genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70264828--70264955	48	2.7	48	86	2	179	32	23	14	29	1.94
70275386--70275557	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
70275410--70275593	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
70275809--70277108	653	2.0	644	91	1	2118	38	9	19	32	1.84
70292693--70292773	33	2.4	35	77	10	96	29	23	18	28	1.98
70294385--70294490	24	4.4	24	90	1	149	19	38	4	36	1.73
70295146--70295240	40	2.4	40	85	7	122	27	30	17	24	1.97
70311771--70312269	55	9.5	53	72	13	363	23	24	16	35	1.95
70312054--70312330	47	5.6	47	71	18	222	26	23	14	36	1.93
70311783--70312330	101	5.3	101	91	2	663	24	24	15	35	1.94
70313089--70313150	30	2.0	30	84	3	79	40	20	4	33	1.74
70317203--70317461	68	3.9	64	74	8	193	29	15	29	25	1.96
70318451--70318480	16	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
70319527--70319571	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
70346177--70346271	27	3.5	27	82	2	111	25	10	25	38	1.87
70349494--70349536	21	2.0	21	86	8	61	55	2	4	37	1.33
70353279--70353333	16	3.4	16	69	18	51	16	12	23	47	1.81
70353276--70353340	32	2.0	32	96	0	121	16	12	23	47	1.80
70353278--70353366	32	2.8	31	85	10	110	17	10	24	47	1.79
70354113--70354181	34	2.1	34	91	2	113	28	21	21	27	1.99
70360473--70360587	56	2.1	56	94	0	203	22	14	26	36	1.93
70360482--70360568	29	3.1	29	67	12	90	19	16	25	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70360506--70360593	27	3.2	27	69	12	70	20	15	25	38	1.92
70360483--70360615	56	2.4	56	87	2	169	20	16	25	37	1.93
70377811--70377868	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
70378208--70378375	47	3.6	47	78	11	184	26	19	29	24	1.99
70378208--70378384	94	1.9	94	91	2	293	26	20	29	23	1.99
70378595--70378623	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
70379431--70379461	6	5.2	6	92	0	53	48	16	19	16	1.81
70380586--70380615	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
70386785--70386809	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
70387888--70387927	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
70391038--70391077	2	20.0	2	89	0	62	2	0	52	45	1.14
70396249--70396578	47	7.1	47	85	10	457	32	8	30	28	1.87
70396697--70396775	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
70418372--70418594	48	4.6	48	91	1	349	26	30	17	25	1.97
70418372--70418655	96	3.0	95	85	5	340	26	29	18	25	1.98
70418373--70418651	144	1.9	144	84	4	366	25	29	18	25	1.98
70422334--70422806	47	10.1	47	94	0	777	32	9	30	28	1.88
70422925--70423003	37	2.1	37	85	0	104	25	17	31	25	1.97
70425282--70425306	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
70429165--70429203	19	2.0	20	90	5	62	41	20	7	30	1.80
70429345--70429376	14	2.3	14	100	0	64	34	15	21	28	1.94
70433818--70433922	47	2.2	47	94	0	183	33	7	31	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70435834--70435964	41	3.2	39	78	6	127	19	26	16	36	1.93
70450761--70450844	29	2.9	29	94	0	150	36	13	23	26	1.91
70456321--70456564	50	4.9	50	73	4	222	30	23	19	26	1.98
70456334--70456466	49	2.7	49	82	5	151	32	22	18	27	1.97
70458457--70458641	40	4.6	40	79	11	200	23	23	27	25	2.00
70458509--70458674	80	2.1	79	82	7	194	25	21	27	25	2.00
70466493--70466676	40	4.6	40	82	9	207	24	22	27	25	2.00
70466548--70466699	79	1.9	79	84	7	202	26	20	26	26	1.99
70471328--70471439	27	4.1	28	81	10	126	37	21	24	16	1.94
70471328--70471439	54	2.1	54	86	3	154	37	21	24	16	1.94
70471540--70471607	26	2.5	27	83	9	84	29	14	23	32	1.94
70486246--70486383	43	3.3	42	82	4	154	29	26	13	30	1.94
70486293--70486383	41	2.2	42	90	2	139	31	27	14	26	1.95
70488961--70489024	31	2.1	31	96	0	119	32	12	9	45	1.74
70495710--70495740	15	2.0	16	93	6	55	38	29	0	32	1.57
70498293--70498370	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
70498489--70498925	47	9.1	47	91	4	685	29	30	8	31	1.88
70498711--70498786	22	3.3	22	64	10	62	28	30	11	28	1.92
70498489--70498925	96	4.5	97	93	3	692	29	30	8	31	1.88
70498489--70498925	145	3.0	143	92	3	716	29	30	8	31	1.88
70502039--70502141	42	2.4	43	80	11	113	32	22	17	28	1.96
70510838--70511042	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70519211--70519415	27	7.6	27	85	3	250	30	27	15	27	1.96
70524160--70524254	42	2.2	44	83	10	126	31	22	18	27	1.97
70524448--70524485	19	2.0	19	85	10	51	47	7	5	39	1.55
70525581--70525735	85	1.8	83	84	2	211	30	24	13	30	1.94
70525583--70525735	42	3.7	41	80	4	171	30	24	13	31	1.94
70529731--70529843	27	4.2	28	85	3	135	38	21	22	18	1.94
70532167--70532258	48	1.9	48	84	4	123	25	25	19	30	1.98
70532191--70532332	48	3.0	46	78	11	144	23	28	21	26	1.99
70536480--70536701	46	4.8	46	72	9	157	29	18	28	23	1.97
70541505--70541874	48	7.8	46	81	9	318	24	17	32	25	1.96
70541461--70541874	96	4.4	93	77	9	331	25	17	31	25	1.97
70541458--70541727	46	5.8	46	84	9	280	25	16	30	27	1.96
70541510--70541874	46	7.7	46	80	9	272	24	16	32	26	1.96
70541510--70541774	142	1.9	141	84	4	363	25	15	32	26	1.95
70541464--70541827	46	7.6	50	81	8	216	25	17	31	25	1.97
70545865--70546025	83	1.9	83	86	5	227	20	18	26	35	1.95
70545865--70546027	42	3.9	41	86	4	211	20	17	26	35	1.95
70552787--70552856	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
70552787--70552881	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
70560736--70560801	28	2.3	29	86	2	89	33	27	12	27	1.92
70593276--70593405	66	1.9	67	83	10	165	33	16	29	20	1.95
70595404--70595660	48	5.4	47	77	7	232	26	16	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70595355--70595626	96	2.9	95	82	6	322	26	16	31	25	1.97
70603602--70603660	30	2.0	30	93	0	100	28	33	16	20	1.95
70608676--70609318	47	13.6	47	93	1	1052	32	8	29	29	1.87
70608676--70609318	143	4.5	143	93	2	1064	32	8	29	29	1.87
70623176--70623437	40	6.6	40	92	3	422	23	20	27	28	1.99
70627461--70627518	28	2.1	28	100	0	116	13	20	36	29	1.91
70633216--70633279	30	2.2	29	94	2	110	26	17	21	34	1.95
70637067--70637120	26	2.1	26	89	6	83	42	24	18	14	1.88
70641443--70641547	43	2.5	42	80	1	120	32	29	17	20	1.96
70657848--70658074	40	5.6	40	84	7	196	25	27	22	24	2.00
70657848--70658074	80	2.8	81	80	12	241	25	27	22	24	2.00
70662239--70662336	49	2.0	49	95	0	178	33	21	17	27	1.96
70665983--70666205	40	5.5	40	84	6	290	26	26	22	25	2.00
70665983--70666205	83	2.8	80	86	4	306	26	26	22	25	2.00
70667925--70668029	43	2.5	43	81	4	124	26	19	23	30	1.98
70670952--70671087	41	3.3	41	84	5	170	22	26	14	36	1.93
70671841--70671916	26	2.9	26	80	3	73	25	26	19	28	1.99
70673925--70674067	47	3.0	47	93	0	241	29	15	13	41	1.85
70674874--70675046	45	3.9	44	84	5	199	25	20	27	26	1.99
70675453--70675504	22	2.6	21	85	11	65	38	15	9	36	1.80
70680728--70680911	40	4.6	40	81	6	187	23	21	27	27	1.99
70688260--70688335	26	2.9	26	80	3	73	25	26	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70690338--70690480	47	3.0	47	93	0	241	29	15	13	41	1.85
70691286--70691458	45	3.9	44	84	5	199	25	20	27	26	1.99
70691865--70691916	22	2.6	21	85	11	65	38	15	9	36	1.80
70697138--70697320	40	4.6	40	81	8	187	24	20	27	27	1.99
70697138--70697317	79	2.3	81	83	8	219	23	21	27	27	1.99
70697218--70697367	39	3.8	39	81	7	117	24	22	28	24	1.99
70697191--70697357	79	2.1	79	82	4	194	24	20	28	26	1.99
70704092--70704274	40	4.6	40	81	8	187	24	20	27	27	1.99
70704092--70704271	79	2.3	81	83	8	219	23	21	27	27	1.99
70704172--70704321	39	3.8	39	81	7	117	24	22	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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