genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76427335--76427516	89	2.0	89	86	4	251	28	17	26	26	1.98
76427335--76427516	45	4.1	44	80	6	197	28	17	26	26	1.98
76431188--76431226	18	2.2	18	95	0	69	53	17	5	23	1.63
76432246--76432270	9	2.8	9	100	0	50	24	36	20	20	1.95
76433223--76433306	26	3.2	26	96	0	150	34	4	23	36	1.76
76435032--76435317	137	2.1	135	94	1	396	24	17	25	32	1.97
76439152--76439248	25	3.8	26	81	14	105	31	7	22	38	1.82
76443383--76443516	27	5.0	27	84	7	166	33	21	25	19	1.97
76443376--76443516	54	2.6	54	92	4	223	34	22	24	19	1.97
76451320--76451478	27	5.9	27	82	11	184	33	21	25	19	1.97
76451338--76451481	54	2.7	54	94	2	245	34	22	25	18	1.96
76458592--76458701	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
76480797--76480873	9	8.6	9	75	11	68	35	1	15	48	1.54
76480797--76480866	36	2.0	36	86	5	99	35	0	15	48	1.46
76481314--76481371	30	2.1	28	84	12	75	56	1	3	37	1.26
76481319--76481381	29	2.1	30	97	2	119	58	0	3	38	1.14
76484524--76484567	23	1.9	23	90	0	70	36	6	13	43	1.71
76496001--76496051	26	2.0	26	84	7	68	35	0	3	60	1.15
76505236--76505340	53	2.0	53	81	7	124	41	3	1	52	1.30
76510610--76510691	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
76520079--76520148	31	2.3	31	100	0	140	34	0	8	57	1.29
76520291--76520337	4	12.2	4	77	8	53	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76520311--76520337	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
76522517--76522574	29	1.9	31	89	6	93	37	18	5	37	1.74
76522545--76522588	19	2.3	19	96	0	79	38	18	6	36	1.77
76523129--76523840	205	3.5	205	92	1	1196	28	22	18	30	1.97
76523812--76523919	44	2.4	44	84	3	144	25	27	16	30	1.97
76523899--76524306	44	9.3	44	71	11	282	26	25	17	30	1.98
76523894--76524306	132	3.1	132	95	0	727	27	25	17	29	1.98
76531998--76532055	29	1.9	31	93	6	102	37	17	6	37	1.76
76532026--76532069	19	2.3	19	100	0	88	36	18	9	36	1.82
76539685--76539757	39	1.9	36	81	8	83	32	2	2	61	1.24
76547975--76548016	16	2.7	15	76	23	50	50	7	14	28	1.69
76553349--76553412	6	10.5	6	83	3	83	78	3	1	17	0.96
76553360--76553412	19	2.8	19	82	5	72	79	1	1	16	0.92
76553349--76553420	25	2.9	24	80	17	85	76	2	4	16	1.06
76555352--76555389	15	2.5	15	84	12	51	52	0	47	0	1.00
76561946--76561999	19	2.9	18	82	15	65	75	0	7	16	1.01
76572468--76572697	40	5.8	40	92	1	336	24	28	21	25	1.99
76579237--76579425	40	4.8	40	87	1	247	24	27	21	26	1.99
76587564--76587590	7	3.9	7	100	0	54	14	40	0	44	1.46
76593253--76593378	46	2.8	44	84	8	155	29	18	26	25	1.98
76600885--76601157	48	5.7	48	74	10	195	27	18	28	24	1.98
76600796--76601157	48	7.6	48	73	11	169	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76602717--76602768	25	2.1	25	96	0	95	32	1	25	40	1.67
76602726--76602779	25	2.2	25	89	0	81	33	3	25	37	1.74
76614704--76614734	5	6.2	5	92	0	53	41	19	16	22	1.89
76615238--76615299	20	3.5	17	75	18	63	46	0	30	22	1.52
76615660--76615696	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
76616308--76616360	24	2.2	25	96	3	99	43	18	0	37	1.51
76619537--76619571	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
76621931--76621976	21	2.2	21	92	0	74	23	23	34	17	1.96
76621941--76621983	21	2.0	21	86	0	59	25	23	32	18	1.97
76623541--76623648	52	2.1	52	96	0	198	13	10	8	67	1.41
76623784--76623816	11	3.0	11	91	8	50	33	0	3	63	1.10
76624663--76624716	24	2.3	23	75	9	54	51	7	0	40	1.30
76625498--76625525	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
76626178--76626264	36	2.4	36	86	0	120	18	39	6	35	1.78
76631461--76631519	31	1.9	31	89	0	91	37	13	16	32	1.88
76631455--76631526	31	2.3	31	80	0	90	36	11	18	34	1.86
76633111--76633140	10	3.0	10	95	0	51	73	0	0	26	0.84
76637463--76637524	27	2.3	27	80	5	72	30	19	6	43	1.76
76637477--76637574	27	3.6	27	77	2	90	29	25	7	37	1.83
76638500--76638552	19	3.0	17	73	10	52	35	9	20	33	1.85
76638524--76638568	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
76639853--76639931	39	2.0	39	95	0	140	36	12	21	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76643678--76643730	19	3.0	17	73	10	52	35	9	20	33	1.85
76643702--76643759	22	2.7	21	84	7	71	36	1	18	43	1.61
76656806--76656844	14	2.9	14	88	3	53	61	0	2	35	1.10
76679999--76680264	46	5.6	48	77	9	208	23	26	19	30	1.98
76679992--76680264	92	2.9	96	79	8	254	23	27	19	29	1.98
76680924--76680962	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
76687193--76687247	26	2.1	26	100	0	110	34	10	30	23	1.89
76687870--76687950	28	2.9	28	75	3	83	41	17	23	17	1.89
76689727--76689794	28	2.4	28	92	0	118	57	8	14	19	1.63
76697347--76697397	25	2.0	25	92	0	84	47	13	15	23	1.82
76698634--76698706	35	2.1	35	97	0	137	46	17	5	30	1.71
76699990--76700133	42	3.4	41	79	6	146	29	22	16	30	1.96
76701061--76701091	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
76701793--76701827	18	2.0	18	88	5	54	11	22	45	20	1.82
76702410--76702442	17	2.0	17	88	5	50	18	9	18	54	1.69
76703734--76703840	48	2.2	48	98	0	205	31	17	2	47	1.62
76705488--76705539	15	3.5	15	74	10	61	69	5	0	25	1.10
76705492--76705553	30	2.1	30	96	0	115	66	4	0	29	1.12
76715945--76716015	37	1.9	37	97	0	133	9	14	38	38	1.79
76716670--76716711	12	3.5	12	86	0	66	9	11	47	30	1.72
76718402--76718458	26	2.2	26	93	0	96	54	7	10	28	1.60
76718551--76718613	5	12.6	5	91	0	99	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76718524--76718613	10	9.0	10	86	8	103	50	0	0	50	1.00
76722766--76722876	57	1.9	57	98	0	213	29	17	27	25	1.97
76724675--76724709	18	1.9	18	88	0	52	28	20	17	34	1.95
76724642--76724733	43	2.1	43	82	7	107	30	16	18	34	1.93
76726440--76726464	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
76742385--76742478	23	4.1	23	76	1	82	22	20	21	36	1.95
76742392--76742489	46	2.2	45	83	1	115	25	18	21	34	1.96
76742392--76742494	23	4.5	22	73	8	66	24	17	21	36	1.94
76749231--76749268	19	2.0	19	100	0	76	31	0	26	42	1.56
76750269--76750361	29	3.2	29	83	6	116	34	22	15	27	1.94
76750374--76750428	29	1.9	29	88	3	85	47	18	7	27	1.74
76753352--76753384	16	1.9	18	88	11	52	48	9	0	42	1.35
76753370--76753408	19	2.0	20	85	5	53	43	17	2	35	1.63
76754415--76754445	14	2.3	13	94	5	53	45	3	0	51	1.17
76763835--76763924	46	1.9	48	84	8	123	31	20	27	21	1.98
76763709--76763970	47	5.6	46	71	11	144	29	18	29	23	1.98
76774669--76774709	19	2.0	20	86	9	57	26	24	0	48	1.51
76777643--76777668	5	5.2	5	100	0	52	38	0	38	23	1.55
76781063--76781114	21	2.5	21	78	12	61	44	17	0	38	1.49
76785166--76785999	119	7.0	119	95	0	1436	31	19	15	33	1.93
76785166--76785999	237	3.5	238	94	0	1445	31	19	15	33	1.93
76785166--76785999	356	2.3	358	94	0	1438	31	19	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76795745--76795805	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76801832--76801876	16	2.6	17	82	13	56	62	2	2	33	1.20
76804459--76804505	17	2.8	16	75	18	51	36	12	0	51	1.40
76814574--76814617	23	2.0	22	86	4	61	54	18	0	27	1.44
76824394--76824444	25	2.0	26	88	3	77	50	31	3	13	1.60
76827608--76827726	42	2.8	42	72	5	105	30	15	25	28	1.96
76828960--76829003	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
76831436--76831572	60	2.3	60	81	11	156	29	18	24	27	1.98
76843762--76843849	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
76843762--76843840	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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