	687	31	8	31	28	1.87
81707535--81707949	143	2.9	142	95	1	724	31	8	31	28	1.87
81707875--81707948	22	3.3	22	63	17	53	35	9	28	27	1.88
81717699--81717792	47	2.0	47	95	0	170	46	4	27	21	1.69
81722783--81722832	24	2.1	24	100	0	100	50	20	8	22	1.74
81722790--81722841	24	2.2	24	89	0	77	53	17	7	21	1.68
81731779--81731902	14	9.2	13	73	17	69	62	1	2	33	1.17
81731781--81731979	26	7.4	26	68	19	92	62	3	1	33	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81731785--81731944	33	4.9	34	73	19	101	64	2	1	31	1.17
81731793--81731914	12	10.1	12	75	15	74	63	0	2	32	1.13
81731790--81731942	47	3.2	44	72	12	119	65	1	1	30	1.15
81733367--81734064	44	16.0	44	73	9	414	24	27	15	32	1.95
81733384--81733697	132	2.4	131	91	2	493	23	28	15	31	1.95
81733799--81733947	45	3.3	45	70	10	142	26	26	14	32	1.95
81733700--81733964	90	3.0	90	88	0	379	27	24	14	32	1.95
81734889--81734992	54	2.0	52	86	3	145	13	27	18	40	1.88
81742022--81742056	16	2.2	16	94	0	61	2	42	0	54	1.15
81746116--81746197	17	5.1	15	72	24	62	67	1	0	31	0.99
81746114--81746205	27	3.4	26	76	21	84	66	1	0	32	0.99
81746058--81746151	48	1.9	49	80	8	111	56	3	1	39	1.22
81746125--81746205	22	3.7	21	77	18	85	67	0	0	32	0.91
81746128--81746227	5	20.2	5	71	19	59	67	0	1	32	0.98
81746125--81746261	21	6.5	21	71	21	83	67	1	0	29	1.04
81746137--81746258	27	4.8	25	72	20	94	68	1	0	29	1.05
81746125--81746255	35	3.7	36	79	10	119	67	1	0	29	1.05
81746292--81746349	27	2.2	27	82	11	77	65	1	0	32	1.03
81746294--81746348	25	2.2	26	87	9	78	65	1	0	32	1.03
81755310--81755363	27	2.0	27	96	0	99	20	33	38	7	1.80
81755450--81755494	25	1.9	22	86	13	63	71	0	26	2	0.98
81761851--81761901	15	3.6	14	80	12	50	25	1	0	72	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81761867--81761928	13	4.7	13	71	11	54	27	4	3	64	1.29
81761688--81762415	142	5.1	144	84	6	930	27	6	7	58	1.50
81761688--81762415	285	2.5	283	84	5	950	27	6	7	58	1.50
81762855--81762922	20	3.5	20	80	8	77	0	29	0	70	0.87
81762859--81762930	12	5.8	12	76	12	65	0	29	0	70	0.87
81762863--81762929	26	2.6	27	83	6	77	0	29	0	70	0.88
81762895--81762925	6	5.2	6	92	0	53	0	19	0	80	0.71
81762946--81763003	6	10.2	6	85	7	50	0	43	0	56	0.99
81762955--81762987	3	11.7	3	87	12	52	0	36	0	63	0.95
81763086--81763127	22	1.9	22	90	9	68	14	28	38	19	1.90
81763096--81763141	22	2.1	22	84	4	58	17	26	41	15	1.88
81764341--81764399	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
81764370--81764429	26	2.4	24	83	8	75	30	0	1	68	0.99
81764373--81764430	25	2.3	26	82	5	75	29	0	1	68	0.99
81765526--81765569	16	2.9	15	76	6	52	38	15	0	45	1.47
81768742--81768919	67	2.7	66	80	6	191	21	33	14	29	1.93
81770840--81770914	22	3.4	22	68	25	59	34	21	13	30	1.92
81771638--81771691	28	1.9	28	96	0	99	37	27	5	29	1.80
81776842--81776940	40	2.5	40	85	8	139	32	15	25	27	1.95
81783324--81783425	37	2.8	37	90	0	150	27	28	17	26	1.98
81783544--81784290	47	15.7	47	92	2	1215	29	29	8	32	1.86
81783544--81784290	96	7.9	96	94	1	1256	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81783904--81783979	22	3.3	22	66	10	62	27	30	10	31	1.90
81783544--81784290	285	2.6	285	94	0	1307	29	29	8	32	1.86
81788163--81788493	161	2.1	160	88	1	484	26	28	20	24	1.99
81788163--81788493	40	8.2	40	90	2	484	26	28	20	24	1.99
81789774--81789875	37	2.8	37	93	0	168	26	29	18	25	1.98
81789994--81790615	47	13.2	47	93	2	1034	28	29	8	32	1.87
81790579--81790646	31	2.2	31	91	0	109	26	32	10	30	1.90
81790530--81790695	80	2.1	80	97	0	314	28	30	9	31	1.88
81790483--81790742	127	2.0	126	92	2	432	28	30	8	31	1.87
81790610--81790767	49	3.3	49	90	3	266	30	30	6	32	1.84
81803083--81803153	32	2.2	32	85	5	90	45	15	2	36	1.61
81803239--81803315	38	2.0	38	94	0	136	36	16	7	38	1.78
81805112--81805169	29	2.0	29	86	6	82	43	17	5	34	1.71
81809038--81809085	18	2.6	18	90	9	71	45	2	2	50	1.25
81813808--81813869	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
81813865--81813896	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
81815060--81815087	10	2.8	10	100	0	56	60	17	0	21	1.36
81815655--81815719	15	4.3	15	69	23	55	24	1	0	73	0.91
81815653--81815792	30	5.0	28	68	23	75	23	3	1	71	1.10
81815659--81815740	22	3.5	24	72	21	75	25	3	0	70	1.03
81816871--81816906	6	6.0	6	87	12	56	86	0	13	0	0.58
81816872--81816906	17	2.0	17	94	5	61	88	0	11	0	0.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81820184--81820406	40	5.6	39	83	5	232	24	20	28	26	1.99
81820259--81820441	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
81822377--81822426	13	3.9	12	82	12	64	32	14	0	54	1.40
81822374--81822427	26	2.1	26	96	0	99	31	18	0	50	1.48
81825062--81825207	44	3.4	42	72	13	120	33	23	17	25	1.96
81835226--81835306	42	1.9	42	94	0	144	32	19	11	37	1.87
81841589--81841618	4	7.5	4	100	0	60	0	73	0	26	0.84
81843745--81843792	19	2.5	19	89	0	69	29	16	0	54	1.43
81845443--81845518	38	2.0	39	94	2	136	17	15	15	51	1.77
81846432--81846461	14	2.2	14	94	5	53	40	6	6	46	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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