genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33598610--33598644	17	2.1	17	94	0	61	45	5	25	22	1.74
33599637--33599697	32	1.9	32	100	0	122	36	6	19	37	1.78
33604313--33604364	26	2.0	27	84	3	70	73	3	5	17	1.19
33605408--33605432	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
33605879--33606175	148	2.0	148	100	0	594	32	12	18	35	1.89
33614666--33614763	28	3.5	28	70	5	99	27	34	19	18	1.95
33614666--33614792	56	2.3	56	92	0	218	27	31	20	20	1.97
33614693--33614791	28	3.5	28	70	10	94	28	27	21	23	1.99
33614972--33615131	40	4.0	40	95	0	275	27	30	22	19	1.98
33620477--33620574	28	3.5	28	70	5	99	27	34	19	18	1.95
33620477--33620603	56	2.3	56	92	0	218	27	31	20	20	1.97
33620504--33620602	28	3.5	28	70	10	94	28	27	21	23	1.99
33620784--33620943	40	4.0	40	95	0	275	27	30	22	19	1.98
33629411--33629456	24	1.9	24	100	0	92	26	13	21	39	1.90
33629478--33629505	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
33632128--33632167	11	3.5	11	83	6	53	57	0	0	42	0.98
33632733--33632764	14	2.3	14	94	0	55	84	0	12	3	0.74
33650547--33650590	21	2.1	21	95	0	79	25	9	29	36	1.86
33657571--33657746	46	3.8	46	77	16	175	27	19	30	22	1.98
33657571--33657841	47	5.8	46	77	9	212	28	19	28	22	1.98
33657576--33657841	140	1.9	141	81	5	324	28	19	28	22	1.98
33673291--33673333	20	2.2	20	95	0	77	20	25	32	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33673337--33673633	154	1.9	153	91	2	488	28	25	20	25	1.99
33674156--33674378	48	4.8	48	72	6	170	29	21	20	28	1.98
33679653--33679733	42	1.9	42	94	0	144	29	6	14	49	1.68
33684309--33684356	19	2.6	19	80	3	62	37	2	14	45	1.57
33684373--33684457	42	2.0	42	95	0	152	30	3	16	49	1.62
33685760--33685815	28	2.0	28	89	0	85	30	21	25	23	1.99
33686050--33686119	32	2.2	32	84	0	86	32	24	21	21	1.98
33686208--33686255	22	2.2	22	100	0	96	29	18	25	27	1.98
33686623--33687247	27	23.2	26	77	6	412	30	9	20	39	1.84
33686624--33687247	54	11.6	54	81	4	582	30	9	20	39	1.84
33686621--33687247	81	7.8	81	78	8	546	30	9	20	39	1.84
33688861--33689039	48	3.9	48	76	10	201	29	26	20	24	1.99
33689299--33689326	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
33690049--33690134	27	3.4	27	73	23	105	32	17	26	23	1.96
33690076--33690148	21	3.2	21	70	26	67	32	19	24	23	1.97
33690049--33690148	48	2.1	48	100	0	200	33	19	25	23	1.97
33690049--33690150	27	4.0	27	70	14	90	33	18	24	23	1.97
33696386--33696424	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
33698528--33698587	30	2.0	30	83	6	77	38	6	26	28	1.81
33702045--33702069	12	2.1	12	100	0	50	52	0	24	24	1.48
33705761--33705820	30	2.0	30	83	6	77	38	5	26	30	1.78
33709178--33709407	43	5.3	43	74	7	171	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33709180--33709379	86	2.3	85	81	6	224	32	26	17	24	1.97
33709547--33709595	25	2.0	25	95	0	89	69	20	0	10	1.17
33709816--33709880	32	2.0	32	100	0	130	44	12	15	27	1.82
33711616--33711677	28	2.2	28	85	0	79	25	19	14	40	1.90
33713033--33713290	40	6.5	40	92	1	394	25	28	22	23	2.00
33714486--33714531	24	1.9	24	82	8	58	23	15	0	60	1.34
33721087--33721264	40	4.5	40	92	2	279	24	28	22	24	1.99
33722802--33722882	40	2.0	40	97	0	153	25	27	23	23	2.00
33726887--33726996	43	2.6	42	74	9	114	33	26	13	26	1.93
33726990--33727134	50	2.9	50	80	5	152	21	29	18	30	1.97
33729860--33729945	40	2.2	39	87	2	118	29	29	17	24	1.97
33735200--33735289	37	2.4	37	92	0	153	26	40	11	22	1.87
33743145--33743223	7	11.3	7	80	0	59	43	30	2	24	1.67
33743167--33743253	35	2.5	35	81	5	95	42	27	0	29	1.56
33743349--33743391	22	1.9	23	90	4	70	34	37	0	27	1.57
33743361--33743428	15	4.7	15	75	8	52	47	32	0	20	1.51
33743354--33743398	22	2.0	22	87	8	65	42	33	0	24	1.55
33743359--33743457	29	3.4	29	78	5	101	50	29	0	20	1.48
33743390--33743435	22	2.1	22	84	8	58	54	28	0	17	1.43
33743420--33743498	7	11.0	7	69	10	52	56	27	0	15	1.39
33743405--33743494	29	3.1	29	76	7	76	56	26	0	16	1.40
33743424--33743507	22	3.9	22	71	3	71	55	25	0	19	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33743565--33743682	41	2.9	40	81	7	130	21	22	16	40	1.91
33744379--33744430	27	1.9	27	88	7	79	32	17	11	38	1.85
33750805--33750981	61	2.9	60	87	2	239	49	3	2	44	1.33
33753293--33753705	212	1.9	212	95	0	745	39	12	12	35	1.81
33755604--33755736	55	2.4	54	76	6	133	36	18	25	19	1.95
33763905--33764009	53	2.0	53	84	0	138	38	19	23	19	1.93
33765458--33765511	23	2.4	23	87	3	83	25	22	18	33	1.97
33767369--33767578	56	3.8	56	93	0	348	28	13	23	34	1.93
33767546--33767608	33	1.9	33	96	0	117	23	12	23	39	1.89
33767491--33767667	89	2.0	89	96	0	327	25	14	23	36	1.93
33767579--33767713	56	2.4	56	89	0	216	25	14	23	35	1.94
33767435--33767713	145	1.9	145	94	0	486	26	14	23	35	1.93
33768245--33768298	26	2.1	26	96	0	99	37	7	12	42	1.72
33768649--33768776	61	2.1	61	100	0	256	28	7	19	45	1.76
33769325--33769354	14	2.1	14	100	0	60	43	13	6	36	1.70
33775317--33775388	19	3.7	18	74	18	65	30	5	0	63	1.17
33775319--33775390	27	2.7	26	80	8	74	30	5	0	63	1.17
33776639--33776731	25	3.8	25	80	4	91	36	18	22	22	1.95
33783418--33783520	27	3.8	27	84	0	116	31	25	7	35	1.84
33783400--33783530	54	2.4	54	75	0	127	34	25	6	33	1.82
33783513--33783865	27	13.0	27	75	8	150	37	19	9	33	1.84
33783663--33783844	81	2.3	80	77	6	197	38	22	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33783507--33783882	54	6.9	54	72	8	199	38	20	8	32	1.83
33784607--33784654	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
33784683--33784739	9	5.8	10	76	15	57	36	8	19	35	1.83
33784682--33784756	20	3.8	20	91	6	111	37	9	18	34	1.83
33784701--33784756	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
33784806--33784899	26	3.7	25	79	8	102	29	22	24	23	1.99
33784806--33784889	26	3.3	26	83	8	104	30	20	23	25	1.98
33785022--33785113	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
33787062--33787146	44	1.9	44	87	0	125	36	12	12	37	1.82
33787991--33788491	37	13.4	38	86	1	620	11	19	33	34	1.88
33787996--33788482	75	6.5	75	85	3	581	11	19	33	34	1.88
33787990--33788491	112	4.5	112	92	1	754	11	19	33	34	1.88
33797305--33797407	29	3.6	29	83	8	122	27	27	16	29	1.97
33812636--33812725	42	2.1	43	95	2	164	54	5	25	14	1.62
33819109--33819221	43	2.6	42	83	9	138	26	13	24	35	1.92
33822307--33822363	30	1.9	30	85	0	78	8	26	36	28	1.86
33828705--33828795	47	1.9	47	86	4	130	35	29	13	21	1.92
33834791--33834915	43	3.0	43	88	2	173	14	22	32	31	1.94
33834890--33834942	27	2.0	27	92	0	88	11	18	33	35	1.87
33834841--33834985	70	2.1	70	88	5	213	12	20	33	33	1.90
33834912--33835006	43	2.2	43	88	0	145	14	21	33	30	1.93
33836508--33836566	28	2.1	28	100	0	118	38	13	18	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33840810--33840855	14	3.2	14	84	9	58	36	15	13	34	1.86
33856387--33856526	37	3.8	37	93	0	226	24	30	20	24	1.99
33856667--33857350	48	14.2	48	96	0	1233	30	27	6	35	1.81
33857280--33857411	71	1.9	71	93	0	228	34	26	4	34	1.77
33861030--33861054	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
33865614--33865753	37	3.8	37	89	3	210	25	30	18	25	1.98
33865894--33866375	48	10.0	48	94	0	802	31	27	5	35	1.79
33873759--33873828	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
33873704--33873855	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
33873705--33873860	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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