genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26257231--26257498	48	5.6	48	90	2	414	25	19	27	26	1.99
26259284--26259362	38	2.1	38	97	0	149	29	3	26	40	1.73
26264156--26264196	6	6.8	6	88	0	64	53	12	17	17	1.72
26264173--26264248	31	2.5	31	80	0	89	47	15	15	21	1.82
26264371--26264454	27	3.0	27	77	8	69	35	19	22	22	1.96
26264757--26264949	27	7.2	27	87	0	262	40	7	21	29	1.81
26264805--26265047	81	3.0	79	81	3	209	36	9	21	32	1.86
26264928--26265231	27	11.3	27	84	5	271	30	7	20	40	1.81
26264928--26265231	81	3.8	81	82	3	319	30	7	20	40	1.81
26265026--26265231	54	3.8	54	91	0	304	31	6	20	42	1.77
26266508--26266618	47	2.4	47	84	0	141	32	27	15	24	1.95
26270534--26270568	16	2.1	17	89	5	54	37	0	0	62	0.95
26272186--26272239	20	2.7	20	91	0	90	20	37	29	12	1.90
26293073--26293198	44	3.0	41	84	8	171	31	27	17	23	1.97
26293035--26293203	42	4.0	42	79	7	180	31	27	16	24	1.96
26294575--26294605	14	2.3	14	94	5	55	0	29	0	70	0.87
26295932--26296090	40	4.0	40	85	3	196	30	27	21	21	1.98
26303403--26303579	27	6.5	27	78	3	151	29	28	16	25	1.97
26307080--26307238	40	4.0	39	85	6	187	28	26	22	22	1.99
26312217--26312307	45	2.0	45	86	0	128	30	20	12	36	1.89
26318998--26319137	68	2.1	68	100	0	280	38	18	5	37	1.75
26324450--26324480	9	3.6	9	91	8	55	32	12	22	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26326406--26326570	43	3.9	43	73	12	142	30	15	23	31	1.95
26338954--26339088	43	3.1	44	83	6	184	24	17	29	28	1.97
26338971--26339088	45	2.7	43	84	6	166	26	17	28	27	1.98
26339358--26339517	38	4.2	38	84	6	182	21	21	25	30	1.99
26339510--26339635	45	2.8	44	87	4	180	21	23	27	26	1.99
26339513--26339669	45	3.5	44	83	4	136	22	24	28	24	2.00
26342689--26342741	21	2.5	21	87	0	79	30	35	9	24	1.87
26347614--26347657	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
26349516--26349562	24	2.0	24	91	0	76	36	12	4	46	1.62
26352149--26352193	23	1.9	24	86	4	65	68	11	6	13	1.37
26355962--26356001	21	2.0	21	85	5	55	37	0	12	50	1.41
26357703--26357739	18	2.1	19	90	10	60	29	5	27	37	1.79
26358652--26358691	19	2.0	20	86	13	57	37	10	10	42	1.72
26364259--26364316	29	2.0	29	96	0	107	31	8	13	46	1.74
26367956--26368009	28	1.9	28	88	0	81	33	33	14	18	1.92
26370701--26370799	47	2.1	48	94	3	175	28	5	11	55	1.56
26375496--26375567	21	3.9	17	77	16	63	33	1	4	61	1.24
26375524--26375567	17	2.4	19	85	7	56	34	2	2	61	1.21
26379572--26379628	25	2.3	25	96	0	105	45	1	15	36	1.57
26381206--26381344	69	2.0	69	92	0	233	30	15	17	35	1.91
26384985--26385028	20	2.1	21	84	12	56	65	2	0	31	1.05
26389392--26389479	44	2.0	44	88	0	131	29	28	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26405207--26405244	18	2.1	18	90	0	58	36	31	2	28	1.71
26409261--26409325	30	2.2	30	83	5	78	55	0	3	41	1.15
26416267--26416498	55	4.4	54	81	10	275	34	17	26	21	1.96
26416272--26416472	108	1.8	110	91	4	336	32	17	26	22	1.96
26416716--26416746	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
26419344--26419476	51	2.6	51	81	9	139	30	29	15	24	1.95
26428626--26428937	40	7.8	40	92	1	482	26	28	21	23	1.99
26430351--26430847	47	10.6	47	97	0	895	29	29	8	32	1.86
26430401--26430479	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
26452055--26452144	23	3.9	22	77	12	83	34	17	23	24	1.96
26463297--26463437	70	2.0	70	97	2	266	26	17	7	48	1.72
26465898--26465928	16	1.9	16	93	0	53	35	12	0	51	1.40
26467781--26467841	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
26469111--26469265	42	3.7	42	80	3	159	28	14	27	29	1.96
26483570--26483778	46	4.6	46	77	9	139	23	30	20	25	1.98
26483611--26483778	91	1.8	91	83	8	225	23	29	20	26	1.99
26490022--26490085	33	1.9	33	100	0	128	15	10	29	43	1.81
26499453--26499565	43	2.7	43	86	4	149	32	29	15	23	1.94
26507447--26507560	43	2.7	43	84	2	140	33	28	14	23	1.94
26507404--26507567	43	3.8	43	76	7	138	31	26	14	27	1.95
26514500--26514567	26	2.6	26	90	0	100	22	25	29	23	1.99
26515651--26515779	39	3.3	39	84	0	177	20	27	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26523497--26523624	39	3.3	39	85	1	177	21	25	21	32	1.98
26525108--26525168	30	2.0	30	100	0	122	31	39	0	29	1.57
26527106--26527275	45	3.8	44	80	14	204	29	28	20	21	1.98
26527106--26527278	44	3.8	47	78	15	177	28	28	20	21	1.98
26527111--26527278	91	1.8	91	93	3	293	28	29	20	21	1.98
26527694--26527753	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
26589203--26589370	43	3.9	43	94	0	291	30	34	23	11	1.91
26589363--26589446	38	2.2	38	86	0	123	32	27	20	20	1.97
26615912--26616026	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
26615912--26616026	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
26617635--26617770	26	5.2	26	96	0	227	36	25	5	33	1.80
26621707--26621821	27	4.3	26	85	5	140	36	22	23	17	1.95
26621707--26621821	54	2.1	54	85	3	160	36	22	23	17	1.95
26621924--26621997	28	2.8	26	83	4	76	31	9	24	35	1.87
26624952--26625141	50	3.8	49	80	6	211	29	27	17	25	1.97
26625002--26625082	26	3.2	26	65	25	64	29	27	14	28	1.95
26624943--26625143	101	2.0	99	84	3	260	29	26	16	26	1.97
26630814--26630911	29	3.4	28	72	10	90	37	10	25	26	1.88
26630814--26630970	58	2.7	58	89	2	226	38	10	26	24	1.88
26630841--26630938	29	3.4	29	74	5	108	41	10	26	21	1.85
26632487--26632540	24	2.2	26	80	10	67	31	0	0	68	0.90
26632497--26632532	16	2.3	16	90	4	56	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26632571--26632601	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
26632570--26632628	19	3.2	19	79	15	54	32	1	0	66	1.02
26632570--26632683	26	4.4	26	73	20	80	33	3	0	62	1.18
26632586--26632678	28	3.5	28	80	13	99	32	4	1	62	1.22
26632570--26632636	21	3.3	20	75	17	66	31	1	1	65	1.10
26632611--26632703	28	3.4	27	80	15	77	33	4	1	61	1.23
26642220--26642352	40	3.3	40	88	0	158	24	18	23	33	1.97
26642336--26642394	28	2.1	28	80	0	64	30	16	27	25	1.97
26644118--26644220	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
26647467--26647650	50	3.7	50	89	1	217	32	22	16	28	1.96
26652654--26652807	42	3.6	42	78	5	159	29	15	24	31	1.96
26656802--26656934	48	2.8	48	91	0	212	35	6	27	30	1.81
26656979--26657081	37	2.8	37	98	0	197	22	20	32	25	1.98
26658726--26658852	35	3.6	35	89	0	200	34	25	9	29	1.88
26665072--26665154	42	2.0	42	97	0	157	28	12	20	38	1.88
26665152--26665901	50	15.0	49	78	3	683	25	17	26	29	1.98
26665152--26665890	151	4.9	151	87	0	1032	25	17	26	29	1.97
26667321--26667405	44	1.9	44	83	4	109	37	12	24	24	1.91
26667543--26667664	47	2.6	47	96	0	217	35	13	25	25	1.93
26667643--26667839	54	3.7	53	79	6	207	37	18	23	20	1.95
26667638--26667839	55	3.7	53	78	6	190	37	18	23	20	1.94
26669925--26670281	180	2.0	181	88	3	542	40	8	20	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26673158--26673303	35	4.2	35	91	0	238	32	25	11	30	1.91
26673142--26673303	70	2.3	70	92	0	279	33	25	11	30	1.90
26688869--26688906	16	2.3	17	95	4	69	5	23	0	71	1.07
26690537--26690581	22	2.1	22	88	12	67	26	0	20	53	1.46
26699575--26699634	25	2.3	26	81	13	70	60	3	3	33	1.30
26699699--26699778	40	2.0	40	97	0	151	38	2	33	25	1.69
26700269--26700302	17	1.9	18	94	5	61	35	5	5	52	1.50
26703921--26703994	38	1.9	38	94	0	130	18	29	16	35	1.93
26707401--26707462	26	2.3	27	83	10	83	37	27	9	25	1.87
26707567--26707704	28	5.0	28	84	2	174	21	21	20	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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