genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19528275--19528322	9	5.0	9	76	14	51	70	0	16	12	1.16
19529628--19529805	40	4.5	40	89	3	236	24	22	26	25	2.00
19536708--19536838	47	2.8	48	91	2	212	32	29	16	21	1.95
19543579--19543684	43	2.5	43	90	6	164	28	28	16	27	1.97
19544340--19544370	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
19544608--19544663	28	2.0	28	100	0	112	25	7	21	46	1.76
19544909--19544935	14	1.9	14	100	0	54	44	22	0	33	1.53
19545209--19545429	48	4.7	47	78	12	199	23	31	18	27	1.97
19545167--19545474	46	6.6	46	76	10	209	25	30	16	27	1.97
19545168--19545477	94	3.3	92	76	13	285	25	30	16	27	1.97
19553533--19553571	14	2.8	14	92	0	60	23	0	28	48	1.51
19553609--19553634	7	3.7	7	100	0	52	0	0	46	53	1.00
19553787--19553853	28	2.4	28	97	0	125	58	5	14	20	1.58
19553845--19554344	126	4.0	126	91	1	804	37	16	18	28	1.92
19558569--19558608	7	5.7	7	90	0	62	62	12	0	25	1.30
19561723--19561760	8	4.9	8	87	6	51	39	0	0	60	0.97
19561706--19561761	23	2.3	24	87	6	78	39	0	1	58	1.08
19578310--19578347	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
19597534--19597563	14	2.1	14	93	0	51	33	0	46	20	1.51
19610127--19610237	43	2.6	43	85	0	141	30	27	16	26	1.96
19609981--19610282	146	2.1	144	82	4	358	31	25	14	28	1.94
19612439--19612481	22	2.0	22	95	0	77	13	25	23	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19614121--19614162	19	2.2	19	91	0	66	42	11	16	28	1.84
19621754--19621877	23	5.4	23	74	10	101	33	19	21	25	1.97
19621748--19621907	69	2.3	69	85	5	200	35	20	20	23	1.96
19627716--19627780	34	1.9	34	96	0	121	49	4	21	24	1.68
19644338--19644378	20	2.0	20	100	0	82	19	17	29	34	1.94
19645984--19646093	42	2.6	43	78	7	125	30	15	20	32	1.94
19653441--19653699	128	2.0	128	97	0	491	36	17	16	28	1.92
19655423--19655504	26	3.2	26	89	0	128	26	9	34	29	1.88
19656918--19657013	40	2.4	41	77	11	101	27	15	27	30	1.96
19658352--19658469	44	2.7	42	81	8	121	23	17	24	33	1.96
19658368--19658469	44	2.3	44	85	6	127	26	18	24	30	1.98
19662568--19662628	26	2.4	25	81	7	70	29	0	3	67	1.07
19666422--19666567	40	3.5	40	77	6	114	26	15	24	34	1.94
19668125--19668177	26	2.0	26	100	0	106	26	11	24	37	1.89
19670786--19670965	72	2.5	72	80	3	184	26	16	25	32	1.96
19676291--19676463	49	3.6	49	77	6	165	28	21	26	23	1.99
19676248--19676466	98	2.3	95	79	6	239	26	20	28	25	1.99
19687393--19687422	15	1.9	16	93	6	53	40	6	6	46	1.56
19688067--19688104	15	2.7	14	84	11	51	39	10	7	42	1.69
19688067--19688104	14	2.7	15	88	8	53	39	10	7	42	1.69
19688402--19688454	25	2.2	25	80	16	67	45	0	1	52	1.11
19696455--19696541	44	2.0	44	84	4	113	28	22	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19696464--19697033	44	12.7	44	73	7	358	29	20	17	32	1.95
19696508--19697030	133	3.9	133	74	7	401	29	20	17	33	1.95
19696769--19696866	51	1.9	51	81	4	117	30	14	15	39	1.87
19696512--19697033	89	5.8	88	74	7	411	29	20	17	33	1.95
19706121--19706351	48	4.8	48	76	0	228	27	18	29	24	1.98
19707440--19707519	21	3.9	21	95	1	135	11	37	28	22	1.89
19711451--19711496	3	16.0	3	82	8	60	63	2	2	32	1.19
19711621--19711701	23	3.5	23	73	20	53	71	8	1	18	1.18
19714987--19715020	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
19719103--19719147	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
19719359--19719398	20	2.0	20	95	0	71	47	2	0	50	1.14
19719501--19719559	29	2.0	31	83	6	77	57	8	0	33	1.29
19722005--19722037	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
19722255--19722322	30	2.3	30	92	0	109	27	17	14	39	1.89
19722356--19722444	47	1.9	47	81	2	108	5	53	4	35	1.45
19723247--19723304	30	1.9	30	82	0	71	34	13	22	29	1.93
19724137--19724191	16	3.4	16	92	0	92	38	7	25	29	1.83
19724173--19724267	46	2.1	45	86	9	131	32	4	28	34	1.77
19724424--19724502	34	2.2	38	82	13	96	50	3	1	44	1.28
19728484--19728517	14	2.3	15	90	5	52	32	0	0	67	0.91
19731294--19731323	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
19736126--19736498	48	7.8	48	88	1	487	28	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19747211--19747439	48	4.8	48	88	1	316	26	27	17	28	1.98
19747219--19747440	95	2.3	96	87	1	311	26	27	18	27	1.98
19749943--19749988	22	2.0	24	87	8	69	10	32	4	52	1.56
19750650--19751343	375	1.8	376	92	0	1165	26	11	22	39	1.88
19770600--19770636	16	2.3	16	90	0	56	21	8	8	62	1.49
19814113--19814228	37	3.1	36	87	4	160	28	31	17	23	1.97
19814347--19814724	47	7.7	47	87	8	515	29	30	8	32	1.87
19814558--19814582	12	2.1	12	100	0	50	32	36	0	32	1.58
19814511--19814678	49	3.0	59	80	16	248	30	29	7	32	1.84
19814417--19814724	155	2.0	153	95	2	555	30	29	8	31	1.87
19814464--19814678	108	2.0	106	97	1	403	30	29	7	32	1.85
19819965--19820165	61	3.3	61	82	1	249	27	25	14	32	1.95
19833086--19833141	6	9.5	6	88	3	69	76	3	1	17	1.01
19840867--19840968	40	2.5	40	84	6	143	23	15	29	31	1.95
19847246--19847343	34	2.9	33	87	3	126	25	26	24	23	2.00
19848288--19848336	22	2.2	23	78	10	57	46	22	12	18	1.82
19850715--19850782	34	2.0	34	88	5	102	26	25	16	32	1.96
19858881--19858926	24	1.9	24	82	8	58	36	0	21	41	1.54
19859351--19859389	18	2.2	18	86	9	53	66	0	5	28	1.12
19862825--19862936	56	2.0	56	87	0	161	41	14	9	33	1.78
19868206--19868337	51	2.6	51	82	2	158	40	11	25	23	1.88
19869075--19869124	24	2.1	24	92	0	82	32	14	28	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19872367--19872457	27	3.4	27	90	0	137	34	17	20	27	1.95
19874671--19874890	48	4.6	48	81	4	255	27	32	15	24	1.96
19883682--19883711	12	2.5	12	100	0	60	0	50	6	43	1.28
19884116--19884165	25	2.0	25	100	0	100	28	16	32	24	1.96
19885624--19885886	48	5.5	48	83	3	332	28	31	16	23	1.96
19885624--19885886	144	1.8	144	86	3	386	28	31	16	23	1.96
19892163--19892329	91	1.8	92	93	1	291	31	19	28	20	1.97
19892163--19892340	46	3.9	46	76	7	200	30	20	28	20	1.98
19892396--19892561	49	3.4	49	78	4	158	27	21	27	23	1.99
19893317--19893358	22	1.9	22	100	0	84	38	7	14	40	1.73
19899757--19899877	43	2.9	41	76	7	134	32	17	23	27	1.96
19902529--19902774	45	5.6	45	76	9	204	29	27	17	25	1.98
19916045--19916156	42	2.7	42	82	0	143	30	13	25	30	1.94
19918557--19918791	39	6.0	39	89	0	362	25	28	23	22	1.99
19922996--19923480	47	10.1	47	94	3	774	32	8	29	29	1.88
19922996--19923480	189	2.5	191	93	3	807	32	8	29	29	1.88
19923599--19923677	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
19925586--19925659	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
19925969--19926228	39	6.6	40	82	4	271	24	21	29	24	1.99
19929509--19929799	51	5.8	51	92	6	515	32	7	28	30	1.86
19929509--19929855	100	3.5	99	90	6	521	32	8	29	29	1.87
19929509--19929799	151	1.9	149	97	1	555	32	7	28	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19929974--19930052	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
19931609--19931662	20	2.7	20	85	0	72	22	33	31	12	1.92
19933516--19933563	25	1.9	25	95	0	87	39	12	14	33	1.84
19936138--19936185	15	3.2	15	77	11	53	45	0	16	37	1.48
19936404--19936471	31	2.2	31	97	2	127	39	5	14	39	1.71
19939661--19939715	22	2.4	23	79	14	60	54	3	0	41	1.18
19945915--19946029	47	2.4	50	76	15	125	40	21	20	16	1.91
19951432--19951523	44	2.1	44	85	4	123	22	21	22	32	1.98
19952985--19953039	27	2.0	27	96	0	101	49	10	12	27	1.74
19967291--19967338	24	2.0	24	100	0	96	37	4	20	37	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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