genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20265374--20265418	23	2.0	23	86	8	65	37	11	2	48	1.51
20269133--20269184	26	2.0	26	100	0	104	26	7	26	38	1.83
20280128--20280277	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
20280152--20280335	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
20283165--20283290	43	2.9	43	75	8	121	28	19	23	28	1.98
20285732--20285792	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
20296745--20296918	27	6.4	27	83	4	197	27	14	27	29	1.96
20296746--20296901	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
20306260--20306326	34	2.0	34	87	0	98	28	19	22	29	1.98
20306272--20306354	34	2.4	34	82	4	96	25	22	24	27	2.00
20308160--20308390	40	5.8	40	79	5	279	24	20	28	25	1.99
20308161--20308391	79	2.9	80	93	1	392	24	20	28	26	1.99
20308164--20308390	119	1.9	119	85	3	314	24	21	29	25	1.99
20315175--20315374	41	4.9	40	78	13	176	28	24	15	31	1.96
20315175--20315374	43	4.9	39	78	10	179	28	24	15	31	1.96
20317175--20317199	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
20321928--20322111	48	3.9	47	86	2	242	29	17	25	27	1.98
20328974--20329055	42	2.0	42	82	0	101	26	12	24	36	1.91
20334979--20335092	43	2.7	42	83	5	140	28	15	24	30	1.96
20335262--20335291	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
20337590--20337699	54	2.0	54	91	0	175	15	34	21	28	1.94
20342675--20342713	19	2.1	19	100	0	78	41	28	0	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20344717--20344756	18	2.2	19	86	4	55	65	0	7	27	1.20
20345128--20345251	44	2.8	45	89	4	182	36	16	20	25	1.94
20346397--20346583	40	4.7	40	90	0	284	33	28	19	18	1.95
20358366--20358533	43	3.9	43	76	6	162	33	27	16	22	1.95
20360171--20360326	56	2.8	55	81	3	179	18	18	33	28	1.95
20364539--20364653	43	2.7	43	76	8	117	25	17	27	29	1.97
20370221--20370395	46	3.8	46	78	13	205	29	29	21	20	1.98
20370228--20370399	93	1.8	93	94	0	308	28	29	21	20	1.98
20370817--20370876	30	2.0	30	86	0	84	31	25	8	35	1.85
20379088--20379146	29	2.1	29	83	3	75	47	1	22	28	1.61
20379693--20379820	47	2.7	47	82	7	152	21	14	28	35	1.93
20389714--20389825	29	3.9	28	73	9	91	24	29	16	29	1.97
20397120--20397270	28	5.4	28	89	1	205	35	28	11	25	1.90
20399240--20399331	42	2.2	43	82	5	107	27	25	19	28	1.99
20409030--20409099	28	2.5	28	92	0	113	31	28	14	25	1.95
20416958--20417026	28	2.5	28	92	0	111	31	28	14	24	1.95
20425025--20425227	44	4.7	44	81	8	238	33	27	16	22	1.96
20425025--20425227	86	2.3	86	84	9	254	33	27	16	22	1.96
20428319--20428503	40	4.7	40	80	6	207	25	22	27	24	2.00
20428374--20428536	79	2.1	79	81	6	188	27	20	26	25	1.99
20430445--20430518	23	3.2	23	77	9	80	32	18	22	25	1.97
20430449--20430518	24	3.0	24	82	2	88	34	18	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20430453--20430542	24	3.7	24	77	7	76	31	17	22	28	1.97
20432744--20432785	21	2.0	21	95	0	75	38	7	23	30	1.82
20436059--20436129	37	2.0	35	83	10	90	39	2	2	54	1.29
20444412--20444541	49	2.6	50	81	6	167	26	26	20	26	1.99
20446212--20446480	48	5.6	47	81	2	268	28	18	28	24	1.98
20446215--20446480	96	2.8	96	84	2	338	28	18	28	24	1.98
20446199--20446480	144	2.0	144	83	4	363	28	17	28	25	1.98
20452168--20452523	40	8.9	40	91	0	568	25	29	21	23	1.99
20459300--20459349	21	2.4	21	93	0	82	20	20	14	46	1.84
20463221--20463371	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
20467409--20467462	27	2.1	25	83	10	65	24	3	0	72	1.01
20472356--20472396	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
20476720--20476755	6	6.0	6	96	0	63	16	33	13	36	1.89
20485439--20485516	39	2.0	39	100	0	156	41	15	17	25	1.89
20486592--20486634	21	2.0	21	90	0	68	16	11	20	51	1.75
20487002--20487035	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
20508373--20508557	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
20508373--20508557	40	4.7	40	82	9	227	25	27	22	24	2.00
20517606--20517939	44	7.4	44	73	11	228	29	21	17	30	1.97
20517583--20517993	88	4.6	88	77	10	366	28	20	18	32	1.96
20517657--20517989	184	1.8	183	88	4	510	29	20	19	31	1.97
20524150--20524289	24	5.6	25	68	23	82	66	0	4	28	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20524148--20524186	16	2.4	16	82	0	51	74	0	0	25	0.82
20524146--20524220	24	2.9	27	73	20	86	68	1	2	28	1.12
20524146--20524566	51	8.3	49	72	13	257	62	4	4	28	1.34
20524139--20524231	27	3.6	24	72	18	64	66	1	3	29	1.14
20524146--20524566	26	16.6	26	71	8	260	62	4	4	28	1.34
20524146--20524566	101	4.1	102	74	14	329	62	4	4	28	1.34
20526370--20526428	19	3.0	19	82	9	57	66	5	1	27	1.22
20526392--20526437	19	2.2	20	85	14	58	69	8	2	19	1.25
20533404--20533466	22	2.9	22	80	4	74	23	11	6	58	1.55
20533591--20533631	13	3.2	13	80	13	57	43	12	14	29	1.82
20533591--20533641	26	2.0	26	92	0	84	43	11	15	29	1.82
20539482--20539540	30	1.9	30	82	3	73	6	10	8	74	1.22
20543291--20543472	48	3.9	48	73	12	171	28	18	25	27	1.98
20543565--20543763	101	2.0	100	95	1	362	34	14	23	28	1.93
20546902--20546937	16	2.2	16	95	0	63	30	0	2	66	1.06
20548675--20548705	15	2.1	15	100	0	62	6	35	6	51	1.53
20550975--20551012	19	2.1	19	90	5	60	71	0	0	28	0.87
20551943--20552019	27	2.8	25	82	11	82	25	3	2	67	1.21
20551943--20552019	28	2.8	28	81	18	83	25	3	2	67	1.21
20551971--20552020	18	3.0	17	80	8	50	22	4	2	72	1.12
20552598--20552645	25	2.0	24	83	4	60	43	2	2	52	1.24
20555571--20555618	25	1.9	25	91	0	78	6	8	6	79	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20555624--20555662	20	2.0	20	85	10	53	7	7	5	79	1.05
20555650--20555695	19	2.4	19	82	17	51	15	6	4	73	1.19
20555650--20555712	29	2.2	28	83	8	74	14	4	6	74	1.18
20555678--20555709	10	3.1	10	95	4	55	9	3	9	78	1.07
20556680--20556720	21	2.0	21	85	9	57	51	4	7	36	1.51
20559490--20559554	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
20561399--20561506	26	4.2	26	92	0	171	36	25	6	32	1.81
20563108--20563134	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
20578720--20578744	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
20581313--20581365	26	2.0	26	100	0	106	43	0	18	37	1.51
20584205--20584242	13	2.9	14	88	7	53	13	5	5	76	1.13
20584193--20584240	19	2.6	18	80	9	60	14	2	6	77	1.06
20588732--20588956	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
20588732--20588989	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
20594038--20594079	20	2.3	19	84	15	54	38	9	26	26	1.87
20599305--20599348	23	1.9	24	81	9	56	38	22	0	38	1.55
20599922--20600050	48	2.7	47	81	2	159	34	27	16	22	1.95
20600605--20600659	28	2.0	28	82	7	67	25	21	3	49	1.66
20601194--20601218	13	1.9	13	100	0	50	40	28	0	32	1.57
20608572--20608611	21	1.9	21	89	0	62	25	2	20	52	1.59
20617725--20617965	48	5.0	48	73	10	163	27	19	26	26	1.99
20617784--20617956	95	1.8	96	82	8	228	27	19	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20624934--20625265	48	6.9	48	80	2	362	26	19	29	24	1.99
20627223--20627362	43	3.3	42	76	9	142	26	24	19	30	1.98
20628771--20628935	87	1.9	87	87	2	244	35	16	7	39	1.78
20635211--20635396	59	3.2	59	87	0	275	35	11	27	25	1.91
20635355--20635527	59	2.9	58	83	3	150	37	13	27	21	1.91
20635228--20635555	147	2.2	147	86	1	442	35	14	27	23	1.93
20635296--20635487	88	2.2	88	87	4	262	36	12	27	23	1.91
20635375--20635542	59	2.9	59	84	2	205	38	15	25	20	1.92
20635211--20635555	29	11.8	29	70	9	198	35	13	27	23	1.92
20641050--20641313	29	9.0	29	69	8	169	37	11	26	24	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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