genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77485418--77485458	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
77490161--77490209	26	1.9	25	87	4	71	38	0	10	51	1.36
77492063--77492117	28	2.0	28	92	0	92	30	30	10	27	1.91
77495799--77495831	14	2.3	14	94	5	57	84	9	0	6	0.76
77504747--77504775	9	3.0	10	90	10	51	20	20	0	58	1.39
77505106--77505214	41	2.7	39	75	9	101	36	19	19	24	1.94
77505171--77505355	83	2.3	81	88	1	271	32	23	22	21	1.98
77505177--77505355	41	4.4	41	90	2	270	32	23	23	20	1.97
77505514--77505558	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
77508582--77508627	21	2.2	21	84	0	56	45	2	21	30	1.64
77510185--77510415	43	5.4	42	86	2	309	22	15	31	30	1.95
77510185--77510415	85	2.7	85	89	2	338	22	15	31	30	1.95
77511730--77511758	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
77513575--77513688	5	22.8	5	92	7	196	41	0	0	58	0.98
77513697--77513736	20	2.0	20	86	13	57	75	7	15	2	1.14
77516718--77516771	23	2.3	24	81	12	67	22	5	1	70	1.18
77518289--77518326	19	2.0	20	84	5	51	34	0	18	47	1.49
77518542--77518612	34	2.0	36	86	10	101	49	1	0	49	1.09
77519620--77519668	12	4.2	12	79	10	66	6	4	14	75	1.14
77519587--77519685	21	4.5	21	69	17	58	6	5	18	70	1.26
77519620--77519662	22	2.0	22	85	0	59	6	4	11	76	1.13
77524663--77524696	16	2.1	17	88	5	52	58	11	5	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77526232--77526329	19	5.2	19	90	7	155	37	11	15	35	1.83
77526222--77526329	36	2.9	36	76	15	112	37	11	14	36	1.82
77527767--77527804	6	6.5	6	88	11	53	18	10	0	71	1.14
77527762--77527800	17	2.2	19	90	9	64	17	7	0	74	1.05
77532655--77532697	21	2.1	20	86	4	59	25	2	25	46	1.65
77536616--77536642	11	2.5	11	100	0	54	55	0	18	25	1.43
77547938--77548009	34	2.1	34	85	10	94	54	6	1	37	1.36
77547954--77548023	34	2.0	35	83	5	88	57	5	0	37	1.23
77550688--77550753	17	3.9	17	82	4	71	46	13	4	34	1.64
77550671--77550755	34	2.5	35	79	12	95	47	14	4	34	1.65
77551173--77551199	14	1.9	14	100	0	54	37	29	7	25	1.83
77551384--77551446	18	3.5	18	73	0	63	46	17	4	31	1.69
77551367--77551470	36	2.8	37	78	8	106	44	18	8	28	1.79
77551724--77551802	29	2.7	30	86	2	115	45	15	5	34	1.68
77564873--77564937	28	2.3	27	84	12	78	4	29	6	60	1.41
77582268--77582365	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
77582296--77582380	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
77590364--77590461	27	3.5	28	86	5	119	24	13	29	32	1.93
77590392--77590476	27	3.0	27	86	5	89	29	11	25	32	1.91
77604164--77604232	24	2.8	24	78	8	59	47	1	1	49	1.19
77604201--77604242	18	2.3	18	80	8	50	57	0	0	42	0.99
77606316--77606359	21	2.0	22	86	8	63	40	2	4	52	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77606313--77606364	21	2.5	20	78	9	59	38	1	3	55	1.29
77637666--77637694	12	2.3	13	94	5	51	82	10	0	6	0.83
77637673--77637711	17	2.2	18	86	4	53	82	2	0	15	0.79
77637666--77637721	14	4.0	14	73	15	53	76	8	0	14	1.00
77638922--77638957	17	2.2	18	85	14	51	13	0	5	80	0.88
77644188--77644249	29	2.2	29	85	2	81	70	8	14	6	1.30
77646439--77646650	40	5.3	40	88	3	268	24	20	27	27	1.99
77648086--77648135	13	3.8	12	85	15	64	84	2	4	10	0.84
77648087--77648137	19	2.8	18	82	8	59	84	1	5	7	0.85
77648103--77648147	17	2.5	17	82	7	54	82	0	13	4	0.82
77649273--77649464	64	3.0	64	90	1	296	31	17	13	36	1.89
77649639--77650574	176	5.3	176	83	4	819	30	17	23	27	1.97
77649819--77650574	351	2.2	352	87	3	1076	30	16	24	28	1.97
77649819--77650574	176	4.3	176	88	2	1047	30	16	24	28	1.97
77650766--77650800	13	2.8	12	87	8	52	82	5	0	11	0.82
77658792--77658825	6	5.5	6	92	3	50	29	2	0	67	1.05
77658954--77659162	73	2.9	73	82	5	221	25	21	13	40	1.89
77659080--77659185	36	2.9	37	81	11	119	24	19	15	40	1.90
77658937--77659161	35	6.3	35	71	13	140	25	21	13	39	1.90
77658962--77659185	73	3.1	73	81	5	213	24	20	14	39	1.91
77659079--77659194	38	3.1	37	79	12	123	24	21	14	39	1.91
77664579--77664603	12	2.1	12	100	0	50	24	0	40	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77664644--77664685	21	2.0	21	85	0	57	26	26	19	28	1.98
77666170--77666208	18	2.3	17	91	8	62	66	0	2	30	1.05
77666575--77666661	43	2.0	43	100	0	174	42	27	9	20	1.82
77673124--77673183	25	2.4	25	88	5	86	36	20	20	23	1.95
77686514--77686571	23	2.5	23	97	0	107	39	13	5	41	1.67
77687108--77687204	45	2.1	46	81	5	108	35	16	21	26	1.95
77690467--77690510	19	2.4	19	88	3	72	38	4	0	56	1.20
77690501--77690573	21	3.5	20	70	17	58	42	1	1	54	1.17
77700778--77700808	15	2.1	15	100	0	62	6	48	6	38	1.55
77702479--77702708	41	5.7	41	83	2	277	26	15	26	31	1.95
77709978--77710197	41	5.4	41	79	1	228	26	17	24	31	1.97
77716142--77716385	51	4.9	51	76	12	206	28	20	18	32	1.96
77716007--77716401	44	8.2	50	73	15	237	29	20	17	32	1.95
77719648--77719869	96	2.3	96	88	0	327	28	19	28	23	1.98
77719648--77719869	48	4.6	48	81	0	237	28	19	28	23	1.98
77732075--77732221	71	2.1	71	84	2	188	27	20	10	41	1.85
77740064--77740095	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
77761862--77762075	48	4.5	48	72	5	173	25	23	19	30	1.98
77761893--77762075	96	1.9	96	84	2	242	25	24	19	30	1.98
77770026--77770130	44	2.4	43	76	7	97	22	20	21	35	1.96
77773009--77773183	40	4.4	40	95	0	305	22	18	29	29	1.98
77785008--77785114	26	4.3	26	89	4	143	30	23	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77785166--77785222	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
77786959--77787277	49	6.6	48	74	9	249	28	19	29	22	1.98
77786959--77787239	142	2.0	141	85	3	386	28	19	29	23	1.98
77790573--77790630	30	1.9	30	100	0	116	29	10	17	43	1.82
77791838--77791876	19	2.1	18	85	4	51	66	5	2	25	1.25
77808607--77808694	35	2.5	35	81	0	104	30	9	15	44	1.78
77808607--77808730	35	3.6	33	74	11	97	31	9	16	42	1.80
77808592--77808754	70	2.3	70	78	0	173	32	9	17	39	1.83
77816209--77816384	35	5.0	35	73	6	122	30	11	18	39	1.86
77823215--77823240	4	6.5	4	100	0	52	46	0	0	53	1.00
77827787--77827841	21	2.7	21	82	2	58	12	29	30	27	1.93
77827810--77827868	21	2.8	21	81	0	64	16	35	23	23	1.95
77828200--77828267	33	2.1	33	97	0	127	32	23	5	38	1.79
77829448--77829597	27	5.6	27	85	5	169	28	28	14	29	1.95
77834019--77834098	42	1.9	42	84	0	106	18	30	22	28	1.98
77834019--77834109	42	2.2	42	82	4	103	18	28	21	30	1.97
77852608--77852665	25	2.3	23	75	16	62	72	6	6	13	1.26
77858237--77858409	46	3.7	46	76	13	201	21	19	27	30	1.98
77858234--77858404	93	1.8	93	94	0	306	21	19	28	29	1.98
77861483--77861606	65	1.9	64	80	11	144	25	28	27	19	1.99
77862799--77862917	44	2.7	44	82	3	141	31	29	15	23	1.95
77864644--77864713	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77864644--77864741	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
77871856--77871925	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
77871856--77871953	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
77878020--77878114	42	2.2	43	79	5	104	37	21	15	25	1.93
77882739--77882910	40	4.3	40	83	5	224	26	26	22	24	2.00
77882739--77882910	80	2.2	79	88	5	249	26	26	22	24	2.00
77891476--77891500	11	2.3	11	100	0	50	28	20	16	36	1.93
77893724--77893879	43	3.7	41	76	16	149	32	28	15	23	1.95
77893724--77893881	87	1.9	83	84	10	212	33	27	15	23	1.95
77902871--77903094	39	5.7	39	89	0	331	22	20	24	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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