genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52120805--52121029	49	4.7	48	97	1	391	30	8	30	29	1.88
52120805--52121029	96	2.3	95	94	3	389	30	8	30	29	1.88
52121146--52121222	35	2.1	37	88	4	113	24	19	29	25	1.98
52123072--52123174	43	2.4	43	95	0	188	22	14	36	26	1.92
52123156--52123226	29	2.4	29	83	4	90	26	14	30	28	1.95
52123619--52123765	39	3.9	36	86	11	188	24	21	28	25	1.99
52123540--52123834	40	7.5	40	81	6	304	24	22	27	24	2.00
52127213--52127291	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
52127200--52127424	47	4.7	48	93	5	368	30	9	30	29	1.88
52127540--52127616	35	2.1	37	88	4	113	23	19	31	25	1.98
52132163--52132206	22	2.0	22	95	0	79	25	36	29	9	1.86
52132171--52132219	23	2.2	22	92	3	80	22	32	32	12	1.91
52144248--52144340	30	3.2	28	80	11	109	21	22	22	33	1.97
52144248--52144340	27	3.2	29	82	14	113	21	22	22	33	1.97
52144248--52144365	56	2.1	57	83	10	145	20	22	21	35	1.96
52144406--52144459	1	54.0	1	92	0	90	0	0	3	96	0.23
52146291--52146397	40	2.7	40	84	5	119	25	27	20	27	1.99
52146337--52146517	40	4.5	39	79	10	161	27	28	20	23	1.99
52146337--52146517	80	2.3	79	81	12	201	27	28	20	23	1.99
52173367--52173478	27	4.1	27	78	7	120	37	21	23	17	1.94
52173371--52173477	54	2.0	54	83	3	135	38	20	22	18	1.94
52178978--52179078	24	4.2	23	70	12	69	34	20	24	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52179075--52179126	24	2.2	24	82	0	59	50	15	17	17	1.79
52179123--52179177	23	2.3	23	78	3	56	34	21	25	18	1.96
52182352--52182398	19	2.5	20	83	13	55	29	0	4	65	1.11
52182561--52182593	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
52193425--52193458	17	2.0	17	100	0	68	41	35	0	23	1.55
52193583--52193623	10	4.3	10	75	12	50	39	19	4	36	1.73
52211428--52211635	40	5.2	40	81	7	226	25	27	21	24	1.99
52211424--52211635	79	2.7	79	79	10	236	26	27	21	25	1.99
52217960--52217997	15	2.5	15	80	12	51	50	0	15	34	1.45
52226042--52226236	35	5.5	35	86	1	248	28	7	20	43	1.79
52229419--52229569	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
52238189--52238227	17	2.3	17	86	0	51	20	28	30	20	1.98
52238198--52238232	17	2.1	17	88	0	52	14	34	37	14	1.86
52243414--52243465	3	17.0	3	92	4	77	61	1	3	32	1.25
52246729--52246786	6	10.3	6	75	14	61	18	17	1	62	1.42
52246731--52246786	22	2.5	22	94	0	103	19	17	1	60	1.45
52248757--52248867	28	3.9	28	84	4	143	27	28	15	27	1.96
52248759--52248869	57	2.0	57	89	5	172	27	28	15	27	1.96
52260008--52260113	42	2.5	43	77	7	117	26	18	24	30	1.98
52260293--52260348	29	1.9	29	85	7	78	44	5	19	30	1.73
52260291--52260354	28	2.2	30	77	5	78	42	4	20	32	1.73
52264044--52264081	19	2.0	19	85	10	51	21	44	23	10	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52267458--52267487	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
52270564--52270598	15	2.3	15	90	0	52	14	11	17	57	1.66
52272525--52272685	80	2.0	80	95	0	286	20	17	19	42	1.90
52274265--52274325	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
52276579--52276610	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
52276627--52276808	101	1.8	101	90	2	294	26	19	24	29	1.99
52276576--52276857	50	5.6	50	77	3	244	25	17	26	30	1.97
52279486--52279715	50	4.6	50	80	4	241	29	26	18	24	1.98
52283252--52283296	15	3.1	14	83	6	54	13	17	13	55	1.69
52285965--52286248	50	5.6	50	78	6	236	25	17	25	31	1.97
52286119--52286202	28	3.2	28	62	25	74	26	16	27	29	1.97
52286016--52286197	101	1.8	101	87	4	278	26	19	24	29	1.98
52292401--52292559	43	3.7	43	75	13	157	23	17	27	32	1.97
52292730--52292785	30	1.9	29	82	13	71	44	5	21	28	1.74
52292728--52292791	28	2.2	30	75	10	71	42	4	21	31	1.74
52295549--52295586	20	1.9	20	88	0	58	47	10	7	34	1.67
52309847--52309938	42	2.1	42	79	13	98	22	16	26	34	1.95
52320987--52321173	50	3.8	49	79	7	198	27	26	19	26	1.99
52323189--52323253	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
52323189--52323257	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
52330417--52330446	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
52331596--52331640	18	2.5	18	92	0	72	22	24	22	31	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52337652--52337681	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
52338826--52339097	48	5.7	48	80	1	269	26	26	18	28	1.98
52338833--52339097	96	2.8	94	86	4	350	26	26	18	29	1.98
52351230--52351400	93	1.8	93	92	0	288	29	27	21	22	1.99
52351222--52351397	46	3.8	46	75	12	189	30	27	20	22	1.98
52358810--52358979	93	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.99
52358802--52358976	46	3.8	46	78	13	207	29	28	20	21	1.98
52362336--52362416	29	2.7	31	77	11	78	41	9	13	34	1.78
52362467--52362518	20	2.5	20	75	15	52	48	5	3	42	1.45
52365856--52365886	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
52370462--52370509	23	2.3	21	86	13	64	50	0	0	50	1.00
52372491--52372539	19	2.6	19	86	0	62	53	2	6	38	1.38
52373856--52374207	119	3.0	119	90	0	551	30	17	25	26	1.97
52375981--52376024	21	2.1	21	91	0	70	43	15	2	38	1.60
52376053--52376104	26	2.0	26	100	0	104	50	11	7	30	1.67
52379709--52379820	27	4.1	27	80	7	120	16	22	23	38	1.93
52379709--52379820	54	2.1	54	86	3	154	16	22	23	38	1.93
52380875--52380908	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
52387573--52387687	27	4.3	27	81	7	135	15	24	22	37	1.93
52391853--52392104	55	4.7	54	77	6	196	36	17	24	21	1.95
52392296--52392326	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
52399429--52399682	55	4.8	53	81	8	245	35	17	25	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52399439--52399684	108	2.3	109	81	10	305	34	17	25	22	1.95
52406740--52406919	47	3.9	48	69	19	137	29	22	19	28	1.98
52410280--52410349	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
52410280--52410377	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
52418088--52418157	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
52418088--52418185	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
52423401--52423616	48	4.5	48	77	3	218	24	28	20	26	1.99
52425926--52425954	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
52428876--52428920	6	7.5	6	92	0	63	82	0	6	11	0.84
52434312--52434340	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
52438226--52438320	48	2.0	48	89	0	145	28	21	21	29	1.98
52440868--52440902	18	2.0	18	88	5	54	74	0	17	8	1.06
52440915--52440953	18	2.1	19	85	4	53	51	2	28	17	1.59
52440956--52440986	12	2.6	12	94	0	53	67	6	16	9	1.39
52444680--52444811	47	2.8	47	82	7	169	33	28	14	24	1.94
52444683--52444811	48	2.7	47	84	5	172	32	28	13	24	1.94
52451876--52451900	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
52459337--52459440	27	3.9	27	83	9	124	34	22	23	20	1.97
52461039--52461146	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
52465512--52466016	55	9.5	53	76	12	457	22	24	16	36	1.94
52465512--52466016	108	4.7	108	83	7	663	22	24	16	36	1.94
52465512--52466030	208	2.5	210	88	4	733	23	24	15	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52473316--52473414	40	2.4	41	81	8	110	29	26	18	26	1.98
52477072--52477254	40	4.7	40	79	9	198	24	26	23	25	2.00
52510384--52510433	24	2.0	25	88	3	75	30	32	8	30	1.86
52510670--52510739	36	1.9	36	91	2	113	24	30	20	25	1.99
52510640--52510739	37	2.7	37	83	7	116	24	27	22	27	1.99
52511084--52511162	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
52511144--52511246	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
52513105--52513182	37	2.1	36	86	6	104	25	30	17	25	1.97
52513300--52513739	47	9.4	47	94	1	749	29	29	8	32	1.88
52516163--52516332	47	3.6	47	88	1	241	32	8	31	28	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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