genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24218742--24218863	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
24222486--24222526	16	2.6	16	84	3	57	53	14	24	7	1.66
24224268--24224345	38	2.1	38	100	0	156	50	10	11	28	1.71
24224364--24224413	21	2.5	20	87	6	73	44	18	22	16	1.87
24224363--24224425	10	6.2	10	81	3	63	41	15	26	15	1.88
24226464--24226490	12	2.2	12	100	0	54	18	25	0	55	1.43
24230918--24230973	21	2.6	21	82	2	76	16	7	5	71	1.27
24232397--24232449	10	5.2	10	75	4	52	39	16	28	15	1.89
24232398--24232449	21	2.5	20	87	6	77	40	17	26	15	1.89
24232397--24232437	10	4.0	10	84	6	55	41	17	26	14	1.88
24232886--24232951	34	2.0	34	90	3	107	28	28	24	18	1.98
24237730--24237828	50	1.9	52	89	4	157	39	14	14	32	1.85
24237854--24237934	39	2.1	39	90	0	126	45	16	11	27	1.80
24258717--24258920	44	4.7	44	73	10	159	35	22	21	21	1.96
24258718--24258921	88	2.3	87	84	2	257	35	22	21	21	1.96
24261365--24261407	22	2.0	20	82	8	50	32	6	0	60	1.23
24284744--24284831	34	2.6	33	77	12	90	28	26	25	20	1.99
24289311--24289345	17	2.0	17	88	5	52	60	2	31	5	1.35
24296443--24296584	54	2.6	54	92	3	223	19	25	20	35	1.96
24296447--24296606	27	5.9	27	81	12	159	20	25	20	34	1.96
24296447--24296606	81	2.0	81	81	7	191	20	25	20	34	1.96
24304447--24304549	27	3.9	25	80	9	116	19	24	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24304417--24304561	54	2.7	54	89	3	220	20	23	20	35	1.96
24305830--24305952	50	2.4	50	82	2	156	38	13	15	32	1.87
24310318--24310524	53	3.8	53	75	3	189	37	18	23	20	1.94
24313740--24313810	33	2.2	33	97	0	133	38	21	16	23	1.93
24316333--24316451	39	3.0	39	86	1	157	22	23	29	24	1.99
24324468--24324929	76	6.0	74	80	13	472	30	16	20	32	1.95
24325101--24325150	21	2.4	21	86	0	64	28	12	32	28	1.92
24325510--24325559	22	2.3	21	79	6	55	54	36	0	10	1.34
24326576--24326636	14	4.2	14	76	18	54	31	4	3	60	1.34
24326687--24326727	15	2.7	15	85	7	57	34	0	0	65	0.93
24326820--24326998	25	7.0	26	68	20	112	34	5	6	54	1.47
24326828--24326899	23	3.0	24	79	20	73	31	1	4	62	1.23
24335096--24335249	28	5.5	28	94	0	247	26	12	27	32	1.93
24350927--24350967	21	2.0	21	85	4	57	24	0	26	48	1.51
24351160--24351184	9	2.8	9	100	0	50	52	0	24	24	1.48
24353119--24353143	13	1.9	13	100	0	50	52	0	16	32	1.44
24355030--24355069	18	2.2	19	86	4	55	40	10	12	37	1.77
24359600--24359769	46	3.7	45	80	8	209	21	21	27	28	1.99
24365034--24365119	44	2.0	44	100	0	172	47	4	18	29	1.68
24365097--24365129	10	3.3	10	100	0	66	57	0	9	33	1.30
24366116--24366288	46	3.8	45	72	18	153	21	18	29	30	1.97
24369886--24370013	46	2.8	46	92	0	211	20	21	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24378709--24378864	43	3.7	44	79	13	175	30	25	18	25	1.98
24378709--24378864	85	1.8	85	85	10	221	30	25	18	25	1.98
24382465--24382505	19	2.2	19	86	4	57	12	29	31	26	1.92
24386728--24386856	43	3.0	43	89	1	179	28	20	27	22	1.99
24386847--24386924	40	1.9	41	84	2	104	25	19	28	26	1.99
24386746--24386936	43	4.6	41	79	6	163	28	20	28	23	1.99
24404543--24404720	27	6.6	27	82	6	198	26	15	28	29	1.96
24404544--24404699	82	1.9	81	87	6	226	26	15	28	29	1.96
24404540--24404720	82	2.2	81	82	4	222	26	15	28	29	1.96
24415972--24416005	15	2.2	16	89	5	52	67	0	11	20	1.21
24420975--24421031	8	7.1	8	79	15	55	36	24	10	28	1.88
24421629--24421666	20	1.9	20	89	10	60	52	23	2	21	1.59
24425495--24425665	43	4.0	44	74	15	160	32	26	16	24	1.96
24425495--24425664	86	2.0	85	82	7	211	32	25	17	24	1.96
24433052--24433177	42	2.9	43	72	16	118	34	23	15	26	1.94
24434804--24434829	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
24446236--24446346	33	3.4	33	87	2	152	17	8	31	43	1.78
24446234--24446386	66	2.3	67	79	7	168	16	7	33	41	1.78
24446249--24446369	33	3.7	33	85	2	100	19	9	30	40	1.83
24446533--24446573	20	2.0	20	85	0	55	24	4	14	56	1.58
24447499--24447539	20	2.0	21	85	4	57	31	17	2	48	1.60
24453259--24453353	46	2.1	46	85	0	127	23	15	22	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24453503--24453554	27	1.9	27	84	7	70	17	17	28	36	1.92
24455745--24455775	13	2.4	13	100	0	62	22	25	45	6	1.76
24456243--24456355	43	2.6	44	82	8	135	33	23	16	26	1.96
24458959--24459029	34	2.1	34	97	0	133	38	12	15	33	1.85
24461635--24461707	32	2.2	33	86	13	98	28	27	0	43	1.55
24462016--24462041	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
24465684--24465742	26	2.3	26	94	2	102	32	27	11	28	1.92
24465730--24465806	27	2.9	27	82	0	91	27	18	18	36	1.94
24465777--24466094	27	11.5	27	80	7	300	33	9	17	39	1.81
24465848--24466074	62	3.9	62	71	21	186	34	8	18	38	1.81
24465799--24466094	116	2.6	116	79	6	315	34	8	17	38	1.81
24465910--24466094	80	2.3	81	82	0	228	33	8	18	39	1.81
24466405--24466476	28	2.6	28	97	0	135	23	40	16	19	1.91
24471937--24472049	56	2.0	56	89	3	174	30	20	27	22	1.98
24471993--24472218	48	4.7	48	77	10	185	26	19	29	23	1.99
24471993--24472219	96	2.3	98	89	1	332	26	20	29	23	1.99
24482578--24482638	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
24486513--24486538	13	2.0	13	100	0	52	23	30	0	46	1.53
24489776--24490479	352	2.0	352	95	0	1264	36	21	12	29	1.90
24492477--24492519	19	2.3	18	80	4	50	34	18	0	46	1.50
24493606--24493635	3	10.0	3	92	0	51	30	0	0	70	0.88
24495355--24495476	42	2.9	42	81	0	154	31	12	25	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24495356--24495490	42	3.2	42	75	8	121	33	14	24	27	1.95
24495398--24495505	42	2.6	43	76	7	114	33	18	25	23	1.97
24496761--24496845	42	2.0	42	95	0	152	24	24	29	21	1.99
24507089--24507158	35	2.0	35	100	0	140	28	2	5	62	1.32
24518180--24518219	20	2.0	20	95	0	71	47	0	5	47	1.24
24518597--24518645	18	2.5	19	83	12	64	42	0	0	57	0.99
24518564--24518662	43	2.5	43	78	16	106	42	2	0	55	1.11
24519867--24519903	11	3.2	12	85	11	51	78	2	0	18	0.87
24519875--24519906	11	2.9	11	90	0	55	75	3	0	21	0.95
24521532--24521562	16	1.9	16	93	0	53	38	6	0	54	1.26
24522807--24522884	38	2.1	38	100	0	156	29	30	12	26	1.93
24534463--24534561	35	2.8	35	79	0	117	25	17	16	41	1.89
24537681--24537825	27	5.4	26	82	6	173	34	19	20	26	1.96
24537680--24537825	54	2.7	54	86	6	206	34	19	19	26	1.96
24538609--24538660	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
24542168--24542392	40	5.7	40	86	5	287	26	28	21	24	1.99
24542170--24542392	119	1.9	120	83	6	292	26	27	21	24	1.99
24550193--24550408	119	1.8	120	84	7	296	25	26	21	25	2.00
24550191--24550415	40	5.7	40	84	6	278	25	27	22	24	2.00
24553522--24553581	22	2.7	22	75	14	61	38	50	3	8	1.49
24553602--24553663	30	2.1	30	96	0	115	43	20	0	35	1.53
24555567--24555632	15	4.7	15	73	17	61	37	12	18	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24559071--24559116	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
24560553--24560597	20	2.2	21	84	4	56	28	33	20	17	1.95
24564590--24564810	40	5.6	40	86	8	283	22	22	28	26	1.99
24564590--24564810	80	2.8	79	89	4	313	22	22	28	26	1.99
24566978--24567131	42	3.6	42	83	3	184	30	15	24	29	1.96
24570325--24570419	41	2.4	39	81	6	104	24	17	27	30	1.97
24571397--24571423	14	1.9	14	100	0	54	22	18	22	37	1.95
24572707--24572868	53	3.1	53	82	8	174	35	17	23	24	1.95
24572635--24572868	55	4.4	51	78	10	186	35	16	23	23	1.95
24580319--24580452	55	2.5	53	79	4	144	36	14	23	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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