genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54429012--54429231	79	2.8	79	87	3	309	24	19	27	28	1.98
54430655--54430692	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
54440476--54440696	49	4.7	49	77	13	205	26	19	28	25	1.99
54440476--54440696	98	2.3	93	84	8	270	26	19	28	25	1.99
54441861--54441900	21	2.0	20	90	5	62	12	40	27	20	1.88
54444634--54444736	53	1.9	53	100	0	206	33	10	25	30	1.90
54448153--54448512	46	7.6	46	74	10	225	27	19	28	23	1.98
54448289--54448509	96	2.3	97	82	11	273	26	18	29	25	1.98
54469707--54469784	40	2.0	40	92	0	129	29	28	19	23	1.98
54472048--54472219	84	2.0	87	96	3	323	43	6	10	38	1.66
54473084--54473286	43	4.7	42	73	10	133	26	16	25	32	1.96
54473084--54473263	43	4.2	43	72	8	141	26	16	24	32	1.96
54480068--54480152	43	2.0	43	97	0	161	28	9	30	31	1.88
54481258--54481315	30	1.9	31	82	10	75	36	10	25	27	1.89
54484528--54484649	47	2.6	47	90	0	190	34	13	24	27	1.93
54484628--54484824	55	3.6	54	83	2	234	37	17	23	22	1.94
54484628--54484835	53	3.9	54	83	1	229	36	16	23	23	1.94
54491793--54491951	45	3.5	45	81	3	176	40	17	19	22	1.91
54491793--54491960	90	1.9	90	79	2	194	39	17	20	22	1.92
54494251--54494471	40	5.6	40	87	4	288	22	27	23	26	2.00
54497369--54497442	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
54501751--54501935	40	4.7	40	82	6	198	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54505390--54505531	40	3.6	40	90	4	209	23	22	27	26	2.00
54509156--54509249	43	2.2	43	84	3	118	34	26	13	25	1.94
54512023--54512090	24	2.8	24	84	4	84	48	10	4	36	1.57
54514852--54514933	41	2.0	41	100	0	164	34	21	12	31	1.91
54520352--54520406	26	2.1	26	93	0	92	36	9	14	40	1.78
54522237--54522351	50	2.3	50	93	0	203	26	9	19	45	1.80
54523929--54523961	14	2.3	15	94	5	59	36	21	3	39	1.69
54524605--54524651	24	2.0	24	91	0	76	40	21	4	34	1.73
54530367--54530437	34	2.1	34	100	0	142	25	14	28	32	1.94
54530421--54530534	26	4.5	25	72	17	101	20	18	28	32	1.96
54534552--54534615	22	2.9	22	78	2	65	35	10	21	31	1.88
54539796--54540035	49	4.8	49	80	3	282	30	27	17	24	1.97
54540688--54540747	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
54543102--54543155	27	2.0	27	100	0	108	40	18	14	25	1.89
54547251--54547433	77	2.3	81	83	8	234	25	27	22	24	2.00
54547232--54547433	40	5.1	40	83	7	236	24	27	22	25	2.00
54555051--54555275	119	1.9	120	83	6	296	26	26	21	25	2.00
54555051--54555275	40	5.7	40	89	4	287	26	26	21	25	2.00
54560034--54560077	21	2.2	20	83	4	52	31	15	20	31	1.94
54563871--54563906	14	2.6	14	90	0	63	36	5	27	30	1.80
54570949--54571112	82	2.0	82	100	0	328	36	13	10	39	1.80
54571200--54571245	22	2.1	22	95	0	83	73	0	0	26	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54571743--54571785	9	4.8	9	88	8	61	44	0	0	55	0.99
54575159--54575226	16	4.2	16	96	0	127	26	0	36	36	1.57
54575443--54575484	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
54575452--54575493	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
54575562--54575620	15	4.0	15	78	14	61	52	1	0	45	1.10
54575446--54575927	120	4.0	120	95	0	743	51	4	1	42	1.32
54575539--54575623	43	2.0	43	82	8	104	54	2	1	42	1.21
54575720--54575903	37	4.7	37	70	17	140	51	3	1	44	1.27
54575703--54575894	56	3.3	55	74	19	208	52	3	1	43	1.24
54575703--54575856	18	8.9	18	66	18	76	54	2	0	42	1.19
54582767--54582822	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
54585003--54585128	46	2.7	46	92	2	209	30	28	19	21	1.98
54585008--54585150	46	3.1	44	82	7	121	29	27	20	22	1.98
54590076--54590136	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
54603364--54603424	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
54606484--54606668	40	4.6	39	82	7	180	25	22	26	25	2.00
54606484--54606668	79	2.3	81	81	9	211	25	22	26	25	2.00
54606537--54606701	79	2.1	79	82	8	194	27	21	26	25	1.99
54609687--54609762	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
54609671--54609846	47	3.7	47	92	0	280	32	11	28	26	1.91
54610010--54610122	37	3.1	37	92	0	181	23	19	29	28	1.98
54615998--54616039	21	2.0	21	85	0	57	26	16	38	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54617481--54617520	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
54629391--54629635	49	4.9	49	83	4	303	28	26	18	25	1.98
54630282--54630341	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
54640189--54640234	22	2.1	22	87	0	65	45	10	6	36	1.65
54641634--54641679	22	2.1	22	87	0	65	45	10	6	36	1.65
54655509--54655637	44	3.0	44	82	5	138	22	18	30	28	1.97
54665986--54666061	38	2.0	38	97	0	143	25	18	6	50	1.71
54676458--54676581	27	4.6	27	93	2	149	30	29	13	26	1.94
54676458--54676581	55	2.3	54	91	1	194	30	29	13	26	1.94
54688373--54688555	40	4.6	39	81	8	185	25	22	26	25	2.00
54688368--54688553	77	2.4	81	81	9	213	25	22	26	25	2.00
54696326--54696510	40	4.6	39	83	5	203	24	22	28	24	2.00
54696326--54696508	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
54696379--54696543	79	2.1	79	82	6	192	26	21	28	24	1.99
54699192--54699226	18	1.9	18	88	11	54	54	11	0	34	1.37
54703547--54703600	27	2.0	27	85	7	74	61	0	35	3	1.14
54703566--54703599	18	1.9	17	88	5	50	61	0	35	2	1.11
54703840--54703899	29	2.1	29	100	0	120	48	16	6	28	1.71
54713093--54713200	52	2.1	52	82	6	130	34	14	14	36	1.88
54717587--54717695	40	2.7	41	72	2	121	29	27	21	22	1.99
54732213--54732258	18	2.6	18	92	0	83	23	47	15	13	1.80
54739032--54739400	184	2.0	184	100	0	738	32	9	24	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54739339--54739511	68	2.6	64	77	11	179	31	15	27	26	1.96
54739494--54739681	50	3.8	48	83	4	225	26	17	26	30	1.97
54743860--54744010	68	2.3	63	81	8	160	29	15	27	26	1.96
54748431--54748619	50	3.8	49	85	1	225	26	17	25	29	1.98
54759375--54759526	40	3.8	40	89	2	207	25	28	21	24	1.99
54762942--54762999	24	2.5	24	80	8	66	6	27	1	63	1.29
54762985--54763145	75	2.1	75	93	3	270	10	24	5	59	1.52
54763005--54763162	75	2.1	75	82	4	185	15	22	7	55	1.65
54766173--54766273	38	2.6	39	84	3	105	36	5	6	50	1.54
54768690--54768725	14	2.5	14	86	4	54	36	0	13	50	1.43
54771753--54771872	38	3.1	38	93	2	204	22	23	25	29	1.99
54771870--54771998	46	3.0	44	83	7	131	24	21	28	25	1.99
54773344--54773395	26	2.0	26	88	7	79	36	25	13	25	1.92
54773346--54773403	26	2.2	26	81	6	73	37	25	13	22	1.91
54773420--54773588	26	6.4	26	68	8	74	31	25	15	27	1.95
54773420--54773588	53	3.2	52	75	16	129	31	25	15	27	1.95
54775842--54777042	600	2.0	601	96	0	2233	33	24	14	27	1.94
54789738--54789781	18	2.4	18	100	0	88	40	9	13	36	1.76
54794642--54794686	15	2.9	15	80	9	54	46	26	0	26	1.53
54803704--54803860	39	4.0	39	90	3	244	24	24	28	22	1.99
54807371--54807635	40	6.7	40	88	4	349	26	26	21	25	1.99
54807371--54807635	119	2.2	121	85	4	351	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54815603--54815867	119	2.2	121	85	4	351	26	26	21	25	1.99
54815584--54815867	40	7.1	40	86	5	335	26	26	21	25	1.99
54829656--54829722	34	1.9	35	85	8	93	44	11	23	19	1.84
54844500--54844646	43	3.4	43	78	5	138	27	21	26	25	1.99
54844545--54844646	42	2.4	43	83	8	120	27	21	25	25	1.99
54861683--54861732	26	1.9	26	100	0	100	36	12	14	38	1.83
54865426--54865464	18	2.2	18	85	0	51	35	2	38	23	1.68
54867963--54868004	22	1.9	22	85	0	57	30	19	21	28	1.97
54868191--54868224	18	1.9	17	88	5	50	0	23	0	76	0.79
54873273--54873314	22	1.9	22	85	9	59	9	21	30	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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