genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70704145--70704311	79	2.1	79	82	4	194	24	20	28	26	1.99
70708845--70709016	45	3.9	44	87	5	215	23	20	29	25	1.99
70709429--70709475	22	2.3	19	80	19	67	34	17	12	36	1.87
70709434--70709475	22	1.9	22	100	0	84	35	14	14	35	1.86
70710175--70710211	10	3.7	10	88	0	56	10	2	21	64	1.37
70717225--70717339	27	4.3	27	84	2	153	39	20	13	26	1.90
70718763--70718802	12	3.3	12	85	0	53	27	40	0	32	1.57
70720972--70721101	27	4.9	27	85	0	181	39	20	16	23	1.92
70722298--70722417	29	4.2	29	88	1	170	30	28	12	29	1.93
70730240--70730266	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
70731358--70731514	43	3.7	43	70	9	124	27	19	23	29	1.98
70732459--70732488	8	3.6	8	95	4	51	13	0	26	60	1.34
70737371--70737482	56	2.0	56	100	0	224	30	7	19	42	1.78
70752883--70752952	28	2.5	28	86	6	90	25	25	21	27	1.99
70759946--70760090	40	3.6	40	82	4	166	26	23	25	24	2.00
70764418--70764620	39	5.3	38	85	9	245	25	28	21	25	1.99
70764454--70764599	75	2.0	73	93	2	247	26	28	20	25	1.99
70772394--70772657	40	6.7	40	89	4	349	25	28	21	24	1.99
70772394--70772657	118	2.2	121	83	6	342	25	28	21	24	1.99
70775493--70775559	28	2.4	27	82	4	89	20	22	22	34	1.97
70775541--70775598	27	2.2	26	84	3	71	29	22	12	36	1.90
70777738--70777851	39	2.9	39	86	0	156	25	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70781179--70781229	24	2.1	24	100	0	102	23	7	13	54	1.65
70784493--70784663	46	3.7	46	76	13	197	22	20	28	29	1.98
70784488--70784658	93	1.8	93	93	0	297	21	20	28	29	1.98
70789805--70790106	40	7.6	40	91	0	469	24	29	22	23	1.99
70790574--70790677	52	2.0	52	88	0	154	26	30	25	16	1.97
70793500--70793735	40	5.9	40	77	3	208	24	27	22	25	2.00
70793500--70793735	120	2.0	120	80	11	270	24	27	22	25	2.00
70794041--70794117	29	2.6	29	83	6	93	27	33	15	23	1.95
70799657--70799757	43	2.4	43	79	14	120	34	22	17	24	1.96
70808372--70808544	47	3.8	44	77	11	154	26	15	30	27	1.96
70808421--70808543	47	2.7	45	82	8	160	25	16	30	28	1.96
70816788--70816855	29	2.4	28	76	13	68	32	20	4	42	1.72
70827021--70827201	40	4.6	40	88	2	251	20	27	24	27	1.99
70829562--70829692	6	21.3	6	72	16	81	47	10	19	22	1.80
70829583--70829692	25	4.7	24	73	15	97	46	10	20	23	1.80
70829571--70829689	43	2.7	43	83	3	132	47	10	20	22	1.80
70830308--70830475	27	6.2	27	83	2	194	26	20	16	35	1.94
70830460--70830563	27	3.8	26	72	7	82	31	7	24	36	1.84
70833463--70833532	34	2.1	33	91	2	113	24	22	25	27	2.00
70847190--70847262	29	2.5	28	80	6	83	15	6	1	76	1.05
70847181--70847262	11	7.3	11	71	15	69	15	6	1	76	1.04
70847195--70847262	6	11.7	6	79	6	50	16	5	1	76	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70847181--70847261	23	3.6	21	80	16	83	16	6	1	76	1.05
70851057--70851099	17	2.5	17	81	7	52	44	13	0	41	1.44
70853319--70853444	66	1.9	66	95	0	225	28	28	13	29	1.94
70859983--70860090	48	2.2	48	85	0	135	28	25	16	29	1.97
70860071--70860330	48	5.4	48	90	0	403	26	32	16	23	1.96
70865234--70865362	50	2.6	50	93	0	213	28	17	29	24	1.97
70872654--70873048	134	2.9	133	87	10	542	33	6	29	30	1.83
70872654--70873048	46	8.8	46	86	12	524	33	6	29	30	1.83
70902891--70903106	40	5.5	40	88	2	294	25	27	23	24	2.00
70902901--70903110	78	2.7	78	92	2	339	25	26	22	24	2.00
70906245--70906428	40	4.6	39	77	8	165	27	27	21	23	1.99
70906208--70906428	80	2.8	80	78	7	193	26	27	21	24	1.99
70906248--70906428	80	2.3	80	83	9	210	27	27	21	23	1.99
70910150--70910188	20	2.0	20	89	0	60	17	25	38	17	1.92
70912109--70912329	48	4.6	48	81	4	266	24	32	15	27	1.95
70912102--70912329	96	2.4	96	85	0	303	25	32	15	27	1.95
70918775--70918904	47	2.8	46	84	2	152	21	17	27	33	1.96
70928683--70928903	39	5.6	40	83	7	238	26	21	26	25	1.99
70928732--70928926	79	2.5	78	83	7	225	27	20	26	25	1.99
70931155--70931197	21	2.0	21	100	0	86	39	13	27	18	1.89
70937974--70938146	46	3.7	46	78	10	199	22	20	27	29	1.99
70937971--70938141	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70940121--70940194	36	2.1	36	100	0	148	16	16	27	40	1.89
70947651--70947917	47	5.7	44	78	11	225	28	19	29	23	1.98
70947651--70947916	46	5.7	47	79	7	240	27	19	29	23	1.98
70947693--70947917	93	2.4	94	82	10	273	28	20	29	22	1.98
70947651--70947916	140	1.9	141	83	5	351	27	19	29	23	1.98
70954204--70954245	21	2.0	21	85	0	57	26	11	4	57	1.54
70954218--70954251	18	1.9	17	94	5	59	23	8	2	64	1.36
70954218--70954255	18	2.3	17	86	13	53	26	7	2	63	1.35
70954840--70954971	66	2.0	66	96	0	246	26	23	28	21	1.99
70972468--70972615	40	3.7	40	81	3	163	35	25	14	25	1.94
70974149--70974191	20	2.2	20	91	0	68	32	16	30	20	1.95
70984439--70984487	21	2.3	21	86	6	64	40	20	22	16	1.91
70986141--70986236	14	6.9	14	70	16	56	30	19	11	38	1.87
70986140--70986242	28	3.7	28	81	2	109	30	19	10	39	1.85
70987812--70987851	17	2.4	17	86	0	53	25	30	7	37	1.83
70991365--70991413	24	2.0	24	100	0	98	40	24	12	22	1.88
71000945--71001011	32	2.1	31	81	8	73	44	11	5	37	1.66
71001792--71001875	17	4.7	18	73	12	57	63	3	1	32	1.19
71001772--71001878	18	5.8	18	73	10	67	63	3	1	30	1.22
71001968--71002027	9	6.4	9	75	12	50	60	3	0	36	1.14
71002482--71002620	19	7.2	18	69	14	68	39	3	1	55	1.26
71002596--71002689	48	2.0	48	85	10	131	35	1	3	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71016477--71016538	6	10.2	6	87	1	61	56	4	20	17	1.59
71021621--71021775	41	3.7	41	84	5	195	30	26	14	28	1.95
71021927--71022042	58	2.0	58	100	0	232	43	15	13	27	1.85
71030305--71030396	30	3.1	30	83	9	125	36	2	39	21	1.66
71034331--71034442	40	2.8	40	89	5	156	17	30	17	33	1.94
71039527--71039555	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
71040321--71040359	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
71041235--71041319	43	2.0	43	86	4	118	24	18	25	30	1.98
71041247--71041341	43	2.2	43	83	7	122	26	17	26	29	1.98
71045726--71045919	39	5.0	39	90	1	273	23	22	28	25	1.99
71045725--71045921	78	2.5	78	89	0	304	22	22	29	25	1.99
71048402--71048534	45	3.0	44	82	9	148	22	16	27	33	1.96
71051797--71051841	21	2.2	20	96	4	81	46	26	4	22	1.70
71056613--71056764	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
71056613--71056764	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
71064673--71064824	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
71064673--71064824	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
71068996--71069032	16	2.3	16	100	0	74	29	16	18	35	1.93
71070013--71070132	55	2.1	56	87	6	172	30	29	13	26	1.94
71069983--71070132	29	5.3	29	84	5	193	30	28	14	27	1.95
71072307--71072523	40	5.5	40	81	6	219	26	28	21	23	1.99
71072342--71072523	79	2.3	80	84	4	235	27	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71076700--71076733	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
71077812--71077987	29	6.1	29	85	2	230	28	30	13	27	1.94
71077812--71077987	57	3.1	57	85	0	253	28	30	13	27	1.94
71083122--71083267	37	3.9	37	94	0	247	26	31	18	23	1.97
71083413--71083597	48	3.8	48	89	4	282	30	26	6	36	1.82
71083413--71083596	98	1.9	98	91	4	302	29	26	6	36	1.82
71083575--71083738	47	3.5	46	87	3	231	24	28	14	33	1.94
71083567--71083738	94	1.8	92	88	2	263	25	27	13	33	1.93
71094787--71094984	81	2.4	81	90	1	299	28	24	8	39	1.83
71094787--71094984	27	7.3	27	89	2	263	28	24	8	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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