genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83047588--83047644	28	2.0	28	83	10	71	19	38	19	22	1.93
83048605--83048725	46	2.7	44	80	7	109	23	25	19	31	1.98
83048698--83048822	47	2.7	47	76	16	116	24	30	18	26	1.98
83072953--83073122	93	1.8	93	89	0	268	22	18	28	30	1.98
83072954--83073129	46	3.8	45	78	10	176	21	18	28	30	1.97
83081421--83081618	40	4.9	40	93	1	292	23	22	27	26	2.00
83087929--83087975	22	2.1	23	96	4	87	42	17	12	27	1.85
83089200--83089264	6	10.5	6	90	6	103	81	0	3	15	0.81
83090848--83090894	4	11.8	4	80	8	51	76	2	4	17	1.04
83090847--83090895	20	2.4	21	83	10	66	75	2	6	16	1.09
83091233--83091365	42	3.2	42	82	2	133	13	33	31	21	1.92
83099124--83099191	18	3.9	18	84	5	88	77	4	4	13	1.06
83099126--83099176	6	8.5	6	86	0	75	80	3	1	13	0.94
83104243--83104298	24	2.3	24	96	0	103	33	8	17	39	1.81
83104386--83104486	49	2.1	49	100	0	202	25	13	18	41	1.88
83105536--83105649	28	4.2	28	84	3	117	36	19	22	21	1.95
83105543--83105650	55	2.0	55	87	3	155	37	17	23	22	1.94
83109718--83109756	20	2.0	20	89	0	60	20	23	35	20	1.96
83110967--83111075	43	2.6	42	84	5	148	31	24	11	32	1.92
83114658--83114700	22	2.0	22	95	0	77	27	27	9	34	1.88
83120590--83120643	27	2.0	27	100	0	108	33	11	14	40	1.82
83125187--83125359	46	3.7	46	77	13	201	20	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83125184--83125355	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
83136078--83136102	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
83139698--83139904	67	3.1	64	76	10	195	31	16	28	22	1.96
83140195--83140332	28	5.0	29	70	15	112	32	16	26	24	1.96
83140255--83140345	28	3.3	27	75	9	85	29	18	26	25	1.98
83140197--83140332	56	2.5	56	87	4	188	32	16	25	25	1.96
83149772--83149947	27	6.5	27	86	2	237	30	24	6	39	1.80
83149772--83149947	54	3.3	53	90	1	262	30	24	6	39	1.80
83149756--83149943	81	2.3	81	88	0	268	30	23	6	39	1.80
83149979--83150102	27	4.6	27	86	2	169	43	22	6	27	1.77
83149946--83150080	54	2.5	54	84	2	164	40	20	10	29	1.85
83149979--83150185	54	3.8	54	79	6	195	41	20	7	29	1.80
83150080--83150157	29	2.8	28	75	19	81	43	16	7	32	1.76
83149979--83150166	27	6.9	27	80	4	144	41	19	7	30	1.80
83150206--83150279	27	2.7	27	76	12	71	37	21	18	21	1.94
83150219--83150283	27	2.4	27	82	5	78	35	20	23	21	1.96
83151092--83151161	25	2.8	25	88	0	95	27	24	21	27	1.99
83151097--83151174	25	3.2	25	80	12	81	26	23	23	26	2.00
83151379--83151454	31	2.5	31	95	2	136	30	18	25	26	1.98
83151459--83151505	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
83151697--83151779	31	2.7	31	92	3	134	30	15	25	28	1.96
83155954--83155987	12	2.8	12	90	0	50	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83158314--83158394	41	2.0	41	97	0	153	48	19	12	19	1.80
83159790--83159845	16	3.2	17	75	10	51	48	0	0	51	1.00
83162305--83162369	32	2.0	32	100	0	130	55	3	0	41	1.15
83167275--83167316	22	1.9	22	90	0	66	21	23	16	38	1.93
83171806--83171911	42	2.5	43	79	8	121	38	15	17	28	1.90
83177416--83177681	93	2.9	93	94	0	460	29	29	19	22	1.98
83177463--83177622	47	3.4	47	72	14	168	30	30	17	21	1.96
83177409--83177671	46	5.7	46	71	15	218	30	29	18	21	1.97
83180965--83181097	56	2.4	56	92	0	221	27	11	24	37	1.89
83180965--83181128	56	2.9	56	87	0	184	26	11	24	37	1.90
83183842--83183993	37	4.1	37	83	2	173	28	13	19	38	1.90
83183830--83183993	74	2.2	73	82	1	193	29	14	18	37	1.90
83184105--83184140	17	2.1	17	94	0	63	30	50	8	11	1.67
83185474--83185651	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
83185474--83185651	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
83185495--83185650	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
83193541--83193718	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
83193541--83193718	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
83193562--83193717	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
83196590--83196708	29	4.2	30	78	8	124	26	30	14	29	1.95
83196592--83196704	58	2.0	57	82	5	138	24	30	15	29	1.95
83196923--83196977	16	3.4	16	87	0	83	9	20	23	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83196919--83196969	8	6.4	8	83	0	66	9	21	21	47	1.79
83202447--83202611	27	6.1	27	84	10	212	36	21	24	18	1.95
83202451--83202611	54	3.0	54	92	1	261	36	21	24	18	1.95
83206321--83206347	12	2.2	12	100	0	54	18	14	44	22	1.86
83212201--83212257	30	1.9	30	96	0	105	33	19	3	43	1.68
83213115--83213154	21	2.0	21	85	5	55	45	5	22	27	1.73
83217138--83217198	22	2.9	22	82	4	81	32	18	27	21	1.96
83220025--83220061	19	1.9	19	88	0	56	70	2	0	27	1.01
83220037--83220074	20	1.9	20	84	10	51	76	5	0	18	0.97
83239542--83239641	44	2.3	43	91	3	164	25	17	29	29	1.97
83239485--83239751	43	6.2	43	78	9	215	26	15	26	30	1.96
83239594--83239795	85	2.4	86	80	4	212	27	16	25	30	1.97
83241366--83242172	410	2.0	410	87	0	1175	25	16	24	33	1.96
83246638--83246860	43	5.2	43	74	13	172	29	16	25	29	1.96
83246680--83246778	44	2.3	42	81	8	119	25	15	24	35	1.94
83246701--83246795	44	2.2	43	84	1	127	27	15	27	29	1.96
83253499--83253559	29	2.1	29	96	0	113	21	1	27	49	1.59
83263085--83263296	46	4.5	47	78	7	189	31	20	26	22	1.98
83263314--83263443	49	2.7	49	79	7	138	26	18	29	25	1.98
83263178--83263486	142	2.2	138	79	10	331	27	18	28	25	1.98
83284097--83284165	27	2.5	27	92	2	111	33	28	13	24	1.93
83284096--83284191	28	3.4	28	85	2	95	33	29	12	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83294140--83294324	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
83294121--83294324	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
83309694--83309839	40	3.7	40	82	7	172	24	22	27	25	2.00
83309694--83309872	80	2.2	80	80	6	186	26	21	26	25	2.00
83313715--83313935	40	5.6	40	82	11	276	25	26	23	24	2.00
83321835--83322055	40	5.6	40	84	9	274	24	26	23	24	2.00
83321835--83322055	81	2.8	80	85	8	274	24	26	23	24	2.00
83323921--83324053	43	3.1	43	78	6	137	30	27	14	27	1.95
83324189--83324229	22	1.9	21	85	5	55	48	9	2	39	1.49
83331049--83331123	25	3.0	25	75	12	73	30	9	12	48	1.72
83332155--83332204	20	2.5	20	75	12	57	26	4	34	36	1.75
83336441--83336476	18	1.9	19	94	5	65	13	13	11	61	1.58
83337005--83337039	17	2.1	17	88	0	52	68	0	2	28	1.04
83337011--83337054	21	2.2	20	84	12	54	72	0	2	25	0.96
83341401--83341575	29	6.1	29	87	2	246	26	14	28	30	1.95
83346773--83346818	23	2.0	22	88	12	67	36	4	10	47	1.58
83348711--83348748	16	2.4	16	90	0	58	60	21	10	7	1.54
83351641--83352067	47	9.1	47	91	0	674	32	9	29	28	1.89
83351641--83352774	141	7.7	141	70	16	776	32	10	27	29	1.90
83352183--83352421	47	5.1	47	91	0	370	31	9	31	27	1.89
83352183--83352774	94	6.0	94	70	16	412	31	10	28	29	1.90
83351829--83352788	354	2.7	354	99	0	1886	31	10	27	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83352537--83352774	47	5.1	47	90	0	352	31	9	31	27	1.89
83363771--83363835	15	4.4	15	78	16	73	9	12	13	64	1.49
83363766--83363835	30	2.4	30	81	15	92	8	11	17	62	1.52
83365972--83366100	51	2.6	51	80	2	145	27	19	24	28	1.99
83365972--83366111	49	2.8	51	79	2	158	27	20	25	27	1.99
83377172--83377415	40	6.2	40	77	12	211	23	21	28	26	1.99
83377209--83377415	79	2.6	79	83	5	258	23	22	28	25	2.00
83384048--83384271	40	5.6	40	84	4	240	24	22	26	25	2.00
83384103--83384271	79	2.1	80	88	1	250	25	22	26	26	2.00
83384103--83384304	79	2.5	79	82	5	194	26	22	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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