genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57166512--57166549	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
57166778--57166946	46	3.7	45	78	10	189	28	27	20	23	1.99
57166779--57166949	93	1.8	93	91	2	281	28	27	21	23	1.99
57166776--57166965	46	4.1	46	72	12	149	28	27	20	23	1.99
57173472--57173505	17	2.0	17	100	0	68	23	17	11	47	1.81
57175902--57175983	39	2.1	39	100	0	164	41	19	2	36	1.65
57181223--57181416	55	3.6	54	80	2	219	22	24	18	34	1.96
57181398--57181519	47	2.6	47	90	0	190	26	24	13	35	1.93
57186136--57186208	37	2.0	37	97	0	137	39	17	2	39	1.64
57187783--57187971	55	3.5	54	82	5	213	21	24	17	36	1.95
57187783--57187979	54	3.6	54	81	4	227	21	24	17	37	1.94
57187958--57188079	47	2.6	47	94	0	208	25	24	13	36	1.93
57187959--57188213	142	1.8	140	80	6	309	24	23	16	36	1.94
57188219--57188302	44	1.9	44	85	4	116	27	23	11	36	1.90
57191944--57192006	27	2.3	27	86	5	83	39	25	20	14	1.90
57195856--57195905	20	2.5	20	83	0	64	16	26	22	36	1.94
57201365--57201398	6	5.7	6	85	0	50	55	0	26	17	1.42
57201358--57201399	12	3.5	12	86	0	57	57	0	23	19	1.41
57203156--57203180	13	1.9	13	100	0	50	40	32	8	20	1.81
57208289--57208477	29	6.6	29	78	3	179	35	19	15	29	1.93
57208289--57208456	87	1.9	87	82	2	212	36	19	15	28	1.92
57219512--57219541	15	2.0	15	100	0	60	20	6	13	60	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57236184--57236217	17	1.9	17	88	5	50	0	20	2	76	0.92
57238650--57238717	25	2.7	25	76	13	77	23	25	22	29	1.99
57239825--57239863	20	2.0	20	85	10	53	10	5	30	53	1.56
57241984--57242160	46	3.8	46	91	1	284	22	19	27	31	1.98
57242580--57242728	27	5.5	27	89	1	210	34	22	20	23	1.97
57243173--57243237	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
57243363--57243417	26	2.2	26	83	3	67	18	23	20	38	1.93
57243372--57243446	27	2.8	26	84	4	87	20	24	20	36	1.95
57243580--57243687	6	17.5	6	73	19	89	18	16	15	49	1.81
57243580--57243687	31	3.5	31	93	0	171	18	16	15	49	1.81
57243583--57243647	19	3.8	19	67	26	63	18	15	16	49	1.80
57245701--57245762	27	2.3	27	97	0	115	33	24	6	35	1.81
57245714--57245907	27	7.2	27	77	3	158	40	23	6	29	1.79
57245776--57245907	54	2.4	54	84	0	183	43	23	5	28	1.75
57245776--57245936	27	6.0	27	81	3	164	41	23	7	27	1.81
57245755--57246015	81	3.2	80	81	5	242	40	21	11	26	1.86
57245808--57246033	27	8.4	27	89	1	224	38	21	13	26	1.90
57245865--57246041	81	2.2	81	87	2	257	37	22	16	23	1.93
57245865--57246033	27	6.3	27	90	1	232	37	21	15	24	1.93
57246200--57246230	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
57246486--57246550	22	3.0	21	74	17	60	20	21	23	35	1.96
57246719--57246783	27	2.5	26	84	2	76	21	26	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57246926--57247018	31	3.0	31	82	0	114	23	17	11	47	1.80
57255226--57255281	27	2.1	27	83	3	69	37	23	23	16	1.93
57259190--57259223	18	1.9	18	88	5	52	11	26	44	17	1.83
57260425--57260546	47	2.6	47	94	0	208	36	13	24	25	1.93
57260525--57260721	56	3.6	55	82	4	220	37	15	24	22	1.93
57282967--57283190	81	2.8	80	92	4	362	25	21	27	25	2.00
57282967--57283157	40	4.7	40	94	1	337	24	21	27	26	1.99
57291028--57291247	79	2.8	79	93	4	365	25	21	27	25	2.00
57291032--57291247	39	5.5	40	91	3	341	25	22	27	25	2.00
57298925--57299060	41	3.3	40	86	2	164	38	21	17	22	1.93
57298926--57299082	41	3.9	40	80	5	156	35	19	20	24	1.96
57299618--57299666	14	3.4	14	72	5	53	38	38	2	20	1.64
57300956--57301000	19	2.3	19	84	3	54	24	37	0	37	1.56
57302297--57302346	24	2.1	24	100	0	100	48	10	16	26	1.77
57303663--57303734	24	3.0	24	85	0	108	27	16	8	47	1.75
57303907--57303980	29	2.6	29	95	0	130	45	1	0	52	1.09
57303907--57303992	15	5.9	15	74	15	90	44	1	0	54	1.07
57304097--57304855	9	85.4	9	82	4	851	46	13	2	38	1.56
57304097--57304864	44	17.5	45	84	5	815	46	13	2	38	1.56
57304095--57304811	53	13.4	54	87	2	889	46	13	2	37	1.56
57308586--57308744	27	5.9	27	82	11	184	33	22	24	19	1.97
57308586--57308744	54	3.0	54	88	4	234	33	22	24	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57310348--57310403	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
57315655--57315784	27	4.8	27	84	7	149	36	21	22	19	1.95
57317396--57317500	26	4.0	26	93	0	183	36	23	7	32	1.83
57321074--57321366	43	6.6	43	80	9	291	29	29	18	23	1.97
57326003--57326044	6	7.0	6	91	0	66	19	2	0	78	0.86
57326003--57326064	12	4.9	12	80	9	61	16	8	1	74	1.13
57326905--57326934	15	1.9	16	93	6	53	23	23	0	53	1.46
57331194--57331257	31	2.1	31	96	0	119	21	10	14	53	1.71
57334108--57334273	43	3.9	41	82	7	156	25	20	29	24	1.99
57344899--57344928	15	2.0	15	93	0	51	73	3	13	10	1.21
57345679--57345749	18	3.8	18	76	20	74	33	21	11	33	1.89
57348970--57349043	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
57356794--57356852	29	2.1	28	81	9	66	49	22	3	25	1.65
57356832--57356909	27	2.9	27	83	7	95	43	15	7	33	1.75
57356844--57356927	27	3.1	27	77	8	91	39	14	9	36	1.78
57356992--57357047	27	2.1	27	83	6	69	32	21	23	23	1.98
57357836--57358000	26	6.4	26	86	6	228	27	20	23	28	1.99
57357836--57358000	54	3.2	52	88	5	246	27	20	23	28	1.99
57358213--57358285	31	2.3	31	90	2	101	32	15	21	30	1.94
57358222--57358285	31	2.1	31	96	0	119	32	15	23	28	1.95
57360869--57361017	26	5.9	26	85	3	198	26	23	22	26	2.00
57360869--57361011	51	2.8	52	88	3	202	26	23	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57361231--57361300	30	2.3	31	83	14	92	34	15	21	28	1.94
57366009--57366079	15	4.7	15	78	5	81	11	19	12	56	1.66
57366000--57366079	30	2.6	31	81	11	94	11	18	15	55	1.69
57368451--57368625	45	3.8	46	78	13	198	20	20	30	29	1.97
57376686--57376830	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
57383483--57383557	38	2.0	38	100	0	150	30	13	24	32	1.93
57384741--57384885	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
57395585--57395768	49	3.7	49	77	5	190	25	17	27	30	1.97
57407064--57407139	30	2.6	29	81	6	89	39	11	23	25	1.89
57412586--57412668	41	2.0	41	100	0	166	21	25	4	48	1.70
57412593--57412679	41	2.1	41	91	0	138	19	29	3	47	1.66
57417590--57417767	48	3.7	48	87	3	241	26	17	24	30	1.97
57422835--57422891	9	5.9	9	80	15	69	35	5	21	38	1.76
57422833--57422899	20	3.3	20	95	0	125	35	8	19	35	1.83
57422950--57423031	24	3.4	24	85	9	96	29	20	23	26	1.99
57423238--57423300	31	2.0	31	90	0	99	34	15	25	23	1.95
57430900--57430955	11	5.5	11	75	16	66	35	12	19	32	1.89
57430902--57430955	20	2.7	20	97	0	99	35	12	20	31	1.90
57431003--57431085	25	3.4	24	86	8	105	28	22	22	25	1.99
57431294--57431380	35	2.7	31	83	16	124	34	16	24	25	1.95
57432037--57432118	30	2.7	30	92	0	128	21	26	10	40	1.87
57432070--57432143	29	2.5	30	88	2	105	24	24	9	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57433787--57433932	42	3.4	43	76	6	136	23	17	26	32	1.97
57436622--57436659	13	2.9	13	92	0	67	5	21	47	26	1.71
57451773--57451839	28	2.4	28	79	2	80	26	29	14	28	1.96
57459474--57459557	28	3.0	29	81	6	84	29	30	14	25	1.95
57459772--57459824	8	6.6	8	82	0	70	5	22	22	49	1.71
57459772--57459824	16	3.3	16	89	0	79	5	22	22	49	1.71
57463050--57463147	27	3.5	28	86	5	119	27	12	27	32	1.92
57463050--57463160	27	4.0	27	80	6	80	29	11	25	33	1.91
57463050--57463161	28	4.0	28	81	9	111	29	11	25	33	1.91
57464763--57464933	93	1.8	93	87	2	254	22	19	26	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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