genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62896854--62896962	57	1.9	58	88	1	166	28	28	19	23	1.98
62897174--62897445	40	6.8	40	88	0	391	25	28	20	25	1.99
62899686--62899856	85	2.0	85	97	0	324	27	25	7	39	1.83
62901473--62901501	14	2.0	15	93	6	51	51	13	0	34	1.42
62903867--62903900	14	2.4	14	90	0	50	35	5	20	38	1.77
62904761--62904808	15	3.3	15	82	2	62	12	18	12	56	1.67
62905026--62905150	62	2.0	62	93	0	214	28	6	17	47	1.72
62908525--62908634	44	2.6	42	80	9	116	22	20	26	30	1.99
62911037--62911139	28	3.6	28	89	2	161	33	23	11	31	1.90
62917196--62917323	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
62917195--62917323	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
62938421--62938459	19	2.1	19	90	0	60	38	35	5	20	1.75
62944011--62944264	55	4.8	55	83	7	260	21	25	17	35	1.95
62944058--62944258	108	1.8	110	88	2	307	22	25	17	33	1.96
62956950--62957215	48	5.5	48	85	7	369	25	18	27	28	1.98
62958050--62958079	15	1.9	16	93	6	53	36	13	6	43	1.70
62964789--62965008	64	3.4	64	75	9	205	32	15	27	25	1.95
62968082--62968249	46	3.6	46	80	6	151	24	28	18	28	1.98
62982607--62982665	30	1.9	31	82	3	75	40	20	22	16	1.91
62985568--62985666	43	2.3	43	83	11	116	22	20	28	29	1.98
62987305--62987492	40	4.7	40	89	3	290	26	27	21	25	2.00
62992194--62992249	27	2.1	27	100	0	112	25	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62995386--62995572	40	4.7	40	91	5	308	25	27	22	24	2.00
62995353--62995572	118	1.9	119	86	6	322	24	27	22	25	2.00
62996692--62996795	50	2.1	49	90	1	163	37	21	19	22	1.94
62997723--62997747	13	1.9	13	100	0	50	16	4	32	48	1.64
63005716--63005753	20	1.9	20	84	10	51	57	7	0	34	1.28
63005899--63005957	10	5.8	10	78	4	64	38	15	27	18	1.91
63007170--63007201	17	1.9	16	93	6	55	31	21	12	34	1.91
63013674--63013708	17	2.0	18	94	5	63	20	28	34	17	1.95
63013882--63014014	27	5.2	26	72	19	102	40	18	9	31	1.83
63013902--63013945	22	2.0	22	86	8	63	40	15	9	34	1.79
63014029--63014254	27	8.4	27	89	0	326	31	20	6	41	1.78
63014029--63014287	54	4.8	54	85	1	331	31	20	6	41	1.78
63014029--63014287	81	3.2	80	82	5	297	31	20	6	41	1.78
63014268--63014419	27	5.6	27	86	0	196	38	19	9	32	1.84
63014268--63014436	81	2.1	81	85	2	223	37	20	10	31	1.86
63014448--63014744	27	11.0	27	88	0	423	34	19	21	24	1.96
63015074--63015137	33	2.0	33	84	3	85	23	20	18	37	1.94
63015279--63015463	6	30.0	6	69	17	103	19	16	12	50	1.77
63015337--63015397	25	2.4	25	91	0	95	21	18	13	47	1.82
63015279--63015455	62	2.9	62	88	2	250	19	16	12	50	1.77
63015355--63015442	37	2.4	37	82	0	113	19	18	12	50	1.78
63016601--63016651	21	2.4	22	75	18	54	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63016612--63016650	20	1.9	20	89	5	60	43	0	0	56	0.99
63016680--63016718	19	2.0	20	90	5	62	46	10	20	23	1.81
63016840--63016905	16	4.1	15	79	16	55	78	0	19	1	0.82
63016859--63016904	4	11.5	4	95	0	83	78	0	21	0	0.76
63016837--63016906	12	5.7	12	87	1	86	78	0	20	1	0.83
63017073--63017196	60	2.1	60	96	0	230	34	0	11	54	1.37
63017205--63017445	72	3.3	72	92	1	394	29	0	14	55	1.45
63017254--63017444	38	5.2	37	64	23	118	28	1	15	54	1.48
63017286--63017402	34	3.4	33	67	26	89	30	0	13	54	1.45
63017406--63017610	91	2.2	91	83	8	254	28	0	15	55	1.47
63017506--63017737	104	2.2	105	83	9	278	28	0	15	54	1.47
63019775--63019841	33	2.1	32	88	2	98	16	49	8	25	1.74
63020042--63020244	80	2.5	80	90	4	304	28	6	8	56	1.55
63024766--63024793	9	3.1	9	100	0	56	14	75	0	10	1.06
63037767--63037806	18	2.2	19	86	8	57	62	0	0	37	0.95
63038192--63038238	16	2.7	17	80	12	51	38	0	0	61	0.96
63039967--63040005	20	2.0	20	85	10	53	38	0	0	61	0.96
63041875--63041988	40	2.8	40	91	1	174	24	10	14	50	1.73
63041901--63042012	40	2.6	43	81	13	140	25	11	9	52	1.68
63043936--63043975	22	1.9	20	85	10	53	47	0	12	40	1.41
63048426--63048477	24	2.2	24	100	0	104	7	38	15	38	1.76
63051838--63051921	42	2.0	42	97	0	159	27	17	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63053855--63053889	18	2.0	18	94	5	63	17	40	25	17	1.90
63053856--63053896	18	2.3	18	87	8	57	19	41	26	12	1.87
63056334--63056460	45	2.9	44	80	10	118	22	26	23	26	2.00
63056777--63056965	43	4.4	43	88	4	267	30	32	22	14	1.93
63057489--63057523	17	2.1	17	100	0	70	34	17	0	48	1.47
63062343--63062475	43	3.1	43	90	4	209	30	33	22	13	1.93
63065741--63065782	20	2.2	20	86	4	59	52	4	11	30	1.59
63070583--63070644	27	2.3	28	86	8	92	38	12	20	27	1.90
63073028--63074541	757	2.0	757	98	0	2938	38	19	12	29	1.88
63075557--63075920	39	9.2	40	83	2	173	28	27	22	21	1.99
63075605--63076066	39	11.7	39	86	2	527	27	26	22	22	1.99
63075607--63076066	79	5.8	78	86	1	528	27	26	22	23	1.99
63077130--63077211	28	2.9	28	83	0	101	29	24	10	35	1.90
63082690--63082742	23	2.2	26	86	10	76	11	45	3	39	1.58
63086700--63086747	17	2.8	17	81	12	55	33	2	4	60	1.27
63087600--63087718	36	3.3	35	81	4	130	15	12	29	42	1.84
63088673--63088724	25	2.1	25	96	0	95	15	25	38	21	1.92
63092263--63092326	32	2.0	32	93	0	110	31	26	17	25	1.97
63092618--63092679	27	2.3	27	91	0	97	29	12	14	43	1.83
63092632--63092692	27	2.3	27	82	5	70	29	11	19	39	1.87
63104951--63105016	27	2.4	27	87	0	87	31	27	21	19	1.97
63112412--63112597	40	4.7	40	95	1	302	22	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63112416--63112633	40	5.5	40	90	3	298	22	21	27	28	1.99
63120672--63120857	40	4.7	40	91	1	275	22	18	27	30	1.98
63120676--63120893	40	5.5	40	88	2	271	22	20	27	29	1.98
63140225--63140332	23	4.7	23	82	5	119	36	20	22	21	1.96
63140184--63140320	69	2.0	71	81	5	163	35	19	21	24	1.96
63140204--63140338	46	2.9	46	81	7	150	37	19	21	22	1.95
63147810--63147917	28	3.9	27	75	8	92	29	15	26	27	1.96
63150920--63151035	36	3.2	36	79	6	110	16	9	31	42	1.80
63154051--63154131	42	1.9	42	100	0	162	25	23	16	34	1.95
63156211--63156235	12	2.1	12	100	0	50	16	20	24	40	1.91
63160507--63160579	38	1.9	38	100	0	146	27	5	19	47	1.71
63175972--63176097	46	2.7	46	91	0	198	21	20	26	30	1.98
63176322--63176359	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
63181037--63181381	132	2.6	131	76	10	319	27	18	19	34	1.95
63191425--63191456	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
63191656--63192046	50	7.8	50	76	4	374	30	25	17	25	1.97
63191661--63192045	151	2.5	150	91	1	626	31	25	17	25	1.97
63191860--63192046	101	1.9	101	83	2	250	31	25	18	24	1.98
63192399--63192445	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
63197003--63197217	27	8.1	27	83	4	249	34	19	20	26	1.96
63197006--63197189	80	2.3	80	87	3	255	35	18	19	26	1.95
63197657--63197708	22	2.4	22	83	6	61	21	25	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63197866--63197967	27	3.8	26	87	5	123	19	23	20	36	1.95
63198104--63198206	31	3.3	31	88	1	143	20	16	13	49	1.79
63198127--63198208	6	13.3	6	71	14	60	20	19	13	46	1.83
63200166--63200347	27	6.7	27	83	0	220	40	21	7	30	1.81
63200156--63200347	54	3.6	54	88	0	276	39	21	7	31	1.82
63200273--63200523	27	9.3	27	82	3	222	34	19	19	26	1.96
63200166--63200479	54	5.8	53	85	4	238	37	21	13	28	1.91
63200166--63200455	81	3.6	80	76	6	208	37	21	12	28	1.90
63200159--63200360	108	1.9	108	88	2	307	40	20	8	30	1.83
63200329--63200523	81	2.4	81	82	2	250	32	20	22	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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