genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11419608--11419902	78	3.8	78	88	2	432	24	23	18	32	1.97
11426386--11426460	20	3.8	20	84	6	93	36	8	20	36	1.82
11426393--11426445	11	5.2	11	76	15	51	33	7	20	37	1.81
11426512--11426594	26	3.3	25	80	12	100	27	20	25	26	1.99
11426515--11426604	26	3.6	25	80	5	94	24	23	26	25	2.00
11434440--11434493	20	2.8	21	86	10	71	38	9	18	33	1.83
11434546--11434617	26	2.8	26	93	2	119	26	23	23	26	2.00
11439651--11439708	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
11439687--11439758	19	3.9	19	83	10	105	36	13	11	38	1.81
11439687--11439750	18	3.6	18	87	4	85	35	12	12	39	1.81
11442708--11442878	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
11442714--11442883	46	3.7	46	78	13	195	22	20	28	28	1.99
11449362--11449531	93	1.8	92	92	1	286	21	21	28	28	1.99
11457758--11457819	32	1.9	32	87	6	90	19	40	3	37	1.68
11460266--11460307	21	2.0	21	85	0	57	47	11	23	16	1.80
11462435--11462670	57	4.1	57	88	0	301	15	16	28	39	1.88
11462475--11462700	114	2.0	114	79	3	249	16	16	26	39	1.90
11466487--11466533	18	2.6	18	82	0	58	34	14	2	48	1.56
11469982--11470045	25	2.6	25	80	9	76	20	26	18	34	1.96
11469975--11470074	50	2.0	50	82	3	121	20	24	17	39	1.92
11476214--11476253	19	2.1	19	100	0	80	42	5	15	37	1.68
11479120--11479153	17	2.0	17	94	0	59	23	14	29	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11482366--11482415	25	2.0	25	84	0	64	20	32	18	30	1.96
11492623--11492706	23	3.8	22	68	22	61	46	4	0	48	1.23
11507703--11507924	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
11507701--11507924	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
11511500--11511552	14	3.7	14	79	20	65	43	11	22	22	1.85
11515350--11515387	19	2.1	19	85	5	51	55	5	0	39	1.23
11521733--11521872	27	5.2	28	88	5	175	35	22	24	18	1.96
11523478--11523587	26	4.2	26	91	4	170	36	23	4	35	1.76
11525107--11525166	22	2.7	22	84	7	77	18	23	15	43	1.87
11525107--11525173	22	3.0	21	80	10	73	19	22	14	43	1.87
11525849--11525920	33	2.1	34	92	5	128	51	9	13	25	1.72
11528911--11528973	31	2.0	31	100	0	126	22	30	6	41	1.78
11529405--11529473	34	2.0	34	100	0	138	31	21	17	28	1.96
11554163--11554253	44	2.1	44	85	4	121	37	7	5	49	1.55
11555123--11555155	11	3.0	11	95	0	57	39	0	6	54	1.25
11555523--11555549	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
11557453--11557485	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
11557771--11558268	46	10.8	46	90	0	703	21	23	14	41	1.89
11558058--11558129	21	3.2	21	66	27	58	25	23	11	40	1.87
11561140--11561208	5	14.2	5	74	17	65	57	0	2	39	1.13
11561135--11561214	34	2.2	36	85	14	112	61	0	2	36	1.10
11561336--11561397	20	3.2	20	80	14	69	59	3	3	33	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11563131--11563528	173	2.3	173	91	1	629	25	20	20	32	1.97
11563120--11563524	87	4.7	87	71	14	266	26	20	20	31	1.98
11563218--11563524	86	3.6	86	73	14	299	25	19	21	32	1.97
11575505--11575608	12	8.2	13	71	13	65	55	0	3	39	1.24
11575517--11575606	5	18.8	5	73	17	75	57	1	2	38	1.18
11575534--11575701	19	9.1	18	69	23	93	58	1	5	35	1.29
11582917--11583017	9	10.7	9	71	14	51	64	0	1	33	1.05
11582944--11583003	31	2.0	31	93	3	104	56	0	0	43	0.99
11582927--11583071	10	14.8	10	72	12	70	62	0	3	33	1.17
11582959--11583066	31	3.6	30	74	13	80	62	0	4	32	1.22
11591405--11591462	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
11591800--11592041	50	4.7	50	84	4	279	27	24	28	19	1.99
11591800--11592049	100	2.4	103	86	6	346	26	24	28	20	1.99
11596673--11596706	14	2.3	14	90	10	50	41	0	2	55	1.15
11598755--11598850	43	2.2	43	83	7	122	32	15	22	29	1.95
11598700--11599107	176	2.3	174	83	3	525	30	17	23	27	1.97
11600800--11600871	31	2.3	31	81	9	85	34	8	4	52	1.51
11603307--11603343	18	2.1	18	89	0	56	43	0	0	56	0.99
11603770--11603816	21	2.2	21	85	7	60	36	6	6	51	1.53
11608363--11608600	125	1.9	126	89	2	372	34	8	6	50	1.58
11615115--11615147	10	3.3	10	91	8	50	42	0	0	57	0.98
11625073--11625189	45	2.6	45	88	5	159	27	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11631142--11631196	15	3.9	14	71	21	51	41	10	23	23	1.86
11635173--11635262	5	17.2	5	73	17	58	73	1	1	24	0.97
11635177--11635244	17	3.9	17	76	14	68	73	1	1	23	1.00
11635175--11635245	26	2.8	25	79	12	72	74	1	1	22	0.97
11635186--11635262	19	4.0	20	73	19	65	74	1	1	23	0.97
11635173--11635262	21	4.3	22	70	11	53	73	1	1	24	0.97
11642916--11643359	221	2.0	221	100	0	888	30	13	27	29	1.94
11647331--11647380	20	2.4	21	90	3	75	8	20	20	52	1.71
11651091--11651148	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
11652757--11652896	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
11652757--11652896	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
11656843--11656926	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
11658536--11658648	27	4.2	27	82	3	120	17	23	22	36	1.95
11658534--11658648	54	2.1	54	87	3	160	17	23	22	36	1.95
11658710--11658749	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
11661853--11661878	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
11663433--11663476	17	2.8	16	83	16	56	29	40	29	0	1.57
11665832--11665909	38	2.0	40	87	7	115	41	0	6	52	1.27
11668587--11668657	33	2.2	33	100	0	142	33	19	11	35	1.88
11680991--11681042	3	17.3	3	100	0	104	0	32	0	67	0.91
11687219--11687258	15	2.7	15	84	0	53	52	2	10	35	1.48
11688317--11688366	23	2.2	23	85	7	66	72	12	4	12	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11688918--11688966	25	2.0	24	88	7	73	57	0	0	42	0.99
11690466--11690492	14	1.9	14	100	0	54	25	14	14	44	1.84
11692131--11692206	36	2.1	36	85	0	98	17	40	10	31	1.83
11694814--11694909	46	2.1	46	80	3	104	23	22	20	32	1.98
11694839--11694929	46	2.0	46	84	0	119	25	25	20	28	1.99
11696781--11696876	40	2.4	40	76	0	102	33	7	12	46	1.69
11696985--11697075	20	4.6	20	74	0	74	41	18	4	35	1.71
11697023--11697102	40	2.0	40	82	0	97	40	17	2	40	1.63
11697200--11697345	40	3.7	39	77	9	127	39	13	6	41	1.70
11697201--11697300	39	2.5	39	82	7	114	39	16	5	40	1.70
11697203--11697283	20	4.1	20	81	9	103	41	16	6	35	1.73
11697200--11697329	20	6.6	19	74	13	95	38	14	6	40	1.73
11697232--11697628	164	2.4	163	79	9	412	40	17	4	37	1.71
11697395--11697459	20	3.2	20	88	0	103	41	18	7	32	1.79
11697398--11697467	20	3.5	21	84	3	83	42	15	7	34	1.74
11697534--11697832	40	7.5	39	72	10	194	41	14	5	39	1.68
11697540--11697812	20	13.6	20	71	5	104	41	14	5	39	1.69
11697534--11697806	80	3.4	79	77	8	268	42	14	5	37	1.69
11697799--11697841	21	2.1	20	95	4	77	37	13	0	48	1.43
11697941--11698011	20	3.5	20	76	14	74	39	8	9	42	1.69
11697946--11698039	40	2.3	40	83	3	127	42	10	5	41	1.62
11697945--11698037	20	4.7	20	75	7	73	43	10	6	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11698027--11698070	21	2.2	20	83	4	52	40	13	0	45	1.44
11705006--11705046	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
11708050--11708093	22	2.1	21	83	8	63	38	25	4	31	1.76
11708462--11708690	43	5.4	42	79	5	244	30	26	17	26	1.97
11708448--11708690	86	2.8	85	87	3	353	30	26	16	25	1.97
11726610--11726880	49	5.6	49	78	6	252	23	26	19	30	1.98
11726582--11726835	98	2.6	97	82	5	282	22	25	20	30	1.99
11727533--11727583	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
11730981--11731011	16	1.9	16	100	0	62	22	32	12	32	1.92
11737324--11737362	20	2.0	20	85	10	53	64	7	5	23	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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