genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16655771--16655857	29	3.0	29	84	1	122	16	0	41	42	1.48
16655769--16655853	36	2.4	35	92	5	143	16	0	42	41	1.48
16655759--16655855	7	13.4	7	81	6	113	17	0	40	42	1.49
16656631--16656983	158	2.2	158	79	9	405	35	11	22	30	1.90
16658026--16658122	28	3.5	28	97	2	178	26	4	26	42	1.73
16658763--16658828	8	8.4	8	80	9	64	36	1	28	33	1.67
16658763--16658828	16	4.2	16	79	11	82	36	1	28	33	1.67
16658762--16658828	23	2.8	24	79	4	82	35	1	28	34	1.67
16659487--16659770	99	2.9	99	93	4	461	44	7	5	42	1.55
16659655--16659689	16	2.2	16	89	0	52	42	8	0	48	1.33
16659791--16659815	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
16659733--16660189	91	4.9	96	91	5	772	33	6	4	55	1.45
16659887--16659911	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
16659734--16660189	187	2.4	185	93	4	765	33	6	4	55	1.46
16659978--16660002	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
16659983--16660130	43	3.3	42	67	22	113	30	8	4	56	1.49
16660165--16660194	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
16660387--16660493	9	11.7	9	73	9	83	43	14	1	40	1.55
16665581--16665609	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
16666022--16666090	21	3.3	21	80	11	70	34	20	44	0	1.52
16666504--16666653	43	3.5	43	85	1	203	30	30	14	25	1.95
16668286--16668317	16	2.0	16	93	0	55	59	6	9	25	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16681239--16681317	31	2.5	31	97	0	149	26	21	18	32	1.97
16681341--16681432	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
16681577--16681725	26	5.8	26	94	0	239	25	23	24	26	2.00
16682502--16682579	27	2.9	27	86	7	115	21	26	21	29	1.99
16682617--16682976	27	13.3	27	77	5	233	30	9	21	39	1.85
16682728--16682962	81	2.9	80	89	3	337	28	8	22	41	1.82
16682954--16683057	27	3.9	27	87	0	154	44	7	18	29	1.77
16682937--16683071	54	2.5	54	81	0	171	40	8	17	33	1.79
16683009--16683071	27	2.3	27	83	0	54	36	9	19	34	1.84
16684701--16684945	122	2.0	122	94	0	427	38	6	21	33	1.80
16685091--16685209	41	2.9	41	87	0	184	28	12	24	34	1.92
16686909--16686971	32	2.0	32	96	0	117	36	7	15	39	1.77
16702034--16702162	40	3.2	40	84	5	154	29	17	25	27	1.97
16705286--16705440	56	2.8	56	84	2	204	33	23	14	28	1.94
16705259--16705461	56	3.6	56	74	9	162	32	24	14	28	1.95
16705423--16705518	41	2.3	43	80	8	117	33	23	15	27	1.95
16710583--16710616	15	2.3	15	94	0	59	35	5	11	47	1.65
16713022--16713212	83	2.3	83	82	9	239	27	14	24	32	1.94
16713029--16713188	40	3.9	40	79	11	171	30	15	23	30	1.95
16718850--16718894	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
16719010--16719217	55	3.8	53	80	6	222	22	26	16	34	1.95
16719010--16719210	108	1.8	110	89	4	318	22	26	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16737769--16737930	43	3.8	43	79	9	170	32	22	16	27	1.96
16738616--16738753	69	2.0	69	98	0	267	45	15	16	21	1.85
16738755--16738840	34	2.5	35	84	1	120	24	24	23	27	2.00
16739030--16739094	22	2.9	22	67	24	55	26	20	27	26	1.99
16739296--16739390	27	3.5	27	89	0	145	16	17	21	44	1.87
16739267--16739412	54	2.7	54	70	10	136	23	17	21	37	1.94
16739639--16739774	68	2.0	68	91	0	218	18	37	25	19	1.94
16743574--16743660	42	2.1	42	97	0	165	39	4	10	45	1.59
16744812--16744868	29	2.0	28	93	3	96	19	22	26	31	1.98
16764560--16764667	26	4.2	26	96	0	198	30	5	26	37	1.79
16765380--16765432	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
16768556--16768616	29	2.1	29	96	0	113	36	8	27	27	1.85
16771984--16772036	26	2.0	26	85	7	72	41	22	11	24	1.86
16774712--16775242	47	11.4	47	95	1	919	32	8	29	29	1.88
16774712--16775242	140	3.8	141	94	1	919	32	8	29	29	1.88
16775361--16775438	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
16777302--16777404	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
16777386--16777459	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
16777770--16777965	40	4.9	40	82	5	193	26	22	27	23	2.00
16777770--16777966	80	2.5	81	81	7	215	25	23	26	23	2.00
16780648--16781087	47	9.4	47	93	1	731	32	9	30	28	1.88
16781210--16781284	37	2.0	37	87	5	107	21	21	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16782924--16783004	40	2.0	40	100	0	162	19	14	12	53	1.73
16793053--16793266	46	4.6	47	80	12	194	23	30	19	26	1.98
16810683--16810748	28	2.4	27	73	12	64	16	18	22	42	1.89
16812890--16813211	43	7.5	42	80	7	317	31	22	19	25	1.98
16812882--16813211	87	3.8	86	89	2	430	30	23	20	25	1.98
16813509--16813556	21	2.3	21	100	0	96	0	58	18	22	1.39
16814112--16814149	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
16823536--16823586	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
16823575--16823606	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
16824419--16824458	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
16824620--16824835	41	5.3	41	92	2	339	19	24	23	32	1.97
16824615--16824875	82	3.2	81	84	3	312	19	22	22	34	1.96
16827743--16827768	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
16829722--16829828	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
16833178--16833203	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
16833255--16833379	41	3.0	41	98	0	241	32	4	25	37	1.77
16835492--16835517	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
16835569--16835652	41	2.0	41	97	0	159	30	5	26	36	1.80
16841327--16841389	25	2.6	25	73	12	60	39	12	12	34	1.82
16842299--16842541	99	2.4	100	84	2	319	25	17	27	29	1.98
16842306--16842543	49	4.8	49	84	2	287	26	17	26	29	1.97
16847927--16848290	46	7.7	46	73	12	206	23	30	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16857310--16857425	44	2.5	46	80	4	146	23	19	29	27	1.98
16865084--16865203	49	2.4	48	82	5	125	30	19	26	24	1.98
16869912--16870015	37	2.7	39	72	12	99	39	16	15	28	1.89
16869898--16870057	75	2.2	74	86	7	236	41	15	15	28	1.87
16870968--16871009	14	2.7	15	85	10	50	66	2	26	4	1.23
16872819--16872916	20	4.9	20	83	6	110	14	28	22	34	1.93
16875555--16875642	23	3.9	23	76	11	83	39	20	18	21	1.92
16875548--16875606	23	2.6	22	76	5	64	37	20	18	23	1.94
16875634--16875689	26	2.2	26	81	9	62	37	16	21	25	1.93
16879516--16879606	40	2.2	41	82	7	105	31	20	17	29	1.96
16879538--16879651	42	2.8	42	85	5	137	28	19	20	32	1.97
16879641--16879694	28	1.9	28	88	0	81	29	12	27	29	1.94
16881528--16881565	19	2.0	19	85	10	51	34	2	18	44	1.64
16884051--16884091	16	2.5	17	88	4	57	56	0	0	43	0.99
16884652--16884687	15	2.3	15	95	4	63	44	13	13	27	1.82
16884652--16884693	15	2.9	14	89	10	50	42	14	14	28	1.84
16884729--16884774	20	2.4	18	82	10	56	32	2	2	63	1.19
16884742--16884800	22	2.8	21	80	10	66	40	1	1	55	1.20
16884761--16884807	23	2.0	23	84	8	60	46	0	0	53	1.00
16886776--16886801	12	2.2	12	100	0	52	46	15	15	23	1.83
16888187--16888277	44	2.1	44	85	0	119	42	12	13	31	1.80
16888347--16888379	17	1.9	17	88	11	50	54	3	0	42	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16892765--16892809	20	2.3	20	81	14	58	46	6	0	46	1.29
16892764--16892808	19	2.3	19	88	7	63	48	6	0	44	1.29
16892938--16892988	26	2.0	26	84	0	66	70	5	9	13	1.32
16896898--16897039	67	2.1	67	96	2	259	26	12	13	47	1.78
16903385--16903438	26	2.1	26	100	0	108	50	11	7	31	1.66
16908250--16908312	30	2.1	30	93	0	108	23	4	12	58	1.53
16915168--16915245	25	3.2	25	81	3	88	26	17	23	32	1.97
16915175--16915244	25	2.8	25	84	2	97	25	20	25	28	1.99
16916137--16916189	27	2.0	27	84	0	70	39	15	13	32	1.85
16916147--16916198	27	1.9	27	88	7	79	38	11	11	38	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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