genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42885759--42885789	15	2.0	16	93	6	55	25	6	0	67	1.14
42890619--42890724	51	2.1	51	87	0	149	29	29	17	23	1.97
42890689--42890802	43	2.7	43	81	1	140	29	28	18	23	1.98
42894121--42894251	40	3.3	39	79	3	156	13	16	27	41	1.86
42897079--42897146	34	2.0	34	97	0	127	39	14	16	29	1.88
42900978--42901063	26	3.4	25	85	4	109	39	17	18	24	1.92
42900962--42901067	26	4.2	24	80	8	88	38	19	18	22	1.93
42901657--42901725	33	2.2	31	82	7	77	31	23	7	37	1.82
42903690--42903762	35	2.1	36	97	2	139	30	5	5	58	1.43
42905702--42905732	15	2.1	15	93	0	53	41	22	6	29	1.78
42907198--42907370	93	1.9	93	95	2	312	28	30	20	20	1.98
42907191--42907365	46	3.8	45	79	13	212	29	29	20	20	1.98
42909248--42909372	61	2.0	61	98	0	241	29	24	19	27	1.98
42914050--42914102	26	2.0	26	92	0	88	32	24	15	28	1.95
42918064--42918105	6	7.0	6	94	0	75	33	0	2	64	1.07
42919386--42919415	6	4.8	6	92	8	51	20	0	0	80	0.72
42923533--42924155	309	2.0	311	89	1	964	37	13	18	30	1.89
42924145--42924197	29	1.9	29	85	11	76	32	9	24	33	1.87
42925560--42925631	34	2.1	34	84	10	92	27	22	22	27	1.99
42941313--42941442	45	2.9	45	75	2	145	38	12	22	26	1.89
42947201--42947289	45	2.0	45	97	0	169	32	23	8	34	1.86
42947751--42947821	35	2.0	35	94	0	124	29	25	9	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42954949--42955046	45	2.2	45	88	0	142	39	16	21	22	1.92
42958765--42958811	23	2.0	25	87	8	71	55	19	6	19	1.64
42959200--42959277	23	3.3	23	76	15	79	26	29	19	24	1.98
42964682--42964708	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
42974520--42974548	13	2.1	14	93	6	51	20	3	0	75	0.94
42974526--42974558	16	2.0	17	88	5	50	27	0	0	72	0.85
42974597--42974674	34	2.3	34	86	8	115	38	1	0	60	1.05
42974634--42974691	22	2.8	20	75	12	55	43	0	0	56	0.99
42974769--42974837	21	3.2	21	81	6	68	33	1	1	63	1.12
42974797--42974857	31	1.9	32	86	6	88	44	0	0	55	0.99
42974788--42974859	31	2.2	34	80	12	87	41	0	0	58	0.98
42974825--42974889	25	2.6	24	79	13	60	49	0	0	50	1.00
42975089--42975153	22	3.0	21	82	10	76	50	4	0	44	1.22
42975089--42975160	23	3.2	22	80	5	81	51	4	0	44	1.20
42975164--42975235	29	2.4	31	79	13	87	73	4	8	13	1.21
42975387--42975460	29	2.5	29	82	2	85	45	2	4	47	1.35
42975840--42975926	32	2.8	29	75	20	77	58	1	2	37	1.18
42976042--42976088	22	2.1	22	84	0	58	74	2	2	21	1.03
42976619--42976652	17	1.9	18	94	5	61	17	5	5	70	1.28
42977291--42977337	20	2.2	21	78	14	53	44	2	0	53	1.12
42978181--42978239	7	8.4	7	80	0	55	28	25	0	45	1.54
42978185--42978239	21	2.6	21	100	0	110	29	25	0	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42978249--42978301	15	3.6	14	87	10	70	16	1	5	75	1.08
42990547--42990580	17	2.0	17	100	0	68	35	17	11	35	1.87
43004154--43004195	21	2.2	20	87	12	61	64	4	4	26	1.33
43004168--43004202	18	1.9	18	94	0	61	60	5	11	22	1.52
43004884--43005026	54	2.6	55	77	1	144	16	30	27	25	1.96
43007662--43007708	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
43007969--43008233	46	6.0	46	85	8	343	21	24	15	38	1.92
43007969--43008232	91	3.0	90	86	7	344	21	24	15	38	1.92
43008147--43008222	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
43013017--43013063	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
43013324--43013497	46	4.0	46	81	13	204	22	24	15	37	1.93
43013411--43013486	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
43025458--43025678	46	4.7	48	80	8	226	23	29	18	27	1.98
43025458--43025722	46	5.7	46	78	10	200	24	29	18	27	1.98
43025458--43025722	140	1.9	141	81	5	322	24	29	18	27	1.98
43028157--43028208	26	2.0	26	100	0	104	30	34	7	26	1.85
43032146--43032358	47	4.6	46	73	9	166	27	19	29	23	1.98
43032146--43032358	94	2.3	91	82	5	232	27	19	29	23	1.98
43036493--43036677	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
43036474--43036677	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
43044457--43044641	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
43044438--43044641	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43046959--43047228	46	5.8	48	80	9	258	23	29	18	28	1.98
43046957--43047222	47	5.7	47	80	9	253	23	29	19	28	1.98
43046957--43047227	94	2.9	93	80	9	302	23	29	19	28	1.98
43046959--43047222	140	1.9	141	83	7	349	23	29	18	28	1.98
43049519--43049569	24	2.1	24	85	7	68	72	9	17	0	1.11
43050775--43050801	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
43052576--43052620	23	2.0	23	90	0	72	46	28	11	13	1.77
43061748--43061774	12	2.2	12	100	0	54	0	11	0	88	0.50
43063581--43063606	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
43063754--43063790	2	18.5	2	94	0	65	48	0	0	51	1.00
43064153--43064197	21	2.1	21	100	0	90	37	8	4	48	1.55
43064216--43064337	25	4.6	25	77	10	93	36	4	4	53	1.44
43071134--43071981	435	1.9	435	99	0	1678	32	17	27	22	1.96
43077136--43077435	87	3.6	86	85	7	379	27	16	22	33	1.95
43077301--43077543	77	3.2	76	78	5	267	33	17	17	31	1.93
43077568--43077604	14	2.8	13	84	8	56	29	13	2	54	1.53
43079862--43079890	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
43080429--43080473	21	2.1	21	100	0	90	37	8	4	48	1.55
43080485--43080610	25	4.8	25	75	13	92	38	5	4	51	1.46
43087862--43087895	16	2.1	17	88	5	52	17	5	14	61	1.52
43090177--43090233	30	1.9	30	82	3	71	42	1	10	45	1.49
43092828--43092880	27	2.0	27	84	0	70	37	15	15	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43095519--43095578	30	2.0	31	83	9	79	30	5	11	53	1.58
43097806--43097861	14	3.9	15	79	9	55	67	0	5	26	1.11
43097809--43097862	29	1.9	28	85	7	74	68	0	3	27	1.06
43100380--43101014	37	17.4	36	75	10	474	38	14	20	26	1.91
43100380--43101060	75	9.4	74	77	10	480	38	13	20	26	1.91
43100380--43101060	35	18.7	35	75	11	444	38	13	20	26	1.91
43100532--43101064	107	4.9	105	76	11	353	38	13	21	27	1.90
43100459--43101060	142	4.1	142	77	9	411	38	13	21	26	1.90
43101253--43101405	75	2.0	75	92	5	256	41	18	11	28	1.85
43107231--43107272	22	1.9	22	85	0	57	26	7	50	16	1.71
43113925--43113960	17	2.1	17	100	0	72	22	5	27	44	1.75
43114681--43114753	9	8.6	9	68	25	52	26	0	17	56	1.42
43114702--43114753	10	4.7	11	75	17	54	26	0	17	55	1.42
43114702--43114753	23	2.4	22	87	6	70	26	0	17	55	1.42
43118242--43118298	29	2.0	29	100	0	114	21	21	14	43	1.87
43118243--43118306	29	2.2	29	88	5	94	23	20	14	42	1.88
43119026--43119099	9	8.6	9	69	27	54	25	0	18	55	1.43
43119045--43119099	11	4.8	12	72	28	57	27	0	18	54	1.44
43119210--43119254	23	2.0	23	82	8	56	46	15	11	26	1.79
43131355--43131433	39	2.0	39	92	0	131	29	18	12	39	1.88
43131859--43131933	32	2.4	32	97	2	143	17	28	22	32	1.96
43139508--43139615	40	2.7	40	89	2	153	38	21	19	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43139791--43139849	31	1.9	31	89	6	93	27	0	25	47	1.52
43139793--43139868	31	2.5	31	83	10	86	30	0	25	44	1.54
43139932--43140043	7	15.7	7	71	12	59	20	0	41	37	1.53
43139932--43140006	14	5.4	14	75	12	73	18	0	44	37	1.50
43144360--43144461	43	2.4	42	85	3	132	20	22	28	28	1.99
43146078--43146125	20	2.5	21	86	10	59	39	12	12	35	1.81
43146086--43146125	20	2.0	20	95	0	71	35	12	15	37	1.85
43146202--43146261	29	2.1	28	87	6	86	50	15	11	23	1.76
43156172--43156270	49	2.0	49	98	0	189	32	15	8	44	1.75
43159585--43159661	39	2.0	39	87	5	111	42	20	22	14	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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