genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36607896--36608064	48	3.5	48	90	1	232	24	26	17	31	1.97
36607936--36608011	23	3.2	23	63	26	59	27	26	15	30	1.96
36607850--36608064	96	2.2	96	83	3	254	23	26	17	32	1.96
36608041--36608088	24	2.0	24	100	0	96	25	25	20	29	1.99
36609356--36609492	48	2.9	47	79	8	150	34	16	16	33	1.91
36617991--36618083	32	2.9	32	95	0	159	51	17	3	27	1.60
36618058--36618110	27	2.0	27	85	7	72	52	16	3	26	1.61
36618001--36618122	59	2.0	62	81	10	144	53	16	3	27	1.58
36617991--36618122	32	4.3	31	81	11	130	50	17	3	28	1.61
36625132--36625184	17	3.4	16	75	20	58	54	22	11	11	1.67
36626600--36626774	46	3.8	46	78	8	203	31	27	19	21	1.97
36626608--36626777	92	1.8	93	93	1	297	30	27	20	21	1.98
36628715--36628793	31	2.7	28	77	14	70	51	7	6	34	1.55
36631078--36631114	9	4.1	9	89	0	56	35	10	2	51	1.51
36632711--36632806	43	2.2	43	83	3	113	31	13	18	36	1.90
36634757--36634783	12	2.2	12	100	0	54	7	22	44	25	1.79
36636881--36636927	24	2.0	24	86	0	67	34	19	25	21	1.96
36637433--36637513	40	2.0	40	100	0	162	29	24	7	38	1.83
36646980--36647043	27	2.4	27	81	5	76	10	18	35	34	1.86
36650442--36650493	27	1.9	27	88	0	77	26	25	9	38	1.86
36661551--36661727	40	4.4	40	89	0	264	29	29	18	22	1.97
36663610--36663669	28	2.2	26	77	11	66	28	25	10	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36668447--36668572	28	4.5	28	83	2	153	30	31	19	19	1.96
36668437--36668544	57	1.9	57	92	0	180	31	33	16	18	1.93
36670533--36670591	28	2.2	26	77	13	66	27	25	11	35	1.91
36670547--36670608	27	2.2	28	91	2	99	29	27	11	32	1.91
36687297--36687705	46	8.8	45	79	10	371	22	29	20	27	1.98
36687296--36687705	47	8.8	45	78	10	355	22	29	20	27	1.98
36687297--36687705	94	4.4	89	82	10	398	22	29	20	27	1.98
36688045--36688102	30	1.9	30	89	0	89	29	25	12	32	1.92
36689892--36690589	378	1.8	377	82	6	869	36	9	19	34	1.84
36709499--36709561	30	2.1	30	91	2	101	60	11	6	22	1.53
36711059--36711101	24	1.9	22	86	13	61	55	0	2	41	1.12
36716681--36716732	27	1.9	27	96	0	95	23	32	13	30	1.93
36716682--36716739	27	2.1	27	87	0	80	27	32	10	29	1.90
36720315--36720543	48	4.9	48	75	8	220	27	25	21	25	1.99
36739749--36740175	47	9.1	47	91	0	676	34	13	28	24	1.93
36740149--36740239	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
36741731--36742129	40	10.0	40	87	0	537	24	20	26	28	1.99
36742293--36742345	25	2.1	25	82	6	63	35	13	30	20	1.91
36745849--36746322	47	10.1	47	93	0	770	34	14	27	23	1.94
36746296--36746386	46	2.0	46	86	0	128	34	8	29	27	1.87
36748502--36748581	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
36748493--36748580	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36750950--36751125	46	3.8	45	80	10	203	20	21	30	28	1.98
36750946--36751118	93	1.9	93	95	0	310	20	21	30	27	1.98
36754031--36754109	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
36754022--36754108	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
36756477--36756652	46	3.8	46	79	4	201	18	21	30	29	1.97
36756477--36756645	93	1.8	93	92	0	284	18	21	30	28	1.97
36760885--36760918	18	1.9	18	88	5	52	52	5	14	26	1.64
36761650--36761711	27	2.3	26	78	8	70	51	12	0	35	1.40
36767557--36767868	49	6.6	49	72	11	165	25	28	18	27	1.98
36767705--36767869	46	3.5	46	80	6	165	24	27	17	30	1.97
36767745--36767869	46	2.7	46	87	6	182	24	28	17	29	1.97
36773244--36773292	23	2.1	23	82	14	57	57	0	2	40	1.10
36774473--36774602	40	3.3	39	80	4	154	32	10	20	36	1.87
36777659--36777698	13	3.1	13	92	0	62	7	42	32	17	1.77
36785572--36785643	37	2.0	34	81	7	81	6	36	0	56	1.26
36790383--36790456	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
36799325--36799398	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
36812805--36812841	17	2.2	17	95	0	65	40	35	5	18	1.74
36818531--36818576	24	2.0	23	82	4	56	47	0	4	47	1.21
36818799--36818849	16	3.2	16	91	0	84	27	33	5	33	1.81
36822841--36823394	277	2.0	277	98	0	1081	32	18	16	32	1.93
36826430--36826566	42	3.2	42	85	1	175	32	13	22	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36827714--36827835	43	2.9	42	85	2	172	28	13	25	32	1.93
36829650--36829823	46	3.8	46	77	10	165	23	19	26	30	1.98
36832764--36832813	15	3.4	15	80	2	57	10	16	14	60	1.59
36840452--36840532	19	4.2	19	95	3	135	35	16	9	38	1.81
36841080--36841284	87	2.3	87	83	5	234	26	21	18	33	1.96
36841403--36842108	84	8.4	84	89	3	1086	24	21	22	31	1.99
36848664--36848769	32	3.4	32	65	12	94	48	15	10	26	1.77
36848643--36848773	61	2.1	61	95	1	235	46	16	10	26	1.79
36848768--36848865	19	5.2	19	90	7	155	36	15	10	37	1.81
36848768--36848865	36	2.6	37	88	9	144	36	15	10	37	1.81
36857591--36857834	55	4.6	54	80	9	236	35	17	24	22	1.95
36857600--36857798	108	1.8	110	89	4	314	34	16	25	23	1.95
36858037--36858067	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
36860634--36860663	15	1.9	16	93	6	53	50	13	0	36	1.42
36867962--36868026	25	2.6	25	85	0	85	20	29	24	26	1.99
36870595--36870623	14	2.1	14	93	6	51	13	3	20	62	1.46
36876721--36876812	42	2.2	42	90	3	141	34	21	15	28	1.94
36876952--36877018	25	2.7	25	88	2	100	28	19	23	28	1.98
36877838--36877902	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
36877961--36878081	27	4.4	26	74	12	98	32	4	18	45	1.68
36878019--36878090	27	2.7	26	80	6	81	27	4	22	45	1.70
36878148--36878239	27	3.4	27	86	5	114	39	6	23	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36878138--36878266	54	2.4	54	77	3	127	35	8	22	33	1.85
36881959--36882020	21	3.0	21	85	0	79	3	43	19	33	1.67
36881974--36882032	21	2.8	22	85	10	79	0	47	20	32	1.50
36882444--36882472	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
36884896--36884921	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
36886639--36886705	9	7.7	9	72	9	50	37	0	16	46	1.47
36887133--36887169	14	2.8	14	84	12	51	64	2	0	32	1.07
36887424--36887463	14	2.8	14	84	3	53	70	0	0	30	0.88
36886951--36887611	99	6.4	100	89	6	977	56	3	5	34	1.39
36890027--36890065	20	2.0	20	94	0	69	58	12	10	17	1.61
36890578--36890614	13	2.7	14	91	8	67	51	5	0	43	1.24
36890752--36890799	7	6.9	7	79	9	53	45	37	0	16	1.48
36891510--36891614	39	2.6	40	83	6	131	24	20	16	38	1.93
36898523--36898609	39	2.2	39	91	0	138	25	26	25	22	2.00
36901343--36901385	17	2.4	17	88	7	59	23	25	34	16	1.95
36901449--36901528	29	2.8	29	88	1	117	21	18	31	28	1.97
36901449--36901563	29	4.0	28	81	6	115	26	16	28	28	1.97
36901451--36901566	57	2.0	57	80	9	130	25	16	30	28	1.97
36912877--36913003	41	3.1	40	73	11	107	33	25	11	28	1.91
36916170--36916328	43	3.7	42	78	10	171	22	18	27	32	1.97
36916167--36916326	85	1.9	86	85	8	202	22	18	26	31	1.97
36916694--36916813	44	2.8	43	76	16	131	23	19	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36916697--36916855	43	3.7	42	75	10	153	23	16	26	32	1.96
36915869--36916928	527	2.0	527	98	0	2039	32	14	21	31	1.93
36916694--36916853	86	1.9	86	85	6	200	23	17	26	32	1.97
36929658--36929703	17	2.7	17	96	0	83	26	0	19	54	1.44
36930133--36930275	43	3.3	44	76	13	129	26	16	23	33	1.95
36930099--36930270	43	4.0	43	71	15	122	27	16	23	32	1.96
36939128--36939514	50	7.9	50	89	4	572	36	6	25	31	1.81
36939128--36939514	98	3.9	98	89	2	614	36	6	25	31	1.81
36939664--36939772	37	2.9	37	87	0	155	23	22	28	25	1.99
36952656--36952831	46	3.8	45	78	12	196	19	20	29	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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