genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73911660--73911815	54	2.9	53	80	7	154	40	21	10	28	1.85
73911690--73911871	81	2.2	81	81	9	210	40	22	8	28	1.83
73912676--73912742	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
73912793--73912865	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
73912792--73912886	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
73913079--73913142	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
73919815--73919842	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
73921259--73921464	40	5.2	40	93	1	344	22	22	27	27	1.99
73926268--73926305	19	2.0	19	85	10	51	34	5	2	57	1.35
73927239--73927324	42	2.0	42	84	0	109	29	24	16	30	1.96
73928828--73928869	22	2.0	20	86	13	59	30	2	9	57	1.44
73929006--73929088	25	3.3	25	68	0	58	24	19	24	32	1.97
73932233--73932290	29	2.0	29	93	0	98	39	10	17	32	1.83
73934756--73934814	29	2.0	29	93	0	100	38	10	20	30	1.86
73936508--73936625	25	4.8	25	76	1	76	27	22	22	27	1.99
73950014--73950245	39	6.0	39	82	4	220	22	19	28	29	1.98
73958329--73958485	39	4.0	39	88	0	197	24	20	28	26	1.99
73958323--73958503	78	2.3	78	82	3	195	24	20	27	27	1.99
73960083--73960211	47	2.8	48	85	3	156	22	17	28	31	1.97
73961960--73962118	43	3.7	42	75	7	142	24	20	24	30	1.99
73965307--73965821	137	3.8	138	88	2	744	45	6	8	40	1.60
73975115--73975939	138	6.1	137	85	7	1013	40	8	6	45	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73975423--73975671	125	2.0	125	95	0	444	37	8	6	48	1.58
73975289--73975939	265	2.4	261	84	6	766	40	7	6	45	1.59
73980152--73980197	22	2.2	20	84	7	56	43	8	0	47	1.34
73984723--73984766	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
73985071--73985453	137	2.8	138	88	2	574	44	5	8	41	1.58
73987009--73987037	8	3.6	8	100	0	58	13	0	51	34	1.42
73991497--73991652	43	3.7	42	76	6	154	31	24	19	24	1.98
73991507--73991664	85	1.9	84	82	5	194	32	24	18	24	1.97
73994310--73994435	48	2.6	48	87	2	164	26	17	27	27	1.98
73994310--73994479	48	3.5	49	83	4	159	25	17	27	30	1.97
73995926--73995975	22	2.3	22	100	0	100	12	34	30	24	1.91
73998864--73999116	68	3.9	63	76	11	208	30	16	28	24	1.96
73999484--73999529	24	1.9	24	86	8	67	43	8	19	28	1.80
74007565--74007692	48	2.7	48	79	2	123	29	16	26	27	1.97
74007698--74007822	42	3.0	42	82	2	117	26	15	26	32	1.95
74019865--74019915	19	2.7	18	80	16	59	19	5	3	70	1.24
74024676--74024843	84	2.0	83	98	1	327	30	18	13	38	1.89
74025968--74025995	11	2.5	11	100	0	56	28	17	0	53	1.44
74031074--74031134	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74041843--74041933	20	4.6	19	68	14	58	37	17	9	35	1.83
74041850--74041926	40	1.9	41	81	2	93	36	16	11	35	1.86
74042103--74042178	23	3.3	23	78	14	86	34	18	22	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74045996--74046114	59	2.0	59	96	0	220	30	23	8	37	1.84
74051606--74051699	44	2.1	44	88	7	136	37	25	5	31	1.78
74051681--74051752	16	4.5	16	87	0	99	26	26	5	41	1.77
74056495--74056560	26	2.6	26	80	2	80	40	25	18	15	1.89
74056580--74056716	20	6.8	20	89	0	175	35	27	24	13	1.92
74069366--74069403	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
74076236--74076270	7	5.0	7	100	0	70	85	0	0	14	0.59
74077584--74077621	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
74083992--74084061	25	2.8	25	89	4	97	24	22	27	25	2.00
74084872--74084937	27	2.4	27	82	5	80	21	22	18	37	1.94
74084989--74085074	27	3.1	27	73	17	77	36	8	15	40	1.77
74085038--74085235	27	7.3	27	78	7	170	30	7	19	41	1.79
74085079--74085235	81	1.9	81	82	7	194	30	7	19	42	1.79
74085238--74085431	27	7.2	27	87	1	237	39	8	24	27	1.84
74085239--74085431	81	2.4	81	87	1	271	39	8	23	27	1.83
74085277--74085451	81	2.2	81	86	0	233	39	9	21	29	1.84
74086816--74086864	22	2.2	20	77	19	53	20	4	26	48	1.67
74093198--74093242	24	1.9	24	90	4	74	8	37	2	51	1.46
74102781--74102842	30	2.1	30	84	0	79	38	9	22	29	1.86
74103168--74103338	46	3.7	45	77	10	175	27	18	29	23	1.98
74108047--74108095	18	2.7	19	81	6	57	63	0	2	34	1.06
74108924--74108980	30	1.9	30	82	3	71	43	12	10	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74123051--74123319	46	5.8	46	74	14	239	21	20	28	29	1.98
74123047--74123312	93	2.9	93	94	0	442	21	20	28	28	1.98
74126597--74126707	46	2.5	44	84	10	127	26	20	28	24	1.99
74127395--74127476	42	2.0	42	82	4	103	18	24	35	21	1.96
74132949--74133003	22	2.5	22	100	0	110	12	34	30	21	1.91
74134894--74134951	15	3.9	15	86	0	80	10	10	17	62	1.54
74134894--74134951	30	1.9	30	92	0	98	10	10	17	62	1.54
74141739--74141907	40	4.3	40	90	3	254	27	26	21	24	1.99
74145177--74145851	54	12.5	54	88	1	913	38	19	16	24	1.92
74145159--74145851	27	25.6	27	84	1	789	38	19	16	25	1.93
74146185--74146235	22	2.3	22	96	0	93	27	23	17	31	1.97
74146178--74146257	22	3.7	21	86	3	88	23	25	20	31	1.98
74146420--74146523	27	3.9	27	82	6	122	19	22	19	39	1.93
74146641--74146782	6	23.0	6	70	16	85	19	18	14	48	1.81
74146644--74146705	25	2.5	25	89	0	88	19	19	14	46	1.83
74146670--74146745	37	2.1	37	85	5	100	17	15	15	51	1.77
74146707--74146770	25	2.6	25	82	0	83	18	18	14	48	1.81
74146641--74146806	62	2.7	62	84	0	224	19	18	13	49	1.79
74146731--74146818	37	2.4	37	88	0	122	18	18	11	52	1.74
74158048--74158312	47	5.6	46	78	10	207	27	19	29	23	1.98
74158192--74158317	49	2.6	49	86	6	159	27	19	30	22	1.98
74167258--74167379	55	2.2	55	79	5	131	27	24	27	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74174152--74174267	43	2.7	43	79	11	148	23	19	26	30	1.98
74175093--74175132	20	2.0	21	90	5	64	32	0	30	37	1.58
74195609--74195652	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
74195645--74195682	20	1.9	20	84	10	51	52	0	7	39	1.31
74195774--74195838	13	4.6	13	75	19	51	60	1	7	30	1.34
74195855--74196042	8	24.2	8	66	22	82	60	1	4	33	1.25
74195974--74196042	5	13.6	5	73	14	61	63	1	1	33	1.12
74195974--74196045	23	3.4	21	72	20	62	63	1	1	33	1.11
74195896--74196018	39	3.2	39	70	22	100	60	0	5	32	1.25
74195978--74196063	21	4.5	20	75	18	76	62	2	2	32	1.20
74197664--74198425	206	3.7	206	90	0	1114	29	22	17	31	1.97
74199314--74199382	24	2.9	23	87	6	102	1	2	7	88	0.67
74199314--74199389	12	6.4	12	81	6	84	2	2	7	86	0.74
74199312--74199389	15	5.1	15	76	15	70	2	3	7	85	0.79
74199314--74199382	1	69.0	1	76	0	66	1	2	7	88	0.67
74208067--74208234	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
74208090--74208234	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
74209423--74209494	37	1.9	37	100	0	144	33	22	13	30	1.93
74216109--74216250	40	3.6	39	83	7	162	23	26	23	26	2.00
74217433--74217508	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
74394162--74394199	19	2.1	19	95	5	69	55	5	7	31	1.51
74400918--74400953	12	3.0	12	87	0	54	5	38	0	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74402005--74402052	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
74402100--74402154	20	2.8	20	91	5	85	36	14	18	30	1.91
74402100--74402154	11	5.4	11	70	16	55	36	14	18	30	1.91
74402204--74402324	24	5.0	24	84	7	156	29	19	21	28	1.98
74402204--74402324	49	2.5	47	85	6	154	29	19	21	28	1.98
74402518--74402580	31	2.0	31	90	0	99	38	15	22	23	1.93
74408402--74408510	56	1.9	57	83	7	143	24	14	28	32	1.95
74416681--74416791	56	2.0	56	82	7	136	25	15	27	31	1.95
74418682--74418723	16	2.6	17	81	11	52	35	0	7	57	1.26
74423612--74423682	35	2.0	35	97	0	133	39	19	11	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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