genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25827030--25827210	90	2.0	90	92	0	299	23	17	14	44	1.86
25832741--25832800	23	2.6	23	81	5	68	46	5	1	46	1.34
25832776--25832834	25	2.2	28	88	11	88	57	0	0	42	0.98
25832857--25832903	6	7.8	6	85	7	60	46	0	0	53	1.00
25834675--25834875	54	3.7	54	78	5	210	36	19	24	19	1.95
25847266--25847581	47	6.7	46	78	10	277	27	21	29	21	1.98
25847266--25847582	94	3.4	94	78	12	332	27	21	29	21	1.98
25849590--25849703	23	5.0	23	70	17	76	40	20	15	23	1.91
25875813--25875892	28	2.9	28	71	14	74	28	23	18	28	1.98
25880459--25880518	30	2.0	30	96	0	111	60	15	0	25	1.35
25881155--25881180	9	2.9	9	100	0	52	19	0	23	57	1.40
25883583--25883705	42	2.9	42	79	0	138	18	21	15	43	1.87
25883682--25883748	21	3.2	21	65	12	57	14	22	16	46	1.84
25889279--25889324	24	1.9	24	86	8	67	4	34	23	36	1.75
25899625--25899926	41	7.4	41	92	0	480	35	18	23	22	1.96
25899999--25900042	21	2.0	22	91	4	72	18	0	38	43	1.50
25900253--25900308	21	2.7	20	88	2	76	28	1	32	37	1.68
25900620--25900667	11	4.0	11	75	19	51	22	47	0	29	1.51
25900634--25900682	15	3.5	15	73	21	61	18	53	0	28	1.45
25900623--25900683	26	2.3	26	100	0	122	21	50	0	27	1.49
25903222--25903251	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
25903322--25903690	183	2.0	183	95	0	666	27	15	14	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25903892--25903920	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
25904144--25905370	358	3.5	358	94	2	2237	35	15	11	37	1.83
25905580--25905635	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
25905739--25905927	9	20.6	9	74	11	107	47	13	1	38	1.52
25905772--25905927	17	8.9	17	71	11	93	47	12	1	39	1.49
25905735--25905927	26	7.0	27	69	12	115	47	12	1	38	1.52
25911126--25911164	14	2.8	13	85	14	51	35	2	7	53	1.43
25911545--25911606	21	3.0	21	95	0	106	25	19	53	1	1.54
25911960--25912102	43	3.3	43	87	4	155	21	27	23	26	1.99
25911979--25912291	43	6.9	43	77	13	270	24	27	20	27	1.99
25912026--25912223	103	1.9	103	90	2	317	26	28	19	25	1.99
25923397--25923521	46	2.7	46	89	0	178	20	18	29	32	1.96
25941525--25941736	46	4.5	46	80	11	200	30	19	26	23	1.98
25941525--25941736	94	2.3	93	84	4	257	30	19	26	23	1.98
25941757--25941886	49	2.7	49	82	0	161	29	20	27	23	1.98
25941713--25941934	98	2.3	95	80	6	245	26	18	28	26	1.98
25944480--25944538	30	2.0	30	100	0	118	23	37	16	22	1.94
25946663--25946720	18	3.4	18	68	18	61	43	17	6	32	1.75
25946905--25946996	44	2.1	44	85	4	123	34	22	19	22	1.96
25948190--25948246	20	2.8	20	79	15	62	52	1	3	42	1.28
25948212--25948261	16	3.2	17	78	13	54	58	0	6	36	1.23
25951523--25951698	68	2.6	68	79	12	175	33	15	28	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25953681--25953814	56	2.4	56	85	6	175	25	15	24	34	1.95
25963347--25963404	18	3.4	18	68	18	61	43	17	6	32	1.75
25964550--25964601	27	1.9	27	84	7	70	15	9	1	73	1.18
25964885--25964942	16	3.5	17	76	9	57	60	1	5	32	1.29
25981544--25981573	10	3.0	10	90	0	51	10	0	26	63	1.26
25984392--25984454	28	2.2	28	88	0	90	30	12	30	26	1.93
25991302--25991377	28	2.7	28	91	0	98	27	21	28	22	1.99
25991329--25991426	28	3.5	28	92	0	160	26	17	29	26	1.97
25994784--25994852	17	4.2	17	71	15	56	56	1	1	40	1.17
25996022--25996074	26	2.0	26	100	0	106	30	26	15	28	1.96
26003007--26003042	9	4.0	9	100	0	72	33	0	22	44	1.53
26003933--26004049	43	2.8	41	80	12	130	25	21	24	28	1.99
26009589--26009781	40	4.8	40	90	2	291	23	23	28	24	1.99
26009589--26009789	81	2.5	80	88	4	302	23	22	28	24	1.99
26015248--26015274	13	2.1	13	100	0	54	48	22	7	22	1.75
26018291--26018364	37	2.0	37	100	0	148	29	2	16	51	1.58
26024666--26024703	20	1.9	20	89	10	60	34	5	18	42	1.73
26024968--26025038	36	2.0	36	83	5	90	21	22	35	21	1.96
26025680--26025741	16	3.8	15	75	19	54	74	4	17	3	1.13
26032047--26032071	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
26032778--26032948	46	3.7	46	80	4	200	27	19	30	22	1.98
26038676--26038700	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26039405--26039531	46	2.7	46	88	1	191	28	17	31	22	1.97
26039542--26039673	49	2.7	50	82	8	162	28	21	28	21	1.99
26049341--26049477	57	2.4	58	80	3	143	30	17	21	29	1.96
26052711--26052748	20	2.0	19	85	10	51	42	2	0	55	1.14
26054733--26054779	25	1.9	24	86	4	67	76	0	10	12	1.02
26064800--26064848	24	2.0	24	88	0	71	24	14	18	42	1.87
26068463--26068496	18	1.9	18	88	5	52	52	0	5	41	1.25
26077174--26077211	11	3.5	11	78	7	51	52	10	10	26	1.68
26078500--26078556	22	2.6	22	81	15	73	73	1	1	22	1.02
26084683--26084866	67	2.8	64	76	8	185	29	16	30	22	1.96
26089606--26089665	13	4.8	13	74	13	54	75	1	8	15	1.12
26089607--26089687	38	2.2	39	97	2	141	75	2	7	14	1.13
26089619--26089687	13	5.4	12	80	16	77	75	2	5	15	1.12
26089619--26089687	6	10.8	6	80	16	77	75	2	5	15	1.12
26091215--26091260	20	2.3	20	85	7	58	36	4	17	41	1.69
26091881--26092446	279	2.0	279	97	0	1062	29	6	21	42	1.78
26104972--26105024	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
26107343--26107373	4	8.0	4	92	7	55	74	0	0	25	0.82
26108243--26108331	18	4.8	18	69	17	56	65	1	23	10	1.30
26108290--26108342	23	2.4	22	76	20	56	69	1	18	9	1.25
26113637--26113709	35	2.1	35	100	0	146	31	13	10	43	1.79
26117796--26117836	21	2.0	21	85	9	57	46	12	2	39	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26124045--26124131	44	2.0	44	95	0	156	45	9	13	31	1.75
26135334--26135499	83	2.0	83	92	0	278	24	12	36	25	1.91
26140220--26140263	17	2.6	18	86	13	58	18	47	25	9	1.77
26161118--26161151	9	3.9	9	88	3	52	52	2	0	44	1.16
26161656--26161697	22	2.0	22	86	9	61	66	7	7	19	1.39
26166623--26166647	10	2.5	10	100	0	50	60	0	20	20	1.37
26166649--26166771	58	2.1	58	83	5	151	43	7	20	28	1.78
26168121--26168346	41	5.5	41	85	3	285	34	16	29	19	1.94
26168219--26168327	21	5.3	21	65	8	62	32	16	32	19	1.94
26168121--26168346	123	1.8	123	87	1	337	34	16	29	19	1.94
26173020--26173083	25	2.6	25	89	0	101	26	20	20	32	1.97
26180827--26180994	27	6.2	27	87	8	236	17	25	23	33	1.96
26180826--26180994	81	2.1	81	91	4	270	17	26	23	33	1.96
26180827--26180994	54	3.1	55	90	5	263	17	25	23	33	1.96
26185497--26185531	12	2.8	12	86	4	52	62	0	22	14	1.31
26185497--26185526	6	5.0	6	91	0	51	63	0	20	16	1.31
26185509--26185640	57	2.3	57	88	6	187	49	5	18	27	1.69
26187282--26187442	31	5.3	31	77	7	150	26	15	16	40	1.89
26192143--26192250	43	2.5	42	77	7	101	31	11	21	36	1.88
26194919--26195101	40	4.6	40	93	1	296	25	28	24	21	1.99
26197609--26197634	13	2.0	13	100	0	52	30	7	0	61	1.24
26210795--26210979	86	2.2	85	78	6	187	29	15	22	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26214819--26214861	20	2.2	20	100	0	86	34	9	4	51	1.55
26218952--26219058	44	2.4	44	93	0	187	28	17	27	26	1.98
26221710--26221887	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26221731--26221886	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26229644--26229821	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26229665--26229820	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26235661--26235720	24	2.6	24	82	15	81	35	1	6	56	1.35
26243670--26243955	48	6.0	48	89	2	389	25	16	29	29	1.97
26245627--26245695	35	2.0	35	88	0	102	36	11	26	26	1.90
26250805--26250876	35	2.1	35	89	0	108	37	11	25	26	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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