genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  156  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52955121--52955180	28	2.2	28	81	3	68	28	28	21	21	1.99
52955299--52955359	26	2.3	27	82	2	79	40	19	22	16	1.90
52955562--52955974	81	5.0	81	80	7	440	26	20	19	33	1.96
52955562--52955974	27	15.1	27	81	3	396	26	20	19	33	1.96
52957752--52957781	15	2.0	15	93	0	51	33	23	20	23	1.97
52960349--52960420	27	2.7	27	76	8	67	36	18	23	22	1.95
52960577--52960881	27	11.1	27	83	4	342	23	19	21	34	1.96
52962018--52962079	31	2.0	31	100	0	124	41	0	35	22	1.54
52968696--52968812	57	2.1	56	81	12	132	48	6	17	26	1.72
52968798--52968832	18	1.9	18	88	0	52	62	2	14	20	1.43
52969204--52969238	15	2.2	16	95	5	63	20	14	14	51	1.76
52971619--52971732	42	2.7	42	79	14	119	27	28	19	24	1.98
52972062--52972098	9	4.2	9	89	3	58	32	24	0	43	1.55
52978113--52978137	13	1.9	13	100	0	50	8	28	40	24	1.83
52982891--52983076	40	4.7	40	84	5	216	26	27	20	24	1.99
52984205--52984324	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
52990780--52990963	40	4.7	40	86	8	234	26	27	21	24	1.99
52990780--52990963	79	2.3	80	86	5	250	26	27	21	24	1.99
52994691--52994733	19	2.3	19	84	8	52	46	9	0	44	1.35
52995130--52995200	27	2.6	27	77	0	79	22	25	26	25	2.00
53003098--53003175	37	2.1	36	86	6	104	25	29	19	25	1.98
53003294--53003700	47	8.6	47	92	4	665	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53003294--53003700	189	2.1	190	94	0	717	29	29	8	32	1.87
53003294--53003700	142	2.9	141	92	3	674	29	29	8	32	1.87
53007219--53007326	37	2.9	37	91	0	162	25	31	19	23	1.98
53007445--53007748	47	6.5	47	95	0	527	28	30	8	32	1.87
53013065--53013200	62	2.2	62	95	0	245	36	8	8	47	1.63
53013168--53013202	14	2.5	14	95	0	61	45	5	2	45	1.41
53016236--53016277	15	2.8	16	89	10	54	0	35	0	64	0.94
53021338--53021362	11	2.3	11	100	0	50	48	8	28	16	1.74
53025598--53025996	48	8.8	48	76	12	394	29	15	23	31	1.95
53025565--53026034	133	3.5	133	93	0	796	28	14	24	31	1.95
53025827--53026036	38	5.0	38	71	18	159	29	14	24	31	1.94
53025773--53025944	85	2.0	86	86	1	238	28	13	25	32	1.94
53034527--53034570	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
53041255--53041298	22	2.0	22	86	0	61	56	4	0	38	1.20
53044239--53044340	53	1.9	53	84	7	136	36	15	27	20	1.93
53051122--53051207	27	3.2	27	86	0	109	26	16	18	38	1.92
53051192--53051482	54	5.4	54	77	11	222	31	9	17	40	1.82
53051164--53051530	81	4.5	80	78	8	237	31	9	18	40	1.82
53051134--53051529	27	14.7	26	76	5	193	31	9	18	40	1.84
53051844--53051899	28	2.0	28	92	0	94	30	33	12	23	1.92
53051846--53051925	28	2.6	30	78	13	92	32	37	12	17	1.87
53053708--53053773	13	5.1	13	89	7	107	30	7	24	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53053956--53054071	24	5.3	23	70	19	70	51	1	0	45	1.17
53058167--53058263	42	2.3	42	80	3	106	28	13	24	32	1.93
53066370--53066443	26	2.8	26	79	0	94	17	21	27	33	1.96
53073667--53073701	17	2.0	18	88	5	54	14	17	40	28	1.88
53076546--53076772	93	2.4	93	91	0	355	29	26	19	23	1.98
53076554--53076722	47	3.6	47	72	10	166	28	27	19	24	1.98
53076608--53076768	46	3.5	44	73	20	141	31	26	19	22	1.98
53086742--53086813	27	2.7	27	84	0	90	25	20	18	36	1.95
53091347--53091421	27	2.7	27	81	2	87	25	17	18	38	1.92
53098540--53098594	24	2.3	24	87	0	83	50	21	1	25	1.58
53105533--53105602	15	4.7	15	73	18	65	11	15	12	60	1.60
53105524--53105602	30	2.6	30	82	11	99	11	15	15	58	1.64
53109329--53109473	40	3.6	40	91	1	220	22	23	27	26	1.99
53109329--53109505	80	2.2	80	83	5	207	24	22	26	27	2.00
53109732--53109775	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
53116786--53117010	40	5.6	40	93	1	371	23	21	27	27	1.99
53117267--53117310	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
53118734--53118845	46	2.4	46	88	2	172	22	21	26	29	1.99
53123265--53123399	29	4.7	29	79	10	150	21	25	13	39	1.90
53123265--53123428	87	1.9	87	94	0	292	21	26	13	38	1.91
53123223--53123393	58	2.9	58	80	6	186	21	25	14	38	1.92
53123294--53123457	29	5.7	29	81	8	138	23	23	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53123267--53123459	87	2.2	87	85	1	262	22	24	13	38	1.91
53128821--53128958	67	2.1	67	91	0	222	18	8	18	55	1.67
53142156--53142466	47	6.6	47	90	2	453	33	8	28	29	1.86
53142156--53142466	143	2.2	141	91	2	489	33	8	28	29	1.86
53143878--53144269	40	9.8	40	94	0	640	23	21	28	26	1.99
53148295--53148699	47	8.6	47	95	1	684	33	8	29	28	1.86
53150157--53150202	22	2.1	22	100	0	92	23	28	13	34	1.92
53151766--53151823	28	2.1	28	93	0	98	36	12	17	34	1.87
53153356--53153479	42	2.9	43	80	14	132	24	13	25	36	1.92
53155308--53155339	16	2.0	16	100	0	64	31	6	25	37	1.81
53157655--53157714	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
53159228--53159259	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
53165744--53165937	40	4.8	40	81	5	196	25	21	27	25	1.99
53165802--53165963	79	2.1	79	84	6	213	25	19	28	25	1.99
53167862--53167927	34	1.9	34	87	6	98	21	21	25	31	1.98
53186758--53186808	27	1.9	26	84	4	66	31	25	17	25	1.97
53204091--53204163	36	2.0	36	97	0	137	32	23	5	38	1.78
53206103--53206220	27	4.3	27	80	10	105	20	17	19	42	1.90
53206133--53206220	28	3.2	26	81	12	97	20	15	19	44	1.87
53206149--53206222	28	2.7	27	82	12	105	17	14	20	47	1.83
53206213--53206254	21	2.0	21	95	0	75	33	19	11	35	1.88
53206234--53206409	27	6.5	27	86	0	217	38	14	12	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53217436--53217609	46	3.8	46	77	14	196	19	19	28	32	1.96
53222016--53222148	69	1.9	70	89	1	205	33	13	16	36	1.88
53223531--53223841	47	6.6	47	94	1	505	33	8	29	28	1.86
53227345--53227472	39	3.3	39	82	0	157	31	18	25	24	1.98
53233497--53233728	40	5.8	40	84	3	288	25	28	21	24	1.99
53233497--53233728	80	2.9	80	88	1	331	25	28	21	24	1.99
53233496--53233727	120	1.9	120	85	1	322	25	28	21	24	1.99
53240723--53240931	40	5.3	39	81	8	246	27	28	20	23	1.99
53240723--53240930	78	2.7	78	91	3	330	27	28	20	23	1.99
53245652--53245814	40	4.2	39	85	7	197	25	25	22	26	2.00
53256177--53256331	38	4.1	38	92	3	249	28	22	21	27	1.99
53265894--53266206	39	8.1	39	89	1	486	22	25	28	24	1.99
53269866--53270131	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
53277353--53277617	104	2.6	103	90	2	399	20	20	29	29	1.97
53281987--53282255	39	6.9	39	89	0	412	21	24	29	23	1.99
53302882--53302922	18	2.3	18	100	0	82	39	17	0	43	1.49
53303775--53303816	18	2.4	17	84	8	57	14	45	28	11	1.80
53305513--53305658	38	3.8	37	76	8	125	22	20	21	34	1.96
53305555--53305838	114	2.5	113	81	1	316	23	23	20	32	1.98
53305540--53305838	38	7.9	38	80	1	285	23	22	21	32	1.98
53307149--53307263	42	2.7	44	77	9	114	33	14	22	29	1.94
53330252--53330286	18	2.0	18	94	5	63	51	11	0	37	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53331993--53332112	50	2.4	51	85	4	154	27	18	25	29	1.98
53332076--53332217	51	2.8	51	81	4	162	24	16	30	28	1.96
53333735--53333838	42	2.4	43	82	7	115	33	22	15	28	1.94
53333758--53333860	42	2.4	42	81	3	116	33	25	16	25	1.96
53338292--53338324	17	1.9	17	88	11	50	21	9	6	63	1.45
53339022--53339141	44	2.8	43	77	8	120	22	20	23	33	1.97
53343569--53343636	23	3.0	23	82	8	68	29	0	7	63	1.21
53343644--53343672	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
53344533--53344575	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
53346296--53346341	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295