genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75187102--75187370	40	6.8	40	90	1	382	24	20	28	26	1.99
75187546--75187597	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
75191395--75191541	47	3.1	47	86	0	195	32	10	29	27	1.90
75191424--75191497	23	3.1	25	62	25	59	29	13	33	22	1.93
75191512--75191695	98	1.9	96	91	4	298	36	6	26	30	1.82
75191511--75191695	48	3.8	48	88	5	291	36	6	26	30	1.82
75193054--75193143	47	1.9	47	97	0	171	35	18	13	32	1.90
75196502--75196682	50	3.7	50	83	5	201	28	19	30	21	1.97
75202936--75203119	50	3.8	48	84	4	233	28	17	29	24	1.97
75209846--75209959	43	2.7	43	84	5	142	32	28	13	26	1.93
75213975--75214091	42	2.8	42	79	5	130	30	16	23	29	1.96
75221045--75221355	30	10.4	30	77	5	247	40	11	21	26	1.87
75221127--75221205	29	2.7	30	90	4	133	43	11	21	24	1.85
75221160--75221368	90	2.3	90	88	0	301	39	12	22	25	1.89
75222782--75222953	46	3.7	46	73	13	145	25	29	18	27	1.98
75235710--75235819	26	4.2	25	90	6	157	35	4	23	36	1.76
75237431--75237543	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
75237429--75237543	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
75241491--75241539	25	2.2	21	75	25	55	40	2	22	34	1.66
75241495--75241603	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
75243040--75243115	26	2.8	28	80	6	84	35	21	11	31	1.89
75243218--75243330	27	4.2	27	80	3	111	18	23	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75243220--75243326	54	2.0	54	88	3	162	19	22	21	36	1.95
75244593--75244734	54	2.7	53	83	4	198	25	16	26	32	1.96
75248408--75248457	21	2.4	21	83	6	66	40	2	16	42	1.59
75252880--75252922	22	2.0	22	90	9	70	27	4	2	65	1.25
75253153--75253190	17	2.2	16	90	9	58	18	23	2	55	1.55
75253144--75253190	12	4.2	11	84	15	53	19	25	2	53	1.56
75253183--75253232	21	2.4	21	83	9	66	26	8	0	66	1.19
75253177--75253290	27	4.8	26	66	22	72	26	13	0	60	1.33
75253177--75253568	48	8.2	47	77	9	380	26	13	1	59	1.40
75253237--75253464	75	3.0	73	72	19	200	27	14	1	57	1.45
75253307--75253440	27	5.2	27	76	12	131	27	12	0	58	1.39
75253254--75253440	102	1.8	102	89	4	297	26	13	1	58	1.42
75253184--75253568	150	2.7	140	82	11	456	26	12	1	59	1.40
75253267--75253498	75	3.1	74	72	13	206	25	13	1	59	1.42
75253477--75253515	19	2.0	20	90	5	62	23	5	0	71	1.05
75253417--75253586	92	1.9	90	86	3	225	25	12	1	60	1.39
75260414--75260535	61	2.0	61	98	0	235	35	24	17	22	1.95
75274105--75274147	20	2.2	19	84	12	52	46	2	2	48	1.27
75274333--75274396	33	1.9	33	96	0	119	42	14	0	43	1.45
75275996--75276162	67	2.5	66	81	7	169	31	16	29	22	1.96
75276020--75276203	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	23	1.96
75278993--75279041	23	2.2	22	78	7	55	51	4	8	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75282544--75282592	24	2.0	24	100	0	98	48	4	14	32	1.62
75283421--75283470	25	2.0	25	96	0	91	24	20	14	42	1.88
75292464--75292654	68	2.8	67	78	6	215	29	17	15	37	1.91
75294689--75294765	9	8.6	9	83	0	82	40	22	11	25	1.88
75294688--75294765	27	2.9	27	80	0	102	41	21	11	25	1.87
75294785--75294825	6	6.5	6	83	10	55	17	2	2	78	0.98
75294850--75294874	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
75294851--75294888	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
75296103--75296127	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
75296263--75296289	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
75296744--75296862	58	2.1	58	95	0	211	27	31	0	40	1.57
75310756--75310797	3	13.3	3	83	14	50	64	2	0	33	1.07
75315905--75316059	43	3.6	43	79	12	158	25	20	25	29	1.99
75318162--75318229	34	2.0	34	100	0	136	29	20	11	38	1.88
75323921--75323975	18	3.1	18	70	0	56	45	0	3	50	1.19
75323956--75324007	18	2.7	19	80	11	54	36	0	7	55	1.29
75327676--75327704	11	2.6	11	100	0	58	6	17	10	65	1.44
75331067--75331137	31	2.3	30	95	4	133	53	11	0	35	1.37
75331867--75331908	16	2.7	16	81	3	50	54	0	0	45	0.99
75331901--75331966	30	2.2	30	83	2	78	50	9	0	40	1.34
75333016--75333049	10	3.4	10	95	0	59	23	0	2	73	0.97
75336568--75336622	18	3.1	18	73	2	58	34	16	9	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75336894--75336944	20	2.5	20	83	0	66	37	23	17	21	1.94
75337804--75337857	21	2.6	21	91	2	92	1	22	0	75	0.89
75341253--75341312	29	2.1	28	87	9	86	16	1	30	51	1.54
75341360--75341434	29	2.6	29	78	2	78	16	0	20	64	1.30
75341830--75341867	15	2.5	16	83	12	53	10	18	15	55	1.68
75344844--75344923	40	2.0	40	95	0	142	25	21	23	30	1.99
75347838--75347864	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
75347939--75347982	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
75348002--75348043	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
75348006--75348042	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
75349176--75349212	13	2.8	13	100	0	74	24	32	29	13	1.93
75354739--75354966	33	6.9	32	80	6	181	36	11	21	30	1.89
75354743--75354897	66	2.4	65	84	8	206	37	10	21	30	1.88
75354870--75354996	66	1.9	65	82	4	157	34	15	22	26	1.95
75354855--75354998	33	4.4	32	76	6	112	37	14	22	25	1.92
75361465--75361516	13	3.6	13	77	22	59	21	30	32	15	1.94
75361450--75361526	31	2.5	31	95	0	136	18	28	36	16	1.93
75361446--75361507	18	3.8	18	76	22	73	17	29	38	14	1.89
75363263--75363363	47	2.2	47	87	10	154	51	19	3	24	1.64
75364046--75364119	31	2.4	31	88	2	105	47	16	16	20	1.83
75364656--75364690	4	8.8	4	87	0	52	22	5	25	45	1.74
75367148--75367209	28	2.2	29	83	13	76	22	4	4	67	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75381314--75381390	29	2.7	29	82	9	95	45	15	12	25	1.82
75381314--75381406	28	3.3	28	82	5	89	43	15	15	26	1.86
75390227--75390306	6	13.7	6	89	5	101	77	0	5	17	0.94
75392818--75392879	30	2.2	27	82	8	70	56	0	8	35	1.29
75401785--75401919	60	2.2	62	81	9	170	30	26	17	25	1.97
75401799--75401947	60	2.5	60	81	7	160	28	24	18	28	1.98
75401940--75401985	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
75401952--75401995	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
75404183--75404216	16	2.1	16	100	0	68	58	11	5	23	1.55
75405813--75405975	60	2.7	60	80	9	170	27	25	19	28	1.98
75405968--75406013	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
75405980--75406023	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
75411989--75412138	27	5.6	27	82	6	178	40	21	8	29	1.83
75411989--75412142	81	1.9	82	83	4	204	39	22	8	29	1.83
75411989--75412157	54	3.1	51	74	13	135	40	20	9	29	1.84
75412148--75412331	54	3.4	54	93	0	296	28	23	8	39	1.83
75412148--75412402	81	3.1	81	82	1	269	33	22	7	36	1.82
75412150--75412331	27	6.7	27	87	0	256	28	24	8	39	1.84
75412298--75412437	27	5.2	26	72	7	91	41	22	6	29	1.79
75412298--75412437	54	2.6	54	83	2	156	41	22	6	29	1.79
75412339--75412464	27	4.7	27	80	3	128	42	22	7	27	1.79
75412449--75412644	27	7.3	27	91	0	302	33	19	21	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75412395--75412644	81	3.1	81	84	4	265	34	20	19	26	1.96
75412418--75412644	54	4.2	54	86	4	298	33	20	20	25	1.97
75413049--75413094	19	2.4	19	88	0	65	19	21	15	43	1.87
75413039--75413114	6	12.3	6	69	20	50	19	18	14	47	1.83
75413080--75413114	18	1.9	18	94	0	61	20	17	14	48	1.81
75422426--75422537	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
75422426--75422537	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
75423955--75424025	24	3.0	24	91	0	115	25	36	1	36	1.65
75423930--75424025	48	2.0	48	82	10	115	22	35	4	37	1.74
75426339--75426385	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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