genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21587927--21588179	49	5.1	50	77	3	240	28	28	18	24	1.98
21587934--21588179	101	2.5	98	80	5	280	28	28	18	24	1.98
21590072--21590102	13	2.3	14	94	5	55	58	12	0	29	1.35
21592661--21592694	9	3.8	9	96	0	59	88	2	0	8	0.62
21597529--21597696	56	3.0	56	85	3	214	33	23	14	29	1.94
21598307--21598337	15	2.1	15	93	0	53	54	16	0	29	1.42
21600386--21600636	125	2.0	125	98	0	484	36	10	19	33	1.86
21609241--21609339	31	3.2	31	77	0	117	23	33	30	13	1.92
21610647--21610817	92	1.8	93	91	1	281	27	28	21	22	1.99
21610640--21610810	46	3.7	46	77	12	188	28	28	20	22	1.98
21613157--21613197	21	1.9	22	90	5	66	26	4	7	60	1.43
21615214--21615292	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
21615411--21615841	47	9.1	47	95	1	691	28	30	9	31	1.89
21620484--21620530	22	2.1	22	84	0	58	34	6	6	53	1.52
21624860--21624888	11	2.5	12	88	11	51	37	0	0	62	0.96
21629203--21629287	30	2.8	30	90	0	143	29	35	23	11	1.90
21631291--21631413	22	5.4	23	72	12	87	38	17	21	22	1.93
21631286--21631361	22	3.4	22	85	7	91	39	17	19	23	1.92
21633214--21633257	6	7.3	6	80	10	54	20	0	2	77	0.88
21633214--21633257	19	2.4	18	79	20	56	20	0	2	77	0.88
21636086--21636110	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
21638353--21638377	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21641779--21641817	20	2.0	20	84	0	51	23	17	7	51	1.71
21647995--21648057	25	2.4	26	80	17	76	60	1	4	33	1.27
21648606--21648639	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
21656627--21656726	27	3.7	27	77	10	114	29	8	19	44	1.79
21659768--21660022	55	4.8	53	78	10	213	21	24	17	36	1.94
21662818--21662851	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
21667030--21667100	36	2.0	36	86	5	99	28	21	18	32	1.96
21684270--21684424	45	3.4	44	80	7	166	30	20	14	34	1.93
21684295--21684431	47	2.9	47	78	10	147	29	22	16	30	1.96
21685755--21685809	26	2.1	27	89	3	85	38	16	14	30	1.89
21691148--21691322	46	3.8	45	77	7	181	28	28	20	22	1.99
21691156--21691327	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.99
21695355--21695530	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
21695352--21695523	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
21698065--21698117	26	2.0	26	100	0	106	54	7	15	22	1.65
21702454--21702514	30	2.0	31	87	3	88	37	4	19	37	1.74
21702934--21703109	46	3.8	46	76	12	189	21	21	27	30	1.98
21702931--21703102	93	1.8	93	92	0	290	21	21	27	29	1.99
21705429--21705595	43	3.9	43	91	2	239	24	13	25	36	1.92
21706840--21707109	48	5.6	48	88	0	398	25	18	27	28	1.98
21728351--21728518	43	4.0	42	80	7	162	33	25	16	25	1.96
21728351--21728489	43	3.3	43	82	4	165	32	27	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21745891--21746084	50	3.9	49	79	6	194	28	25	20	25	1.99
21748214--21748277	15	4.4	15	74	20	55	62	14	14	9	1.54
21750229--21750405	46	3.8	45	78	10	196	21	19	29	29	1.98
21750226--21750396	93	1.8	93	92	2	290	21	20	29	28	1.98
21752132--21752350	40	5.5	40	85	3	275	25	25	23	25	2.00
21760088--21760219	40	3.4	40	85	7	175	23	27	21	27	1.99
21764423--21764479	30	2.0	29	86	13	82	10	15	14	59	1.60
21766840--21767015	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
21766837--21767007	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
21769922--21769958	18	2.1	18	94	0	65	8	16	10	64	1.47
21769920--21769984	14	4.4	14	71	25	53	9	15	15	60	1.59
21773665--21773811	28	5.5	28	84	11	184	34	29	10	25	1.90
21773664--21773835	28	6.4	28	77	11	110	33	29	11	25	1.90
21775917--21775946	13	2.3	13	94	0	51	43	3	16	36	1.65
21785188--21785341	28	5.5	28	95	0	256	32	28	12	26	1.92
21787480--21787509	13	2.3	13	94	0	51	43	3	16	36	1.65
21791988--21792043	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
21798188--21798466	50	5.6	50	77	5	242	30	25	17	26	1.97
21798239--21798477	101	2.4	101	97	0	442	29	26	17	26	1.97
21804528--21804630	28	3.7	28	94	0	170	29	22	11	36	1.89
21817562--21817600	21	2.0	19	85	14	53	23	25	33	17	1.96
21841882--21841918	18	2.1	19	85	10	51	18	37	27	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21844419--21844470	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
21845067--21845119	26	2.0	26	85	7	72	35	18	24	20	1.95
21845120--21845292	27	6.4	27	85	2	204	26	20	18	35	1.95
21852693--21852865	27	6.4	27	86	2	213	26	22	17	34	1.96
21852695--21852865	54	3.2	54	87	0	243	26	22	16	34	1.95
21854206--21854340	43	3.2	43	81	5	141	31	28	15	23	1.95
21856724--21856881	44	3.7	43	76	10	153	25	18	24	31	1.97
21859134--21859167	16	2.2	16	89	5	52	26	5	5	61	1.42
21864623--21865075	47	9.6	47	93	1	728	32	8	29	29	1.87
21869617--21869800	40	4.6	40	86	8	241	23	23	27	25	2.00
21871382--21871512	27	4.9	27	85	1	165	27	11	20	40	1.87
21871837--21871887	18	2.9	18	85	2	68	23	23	11	41	1.87
21871834--21871905	35	2.0	36	83	2	92	25	22	9	43	1.83
21874389--21874659	47	5.8	45	74	12	201	28	19	28	22	1.98
21874389--21874657	46	5.7	47	79	8	210	28	19	28	23	1.98
21874394--21874657	140	1.9	141	85	5	374	29	19	28	23	1.98
21877398--21877574	51	3.5	51	88	4	243	27	30	15	27	1.96
21888411--21888454	21	2.1	21	95	0	79	25	13	20	40	1.89
21890408--21890566	49	3.2	49	85	7	173	25	16	27	30	1.97
21890439--21890566	49	2.6	50	90	4	190	26	17	25	30	1.97
21899666--21899695	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
21903728--21903912	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21903709--21903912	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
21908196--21908255	29	2.1	29	96	0	111	30	28	16	25	1.97
21911696--21911880	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
21911677--21911880	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
21914485--21914653	51	3.4	50	86	6	234	30	29	11	27	1.92
21924143--21924184	22	2.0	21	81	13	50	38	2	4	54	1.34
21924797--21924859	25	2.4	27	82	12	78	33	4	1	60	1.27
21936256--21936481	49	4.6	49	82	3	281	29	26	18	25	1.98
21936256--21936481	100	2.3	98	85	5	285	29	26	18	25	1.98
21936728--21936781	27	2.0	27	85	0	72	38	18	7	35	1.79
21942311--21942356	24	1.9	24	81	0	56	34	21	15	28	1.94
21944855--21945013	27	5.9	27	82	4	167	39	7	25	27	1.82
21944855--21944997	55	2.6	54	82	3	171	41	7	25	25	1.82
21944855--21945013	82	2.0	81	82	6	196	39	7	25	27	1.82
21950368--21950396	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
21950372--21950419	14	3.4	14	82	8	53	37	2	6	54	1.38
21973567--21973699	46	2.9	46	94	0	221	19	22	15	42	1.88
21975540--21975597	11	5.2	11	76	12	55	63	1	1	32	1.14
21976139--21976458	48	6.6	48	93	1	507	25	32	18	23	1.97
21979212--21979265	28	1.9	28	92	0	90	18	14	18	48	1.82
21982379--21982477	50	2.0	50	95	0	180	32	0	19	48	1.49
21984906--21985226	49	6.6	47	79	8	281	27	18	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21984907--21985226	97	3.3	98	87	3	416	27	18	27	26	1.98
21984907--21985182	146	1.9	147	85	3	387	27	19	27	25	1.99
21992551--21992891	27	12.6	27	85	0	421	41	19	7	31	1.79
21992551--21992891	54	6.3	54	89	0	475	41	19	7	31	1.79
21992551--21992945	108	3.7	107	85	2	486	40	20	7	31	1.80
21992551--21992946	54	7.3	55	83	7	384	40	20	7	31	1.80
21992551--21992952	81	5.0	79	83	6	439	40	20	7	31	1.80
21992551--21992952	27	14.9	27	78	8	345	40	20	7	31	1.80
21992545--21993002	27	17.0	26	75	9	177	39	20	7	32	1.81
21992987--21993229	27	9.0	27	85	4	285	36	18	21	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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