genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12342829--12342913	30	2.8	30	98	0	161	24	7	51	16	1.69
12342861--12342913	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
12343663--12344362	87	8.1	87	89	1	1012	20	21	21	36	1.95
12343677--12344353	44	15.5	44	69	5	372	20	21	21	36	1.95
12343426--12344362	174	5.4	174	87	3	1236	20	21	21	36	1.95
12343426--12344362	261	3.6	260	87	2	1273	20	21	21	36	1.95
12344352--12346080	44	39.6	44	70	10	897	26	22	17	32	1.97
12344354--12346063	132	13.1	132	92	1	2766	26	22	17	32	1.97
12346067--12346298	88	2.6	88	91	0	358	27	27	16	28	1.97
12346139--12346283	47	3.2	45	64	23	115	28	28	16	25	1.97
12354632--12354677	9	4.8	10	77	17	53	50	13	17	19	1.78
12354632--12354677	19	2.4	19	85	7	58	50	13	17	19	1.78
12356827--12356872	12	3.7	13	80	13	53	63	6	0	30	1.20
12356955--12357027	3	23.3	3	74	18	53	64	1	4	30	1.20
12356952--12357027	12	6.2	12	77	18	68	64	1	3	30	1.20
12356946--12357028	18	4.4	18	81	13	87	63	2	3	30	1.24
12357544--12357629	30	2.9	30	91	0	136	25	5	50	18	1.69
12358143--12358197	26	2.2	26	90	9	87	58	3	5	32	1.38
12360404--12360447	5	8.8	5	100	0	88	81	0	0	18	0.68
12361061--12361148	27	3.2	28	71	12	101	38	3	4	53	1.38
12361047--12361154	54	2.0	54	100	0	216	38	3	3	53	1.36
12361255--12361297	15	2.7	16	82	7	52	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12361694--12361782	31	2.9	31	84	0	106	24	20	20	34	1.96
12362324--12362395	16	4.5	15	89	6	90	40	6	25	27	1.81
12362324--12362395	32	2.2	32	85	4	101	40	6	25	27	1.81
12362377--12362470	44	2.1	46	90	7	149	31	6	25	36	1.81
12362620--12362734	58	2.0	57	81	13	137	53	3	0	42	1.24
12365028--12365073	23	2.0	23	100	0	92	43	13	13	30	1.81
12370345--12370400	28	2.0	28	100	0	112	39	17	10	32	1.84
12370865--12370947	40	2.1	40	90	4	132	33	18	22	25	1.96
12378427--12378476	7	7.0	7	75	20	50	42	26	2	30	1.66
12380717--12380763	24	2.0	24	87	8	69	51	8	2	38	1.45
12404488--12404526	19	2.1	19	100	0	78	30	10	10	48	1.70
12405080--12405179	52	1.9	52	95	0	182	41	11	19	29	1.85
12408234--12408290	29	2.0	29	82	6	71	19	24	33	22	1.97
12414876--12414902	6	4.5	6	100	0	54	81	0	0	18	0.69
12417742--12417828	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
12418199--12418256	15	3.8	15	86	2	80	50	12	1	36	1.50
12419508--12419534	13	2.1	13	100	0	54	0	14	7	77	0.97
12427225--12427315	41	2.2	41	80	3	103	32	13	30	23	1.92
12433579--12433728	39	3.8	39	89	0	192	26	20	28	25	1.99
12440290--12440437	39	3.8	39	92	0	224	25	20	29	25	1.99
12450491--12450544	18	3.2	16	80	17	56	22	1	3	72	1.10
12452647--12452727	40	2.0	40	100	0	162	37	12	17	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12463992--12464037	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
12464005--12464076	23	3.1	23	78	7	58	36	4	5	54	1.43
12464250--12464306	26	2.2	24	84	9	69	31	7	5	56	1.49
12465298--12465341	22	2.0	22	100	0	88	27	13	13	45	1.81
12476428--12476612	64	2.9	64	95	0	325	30	16	14	38	1.88
12476699--12477172	89	5.4	88	86	4	573	35	23	22	18	1.96
12476735--12477154	44	9.5	44	74	7	296	35	23	23	18	1.96
12476699--12477164	176	2.6	176	84	3	605	34	23	23	18	1.96
12477585--12477627	17	2.4	18	92	3	70	51	37	2	9	1.47
12478935--12478988	9	5.9	9	78	10	56	29	9	3	57	1.47
12479082--12479132	23	2.1	23	82	7	57	37	5	7	49	1.56
12479309--12479356	26	1.9	24	87	8	69	27	8	6	58	1.51
12481948--12482015	21	3.2	21	84	12	70	52	0	4	42	1.21
12483142--12483327	81	2.3	82	91	0	302	44	11	15	29	1.81
12483604--12483628	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12484000--12484051	21	2.5	21	79	17	63	30	1	1	65	1.14
12485307--12485385	30	2.6	29	82	10	77	21	37	26	13	1.91
12488356--12488384	10	3.0	10	95	5	51	82	0	17	0	0.66
12490118--12490218	26	3.9	26	75	1	87	30	10	12	45	1.77
12496145--12496169	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
12496267--12498125	942	2.0	942	90	1	2954	24	24	16	34	1.95
12498965--12498991	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12508986--12509019	7	4.9	7	92	0	59	14	52	0	32	1.42
12508986--12509023	14	2.7	14	95	0	67	15	50	0	34	1.45
12512309--12512360	17	3.1	17	85	0	68	0	59	0	40	0.97
12512309--12512360	23	2.3	23	96	0	95	0	59	0	40	0.97
12512312--12512361	6	8.5	6	86	4	66	0	62	0	38	0.96
12512319--12512368	23	2.2	23	88	0	73	2	60	0	38	1.09
12512313--12512371	29	2.0	29	87	6	84	1	57	0	40	1.09
12522208--12522357	42	3.5	42	86	1	201	31	16	23	28	1.96
12524929--12525006	33	2.4	32	82	6	93	25	25	17	30	1.97
12524843--12525034	101	1.9	101	92	0	321	27	25	17	29	1.98
12539050--12539299	14	16.6	15	66	25	86	35	4	0	59	1.23
12539043--12539115	3	24.0	3	72	22	55	35	0	0	64	0.94
12539144--12539299	11	13.6	11	68	24	67	35	3	0	60	1.20
12539044--12539301	30	8.3	30	66	22	99	35	4	0	59	1.22
12539142--12539287	48	3.1	47	76	16	126	35	3	0	60	1.19
12539440--12539498	22	2.7	23	82	14	72	37	5	0	57	1.21
12539551--12539597	18	2.5	19	75	3	51	31	2	0	65	1.04
12550792--12550821	14	2.1	14	100	0	60	26	6	13	53	1.64
12551326--12552075	205	3.7	205	90	0	1115	31	18	22	28	1.97
12553632--12553725	19	4.8	18	70	19	71	30	2	1	65	1.11
12553672--12553920	16	15.6	15	68	24	104	35	4	0	59	1.22
12553672--12553919	30	8.3	30	66	26	102	35	4	0	59	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12553665--12553737	3	24.0	3	72	22	55	35	0	0	64	0.94
12553665--12553922	50	5.2	49	69	20	139	34	3	0	60	1.20
12553773--12553850	24	3.2	24	72	17	70	37	2	1	58	1.20
12553686--12553905	112	2.0	112	81	14	258	35	4	0	60	1.22
12554061--12554119	22	2.7	23	82	14	72	37	3	0	59	1.14
12578635--12578673	20	2.0	20	84	0	51	17	2	7	71	1.21
12588797--12589047	109	2.3	110	87	4	357	29	5	12	52	1.61
12593160--12593390	48	4.9	48	72	12	190	27	19	25	26	1.99
12601467--12601986	258	2.0	258	98	0	995	20	24	17	38	1.93
12610916--12611031	46	2.5	46	84	8	139	26	22	18	32	1.97
12610927--12611030	23	4.5	23	83	8	131	25	22	18	34	1.96
12610916--12611071	46	3.3	45	76	15	113	28	23	18	30	1.98
12615610--12615665	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
12619553--12619659	28	3.7	27	71	21	74	24	28	20	27	1.99
12619688--12619727	20	2.0	20	90	0	62	27	22	20	30	1.98
12622510--12622536	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
12627173--12627218	12	3.8	12	82	0	56	15	19	19	45	1.85
12627171--12627218	24	2.0	24	91	0	78	18	18	18	43	1.88
12627186--12627229	12	3.8	11	85	8	52	20	18	13	47	1.82
12634268--12634359	46	2.0	46	100	0	184	36	15	8	39	1.78
12634955--12635059	53	2.0	53	88	3	158	30	30	13	25	1.94
12637898--12637963	33	2.0	33	96	0	123	40	3	15	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12641387--12641459	34	2.1	34	100	0	146	39	20	17	21	1.92
12641582--12641669	6	14.3	6	71	17	65	47	13	18	20	1.82
12641591--12641669	31	2.5	31	89	0	113	48	12	18	20	1.81
12642071--12642237	27	6.3	27	85	6	153	24	20	19	35	1.96
12642089--12642291	27	7.6	27	82	6	191	25	17	20	36	1.94
12642072--12642237	54	3.1	52	84	6	208	24	20	19	35	1.96
12642099--12642237	53	2.6	54	88	3	201	24	20	19	35	1.95
12642089--12642256	80	2.1	81	86	7	236	23	19	21	35	1.96
12642099--12642282	80	2.3	81	82	11	200	26	17	20	35	1.95
12642220--12642322	27	3.8	27	92	0	152	29	8	22	39	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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