genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25520936--25521021	27	3.1	27	79	14	86	40	12	9	37	1.76
25521062--25521135	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
25521075--25521139	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
25521811--25521887	20	4.0	20	86	8	106	38	9	18	33	1.82
25521831--25521887	11	5.5	11	68	16	50	40	10	17	31	1.84
25521936--25522111	26	6.8	26	87	1	248	27	22	21	28	1.99
25521936--25522111	53	3.4	53	92	3	288	27	22	21	28	1.99
25521936--25522111	79	2.3	77	88	3	246	27	22	21	28	1.99
25522256--25522347	42	2.2	42	92	0	148	28	10	20	40	1.86
25526435--25526797	47	8.0	47	88	4	514	32	11	28	27	1.92
25526508--25526629	22	5.3	22	64	27	65	31	12	30	26	1.92
25526960--25527064	34	2.9	37	87	7	153	22	20	30	26	1.98
25526960--25527065	37	2.9	37	87	6	155	22	19	30	27	1.98
25528329--25528639	40	7.8	40	93	0	489	26	21	27	25	1.99
25531742--25532115	47	8.0	47	89	0	568	32	11	28	26	1.92
25532278--25532422	37	3.9	37	93	0	236	22	20	32	24	1.98
25538596--25538818	45	5.0	45	93	2	369	22	24	28	24	2.00
25541070--25541205	39	3.5	38	87	6	175	25	26	22	25	2.00
25550310--25550472	39	4.2	39	89	3	231	26	28	21	22	1.99
25562181--25562377	54	3.7	53	78	10	195	35	18	24	21	1.95
25562626--25562656	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
25566454--25566561	43	2.5	42	77	5	119	32	21	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25580348--25580532	40	4.6	40	76	6	185	23	24	25	26	2.00
25580348--25580532	80	2.3	81	85	4	232	23	24	25	26	2.00
25588332--25588556	40	5.6	40	81	2	263	23	27	24	24	2.00
25588332--25588556	80	2.8	80	84	2	290	23	27	24	24	2.00
25591145--25591192	22	2.2	21	85	3	60	58	4	0	37	1.18
25598346--25598404	26	2.3	26	84	0	73	20	22	20	37	1.95
25605347--25605398	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
25605439--25605498	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
25615720--25615766	5	8.6	5	82	17	58	72	2	4	21	1.12
25616169--25616199	16	1.9	16	93	0	53	0	16	0	83	0.64
25625325--25625369	21	2.1	22	87	4	65	53	0	6	40	1.27
25631506--25631563	24	2.4	24	88	5	82	25	22	15	36	1.94
25631753--25631790	20	1.9	20	88	0	58	28	7	26	36	1.84
25639753--25639854	27	3.8	27	88	0	141	27	14	15	42	1.86
25639753--25639868	27	4.3	27	81	4	126	28	12	17	41	1.86
25639753--25639886	54	2.5	54	85	2	162	26	14	17	42	1.87
25654913--25655012	41	2.4	41	93	0	164	37	26	20	17	1.93
25655053--25655100	23	2.1	23	88	3	71	52	29	0	18	1.46
25655028--25655140	54	2.1	54	83	3	138	50	30	0	19	1.48
25655323--25655465	7	20.1	7	70	5	63	23	0	35	40	1.60
25655716--25655810	40	2.5	39	81	10	106	46	31	2	20	1.62
25656357--25656400	19	2.2	20	96	4	81	68	4	4	22	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25656624--25656666	6	7.2	6	89	0	68	0	53	0	46	1.00
25656624--25656665	12	3.5	12	96	0	75	0	54	0	45	0.99
25657870--25657907	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
25658136--25658304	46	3.7	45	77	12	164	30	28	18	22	1.98
25658137--25658307	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
25658726--25658784	29	2.0	29	86	3	82	33	25	5	35	1.78
25661389--25661413	8	3.1	8	100	0	50	48	0	24	28	1.52
25661659--25661702	13	3.4	13	83	0	61	52	0	0	47	1.00
25661724--25661764	22	1.9	21	85	5	55	43	2	0	53	1.13
25663906--25663953	20	2.4	21	82	10	64	22	2	6	68	1.23
25665644--25665736	24	3.8	25	72	16	61	23	23	21	31	1.99
25665875--25665933	20	3.0	20	69	18	61	32	6	20	40	1.78
25671628--25671739	27	4.2	26	83	7	134	37	22	23	16	1.94
25671628--25671739	54	2.1	54	86	3	154	37	22	23	16	1.94
25673157--25673203	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
25675544--25675583	16	2.6	15	88	7	62	37	5	12	45	1.64
25675552--25675583	16	2.0	16	100	0	64	37	6	12	43	1.68
25676202--25676311	54	2.1	53	91	1	175	26	21	18	33	1.96
25679111--25679163	26	2.0	26	100	0	106	20	7	11	60	1.55
25679187--25679269	40	2.1	40	90	0	130	19	30	18	32	1.95
25686187--25686362	40	4.4	40	78	0	118	19	27	16	36	1.93
25686195--25686345	80	1.9	80	81	0	185	19	27	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25686220--25686373	80	1.9	80	80	5	177	20	29	14	35	1.92
25690367--25690476	29	3.9	28	78	4	121	25	15	30	28	1.96
25690375--25690485	57	1.9	58	87	1	161	25	15	31	27	1.95
25701658--25701715	30	2.0	30	82	3	73	43	3	22	31	1.70
25704007--25704191	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
25703988--25704191	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
25708180--25708227	15	3.3	14	75	18	53	29	2	2	66	1.14
25717337--25717396	21	2.9	21	82	7	70	63	3	1	31	1.20
25719686--25719768	41	2.0	40	86	2	112	31	16	21	30	1.96
25723154--25723246	38	2.5	38	94	3	163	44	15	5	35	1.69
25723228--25723290	9	7.0	9	78	7	65	47	20	0	31	1.51
25723190--25723290	47	2.2	47	91	3	161	45	18	1	33	1.61
25727475--25727515	19	2.2	19	100	0	82	34	9	17	39	1.82
25728852--25728879	13	2.2	13	100	0	56	17	32	14	35	1.90
25731101--25731129	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
25731903--25732248	43	8.1	43	80	3	214	28	18	26	26	1.98
25731903--25732204	86	3.5	85	79	2	295	27	19	26	26	1.99
25732015--25732249	43	5.5	43	80	2	240	28	19	25	25	1.99
25731919--25732248	129	2.6	127	79	2	356	28	19	26	26	1.98
25734585--25734640	4	13.5	4	78	14	60	19	1	5	73	1.12
25738354--25738399	23	2.0	23	83	8	58	73	0	10	15	1.08
25739020--25739059	19	2.0	20	86	13	57	22	15	20	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25742332--25742450	46	2.5	48	91	5	206	23	21	29	25	1.99
25745169--25745268	42	2.4	42	89	0	146	32	18	30	20	1.96
25753957--25754126	46	3.7	46	78	13	204	28	28	20	22	1.99
25753962--25754132	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
25754555--25754614	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
25755548--25755593	24	1.9	24	90	0	74	45	4	28	21	1.71
25755694--25755726	16	2.1	16	100	0	66	21	30	18	30	1.97
25755719--25755822	42	2.5	42	82	3	120	18	23	14	44	1.86
25756985--25759244	844	2.7	844	92	0	3619	35	13	19	31	1.91
25762767--25762914	42	3.5	42	81	8	167	17	20	16	45	1.86
25762780--25762909	21	6.2	21	67	3	73	17	20	17	44	1.87
25767102--25767135	10	3.3	10	84	8	50	79	8	2	8	1.03
25769417--25769496	35	2.3	35	100	0	160	38	15	12	33	1.84
25777480--25777747	40	6.7	40	92	1	403	22	21	27	28	1.99
25777480--25777782	120	2.5	119	86	2	394	23	21	27	27	1.99
25785678--25785932	40	6.6	39	92	5	394	21	22	29	26	1.99
25785678--25785932	79	3.3	79	92	4	405	21	22	29	26	1.99
25789692--25789771	9	8.2	9	72	15	61	57	0	3	38	1.17
25789658--25789752	20	4.6	21	72	12	63	58	2	1	37	1.17
25789683--25789770	9	8.8	10	72	20	60	57	0	3	38	1.15
25789662--25789757	29	3.2	29	80	7	86	59	2	2	36	1.21
25789663--25789771	20	5.4	18	72	19	58	56	1	2	38	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25789828--25789875	24	2.0	23	84	4	60	62	10	0	27	1.27
25791936--25792010	30	2.5	30	78	8	82	48	6	10	34	1.64
25792330--25792427	49	2.0	49	91	0	160	20	18	8	53	1.70
25797776--25797938	81	2.0	81	96	0	299	22	16	20	40	1.91
25802533--25802630	41	2.3	42	84	10	121	28	30	14	26	1.95
25808112--25808289	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25808133--25808288	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25816298--25816475	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25816319--25816474	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25825316--25825409	43	2.2	44	81	9	104	48	5	2	43	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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