genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73253133--73253237	7	14.7	7	68	11	52	22	0	29	46	1.58
73253133--73253177	14	3.2	14	87	0	63	22	0	28	48	1.50
73253703--73254232	114	4.6	115	78	7	493	24	12	22	39	1.90
73254325--73254447	60	2.0	60	84	6	160	21	32	4	41	1.72
73256736--73256782	10	5.0	9	80	15	51	40	8	0	51	1.33
73256982--73257010	15	1.9	15	100	0	58	27	0	13	58	1.36
73257005--73257078	21	3.2	24	66	23	59	39	14	6	39	1.73
73257174--73257397	9	25.0	9	68	15	74	45	19	0	33	1.56
73257182--73257347	43	3.5	43	74	23	163	46	19	0	33	1.50
73257161--73257347	100	1.9	96	90	4	293	47	18	0	34	1.49
73257294--73257380	36	2.5	36	88	3	133	47	18	1	33	1.56
73262977--73263013	11	3.5	11	78	14	51	37	10	18	32	1.86
73270821--73270879	11	5.7	11	76	15	72	37	11	18	32	1.87
73270823--73270879	20	2.8	20	100	0	114	36	10	19	33	1.86
73270927--73271007	25	3.2	24	83	11	92	28	18	25	27	1.98
73271191--73271260	31	2.3	31	82	0	86	28	15	24	31	1.96
73271201--73271269	31	2.2	30	80	7	75	27	17	24	30	1.97
73273768--73273822	21	2.6	21	88	0	83	30	20	49	0	1.49
73280763--73280870	42	2.5	43	79	4	121	28	26	17	26	1.98
73283090--73283118	15	1.9	15	100	0	58	24	20	13	41	1.89
73287322--73287498	46	3.9	44	77	11	185	23	18	28	29	1.98
73287322--73287490	93	1.8	93	88	2	259	23	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73288469--73288544	38	2.0	38	97	0	143	31	13	22	32	1.92
73289733--73289877	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
73296535--73296610	38	2.0	38	97	0	143	31	13	22	32	1.92
73303601--73303652	20	2.6	20	81	6	61	17	30	28	23	1.97
73304911--73305177	48	5.6	47	72	11	186	30	25	18	25	1.98
73309153--73309227	34	2.2	34	88	4	107	28	22	25	24	2.00
73314450--73314871	47	9.1	47	93	2	683	30	9	31	28	1.88
73314450--73314871	93	4.5	94	93	2	692	30	9	31	28	1.88
73314450--73314871	140	3.0	140	93	2	690	30	9	31	28	1.88
73314990--73315067	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
73318984--73319038	22	2.6	21	91	8	78	41	5	7	45	1.55
73318992--73319038	22	2.1	22	100	0	94	34	6	8	51	1.58
73319001--73319050	22	2.3	22	82	6	57	44	4	8	44	1.52
73327075--73327224	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73327099--73327282	67	2.8	64	76	8	176	30	16	29	22	1.96
73328260--73328319	27	2.2	27	100	0	120	36	6	25	31	1.82
73332057--73332100	24	2.0	21	82	13	52	54	2	2	40	1.25
73332029--73332145	62	1.9	59	82	5	144	51	2	4	41	1.35
73334035--73334088	22	2.6	19	78	18	63	37	20	16	25	1.93
73334289--73334329	21	2.0	21	100	0	82	9	31	24	34	1.88
73338741--73338801	18	3.4	17	73	13	52	32	13	16	37	1.87
73345210--73345240	14	2.2	14	100	0	62	22	19	0	58	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73356076--73356527	234	1.9	235	92	1	755	29	15	18	36	1.91
73363949--73363986	18	2.2	18	90	9	62	21	5	2	71	1.19
73368744--73368775	3	10.7	3	93	0	55	31	0	0	68	0.90
73371558--73371622	26	2.5	25	80	12	78	40	21	3	35	1.69
73371705--73372070	46	8.0	46	92	0	536	22	22	14	40	1.90
73374180--73374273	28	3.3	28	96	3	170	23	17	9	50	1.75
73379208--73379326	55	2.2	55	82	0	148	26	27	24	21	1.99
73381291--73381452	6	26.8	6	68	20	81	50	12	17	19	1.77
73381348--73381427	28	2.7	29	79	16	92	51	13	16	18	1.77
73381318--73381480	65	2.6	65	82	6	190	49	12	17	20	1.79
73381379--73381452	37	2.0	37	86	5	105	51	14	14	18	1.77
73381413--73381480	25	2.7	25	86	0	91	50	13	14	22	1.77
73381598--73381671	27	2.8	27	82	10	89	37	20	22	18	1.94
73381707--73381943	78	3.0	78	88	0	348	31	29	20	18	1.97
73381949--73382059	27	4.1	27	88	5	145	35	21	23	19	1.96
73382301--73382408	27	4.0	27	87	0	144	24	21	20	34	1.97
73382287--73382394	54	2.0	53	87	1	153	25	20	18	36	1.95
73388660--73388779	43	2.8	42	85	7	188	29	23	15	31	1.95
73395501--73395553	27	1.9	28	84	3	72	7	24	26	41	1.81
73396200--73396255	23	2.4	23	96	0	103	19	23	32	25	1.98
73398018--73398112	25	3.8	24	86	5	118	24	20	25	30	1.98
73409066--73409302	117	2.0	119	89	1	361	43	5	10	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73409181--73409859	138	5.0	137	80	8	750	44	5	8	41	1.58
73409389--73409599	67	3.1	66	64	19	153	45	5	8	40	1.58
73409351--73409857	261	1.9	263	88	3	772	44	5	7	42	1.55
73409489--73409723	123	1.9	125	88	1	357	42	6	8	43	1.59
73411933--73411985	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
73414128--73414253	46	2.7	46	93	2	209	28	26	23	21	1.99
73414676--73414735	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
73421654--73421822	92	1.8	92	93	2	295	29	28	19	21	1.98
73421648--73421818	46	3.7	45	77	9	193	29	28	19	22	1.98
73422239--73422298	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
73423493--73423597	24	4.3	24	90	1	156	19	39	5	36	1.75
73430110--73430161	26	2.0	26	85	10	72	19	17	23	40	1.91
73431381--73431501	24	5.0	24	90	1	179	21	36	4	37	1.75
73433656--73433698	20	2.2	20	95	0	77	37	11	13	37	1.82
73439600--73439832	39	6.0	39	90	0	367	23	28	25	22	1.99
73446416--73446481	34	2.0	33	90	3	105	28	28	24	18	1.98
73446416--73446510	34	2.8	34	82	4	102	26	27	26	20	1.99
73457564--73457673	43	2.6	42	81	5	132	30	15	25	29	1.96
73459732--73460080	175	2.0	174	96	0	644	30	14	20	34	1.92
73461074--73461116	21	2.0	21	100	0	86	23	18	27	30	1.98
73462710--73462766	29	1.9	30	82	10	73	43	0	31	24	1.54
73468823--73468958	55	2.5	55	80	2	157	30	33	23	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73473245--73473282	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
73487216--73487262	22	2.1	22	96	0	85	42	27	6	23	1.78
73487819--73487983	43	3.9	42	81	7	172	33	24	19	22	1.97
73487819--73487983	86	1.9	85	82	6	208	33	24	19	22	1.97
73498698--73498754	26	2.2	26	87	3	78	26	19	17	36	1.94
73504382--73504420	19	1.9	19	85	10	51	7	17	2	71	1.21
73504392--73504431	19	2.1	19	85	0	53	12	17	0	70	1.18
73506549--73506584	9	4.0	9	89	10	56	22	2	0	75	0.94
73508622--73508810	49	3.8	49	81	4	236	25	19	25	29	1.98
73508619--73508805	99	1.9	100	92	1	313	25	19	25	29	1.99
73511814--73511865	15	3.5	15	75	17	54	15	13	9	61	1.56
73511808--73511865	30	1.9	30	86	6	82	13	12	12	62	1.56
73514317--73514497	49	3.7	49	84	1	263	25	18	27	28	1.98
73514318--73514505	99	1.9	99	95	0	340	25	19	26	28	1.99
73520823--73520958	63	2.2	61	76	13	141	26	20	20	32	1.97
73522013--73522074	13	4.8	13	71	0	52	41	22	3	32	1.70
73522175--73522331	45	3.5	45	80	1	181	26	25	13	35	1.93
73522160--73522373	90	2.4	90	80	3	234	25	23	15	35	1.94
73522298--73522464	45	3.7	46	85	4	153	22	18	16	43	1.88
73522318--73522464	45	3.2	46	89	1	208	19	18	17	44	1.86
73536487--73536529	19	2.3	19	100	0	86	37	9	20	32	1.85
73553987--73554117	47	2.8	48	84	1	174	32	29	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73557769--73557927	43	3.7	42	73	9	142	32	25	19	22	1.97
73566484--73566511	14	2.0	14	100	0	56	64	7	7	21	1.43
73583066--73583206	68	2.1	68	97	0	264	33	19	13	33	1.91
73586493--73586517	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
73600450--73600545	50	1.9	50	93	0	165	29	23	11	35	1.90
73600638--73600752	43	2.7	44	83	4	153	33	26	13	26	1.94
73602836--73602933	43	2.3	43	92	1	162	28	23	20	27	1.99
73602849--73603026	93	1.9	92	81	4	214	29	24	17	28	1.98
73603345--73603394	21	2.4	21	86	0	64	4	42	14	40	1.64
73607040--73607179	31	4.5	31	93	1	246	27	26	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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